Die Enterprise findet das Wrack des verunglückten Forschungsschiffes Vico, das einen schwarzen Schwarm untersuchte. Der kleine Timothy ist der einzige Überlebende. Der Junge ist fest davon überzeugt, dass er Schuld an dem Unglück ist. Deshalb will er keine Gefühle mehr haben und beginnt den Androiden Data zu imitieren. Da wird die Enterprise plötzlich von rätselhaften Gravitationswellen getroffen.
Die Enterprise soll eine Gruppe Ullianer transportieren. Diese können Erinnerungen aus dem Unterbewußtsein hervorholen. Plötzlich fallen Troi, Beverly und Riker nacheinander ins Koma. Der Anführer der Ullianer gerät unter Verdacht.
Das SG-1 wird nach Los Angeles gerufen: Dort hat der allzu entschlossene Wissenschaftler Keffler einen Hybriden aus Goa'Uld und Mensch namens Anna geschaffen, der außer Kontrolle geriet und ein Massaker verübte. Während das SG-1 Team das Labor untersucht, in dem Anna "konstruiert" wurde, wendet diese ihre tödliche Kraft gegen ihren eigenen Schöpfer.
Die Vereinigten Staaten haben einen neuen Präsidenten und der frühere Senator und jetzige Vizepräsident Kinsey sieht eine zweite Chance, die Kontrolle über das Stargate-Programm an sich zu reißen. Er liefert dem Präsidenten scheinbar unwiderlegbare Beweise dafür, dass General Hammond und seine Leute versagt haben. Die gründliche Revision, die Kinsey vorschlägt, beginnt damit, dass er das Programm unter sein Kommando stellt.
Daniel übersetzt Schriften der Antiker, die das SG-2 Team vom Planeten P3X-439 mitgebracht hat. Daraus erfährt er von der 'Bibliothek des Wissens', die in einem bestimmten Behältnis aufbewahrt wird. Doch SG-2 stieß auf dem Planeten auch auf einen Aufklärer der Goa' Uld, folglich hat auch Anubis Kenntnis von dem geheimen Wissen. Nun beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn SG-1 muss das Behältnis zuerst finden, um die Lage der "Verlorenen Stadt" der Antiker zu erfahren. Mit ihrer Technologie könnte die Kontrolle der Galaxie durch die Goa'uld endlich beendet werden.
Das Wissen der Antiker wurde aus dem besagten Behältnis direkt in O'Neills Gehirn geladen. Nun hofft er, bald den Standort der "Verlorenen Stadt" zu kennen, denn dort liegt die Macht, die Anubis für immer unschädlich machen könnte. Dessen Heer nähert sich der Erde und SG-1 hofft, dass Daniel bald die antikische Sprache beherrscht, um an Informationen zu kommen. Doch ihnen ist auch klar, dass O'Neills körperliche Konstitution diesem Übergang nicht standhalten kann und er sterben wird.
Carter und Teal'c hoffen, dass die Alliierten des SG-1-Teams, die Asgard, das Wissen der Antiker aus O'Neills Gehirn löschen und ihn damit vor der ewigen Bewusstlosigkeit bewahren können. Bei dem Versuch, Kontakt zu ihnen aufzunehmen, wird Carter jedoch gefangen genommen. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln währenddessen mit undurchsichtigen Fremden, die sich gerne mit ihnen gegen einen gemeinsamen Feind verbünden würden.
Teal'c kehrt ohne Sam zur Erde zurück, um O'Neill zu retten, bevor das Wissen der Antiker ihn tötet. Doch um eine Waffe zu bauen, die die Replikatoren vernichten kann, benötigt O'Neill genau dieses Wissen. Die vermisste Sam erwacht unterdessen in Montana. Dort trifft sie auf ihren Freund Pete, glaubt aber, in einem Traum gefangen zu sein. An Bord des Replikatorenschiffs muss Fifth mit ansehen, wie ein neuer Replikator mit Sams Aussehen geboren wird.
Da das SG-1-Team nur noch aus drei Personen besteht, bewirbt sich der russische Colonel Alexej Vaselov um einen Posten. Nach einem Gespräch mit Daniel Jackson erkrankt er jedoch plötzlich. Als O'Neill ihn in Quarantäne bringen lassen will, rastet Daniel plötzlich aus. Dr. Brightman findet bald den wahren Grund für Vaselovs Krankheit und Daniels unerklärliches Verhalten: Anubis.
Jack wird der Golfkriegsveteran und Ex-CIA-Mitarbeiter Mark Gilmor als Assistent zur Seite gestellt. Doch der treibt ein doppeltes Spiel. Zu allem Überfluss möchte der Präsident die Basis besuchen. Die gesamte Besatzung ist in heller Aufruhr. Doch einige Abgeordnete von Amra weigern sich zu gehen. Jack setzt alles daran, sie zur Abreise zu bewegen. Auch Camulus sorgt für Schwierigkeiten.
Daniel Jackson wird vom Rest des Teams getrennt und strandet verletzt auf einem fremden Planeten. Die Farmerin Leda gewährt ihm Unterschlupf, damit seine Verletzungen heilen können. Das SG-1-Team erfährt, dass die Bewohner des Planeten das Stargate vergöttern, und warnen sie vor der Gefahr, die von den Goa'uld ausgeht. Der Fanatiker Soren zettelt unterdessen einen Bürgerkrieg zwischen dem Rand-Protektorat und der rivalisierenden kaledonischen Föderation an.
O'Neill wird von den Goa'uld getötet. Teal'c läuft daraufhin Amok und zerstört die Drohnen. Um in Zukunft besser auf einen Angriff der Goa'uld vorbereitet zu sein, verbessert Teal'c den Simulations-Stuhl. Jackson will ihn bei der Kampf-Simulation unterstützen und bringt einen zweiten Stuhl samt Joystick an. Im Verlauf des gefährlichen Spiels stehen sich Teal'c, Daniel, eine virtuelle Carter und ein virtueller O'Neill gegenüber.
Reginald macht sich auf die Suche nach dem Vampir Abraham. Dem legendären Blutsauger wird nachgesagt, andere übernatürliche Nachtwandler wieder zurück in einen Menschen verwandeln zu können.
Alle kommen zusammen, um Harry mit einer Überraschungsparty zu feiern. Einige Gäste sorgen dabei jedoch für ordentlich Unruhe.
Während Lanisha Berichte einer UFO-Sichtung nahe der Area 51 untersucht, fahren Larry und Devin nach Louisiana. In Larrys Heimatstaat wurde eine geistartige Gestalt in der Nähe einer Plantage gesehen.
Joseph und Sam Adama unternehmen auf Tauron eine Reise in ihre Vergangenheit und müssen eine Entscheidung treffen, auf welcher Seite sie stehen. Daniel findet derweil heraus, dass die Geschäftsführer aller Ha'la'tha-Firma ihr Leben verloren haben und macht einen Deal: Er liefert Zylonen nach Tauron und dafür lässt sich Sam etwas einfallen, wie er Daniels Leben retten kann.
Die Graystones suchen in New Cap City nach Zoe, während Lacy ein Geheimnis über die Zylonen herausfindet. Unterdessen merken Clarice, Olaf und Nestor, dass Amanda die Spionin war, die sich bei ihnen eingeschlichen hat.
John, der Sprecher der "Weißen Lichter", bittet Apollo und Starbuck um Hilfe. Die beiden Kolonialkrieger sollen den Geistwesen dabei helfen, einen drohenden Atomkrieg auf Terra zu verhindern.
Starbuck trifft auf einer Feier seiner alten Liebe Aurora wieder. Er verabredet sich mit der Kampfpilotin auf dem Raumschiff Celestra und muss dort feststellen, dass eine Meuterei in vollem Gange ist.
Die Galactica empfängt ein mysteriöses Signal, das von der Erde stammen könnte. Commander Adama sieht darin eine Falle der Zylonen und versucht, den Robotern mit einem eigenen Angriff zuvorzukommen.
McKay wird von einem Parasiten befallen, der sich im Gehirn ausdehnt und operativ nicht zu entfernen ist. Diese Krankheit befällt ältere Menschen und ist in der Galaxie als "die zweite Kindheit" bekannt. Als sich Jeanie von McKay verabschiedet, berichtet Ronon von einer Heiligenstätte. Dort hat der Sterbende die Chance, noch einen Tag zu leben, um sich von Angehörigen zu verabschieden. Jeanie begibt sich trotz vieler Gefahren mit ihrem Bruder dorthin und kann das Rätsel um den Parasiten lösen.
Beckett (Paul McGillon) will das Hoffaner Protein erforschen, weil er sich für seine Verbreitung verantwortlich fühlt. Sheppard (Joe Flanigan) hat noch eines von Michaels Laboratorien gefunden. Mit Beckett will er zum betreffenden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben. Ein Einheimischer lässt dennoch eines der Wesen - einer gefährlichen Vorstufe zu einem Mensch-Iratus-Hybrid - frei, da es einst seine Frau war. Und so fordert das Monster einige Opfer.
In einem von Michaels Laboren hat die Crew Daten gefunden, die Dr. Keller (Jewel Staite) in die Lage versetzten, eine Gentherapie für die Wraith zu entwickeln, damit sie sich fortan normal ernähren können. Sie trifft sich mit ihrem alten Freund Todd, um ihn für den Vorschlag zu gewinnen, die Therapie an einem Wraith aus seiner Allianz zu testen. Dafür muss allerdings erst die Erlaubnis der Königin der Königinnen, die Urmutter der Wraith, eingeholt werden und das wiederum bedarf einiger List.
McKay (David Hewlett) nimmt freiwillig an einer Goodwill Mission teil, weil er sich davon verspricht, Dr. Keller (Jewel Staite) näher zu kommen. Doch auch Ronon (Jason Momoa), sein Konkurrent, begleitet die beiden auf der Reise, die dazu dient, die medizinische Versorgung auf einem Planeten zu sichern. Als Dr. Keller von Kiryk entführt wird, bleibt Ronan und McKay keine andere Möglichkeit, als bei der Rettung von Dr. Keller zusammenzuarbeiten. Allerdings benutzt der Kidnapper einen Teleportationsapparat, der die Verfolgung erschwert.
Dr. Daniel Jackson besucht Atlantis in der Absicht, das Geheimlabor des Antiker Janus zu finden. Jackson ernennt McKay (David Hewlett) zu seinem Assistenten, was dem aber missfällt. McKay steht der Expedition eher skeptisch gegenüber. Entgegen McKays Erwartungen machen sie das Labor tatsächlich ausfindig und stellen zudem Kontakt mit einer außerirdischen Rasse her. Doch die Außerirdischen entführen die beiden Wissenschaftler kurzerhand.
Nachdem die Enterprise von einem fremden Schiff gescannt wurde, verlieren die Crewmitglieder allesamt das Gedächtnis. Zudem fällt der Hauptcomputer aus. Als er wieder halbwegs funktioniert, gibt er als Mission der Enterprise die Zerstörung einer lysianischen Kampfstation an. Vor allem der undurchsichtige Commander MacDuff will diesen Auftrag unter allen Umständen ausführen. Aber Counselor Troi und Picard beginnen zu zweifeln.
Die Enterprise folgt dem Notruf der vor 200 Jahren verschollenen USS Essex auf einen unbewohnten Planeten. Während eines schweren, elektromagnetischen Sturms auf der Oberfläche ergreifen fremde Wesen von Troi, Data und O'Brien Besitz. Sie beamen zurück auf die Enterprise und reißen die Kontrolle über das Schiff an sich.
Worf ist durch einen Unfall querschnittgelähmt. Er will gemäß der klingonischen Tradition Selbstmord begehen. Riker soll ihm dabei helfen, doch Dr. Crusher will dies nicht zulassen. Sie setzt ihre Hoffnung auf eine lebensgefährliche Operation.
Bei der Rettungsaktion eines J'naii-Shuttles verliebt sich Soren, eine J'naii, in Riker. Da die J'naii eigentlich keine unterschiedlichen Geschlechter kennen, macht Soren sich mit ihrem Verhalten strafbar.
Bei der Kollision mit einem anderen Schiff wird die Enterprise zerstört. Die Besatzung ist in einer Zeitschleife gefangen, so dass sich das Unglück ein ums andere Mal wiederholt. Erst nach und nach bemerken Picard, Riker & Co., dass alles was passiert, sich bereits zuvor ereignet hat. Um der Schleife zu entrinnen, setzen sie alles auf eine Karte.
Captain Picard soll an einer Feier an der Sternenflottenakademie teilnehmen. Da erhält er eine beunruhigende Nachricht: Wesley Crusher, der dort gerade studiert, ist mit vier Kameraden während eines Formationsfluges verunglückt. Die Untersuchung des des Unfalls ergibt einige Ungereimtheiten. Picard drängt Wesley, die Wahrheit über den Vorfall zu offenbaren.