Ein amerikanischer Geschäftsmann stirbt kurze Zeit nach seiner Ankunft in Washington. Scully stellt bei der Autopsie fest, dass er schon in Bombay, wo er ins Flugzeug stieg, tot gewesen sein muss. Doch wie soll ein Toter um die halbe Welt gereist sein? Scullys Theorie, dass der Körper als Unterschlupf für jemanden diente, der auf diese Weise illegal in die USA einreiste, hält Doggett allerdings für völlig abwegig. Doch wenig später kommt es zu zwei ähnlichen Fällen. Ein zwölfjähriger Junge bringt sie dann auf die richtige Spur.
In Pennsylvania besucht Doggett eine Familie, die ein Jahr zuvor schon der inzwischen verschwundene Mulder aufgesucht hatte. Der hatte im Fall einer verschwundenen Frau ermittelt. Die Familie und der örtliche Sheriff behaupten allerdings, Mulders damaliger Besuch sei auf Grund eines Missverständnisses erfolgt. Aber dann findet Doggett Hinweise, dass er belogen wird: Mulder muss ein zweites Mal dort gewesen sein.
Ein neuer Psychokristall der Kronenkönigin entzieht Zach sämtliche Lebenskraft. In einem Wettlauf gegen die Zeit versuchen die restlichen Galaxy Rangers, ihren Anführer zu retten.
Saber Rider & Co. erfahren von den Geschwistern Todd und Tina, dass Outrider mittels Implantate die Bewohner eines Regenbogenplaneten kontrollieren. Nun soll die Schreckensherrschaft ein Ende finden.
Bei einer Wahl erhält Kiera einen ersten Eindruck davon, was eine politische Intrige bedeutet. Im Fall des Todes einer investigativen Journalistin weisen alle Indizien in Richtung Carlos.
Innerhalb eines Tages geschehen zwei Selbstmorde. Kiera und Carlos sehen eine Verbindung: ein dubioses Videospielunternehmen, das noch etwas anderes macht als Spiele zu entwickeln.
Catherine, Beal und Wasif landen in einer ihnen unbekannten Welt und müssen mit einer außerirdischen Kriegerin kämpfen.
Die Enterprise empfängt ein Notsignal der Jenolan, die seit 75 Jahren vermißt wird. Aus ihren Transportermustern kann Geordi Captain Scott retten. Dieser ist von der neuen Enterprise und ihrer Crew begeistert. Doch der Enterprise droht dasselbe Schicksal wie der Jenolan.
Einige Besatzungsmitglieder leiden unter Gedächtnislücken. Riker kann keinen Schlaf finden und Geordi hat Probleme mit seinem Visor. Der Grund dafür scheint in den plötzlich erhöhten Tetryon-Emissionen im Frachtraum zu liegen.
Die junge Amanda absolviert ein Praktikum an Bord der Enterprise. Was die Crew zunächst nicht ahnt: Das Mädchen verfügt über telekinetische Fähigkeiten, mit denen sie Commander Riker sogar einmal das Leben rettet. Plötzlich taucht Q an Bord auf. Er behauptet, Amanda sei eine echte Q und will sie deshalb mit ins Kontinuum nehmen. Picard ist damit allerdings überhaupt nicht einverstanden.
In Boston wird ein Bahnpolizist mit schrecklichen Verstümmelungen in einem U-Bahnabteil aufgefunden. Zusammen mit einer kleinen Gruppe von Spezialisten ermittelt Agent Doggett unter der Erde, während Dana Scully den Einsatz von der Verkehrsleitzentrale aus überwacht. Kurz darauf weist einer der Männer die gleichen Verätzungen auf, die an dem Toten festgestellt wurden. Als Doggett in einem stillgelegten Tunnel drei weitere Leichen findet, eskaliert die Situation.
Ein gewisser Duffy Haskell erzählt Scully eine abstruse Geschichte: Er behauptet, seiner Frau sei während der Geburt von Ärzten ihr Baby gestohlen worden, und anschließend wurde sie selbst umgebracht. Doch Scully glaubt ihm nicht - bis sie die hochschwangere Mary Hendershot kennen lernt, die eigentlich unfruchtbar ist und fest davon überzeugt ist, dass ihr Kind während einer Entführung durch Außerirdische entstanden ist. Auch sie hat Angst, dass ihr die Ärzte das Baby wegnehmen.
Richie Szalay ist in Montana auf der Suche nach seinem Freund Gary, der kurz vor Mulder von Aliens entführt wurde. Dabei stößt er nachts in einem Feld auf die schwer verletzte Teresa Hoese, die ebenfalls von Außerirdischen gekidnappt wurde. Doggett aber glaubt mehr an ein Ritualverbrechen einer Sekte und schaltet die FBI-Agentin Monica Reyes ein. Tatsächlich stoßen die Beamten bei der Durchsuchung einer nahe gelegenen Farm auf den gesuchten Sektenführer Absalom.
Drei Monate nach der Beerdigung lässt Direktor Skinner gegen Doggetts Willen Mulders Leiche exhumieren, denn dessen Körper gibt immer noch Vitalzeichen von sich. Doggett erfährt von dem selbsternannten Endzeitpropheten Absalom, dass es Plan der Außerirdischen sei, ihre Entführungsopfer nach einer Transformation als Aliens wieder auferstehen zu lassen.
Ben, Lanisha und Devin fahren nach Tombstone, Arizona. Dort wollen sie im historischen Bird-Cage-Theater eine Videoaufnahme aus dem Jahr 2008 überprüfen, auf der angeblich in einem Spiegel das Bild eines Mannes in einem Sarg auftaucht. In der Zwischenzeit überprüft Bills Team mysteriöse Lichter, die über einer Autobahn in Los Angeles zu sehen sein sollen.
Beckett (Paul McGillon) will das Hoffaner Protein erforschen, weil er sich für seine Verbreitung verantwortlich fühlt. Sheppard (Joe Flanigan) hat noch eines von Michaels Laboratorien gefunden. Mit Beckett will er zum betreffenden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben. Ein Einheimischer lässt dennoch eines der Wesen - einer gefährlichen Vorstufe zu einem Mensch-Iratus-Hybrid - frei, da es einst seine Frau war. Und so fordert das Monster einige Opfer.
In einem von Michaels Laboren hat die Crew Daten gefunden, die Dr. Keller (Jewel Staite) in die Lage versetzten, eine Gentherapie für die Wraith zu entwickeln, damit sie sich fortan normal ernähren können. Sie trifft sich mit ihrem alten Freund Todd, um ihn für den Vorschlag zu gewinnen, die Therapie an einem Wraith aus seiner Allianz zu testen. Dafür muss allerdings erst die Erlaubnis der Königin der Königinnen, die Urmutter der Wraith, eingeholt werden und das wiederum bedarf einiger List.
Aus dem Nachlass von Catherine Langford, die einst das Stargate entdeckte, erhält Daniel ein Buch. In ihm findet er den Hinweis auf ein Zero-Point-Modul, das sich offenbar im alten Ägypten im Besitz des Goa'uld Ra befand. Daniel überredet daraufhin O'Neill zu einer Zeitreise, um sich dieses wichtige Stück Antikertechnologie zu sichern. Eine heikle Mission, denn die Zeitlinie darf während der Reise nicht beeinflusst werden, damit das Team wohlbehalten zurückkehren kann.
Die Vergangenheit wurde durch die Zeitreise des SG-1-Teams verändert. Alternative Ichs der Mitglieder reisen nach Chulak, wo sie auf Teal'c treffen. Weil dieser sie nicht erkennt, lässt er sie gefangen nehmen. Doch O'Neill kann ihn schließlich überzeugen. Den Goa'uld gelingt es unterdessen, einen der ihren in Daniel zu implantieren.
Lieutenant Colonel Mitchell stößt als neues Mitglied zum SG-1-Team. Doch ihn erwartet zunächst eine bittere Überraschung: Von General Landry erfährt er, dass sich das Team aufgelöst hat. Carter befindet sich in der Area 51, Daniel steht kurz vor seiner Abreise nach Atlantis und Teal'c hat die Mannschaft verlassen, um bei seinem Volk zu leben. Als allerdings Vala mit einer Schatzkarte zurückkehrt, beschließt Mitchell, das SG-1-Team wieder zu vereinen.
Nachdem Vala mit einer Schatzkarte zurückgekehrt ist, beschließt Mitchell, das aufgelöste Team von SG-1 wieder zu vereinen, um gemeinsam nach dem Schatz zu suchen. Auf ihrer Suche widerfährt Daniel und Vala Seltsames: Sie werden anscheinend in die Körper zweier fremder Personen befördert und befinden sich auf einem Planeten in einer fernen Galaxie. Die Bewohner dort verehren einen ausgesprochen sonderbaren Anführer.
Als Susans beste Freundin Priya heiraten will, gibt Susan alles dafür, dass die geplante Hochzeit nicht zum Albtraum wird. Währenddessen hält das "Donovan House" das Team auf Trab.
Asta beseitigt gemeinsam mit Harry und D'arcy eine Leiche. Kurz darauf plagen sie jedoch starke Schuldgefühle.
Die Vampir-Prüfung steht kurz vor der Tür und Reginald muss schnellstmöglich einen Weg finden, die verschiedenen Tests zu überstehen. Gelingt es dem Blutsauger rechtzeitig, einen Plan zu schmieden?
Die Leiche des getöteten Demonstranten regt sich. Aus der Narkose erwacht, findet McDermott einen Zahn in seiner Wunde. Dr. Logan erlebt bei der Erkundung der Baugrube eine böse Überraschung.
Als Susans beste Freundin Priya heiraten will, gibt Susan alles dafür, dass die geplante Hochzeit nicht zum Albtraum wird. Währenddessen hält das "Donovan House" das Team auf Trab.
Saber Rider & Co. erfahren von den Geschwistern Todd und Tina, dass Outrider mittels Implantate die Bewohner eines Regenbogenplaneten kontrollieren. Nun soll die Schreckensherrschaft ein Ende finden.
Beckett (Paul McGillon) will das Hoffaner Protein erforschen, weil er sich für seine Verbreitung verantwortlich fühlt. Sheppard (Joe Flanigan) hat noch eines von Michaels Laboratorien gefunden. Mit Beckett will er zum betreffenden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben. Ein Einheimischer lässt dennoch eines der Wesen - einer gefährlichen Vorstufe zu einem Mensch-Iratus-Hybrid - frei, da es einst seine Frau war. Und so fordert das Monster einige Opfer.
In einem von Michaels Laboren hat die Crew Daten gefunden, die Dr. Keller (Jewel Staite) in die Lage versetzten, eine Gentherapie für die Wraith zu entwickeln, damit sie sich fortan normal ernähren können. Sie trifft sich mit ihrem alten Freund Todd, um ihn für den Vorschlag zu gewinnen, die Therapie an einem Wraith aus seiner Allianz zu testen. Dafür muss allerdings erst die Erlaubnis der Königin der Königinnen, die Urmutter der Wraith, eingeholt werden und das wiederum bedarf einiger List.
Bills Team ist Richtung Humble in Texas unterwegs. In "Colburn's Bar" soll angeblich durch das Zutun eines Poltergeistes ein Aschenbecher explodiert sein. Bens Team hält sich unterdessen im mexikanischen Calacoaya auf. Dort will es Filmaufnahmen überprüfen, die eine fliegende Hexe zeigen sollen.
In Boston wird ein Bahnpolizist mit schrecklichen Verstümmelungen in einem U-Bahnabteil aufgefunden. Zusammen mit einer kleinen Gruppe von Spezialisten ermittelt Agent Doggett unter der Erde, während Dana Scully den Einsatz von der Verkehrsleitzentrale aus überwacht. Kurz darauf weist einer der Männer die gleichen Verätzungen auf, die an dem Toten festgestellt wurden. Als Doggett in einem stillgelegten Tunnel drei weitere Leichen findet, eskaliert die Situation.
Ein gewisser Duffy Haskell erzählt Scully eine abstruse Geschichte: Er behauptet, seiner Frau sei während der Geburt von Ärzten ihr Baby gestohlen worden, und anschließend wurde sie selbst umgebracht. Doch Scully glaubt ihm nicht - bis sie die hochschwangere Mary Hendershot kennen lernt, die eigentlich unfruchtbar ist und fest davon überzeugt ist, dass ihr Kind während einer Entführung durch Außerirdische entstanden ist. Auch sie hat Angst, dass ihr die Ärzte das Baby wegnehmen.
Richie Szalay ist in Montana auf der Suche nach seinem Freund Gary, der kurz vor Mulder von Aliens entführt wurde. Dabei stößt er nachts in einem Feld auf die schwer verletzte Teresa Hoese, die ebenfalls von Außerirdischen gekidnappt wurde. Doggett aber glaubt mehr an ein Ritualverbrechen einer Sekte und schaltet die FBI-Agentin Monica Reyes ein. Tatsächlich stoßen die Beamten bei der Durchsuchung einer nahe gelegenen Farm auf den gesuchten Sektenführer Absalom.