Captain Picard soll an einer Feier an der Sternenflottenakademie teilnehmen. Da erhält er eine beunruhigende Nachricht: Wesley Crusher, der dort gerade studiert, ist mit vier Kameraden während eines Formationsfluges verunglückt. Die Untersuchung des des Unfalls ergibt einige Ungereimtheiten. Picard drängt Wesley, die Wahrheit über den Vorfall zu offenbaren.
Counselor Trois Mutter Lwaxana kommt an Bord, um den ihr bislang unbekannten Campio vom Planeten Kostolain zu heiraten. Doch der Zukünftige erweist sich schnell als humorloser Langweiler. Indessen führt Lwaxana Worfs Sohn Alexander auf dem Holodeck in das süße Leben ein. Das bringt sie nicht nur mit Worf in Konflikt.
Dem Gewinner eines bizarren Wettbewerbs der Kronenkönigin winkt der Psychokristall von Eliza. Zach will mit Hilfe des Kristalls seine Frau zurückholen. Die böse Herrscherin verfolgt andere Pläne.
Jesse Blue entwickelt mit den Outridern eine neue gefährliche Waffe. Dabei gelingt es ihm, sich die junge Trista hörig zu machen. April soll das Mädchen von seinem wahren Charakter überzeugen.
Im Jahr 2077 fliehen acht Terroristen vor ihrer Exekution. Zusammen mit ihnen gerät Kiera Cameron ins Jahr 2012. Im 17-jährigen Alec Sadler findet sie Hilfe im Kampf gegen die Terroristen.
Kiera will die Terroristengruppe "Liber8" davon abhalten, weiteren Schaden anzurichten. Doch fliegt ihre Tarnung als Polizistin im Vancouver Police Department auf und sie wird verhaftet.
10 Jahre nach der Ausgrabung eines riesigen Rings ist dessen Bedeutung weiterhin ein Rätsel. Die junge Catherine Langford will nun herauszufinden, was es mit dem mysteriösen Objekt auf sich hat.
Der kriosianische Botschafter Briam ist auf dem Weg zu Friedensverhandlungen mit den Valtesern. Sein Gastgeschenk ist ein Metamorph: Eine wunderschöne, junge Frau, die sich nur den Wünschen eines Mannes widmet. Sie verdreht allen Männern an Bord den Kopf - auch Picard.
Die kleine Clara hat eine imaginäre Freundin namens Isabella. Die Erwachsenen auf der Enterprise tun dies als kindliche Spinnerei ab. Als das Schiff durch einen unerforschten Nebel fliegt, scheint sich Isabella aber tatsächlich zu manifestieren. Sie verleitet Clara zu allerlei Dingen, die ihr eigentlich verboten sind. Auf dem Schiff kommt es unterdessen zu einem rätselhaften Energieverlust.
Die Enterprise folgt einem Notrufsignal und findet ein zerstörtes Borgschiff. Auf Beverlys Drängen nimmt Picard widerwillig den einzigen Überlebenden an Bord. Auch Guinan begegnet dem Borg äußerst feindselig. Wie erwartet droht dieser, die Mannschaft zu assimilieren.
Mulder und Scully kehren nach Bellefleur in Oregon zurück, wo sie vor sieben Jahren ihren ersten gemeinsamen Fall bearbeiteten. Dort sind zahlreiche Menschen verschwunden. Offenbar wurden sie von Außerirdischen entführt.
Nachdem Mulder offenbar von Außerirdischen entführt wurde, werden Scully und Direktor Skinner vom FBI plötzlich wie Verdächtige behandelt. Zudem bekommen sie Agent Doggett vor die Nase gesetzt, der die Sondereinheit leitet, die Mulder ausfindig machen soll. Aber dann stößt Scully auf Hinweise, dass nicht nur Mulder als Entführungsopfer auserkoren wurde.
Scully und Direktor Skinner tun ihr Bestes, um den kleinen Gibson Praise vor dem außerirdischen Kopfgeldjäger zu retten. Doch dabei kommt ihnen immer wieder Agent Doggett mit seiner Spezialtruppe in die Quere. Denen fehlt jegliches Verständnis für das, was Scully, Skinner und Gibson über Mulder und die Außerirdischen wissen.
Scully und Doggett ermitteln wegen einer mysteriösen Mordserie in Idaho. Vieles deutet darauf hin, dass der Täter kein Mensch, sondern ein Wesen mit Klauen und Reißzähnen ist. Tatsächlich stößt Doggett beim Studium alter Zeitungen auf Parallelen zum aktuellen Fall, die allerdings 44 Jahre zurückliegen. Offenbar treibt eine Kreatur, halb Mensch, halb Fledermaus, in der Gegend ihr Unwesen.
Während Lanisha Berichte einer UFO-Sichtung nahe der Area 51 untersucht, fahren Larry und Devin nach Louisiana. In Larrys Heimatstaat wurde eine geistartige Gestalt in der Nähe einer Plantage gesehen.
Colonel Carter (Amanda Tapping) wird vom einzigen Überlebenden über die Explosion informiert. McKay (David Hewlett) und Lorne (Kavan Smith) können schnell geborgen werden, aber es gibt noch weitere Verschüttete. Zudem befindet sich die hochschwangere Teyla (Rachel Luttrell) noch auf dem Wraith Cruiser und McKay muss als Entbindungshelfer einspringen.
Dr. Keller (Jewel Staite) entdeckt eine komische Absonderung auf ihrer Hand, ist aber zu müde um ihr weiter Beachtung zu schenken. Kurz darauf wuchert diese Absonderung aber aus und befällt ihren ganzen Körper. Dr. Beckett (Paul McGillion) geht davon aus, dass sich alle, die sich in Michaels (Connor Trinneer) Labor aufgehalten haben, mit diesem Erreger infiziert haben. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team werden deshalb in Quarantäne geschickt. Sheppard hält sich aber nicht an die Quarantäne und kann Dr. Keller im letzten Moment mit einem Gegengift retten.
Teal'c zieht nach Colorado Springs, wo er sich in seine neue Nachbarin Krista James verliebt. Doch er ahnt nicht, dass sie ein doppeltes Spiel spielt. Schließlich gerät er in den Verdacht, Kristas Freund ermordet zu haben. Daniel versucht, ihm in der schier aussichtslosen Lage zu helfen. Samantha Carter erhält indessen von ihrem Freund Pete einen Heiratsantrag. Doch sie weiß nicht recht, wie sie darauf reagieren soll.
Der Industrielle Alec Colson präsentiert den Erdenbewohnern einen Asgard, doch das Stargate-Team traut ihm nicht über den Weg. Daniel findet heraus, dass er den Asgard aus gestohlenem DNS-Material geklont hat. O'Neill beauftragt Thor, den Klon aus Colsons Labor zu beamen. Colson fliegt wutentbrannt nach Washington, doch sein Flugzeug stürzt ab. Carter entschließt sich indessen, mit ihm zu kooperieren, und lässt ihn ins SGC beamen. Sie bietet ihm an, auf die Alpha-Seite zu wechseln.
Teal'c soll Ishta, die Anführerin der Jaffa, überreden, ihren Krieg gegen die Goa'uld zu vertagen, da ihre Armee nicht groß genug ist. Doch sie lässt sich nicht von ihrem Plan abbringen. Um die Jaffa vor Angriffen zu schützen, gewährt O'Neill ihnen Unterschlupf im SGC. Doch Moloc nimmt Ishta gefangen und foltert sie. Gemeinsam mit Aron macht Teal'c sich auf den Weg, um sie zu retten.
Das Stargate verschwindet vor den Augen des ganzen SG-1-Teams. Offenbar steckte eine Organisation namens "Trust" dahinter, die die Menschheit vor außerirdischen Angriffen beschützen will. Doch Trust hat noch andere Ziele: O'Neill findet heraus, dass die Gruppe das Stargate dazu nutzen will, die Goa'uld mit Giftgas zu vernichten. Ein Plan mit schrecklichen Folgen, denn das Gas würde auch die Jaffa töten.
Bösewicht Lazardo verbreitet unter der Bevölkerung New Wichitas Angst und Schrecken. Die Starsheriffs vermuten hinter dem mysteriösen Hexen ein Mitglied der Outrider, das es zu stoppen gilt.
König Jared findet im Kampf gegen die Outrider drei weitere Verbündete. Oberbösewicht Nemesis erfährt von der Allianz und versucht mit seinen Phantomwesen die Herrscher in seine Gewalt zu bringen.
Saber Rider & Co. erfahren von den Geschwistern Todd und Tina, dass Outrider mittels Implantate die Bewohner eines Regenbogenplaneten kontrollieren. Nun soll die Schreckensherrschaft ein Ende finden.
Mit der Hilfe von Pilotin Mandarin wollen die Starsheriff einen erneuten Outrider-Angriff abwehren. Derweil behauptet Übeltäter Jesse Blue, nicht mehr mit den Phantomwesen gemeinsame Sache zu machen.
Das Kavallerieoberkommando will den Spieß umdrehen und plant einen Angriff auf die Phantomzone. Commander Eagle findet indes heraus, dass Menschen und Outrider scheinbar gemeinsame Vorfahren besitzen.
Bösewicht MaCross will mit Hilfe gigantischer Brontobären die Ölquellen des Texacota-Tals in seine Gewalt bringen. Nun sind die Galaxy Rangers gefragt, die drohende Katastrophe noch abzuwenden.
Zach verpasst eine Veranstaltung seiner Tochter Jessie. Die kleine Nachwuchsforscherin hat indessen ganz andere Probleme: Ihre Schule wird von einer Horde bewaffneter Winzlinge angegriffen.
Ein neuer Psychokristall der Kronenkönigin entzieht Zach sämtliche Lebenskraft. In einem Wettlauf gegen die Zeit versuchen die restlichen Galaxy Rangers, ihren Anführer zu retten.
Die Galaxy Rangers wollen auf dem Planeten Mesa ihr Raumschiff aufrüsten. Kaum sind sie gelandet, kommt es zu einer Zeitverzerrung und ein feindlich gesinntes Flugobjekt erscheint am Himmel.
Lazarus Slade will der Kronenkönigin ein teuflisch gutes Geschenk machen. Gemeinsam mit Zauberer Mogul entwickelt der fiese Wissenschaftler ein Gerät, das exakte Kopien der Galaxy Rangers anfertigt.
Colonel Carter (Amanda Tapping) wird vom einzigen Überlebenden über die Explosion informiert. McKay (David Hewlett) und Lorne (Kavan Smith) können schnell geborgen werden, aber es gibt noch weitere Verschüttete. Zudem befindet sich die hochschwangere Teyla (Rachel Luttrell) noch auf dem Wraith Cruiser und McKay muss als Entbindungshelfer einspringen.
Dr. Keller (Jewel Staite) entdeckt eine komische Absonderung auf ihrer Hand, ist aber zu müde um ihr weiter Beachtung zu schenken. Kurz darauf wuchert diese Absonderung aber aus und befällt ihren ganzen Körper. Dr. Beckett (Paul McGillion) geht davon aus, dass sich alle, die sich in Michaels (Connor Trinneer) Labor aufgehalten haben, mit diesem Erreger infiziert haben. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team werden deshalb in Quarantäne geschickt. Sheppard hält sich aber nicht an die Quarantäne und kann Dr. Keller im letzten Moment mit einem Gegengift retten.
Devin, Ben und Lanisha fahren nach Santa Ana in Kalifornien, um einen Fall zu untersuchen, der die UFO-Gemeinde seit Jahrzehnten spaltet: Ein Autobahn-Inspekteur hatte dort 1965 Fotos gemacht, die angeblich eine fliegende Untertasse zeigen. Die Geschichte wurde mit der Verschwörungstheorie um die mysteriösen Men in Black in Verbindung gebracht. Der zweite Fall führt Ben und sein Team nach Joplin in Missouri. Dort untersuchen sie ein Video, auf dem stabförmige, insektenartige Kreaturen zu sehen sind.
Mulder und Scully kehren nach Bellefleur in Oregon zurück, wo sie vor sieben Jahren ihren ersten gemeinsamen Fall bearbeiteten. Dort sind zahlreiche Menschen verschwunden. Offenbar wurden sie von Außerirdischen entführt.
Nachdem Mulder offenbar von Außerirdischen entführt wurde, werden Scully und Direktor Skinner vom FBI plötzlich wie Verdächtige behandelt. Zudem bekommen sie Agent Doggett vor die Nase gesetzt, der die Sondereinheit leitet, die Mulder ausfindig machen soll. Aber dann stößt Scully auf Hinweise, dass nicht nur Mulder als Entführungsopfer auserkoren wurde.
Scully und Direktor Skinner tun ihr Bestes, um den kleinen Gibson Praise vor dem außerirdischen Kopfgeldjäger zu retten. Doch dabei kommt ihnen immer wieder Agent Doggett mit seiner Spezialtruppe in die Quere. Denen fehlt jegliches Verständnis für das, was Scully, Skinner und Gibson über Mulder und die Außerirdischen wissen.