Der Doktor entschließt sich, den Hologrammen zur Freiheit zu verhelfen. Doch dafür ist B'Elanna Torres Wissen gefragt. Ohne zu zögern lässt Iden , der Anführer der Hologramme, sie entführen. Captain Janeway versucht alles, um ihre Crewmitglieder wieder auf die Voyager zu bringen.
Die Voyager trifft auf eine temporäre Anomalie. Überall auf dem Schiff entstehen Zeitrisse, wo Zukunft und Vergangenheit aufeinander treffen. Sie drohen das Schiff zu zerstören. Durch Zufall erkennt Chakotay , dass er die Fähigkeit besitzt, unbeschadet zwischen den Zeitebenen hin und her zu wechseln. Um das Schiff zu retten, muss der erste Offizier die Rettungsmaßnahmen der Crew in den verschiedenen Zeitebenen koordinieren.
Tom und B'Elanna freuen sich auf ihr erstes Kind. Doch B'Elanna erinnert sich an ihre eigene Jugend und befürchtet, dass ihr Kind als Halb-Klingone Schwierigkeiten haben wird, sich zu integrieren. Um das zu verhindern, überlegt sie einen genetischen Eingriff.
Die Voyager trifft auf ein havariertes Gefangenenschiff. Sie rettet den Gefängnisdirektor Yediq und zehn zum Tode verurteilte Gefangene. Als Neelix herausfindet, dass die Gefangenen keinen fairen Prozess hatten, treffen die ethischen Glaubensgrundsätze der Voyager-Crew und die Gesetze eines fremden Volkes aufeinander.
Die Voyager begegnet einem klingonischen Generationenschiff. Seit über 80 Jahren ist es auf der Suche nach der Erlöserin Kuvah'Magh, die ihnen den Weg zu einer neuen Heimatwelt weisen soll. Captain Kohlar glaubt diese Erlöserin in B'Elannas ungeborenem Kind gefunden zu haben.
Weil er der Auffassung ist, dass die Menschen ihn betrogen haben, ergreift Todd die Befehlsmacht auf der Daedalus. Er verlangt von Sheppard , die Koordinaten des Attero-Geräts preiszugeben. Sollte dieser nicht kooperieren, droht er damit, Woolsey und die anderen zu ermorden. Glücklicherweise konnten Ronan und Dr. Keller zuvor entwischen. Ihnen gelingt es, das Waffensystem und den Hyperantrieb des Schiffes lahmzulegen. Doch Todd hat nach Ronans Sabotage vor, die Daedalus selbst als Waffe zu nutzen.
Colonel Sheppard und seine Team statten Dr. Beckett auf seinem abgeschiedenen Planeten einen Besuch ab. Der hat es sich zur Aufgabe gemacht, sowohl die Einheimischen als auch die Balarer, Überlebende einer Plage, zu verpflegen. Aus heiterem Himmel tauchen die Wraith auf und fordern die Auslieferung der Balarer. Diese sind aufgrund der überwundenen Plage immun gegen deren Saugattacken. Die Wraith vergiften sich sogar regelrecht an deren Lebensenergie. Sheppard hat einen Plan, doch der Feind rückt früher als erwartet mit Verstärkung an.
Das Team muss sich einer Prüfung stellen, als Dutch (Hannah John-Kamen) einen todbringenden Level-6-Agenten verhört. Währenddessen untersucht Johnny Jelcos Mauer für Pawter .
Khylens Red-17-Transmission führt Dutch (Hanna John-Kamen), D'Avin und Alvis zu einer Forschungsanlage auf Arkyn. Johnny und Pawter versuchen, Unterstützer für den drohenden Krieg um Westerley zusammenzubringen.
Die Enterprise erreicht den Planeten, auf dem die Xindi die wohl wichtigste Substanz ihrer Waffe produzieren. Archer , Reed und Major J. Hayes begeben sich auf die Oberfläche des Planten und treffen dabei auf Gralik, den Cheftechniker der Xindi. Sie erfahren, dass dieser sich gar nicht über die Ausmaße seines Handelns und die Gewalt der Waffe bewusst war. Von nun an will er Archer unterstützen und den Tod weitere unschuldiger Menschen verhindern.
Archers Gehirn wird von Parasiten befallen, so dass er sich nicht mehr erinnern kann, was seit der Infektion geschehen ist. Dies hat zur Folge, dass Trip fortan das Kommando auf der Enterprise übernimmt. Nach zwölf Jahren glaubt Dr. Phlox ein Heilmittel gefunden zu haben. Er will mit einem Anti-Protonenstrahl die Parasiten aus Archers Gehirn entfernen. Doch bevor Archer vollständig geheilt werden kann, wird die Enterprise von den Xindi angegriffen.
Eine Supernova droht den Planeten Sapreidon zu vernichten. Kirk, Spock und McCoy finden heraus, dass die Bewohner durch ein Zeitportal in die Vergangenheit geflohen sind. Durch ein Versehen geraten auch Spock und Pille in das Zeitportal. Sie werden 5000 Jahre zurück in eine Eiszeit geschickt.
Dr. Janice Lester, eine ehemalige Freundin Kirks, hegt einen tiefen Groll gegen den Captain, da sie selbst nie ein Schiff kommandieren durfte. Durch einen Notruf lockt sie die Enterprise nach Camus II. Dort gelingt es ihr, ihren Körper mit dem von Kirk zu vertauschen.
Lwaxana , Deannas Mutter, bringt eine Gruppe von Cairn, eine Rasse die ausschließlich telepathisch miteinander kommuniziert, zum Rat der Föderation. Sie setzt alles daran, ihnen Sprache beizubringen, doch ist bald durch den Dauereinsatz ihrer telepathischen Kräfte überanstrengt. Deshalb übernimmt Troi diese Aufgabe, doch ihre Mutter mischt sich immer wieder ein und fällt schließlich ins Koma. Um die Ursache für ihren Zusammenbruch herauszufinden, versucht Deanna, in die Psyche ihrer Mutter zu gelangen.
Die Enterprise steuert den Planeten Kesprytt III an, der von zwei Spezies bewohnt wird: Die Kes möchten der Föderation beitreten, die Prytt wollen dies unter allen Umständen verhindern. Deshalb entführen die Prytt Captain Picard und Dr. Crusher. Diese können sich zwar befreien, doch sie sind durch neurale Implantate untrennbar miteinander verbunden.
Als Kira Nery Besuch von ihrem alten Lehrer Vedek Fala bekommt, denkt sie sich zunächst nichts Böses. Doch plötzlich befördert er sie mit einem kristallinen Langstreckentransporter nach Empok Nor, wo sie auf eine Sekte trifft, die die Pah-Geister verehrt und deren Anführer ihr alter Widersacher Gul Dukat ist. Sisko , O'Brien , Worf und Odo machen sich derweil auf die Suche nach Kira.