T-Pol , Mayweather und Captain Archer machen Jagd auf einen flüchtigen, kriminellen Vulkanier namens Menos - ein alter Bekannter T'Pols. Vor Jahren ließ T'Pol bereits einen anderen Vulkanier erschießen. Als sich Menos Captain Archer anvertraut und berichtet, dass die Vulkanier nur Opfer eines Systems und in Wirklichkeit unschuldig sind, kommen dem Trio Zweifel an der Richtigkeit ihrer Mission.
Als Reed , Captain Archer und Sato einen Planeten der Prä-Warp-Gesellschaft untersuchen, kommt Reeds Kommunikator abhanden. Das Trio beschließt auf den Planeten zurückzukehren, um das verschwundene Gerät zu suchen, doch innerhalb kürzester Zeit werden sie dabei von mehreren Uniformierten festgenommen. Sie halten die Eindringlinge für Spione einer feindlichen Supermacht. Können Archer, Reed und Sato den Befehlshaber der Prä-Warp-Gesellschaft von den wahren Gründen ihrer Mission überzeugen?
Nach einer Mission auf dem Planeten Oannes kehrt das SG-1-Team ohne Daniel Jackson auf die Erde zurück. Daniel wurde dort nach einem Vulkanausbruch für tot erklärt. Doch Daniel lebt noch und wird auf dem Planeten von einem amphibischen Außerirdischen namens Nem gefangen gehalten wird. Der Außerirdische will von dem Ägyptologen wissen was vor über 4000 Jahren mit seinem Partner Omoroca geschehen ist der auf der Erde gelebt hat. Da Daniel nicht genug über babylonische Geschichte weiß, erklärt er sich schließlich dazu bereit, Nem seine Gedanken lesen zu lassen.
Bei Ausgrabungen öffnen Wissenschaftler einen unentdeckten Sarkophag und wecken dabei Hathor aus ihrem Jahrtausende währenden Schlaf. Was niemand ahnt ist, dass der Goa'Uld, der einst in Hathor geschlüpft war, nun ebenfalls befreit wurde. Der Goa'Uld macht sich auf dem Weg zur Stargate Basis in der Gestalt einer obdachlosen Frau. Bei den Männern hat Hathor ein leichtes Spiel, da sie durch einen Atemhauch ihre Umgebung benebeln kann. Nur Teal'C, Sam und alle weiteren Frauen, die sich auf dem Stützpunkt befinden, können in letzter Sekunde eine Machtübernahme der Goa'Uld auf der Erde verhindern.
Während einer Schlacht auf Felucia wird Ahsoka von einem Trandoshaner gefangen und auf eine Insel des Mondes Wasskha gebracht. Dort wird sie, zusammen mit anderen dorthin verbrachten Gefangenen, von den Trandoshanern zu deren Unterhaltung und Vergnügen gejagt. Währenddessen tobt die Schlacht um Felucia weiter und Anakin wagt einen Vorstoß, um die Separatisten zurückzudrängen.
Nachdem Ahsoka den drei jungen Jedi-Gefangenen in Erinnerung gebracht hat, was es heißt ein Jedi zu sein, schließen diese sich ihr an, um gegen ihre trandoshanischen Peiniger vorzugehen. Dabei bekommen die vier Kämpfer in dem mutigen Wookie Chewbacca einen neuen Mitstreiter. Sie beschließen, zusammen das trandoshanische Mutterschiff anzugreifen.
Nach dem Mord am König von Mon Calamari ist der ohnehin fragile Frieden zwischen den Mon Cala und den Quarren in großer Gefahr. Zwar versuchen Padmé und Anakin, zwischen den Parteien zu vermitteln, doch sie haben dabei ebenso wenig Erfolg wie der junge Thronfolger der Mon Cala, Prinz Lee-Char. So kommt es unausweichlich zu kriegerischen Auseinandersetzungen, jeweils unterstützt von republikanischen Truppen und Separatisten.
Als die Mon Cala im Krieg um ihren Planeten immer mehr an Boden verlieren, versuchen Padmé und Anakin, ihre alten Verbündeten, die Gungan vom Planeten Naboo, mit ihren Truppen für sich zu gewinnen. Währenddessen lässt Dooku alle Mon Cala, derer er habhaft werden kann, gefangen nehmen und in ein Lager stecken, um ihren Kampfwillen zu brechen.
Während die Copelands auf dem Weg nach Seattle von verlassenen Autos aufgehalten werden, die die Straße blockieren, wird Brianna von Mitgliedern einer sektenartigen Gemeinschaft aufgenommen. Als Karen und Joshua schließlich im vollkommen zerstörten Seattle ankommen, finden sie Filmaufnahmen von einem riesigen Etwas, das vom Himmel herabgeschossen kommt. Auch Brianna und ihre Retter werden von einem drachenähnlichen Wesen angegriffen. Schließlich gelingt es Brianna, ihren Bruder Matt zu erreichen und ihm ihren Aufenthaltsort mitzuteilen.
Nachdem Brianna sich den Zorn des Sektenführers zugezogen hat, erkennt sie, dass auch er von einem Dämon besessen ist. Er schließt sie in einem Schuppen ein, wo sie ihre Bestrafung erwarten soll. Der Rest der Familie ist unterwegs zu Brianna, als ihr Wohnwagen zusammenbricht. Die Copelands finden in einem Flughafenhangar Zuflucht, doch die sich ausbreitende Seuche bedroht nun auch immer stärker ihre Gruppe. Karens Verbindung zum Militär verschafft ihnen eine dringend benötigte Atempause.
Mr. Spock muss sich vor einem Tribunal verantworten. Er hat versucht, die Enterprise und ihren früheren Captain Pike zu dem verbotenen Planeten Talos IV zu entführen. Zu seiner Rechtfertigung zeigt Spock Aufnahmen von der Landung der Enterprise auf Talos IV unter Pike.
Spock steht wegen der Entführung der Enterprise vor Gericht. Der Bericht, den er über Pikes Landung mit der Enterprise auf Talos IV zeigt, soll sein Verhalten aufklären. Damals geriet der frühere Captain der Enterprise in die Gewalt der Talosianer und ihrer Geisteskräfte.
Die Voyager trifft auf ein im All treibendes Kampfschiff der Cardassianer. An Bord macht die Crew eine erstaunliche Entdeckung: Das Schiff wurde von B'Elanna Torres sabotiert, als sie noch für den Marquis gearbeitet hat. Plötzlich wird es wieder aktiv und nimmt Kurs auf einen bewohnten Planeten. Um die Bevölkerung zu retten, muss B'Elanna Torres ihren damaligen Sabotageakt rückgängig machen. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.
Als die Voyager-Crew einen Kometen untersucht, befreit sie versehentlich ein Wesen des "Q Kontinuums". Seit Hunderten von Jahren war "Q" auf dem Himmelskörper gefangen, da er hochgradig selbstmordgefährdet ist und das Kontinuum bedroht. Doch "Q" genießt seine neu gewonnene Freiheit und bittet um Asyl auf der Voyager. Nun ist guter Rat teuer. Denn auf dem Föderationsschiff gibt es endlose Möglichkeiten, um sich umzubringen.
Doc sucht verzweifelt nach einem Weg, mit Warren in Kontakt zu treten. Er schöpft Hoffnung, als er bei drei reizenden Frauen Zuflucht findet. Doch die Grazien erweisen sich schon bald als irre Kannibalinnen.
Warren führt einen Angriff auf Murphytown an, mit dem Ziel, den arroganten, selbsternannten Führer Murphy unschädlich zu machen. Schon bald stehen sich Warrens menschliche Armee und Murphys Zombie-Truppen in einem Kampf gegenüber, der entscheidend für das Schicksal der Menschheit sein könnte.
The Man kämpft mit allem, was er hat, gegen Addy . Dabei geht es um das Schicksal der schnell alternden Lucy , jener Mischung aus Mensch und Zombie, die womöglich den Schlüssel zur Rettung der Menschheit in sich trägt.
Während einer Schlacht auf Felucia wird Ahsoka von einem Trandoshaner gefangen und auf eine Insel des Mondes Wasskha gebracht. Dort wird sie, zusammen mit anderen dorthin verbrachten Gefangenen, von den Trandoshanern zu deren Unterhaltung und Vergnügen gejagt. Währenddessen tobt die Schlacht um Felucia weiter und Anakin wagt einen Vorstoß, um die Separatisten zurückzudrängen.
Als die Mon Cala im Krieg um ihren Planeten immer mehr an Boden verlieren, versuchen Padmé und Anakin, ihre alten Verbündeten, die Gungan vom Planeten Naboo, mit ihren Truppen für sich zu gewinnen. Währenddessen lässt Dooku alle Mon Cala, derer er habhaft werden kann, gefangen nehmen und in ein Lager stecken, um ihren Kampfwillen zu brechen.
Paul möchte mit seiner Freundin Bridgette und zwei weiteren Frauen ein entspanntes Wochenende auf einer einsamen Insel im Golf von Mexiko verbringen. Daraus wird allerdings nichts, denn in einem nahegelegenen Labor experimentieren Wissenschaftler mit der DNA von Haien. Einer der Versuchshaie entkommt ins offene Meer. Er steckt andere seiner Art mit einem Virus an, das sie in extrem blutrünstige Zombie-Haie verwandelt, die wiederum Menschen infizieren. So schweben Paul und seine Mitreisenden bald in tödlicher Gefahr.