Count Dooku lässt die Töchter von Papanoida, des frisch gewählten Vorstehers von Pantora, entführen. Mit diesem Druckmittel will er Papanoida dazu zwingen, mit Pantora zu den Separatisten überzulaufen. Ahsoka, Senator von Pantora und Riyo Chuchi arbeiten zusammen, um Papanoida und seinem Sohn Ion zu helfen, dessen Schwestern zu befreien.
Die Menschheit muss die Erde gegen eine UFO-Invasion verteidigen, die die Zerstörung des Planeten zum Ziel hat. Während die entscheidende Schlacht tobt, schaffen es einige Astronauten, an Bord des Alien-Mutterschiffs zu gelangen. Dort finden sie ein Portal, das in die Heimatwelt der Aliens führt. Bevor sie getötet werden, gelingt es den Männern, diese Information weiterzugeben. Eine Eliteeinheit macht sich auf den Weg durch das Portal, in der verzweifelten Hoffnung, so die Erde retten zu können.
In Hongkong wird der Straßenkünstler Chan Ho Yin von Raina entführt, der mysteriösen Frau im Blumenkleid. Grund dafür ist Chans ungewöhnliche Fähigkeit, Feuer zu erzeugen. Coulson glaubt daher, Skye hätte wichtige Informationen an ihre ehemaligen Auftraggeber von "Rising Tide" durchsickern lassen. In Asien sieht sich das Team jedoch plötzlich mit dem Projekt "Centipede" konfrontiert. Mit Hilfe eines Serums wollen dessen Wissenschaftler die pyrokinetische Begabung von Chan alias Scorch steigern.
Eine Reihe mysteriöser Todesfälle beschäftigt Coulson und seine Leute. Besonders merkwürdig ist, dass die Leichen in der Luft schweben. Bald stellt sich heraus, dass ein außerirdischer Virus für die Vorfälle verantwortlich ist. Offensichtlich entstammt es einem Chitauri-Helm, der nach der Schlacht um New York gefunden wurde. Dieses Virus verwandelt die Infizierten in elektrostatische Bomben. Als auch Simmons angesteckt wird, beginnt für das Team ein Wettlauf gegen die Zeit.
Captain Archer erhält den Auftrag, die vulkanische Botschafterin V'Lar zu ihrem Schiff zurück zu bringen. Als sie an Bord geht, gerät die Enterprise von einem Mazariten-Schiff unter Beschuss. Die Forderung: V'Lar sofort herauszugeben. Archer stellt die Diplomatin zur Rede, die sich aber strikt weigert Details über Identität und die Motive der Angreifer zu geben. Als die Enterprise plötzlich von mehreren feindlichen Schiffen angegriffen wird, ist die gesamte Besatzung in erheblicher Lebensgefahr.
Als Dank für eine Reparatur an seinem Schiff lädt ein gewisser Zobral Archer und Tucker auf seinen Wüstenplaneten ein. Unterdessen erfährt T'Pol , dass es sich bei Zobral und seinen Männern um vermeintliche Terroristen handelt. Wie sich aber herausstellt, herrscht auf dem Planeten ein altes Kastensystem, in der die diktatorische Elite die niederen Bewohner knechtet. Alle juristischen Vorgehen gegen die Diktatur hatten keinen Erfolg und so erhoffen sich die Bewohner Hilfe von Archer, der im Weltall als Krisenmanager bekannt ist.
Die Besatzung der Enterprise birgt den Flugschreiber der 200 Jahre alten U.S.S. Valiant. Dieses Schiff ist weiter ins Weltall vorgedrungen, als bisher vermutet. Die Enterprise durchstößt während der Bergung eine merkwürdige Barriere. Durch das folgende Energiegewitter entwickeln Dr. Dehner und Steuermann Mitchell übersinnliche Kräfte. Die Sicherheit des ganzen Schiffes ist dadurch bedroht.
Die Enterprise-Crew soll eine Gruppe Wissenschaftler von dem sterbenden Planeten Psi 2000 retten. Mr. Spock und Joe Tormolen beamen auf den Planeten, doch sie finden nur noch die Leichen der Forscher vor. Kurz nach ihrer Rückkehr auf das Schiff bricht eine mysteriöse Krankheit an Bord aus. Auch Spock wird davon befallen und verhält sich ausgesprochen aggressiv. Dr. McCoy vermutet, dass es sich um ein unbekanntes Virus handelt.
Vor 10.000 Tagen krachte der Komet "23" mit der vielfachen Kraft einer Atombombe auf die Erde und verursachte eine neue Eiszeit. Die Clans der Stadt rückten zusammen, doch nach einem Streit über die Herrschaft einer beheizten Anlage werden sie zu Einzelkriegern im Kampf um das Überleben. Als Familie Beck zufällig den Jungen der befeindeten Familie Farnwell entdeckt, wird ihnen seine Entführung unterstellt. Doch etwas schlummert tief unter dem Eis, das alles verändern wird.
S.H.I.E.L.D.-Chefagentin Viktoria Hand hat einen streng geheimen Spezialauftrag für Fitz und Ward . Die beiden sollen im Kaukasus ein Waffensystem mit dem Namen "Overkill" ausschalten. Während sich die Agenten auf den Weg machen, versuchen Skye und Simmons , mehr über den Auftrag zu erfahren. Dabei entdecken sie, dass ihre Kollegen Fitz und Ward für die Mission geopfert werden sollen. Coulson entschließt sich einzuschreiten.
In Norwegen weckt eine heidnische Gruppe um ihren Anführer Nystrom das Interesse der S.H.I.E.L.D.-Agenten. In einem gefällten, uralten Baum haben Nystrom und seine Gruppe ein Artefakt entdeckt, das allen Menschen, die es berühren, übernatürliche Kräfte und unglaubliche Aggressivität verleiht. Ein spanischer Wissenschaftler behauptet, das Artefakt wäre eines von drei Teilen des Asgard-Stabes eines Berserkers. Als Ward damit in Berührung kommt, sieht er sich mit seinen schlimmsten Erinnerungen konfrontiert.
Commander Chakotay entdeckt auf einem fremden Planeten ein in die Erde eingebranntes Symbol, das schon seine Vorfahren verwendet haben, um das Land "zu heilen". Er erinnert sich an Mythen seiner indianischen Vorfahren, die von übernatürlichen Wesen - den "Geistern des Himmels" - handelten. Mit einem spirituellen Ritual versucht er Kontakt zu ihnen aufzunehmen.
Die Crew der Voyager trifft auf Suspiria, die Freundin des Fürsorgers. Captain Janeway hofft, dass Suspiria die Voyager mit ihren Fähigkeiten zurück in die Milchstraße bringen kann. Kes nimmt unterdessen Kontakt mit den Nachfahren der Okampa auf. Die bestärken Kes, ihre mentalen Fähigkeiten auszubauen.
Die Crew der Enterprise schaut einem Urlaub auf dem Ferien-Planeten Risa entgegen. Archer , Tucker , Reed , Sato und Mayweather wurden auserkoren, um dort ein paar Tage abzuschalten. Aber auch auf dem Schiff entspannt die Besatzung: Dr. Phlox wurde von Cutler in einen zweitägigen Winterschlaf versetzt. Während Archer die Bekanntschaft einer zweifelhaften Tandaranin macht, verliebt sich Sato in einen rätselhaften Mann namens Ravis.
Ein Außenteam der Enterprise nimmt Kurs auf die Kolonie der Paaraganer. Weil die Atmosphäre des Planeten leicht entzündlich ist, darf kein Plasma aus dem Antrieb des Shuttles nach außen dringen. Plötzlich wird das Shuttle von einer mächtigen Schockwelle, die auch die gesamte Population der Kolonie ausgelöscht, erschüttert. In Folge dessen kommen Admiral Forrest und seine Berater auf den Entschluss, die Mission der Enterprise abzubrechen. Archer findet sich unterdessen in der Vergangenheit wieder: Kann er von der parallelen Zeitlinie aus die Mission der Enterprise retten?
Das SG1-Team landet auf dem Planeten P3X97 auf dem es zwei unterschiedliche Arten von Bewohnern gibt. Im Gegensatz zu den kultivierten Bewohnern der hellen Seite des Planeten, benehmen sich die Bewohner der dunklen Seite brutal und rücksichtslos. Nach dem das SG-1-Team von dem fremden Planeten zurückkehrt, weisen einzelne Mitglieder unnatürliche Verhaltensweisen auf und gleichen den brutalen Bewohnern der dunklen Seite. Nur Teal'C und Daniel bleiben von den Mutationen verschont und müssen auf den Planeten P3X97 zurückkehren, um ein Heilmittel für die Infizierten zu finden.
Captain Jonas Hanson und sein SG-9-Team sind auf einem Planeten verschollen. Auf der Suche nach ihnen landet das SG-1-Team auf dem seltsamen Planeten und entdeckt, dass die vermisste Truppe von einheimischen Höhlenbewohnern als Götter verehrt wird. Der Leiter von SG-9 hält sich mittlerweile selbst für einen Gott und zwingt die Bewohner, die alten Goa'Uld-Tempel wieder aufzubauen. Wer nicht gefügig ist, muss in der prallen Sonne eines leidvollen Todes sterben. Einen Gott zu stürzen wird für SG-1 keine leichte Aufgabe, zumal es direkt nach seiner Ankunft gefangengenommen wird.
Nachdem die Herzogin Satine den Planeten zur neutralen Zone erklärt hat, wird die Lage auf Mandalore immer ernster. Die Versorgung der Bevölkerung ist durch die Blockade längst nicht mehr gewährleistet, die Korruption wächst und die Stimmung unter den Menschen ist zunehmend verzweifelt. Als Senatorin Padme Amidala Mandalore besucht, um die Lage zu beruhigen, stößt sie auf ein Komplott.
Ashoka soll als Lehrerin an einer Führungsakademie auf Mandalore arbeiten, um undercover jene korrupten Machenschaften aufzudecken, die zu der desaströsen Versorgungslage auf dem Planeten geführt haben. Gleichzeitig findet Satines Neffe heraus, dass ein enger Vertrauter seiner Tante, Ministerpräsident Almec, einer der Hauptverantwortlichen für die Misere ist.
Ashoka wird immer wieder von Visionen heimgesucht, in denen Aurra Sing noch lebt und versucht, die Senatorin Padmé Amidala zu töten. Spätestens, als Ashoka die Senatorin auf ihrer Reise zur Konferenz von Senator Bail Organa begleiten und beschützen soll, muss sie sich ihren eigenen Ängsten stellen.
Während C-3PO und R2-D2 dem Auftrag nachgehen, eine besondere Frucht zu besorgen, werden sie von dem Kopfgeldjäger Cade Bane gekidnappt. Der soll für Jabba the Hutt dessen Onkel Ziro aus dem Gefängnis holen. Um dies durchzuführen, könnten die Datenbanken der beiden Droiden eine wichtige Hilfe sein.
Die Killjoys verfolgen die Spur eines Black-Root-Schiffes zu einem strahlungsverseuchten Planeten. Dort finden sie ein verlassenes Trainingscamp der Hullen, unheimliche Bewohner und eine überraschende Verbindung zu ihrer Vergangenheit.
Ein Angriff aus dem Hinterhalt hat zur Folge, dass Dutch (Hanna John-Kamen) und Johnny die Hilfe von Pree mit seinen Erfahrungen als ehemaliger Warlord suchen. Unterdessen versucht D'avin , einem schwarzen Haftbefehl auf den Grund zu gehen, der ganz unerwartet persönlich wird.
Nach einer Transporterfehlfunktion wird Captain Kirk in zwei Personen gespalten. Plötzlich gibt es einen guten und einen bösen Kirk. Zunächst bemerkt niemand, dass der Captain nun einen Doppelgänger hat. Als er sich aber immer seltsamer verhält, schöpft Spock schließlich Verdacht.
Die Enterprise verfolgt ein unregistriertes Frachtschiff bis in einen Asteroidengürtel. Die vier Personen an Bord werden auf die Enterprise gebeamt. Es handelt sich um den Gauner Harry Mudd und drei verführerische Frauen. Bei der Verfolgung des Schiff hat die Enterprise beinahe alle Lithiumkristalle aufgebraucht, die für den Antrieb gebraucht werden. So landen sie auf Rigel XII, einem Planeten mit Lithiumminen, wo Mudd eigentlich die Frauen verkaufen wollte.
Commander Chakotay entdeckt auf einem fremden Planeten ein in die Erde eingebranntes Symbol, das schon seine Vorfahren verwendet haben, um das Land "zu heilen". Er erinnert sich an Mythen seiner indianischen Vorfahren, die von übernatürlichen Wesen - den "Geistern des Himmels" - handelten. Mit einem spirituellen Ritual versucht er Kontakt zu ihnen aufzunehmen.
Die Crew der Voyager trifft auf Suspiria, die Freundin des Fürsorgers. Captain Janeway hofft, dass Suspiria die Voyager mit ihren Fähigkeiten zurück in die Milchstraße bringen kann. Kes nimmt unterdessen Kontakt mit den Nachfahren der Okampa auf. Die bestärken Kes, ihre mentalen Fähigkeiten auszubauen.
Während des Kampfes um die Stadt geraten Warren und die Gang in die Gewalt von The Man und seinen Leuten. Murphy hingegen schafft es, mit seinem neu gebildeten Team zu fliehen. Ohne dies voneinander zu wissen, bewegen sich die beiden Gruppen in die gleiche Richtung.
Murphy arbeitet weiter erfolgreich daran, seinen Kult und seine neue Ordnung zu etablieren. Währenddessen führt Warren ihr neues Team in eine bizarre, fremde Stadt, in der es nur einen Einwohner gibt.
Der von Murphy gegründete neue Kult zieht immer mehr Menschen an. 10K , der Murphy und seine Mission angezweifelt hatte, muss einen hohen Preis dafür bezahlen. Währenddessen finden sich Warren und ihre neue Gang mitten in einem Krieg wieder.
Nachdem die Herzogin Satine den Planeten zur neutralen Zone erklärt hat, wird die Lage auf Mandalore immer ernster. Die Versorgung der Bevölkerung ist durch die Blockade längst nicht mehr gewährleistet, die Korruption wächst und die Stimmung unter den Menschen ist zunehmend verzweifelt. Als Senatorin Padme Amidala Mandalore besucht, um die Lage zu beruhigen, stößt sie auf ein Komplott.
Ashoka soll als Lehrerin an einer Führungsakademie auf Mandalore arbeiten, um undercover jene korrupten Machenschaften aufzudecken, die zu der desaströsen Versorgungslage auf dem Planeten geführt haben. Gleichzeitig findet Satines Neffe heraus, dass ein enger Vertrauter seiner Tante, Ministerpräsident Almec, einer der Hauptverantwortlichen für die Misere ist.
Ashoka wird immer wieder von Visionen heimgesucht, in denen Aurra Sing noch lebt und versucht, die Senatorin Padmé Amidala zu töten. Spätestens, als Ashoka die Senatorin auf ihrer Reise zur Konferenz von Senator Bail Organa begleiten und beschützen soll, muss sie sich ihren eigenen Ängsten stellen.
Während C-3PO und R2-D2 dem Auftrag nachgehen, eine besondere Frucht zu besorgen, werden sie von dem Kopfgeldjäger Cade Bane gekidnappt. Der soll für Jabba the Hutt dessen Onkel Ziro aus dem Gefängnis holen. Um dies durchzuführen, könnten die Datenbanken der beiden Droiden eine wichtige Hilfe sein.
Nachdem die Menschen angefangen haben fremde Planeten zu besiedeln, bricht ein intergalaktischer Bürgerkrieg aus. In der United States Space Command Militärakademie werden die Kadetten für den Krieg gegen einen scheinbar unüberwindbaren Feind ausgebildet. Kadett Thomas Lasky wird jedoch von Zweifeln an seinen Fähigkeiten geplagt. Als die Akademie Ziel eines außerirdischen Angriffs wird, ist es an Lasky und einem unbekannten "Supersoldaten", das Überleben der Menschheit zu sichern.