Um ihre Vorräte an Deuterium aufzufüllen, fliegen Captain Archer , T'Pol und Tucker zu einem fremden Planeten. Obwohl dort die Deuteriumvorkommen rar sind, gelingt es Archer den Handel mit dem Anführer der Siedler, Tessic , abzuschließen. Die Kolonie ist trotz der florierenden Geschäfte arm geblieben. Der Grund: Räuberische Klingonen fallen über die Kolonie her und stehlen die wertvollen Ressourcen.
In Videoaufnahmen aus dem Jahre 1945 entdecken Daniel und Jack, das das Stargate schon früher einmal aktiv war. Ernest Littlefield, Wissenschaftler und Ex-Verlobter von Catherine Langford, ist damals durch das Tor gegangen und kam bis heute nicht zurück. Daniel sucht seine alte Freundin Catherine auf, um sie zu den Vorfällen von damals zu befragen. Das SG-1 Team und Catherine reisen daraufhin auf den Planeten, in der Hoffnung Ernest dort vorzufinden. Sie entdecken den gealterten Wissenschaftler in einem riesigen Raum, der einst als Treffpunkt für verschiedene Alien-Zivilisationen diente.
Nach langer Diskussion mit General Hammond gewährt er dem Team die Reise nach Chulak, dem Heimatplaneten von Teal'C . Dort lebt sein Sohn Rya'C, der mittlerweile in dem Alter ist in dem ihm der Tradition zu Folge eine Goa'Uld-Larve eingepflanzt wird. Teal'C will das unbedingt verhindern und seinen Sohn davor bewahren, ein Jaffa, also ein Sklave von Apophis zu werden. Jedoch gilt Teal'C auf Chulak als Verräter und auch seine menschlichen Freunde sind dort nicht willkommen. Rya'C ist zudem sehr krank und benötigt den Symbionten um nicht sterben zu müssen.
Der Sohn lässt Anakin einen Blick in die Zukunft werfen und hofft, ihn damit auf die dunkle Seite ziehen zu können. Für Anakin bedeutet das immerhin, sich Fragen zu seiner Identität stellen zu müssen. Gleichzeitig müssen Obi-Wan und Ahsoka dafür Sorge tragen, dass der Sohn den Planeten nicht an Bord des Jedi-Schiffes verlässt.
Der Jedi-Meister Even Piell wurde bei seiner Rückkehr von einer gefährlichen Mission von den Separatisten gefangen genommen und in die Zitadelle auf Lola Sayu gebracht, einem Gefängnis, das als absolut ausbruchsicher gilt. Trotzdem stellen die Jedi ein Befreiungskommando zusammen, könnten die Separatisten doch wichtige Informationen aus Even Piell herauspressen.
Die gefangenen Jedis, Klon-Krieger und Droiden schließen sich zusammen, um aus der Zitadelle zu entkommen. Währenddessen unternimmt der Gefängnisleiter, der vor allem Count Dookus Rache fürchtet, alles, um den Gefangenen die Flucht unmöglich zu machen. Den Jedi bleibt am Ende nichts anderes übrig, als getrennt ihr Glück zu versuchen.
Die Jedi-Meister Plo Koon und Saesee Tiin brechen zu einer verzweifelten Rettungsmission auf, um die in die Zitadelle Eingeschleusten herauszuholen, bevor sie für die Jedi überlebenswichtige Informationen entrissen bekommen. Gleichzeit scheint Anakin immer mehr der Ansicht zu sein, dass die Jedi mit ihren Regeln im aktuellen Krieg den Kürzeren ziehen werden.
Die Crew nutzt eine Information, die aus den Erinnerungen des Androiden gewonnen wurde. Die führt sie nach Nova-17, wo man einen Dwarf-Star-Posten vermutet. Als sie in die Umlaufbahn eintreten, beginnt DREI , seltsame Träume zu haben, und wird zunehmend aufgewühlt. Als die Crew den Ort untersucht, stellt sie fest, dass es sich um eine Lagereinrichtung für Hunderte von künstlichen Menschen handelt, die Ähnlichkeit mit ZWEI haben. Bevor sie das näher untersuchen können, trifft ein Mikkei-Zerstörer ein.
ZWEI ist von Ryo gefangen genommen worden. Damit will er die Crew der Raza zwingen, ihm den Blink Drive auszuhändigen. DREI , FÜNF und SECHS nutzen Transfer Transit, um nach Zairon zu reisen und zu versuchen, zu einer Einigung zu kommen. Ryo versucht, seine früheren Kollegen zu überzeugen, ihm den Blink Drive auszuhändigen. Die Umsetzung seiner Pläne wird jedoch von Gegnern in den eigenen Reihen erschwert.
In 13 Episoden begleitet "Dark Matter: After Dark" mit Hintergrundinfos, Interviews und Fan-Gesprächen die brandneue dritte Staffel der Syfy Original Series "Dark Matter".
Auf der Strafkolonie Tantalus V schmuggelt sich der Häftling Van Gelder an Bord der Enterprise. Er bittet um Asyl, da er den Behandlungsmethoden von Dr. Adams entkommen will. Captain Kirk will sich nun selbst ein Bild von Dr. Adams Rehabilitationszentrum machen. Er stellt fest, dass Adams bei seinen Patienten eine Art Gehirnwäsche einsetzt. Bald gerät auch Kirk in die Fänge des Doktors.
Ein würfelförmiges Raumschiff attackiert die Enterprise. Captain Kirk bleibt nichts anderes übrig, als es zu zerstören. Doch damit ist die Gefahr nicht gebannt, denn Spock vermutet, dass das Schiff nur eine Sonde war. Tatsächlich nähert sich bereits ein weiteres gigantisches Raumschiff, dem die Enterprise hilflos unterlegen ist. Der Angreifer fordert die Crew zur Kapitulation auf. Die Lage erscheint aussichtlos, doch Dr. McCoy ersinnt einen Bluff.
Um schneller zur Erde zurückzukommen, konstruiert Tom Paris gemeinsam mit B'Elanna Torres und Fähnrich Kim einen neuartigen Antrieb, mit dem man die Transwarp-Mauer durchbrechen kann. Doch der Jungfernflug mit dem Experimental-Shuttle hat gefährliche Konsequenzen: Tom Paris beginnt zu mutieren.
Ein Crewmitglied der Voyager wird ermordet. Schnell ist der Täter gefunden. Betazoid Lon Suder zeigt bei der Vernehmung durch Tuvok jedoch keine Reue und gibt den Mord sogar offenkundig zu. Mit einer Gedankenverschmelzung will Tuvok den Tathergang rekonstruieren. Bald danach verliert er seine vulkanische Gelassenheit und legt ein immer aggressiveres Verhalten an den Tag.
Als das Murphymobil auf der Suche nach Murphys Tochter Lucy streikt, haben Doc und Addy eine Begegnung mit der Vergangenheit. Sie treffen ihre alten Bekannten Sketchy und Skeezy wieder und erfahren, dass Sketchy plant, sich zum Präsidenten wählen zu lassen.
Warren und ihre Mitstreiter inspizieren Murphytown, um herauszufinden, wie sie Murphy am besten unschädlich machen können. Dabei wird schnell klar, dass sie dafür eine größere Armee brauchen. Warren sucht Hilfe bei dem mysteriösen Escorpion (Matt Cedeño) und seinen Leuten.
Doc und Addy versuchen, Lucys Familie davon zu überzeugen, ihnen zu folgen. Lucy, das fünfjährige Mädchen, das halb Mensch, halb Zombie ist, hat die Fähigkeit, die Untoten zu kontrollieren. Das könnte viele Probleme der Menschen lösen. Unterdessen stellt Murphy die Treue und Zuverlässigkeit von 10K auf den Prüfstand.
Der Sohn lässt Anakin einen Blick in die Zukunft werfen und hofft, ihn damit auf die dunkle Seite ziehen zu können. Für Anakin bedeutet das immerhin, sich Fragen zu seiner Identität stellen zu müssen. Gleichzeitig müssen Obi-Wan und Ahsoka dafür Sorge tragen, dass der Sohn den Planeten nicht an Bord des Jedi-Schiffes verlässt.
Der Jedi-Meister Even Piell wurde bei seiner Rückkehr von einer gefährlichen Mission von den Separatisten gefangen genommen und in die Zitadelle auf Lola Sayu gebracht, einem Gefängnis, das als absolut ausbruchsicher gilt. Trotzdem stellen die Jedi ein Befreiungskommando zusammen, könnten die Separatisten doch wichtige Informationen aus Even Piell herauspressen.
Die gefangenen Jedis, Klon-Krieger und Droiden schließen sich zusammen, um aus der Zitadelle zu entkommen. Währenddessen unternimmt der Gefängnisleiter, der vor allem Count Dookus Rache fürchtet, alles, um den Gefangenen die Flucht unmöglich zu machen. Den Jedi bleibt am Ende nichts anderes übrig, als getrennt ihr Glück zu versuchen.
Die Jedi-Meister Plo Koon und Saesee Tiin brechen zu einer verzweifelten Rettungsmission auf, um die in die Zitadelle Eingeschleusten herauszuholen, bevor sie für die Jedi überlebenswichtige Informationen entrissen bekommen. Gleichzeit scheint Anakin immer mehr der Ansicht zu sein, dass die Jedi mit ihren Regeln im aktuellen Krieg den Kürzeren ziehen werden.