Die Enterprise ist 200 Jahre in die Vergangenheit gereist. Doch die Geschichte ist manipuliert worden und die Nazis besetzten den Big Apple. Archer erkennt, dass sich unter den Nazis Aliens befinden, die für die Veränderung der Geschichte verantwortlich sind. Die haben unter der Führung von Vosk mit dem Bau einer Zeitmaschine begonnen, deren Einsatz die gesamte Zukunft für immer verändern würde. Da Mayweather und Trip von den Aliens gefangen genommen wurden, heißt es friedlich vorzugehen.
Vosk vereinbart mit Archer die Auslieferung von Mayweather und Trip , wenn er ihm im Gegenzug hilft, einen Tunnel in seine Zeit zu bauen. Archer willigt ein und prompt werden die Besatzungsmitglieder zurück auf die Enterprise gebeamt. An Bord stellt sich allerdings heraus, dass es sich bei Trip in Wirklichkeit um Silk handelt, der die Gestalt des Chefmechanikers angenommen hat. Als Vosk die Enterprise mit einer Plasmakanone beschießt, versucht Archer Silk zu einer Rettungsmission für Trip zu überreden.
Die Crew der Enterprise kehrt auf die Erde zurück. In einer Bar trifft Archer auf seine alte Freundin Erika , die inzwischen selbst Captain ist. Doch die Geschehnisse der letzten Jahre lassen Archer keine Ruhe. Bei einer Diskussion mit dem vulkanischen Botschafter Soval , der Archer für das Schicksal der Crew der Seleya verantwortlich macht, rastet dieser aus und wird von Forrest aufgefordert, Urlaub zu nehmen. Unterdessen muss Phlox einsehen, dass Außerirdische auf der Erde nicht mehr überall willkommen sind.
Arik Soong , Ur-Ur-Großvater von Data-Erfinder Dr. Noonien Soong, stahl vor 20 Jahren Embryonen, die er genetisch verbesserte und das Volk der Augments erschuf. Als genau dieses Volk ein klingonisches Schiff kapert und die Besatzung tötet, nimmt die Enterprise die Verfolgung auf. Dabei wird die Crew der Enterprise allerdings im Borderland vom Volk der Orions angegriffen und als Sklaven verkauft. Kann Archer mit Soongs Hilfe seine Crew aus den Fängen der Orions befreien?
Nachdem Bens ursprünglich verfolgte Strategie gescheitert ist, bringt sein Ersatzplan sein eigenes, aber auch Elenas Leben in Gefahr. Laura umgeht die offizielle SPIGA-Firmenpolitik, um das Leben eines Herzpatienten zu retten. Unterdessen erklärt sich Julian damit einverstanden, dass Ben ihm bei der Suche nach einem Mörder hilft.
Ben und Theo suchen weiter nach Informationen aus der Vergangenheit und treffen dabei auf Hendricks , dem sie eine Festplatte mit Aarons neuronalen Daten abjagen. Ben glaubt, er müsse sich seiner Vergangenheit als Aaron stellen, um Elena retten zu können. Unterdessen macht sich bei Laura in der Klinik Ernüchterung breit. Die Patienten bestehlen sie, die Ausstattung ist mangelhaft, und zu allem Überfluss kommt auch noch ihre Mutter dort vorbei, die sie auffordert, die Klinik zu schließen.
Böse Überraschung im Stargate-Center: Von einer Mission kommt das SG-1-Team in doppelter Ausführung zurück. Die Kopien von Sam, Daniel und Teal'c sind genetisch nicht von den Originalen zu unterscheiden und sorgen für heftige Verwicklungen.
Ba'al entführt Mitglieder des Hohen Rates der Jaffa und unterzieht sie einer Gehirnwäsche. So will er die Jaffa unter seine Kontrolle bringen. Währenddessen steht Mitchell vor einer schwierigen Entscheidung: Er weiß nicht, ob er einem sterbenden Freund Details über das Programm von SG-1 verraten kann.
Daniels, ein Mann aus der Zukunft, berichtet Archer , dass im Jahr 2004 auf der Erde drei Xindi-Reptilianer entdeckt wurden. Als sich Archer und T'Pol auf die Suche machen, treffen sie auf einen Mann namens Loomis, der ein Geheimnis zu verbergen scheint. Unter Druck vertraut er Archer und T'Pol an, dass er den Xindi Menschen mit verschiedenen Blutgruppen liefern muss.
Als die Enterprise auf ein in Not geratenes Schiff stößt, holt Archer deren Besatzung kurzerhand an Bord. Was er nicht ahnt: D'Jamat, der Captain des fremden Schiffes, hat in Wahrheit nur die Absicht, die Enterprise einzunehmen. Er droht damit, seine Crew zu töten, wenn Archer nicht kooperiert. Zur Demonstration lässt er sogar einen seiner Männer Selbstmord begehen, wobei auch ein Mitglied der Besatzung der Enterprise ums Leben kommt. Archer sieht keinen anderen Ausweg, als sein Schiff an D'Jamat zu übergeben.
Feindliche Außerirdische haben die Erde erobert und das gesamte Kernwaffenarsenal zerstört. Die Aliens stellen die Menschen vor die Wahl: Entweder sie emigrieren freiwillig und siedeln sich auf einem anderen Planeten an, oder sie werden eliminiert. Die meisten sind bereit, sich ihrem Schicksal zu fügen. Nur der Präsident der Vereinigten Staaten von Amerika will die Invasoren bekämpfen und die Wahrheit hinter deren Umsiedlungsplänen herausfinden, bevor die gesamte Menschheit ausgelöscht wird.
Worf kommt nach dem Urlaub auf die Enterprise zurück und erlebt dort wunderliche Dinge. So steht trotz seines Sieges bei einer Sportveranstaltung auf dem Pokal "Neunter Platz". Deanna beharrt darauf, mit ihm verheiratet zu sein, und Geordi ist tot. Schließlich ist Worf so verwirrt, dass Data den Dingen auf den Grund geht.
Admiral Pressman bittet die Enterprise-Crew, ihm bei der Suche nach seinem verschollenen Schiff, der Pegasus, zu helfen. Captain Picard sagt ihm seine Unterstützung zu, aber auch die Romulaner wollen die Pegasus ausfindig machen. Als die Enterprise-Besatzung schließlich das Raumschiff inmitten eines Asteroiden entdeckt, lauern die Romulaner ihr schon an Bord auf.
Lt. Hector Ilario wurde in seinem Quartier ermordet. Die Tatwaffe ist ein Projektilgewehr, das aus kürzester Entfernung abgefeuert wurde. Während seine Kameraden noch um ihn trauern, gibt es bereits den nächsten Todesfall. Das Opfer ist Lt. Vanderwick. Ein Motiv ist auch hier nicht zu erkennen. Sisko erteilt daraufhin Ezri Dax den Auftrag, die Mordserie aufzuklären. Obwohl sie große Angst vor ihm hat, bittet Ezri den Mörder Joran um Hilfe.
Odo und O'Brien sind mit ihrem Shuttle auf dem Heimweg nach Deep Space Nine, als plötzlich ein riesiges mysteriöses Wesen auftaucht. Nachdem der Runabout kräftig durchgeschüttelt wurde, kommt das Wesen in menschlicher Gestalt an Bord. Sein Name ist Laas . Er ist wie Odo ein Gestaltwandler. Nachdem sich die beiden nähergekommen sind, versucht Laas, Odo zu überreden, ihn auf eine Forschungsreise zu begleiten. Doch Odo zögert, müsste er dann doch Kira verlassen.