Data birgt auf dem Planeten Barkon IV radioaktives Material, als ein Energiestoß ihn plötzlich seiner Erinnerungen beraubt. Die Bevölkerung eines kleinen Dorfes nimmt ihn auf und umsorgt ihn. Skoran , der Schmied des Ortes, verarbeitet das radioaktive Material zu Schmuckstücken. Nach und nach erkranken die Bewohner des Dorfes und machen Data dafür verantwortlich.
Die Enterprise-Crew stößt auf einen von einer Eishülle ummantelten Kometen. Mit den Phasern des Schiffes schmelzen sie den Eismantel und dringen zu einem mysteriösen Kern vor. Kurz darauf tauchen sonderbare Gegenstände an Bord auf, Gewächse und Moore entstehen auf der Enterprise. Auch Data verhält sich äußerst rätselhaft.
Lieutenant Kwan nimmt sich durch den Sprung in einen Plasmastrahl das Leben. Deanna geht der Sache auf den Grund und entdeckt in der Nähe des todbringenden Strahls ein Liebespaar, das von einem eifersüchtigen Mann beobachtet wird. Mit Worfs Hilfe findet Deanna heraus, dass die Menschen, die sie gesehen hat, einst auf der Enterprise arbeiteten. Ihr kommt ein schrecklicher Gedanke: Hat sich Kwan wirklich selber umgebracht?
Pawters Pläne, Old Town von der Kontrolle Jelcos zu befreien, führen dazu, dass Dutch (Hannah John-Kamen) einem wütenden Mob in die Hände fällt.
Dutch (Hannah John-Kamen), Johnny und D'avin bündeln mit einem alten Feind ihre Kräfte. Sie unternehmen einen verzweifelten Versuch, Level Six' Plan für "The Quad" zu vereiteln.
Das SG-1-Team reist mit der "Prometheus" nach Tegalus. Dort wollen sie verhindern, dass eine von den Ori gelieferte Waffe gegen die Caledonians eingesetzt wird. Doch nichts läuft nach Plan: Die ganze Mission gerät in Gefahr, als Daniel gefangen genommen wird und die "Prometheus" unter Beschuss gerät.
Das SG-1-Team unternimmt einen Undercover-Einsatz auf dem Planeten P6G-462, um dort den Handel mit einer süchtig machenden Droge zu untersuchen. Offenbar steckt die "Lucian Allianz", eine zwielichtige Söldnerorganisation, dahinter. Doch der Einsatz geht gründlich schief: Als Mitchell und sein Leute zurückkehren wollen, verschwindet vor ihren Augen das Stargate. Das Team wird verhaftet und zum Tode verurteilt.
Hoshi kann das Signal der verwanzten Kimocite-Ladung orten und somit den Standort der Xindi-Waffe bestimmen. Auf dem Weg dorthin muss die Enterprise allerdings ein dichtes Anomalienfeld durchqueren, was zu großen Schäden am Schiff führt. In letzter Sekunde eilt der NX-01, das andorianische Schiff von Commander Shran, zur Hilfe, das die Enterprise mit einem Traktorstrahl aus dem Anomalienfeld zieht. Nun suchen die beiden Crews gemeinsam nach der Xindi-Waffe.
Nachdem es der Enterprise gelungen ist, ein Schiff der Xindi abzufangen, manipuliert Archer einen der Gefangenen: Degra , den Designer der Waffe. Archer erklärt ihm, dass sie drei Jahre lang zusammen in einem Insektoiden-Gefängnis inhaftiert waren und viele der Xindi in dieser Zeit ermordet wurden. Da Archer vorgibt, Degra bei der Suche nach seiner Familie zu helfen, nennt dieser ihm die Koordinaten der militärischen Anlage der Xindi. Als er allerdings begreift, dass er von Archer manipuliert wurde, kommt es zum Eklat.
Während in der Galaxie die Klonkriege wüten, entführen Separatisten den Sohn des mächtigen Jabba the Hutt. Der Jedi-Meister Yoda schickt daraufhin Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi los, um den Jungen zu befreien. Ihnen wird außerdem die Jedi-Schülerin Ahsoka Tano zugeteilt. Derweil unternehmen die Separatisten Count Dooku und Asajj Ventress alles, damit die Mission der Jedis scheitert.
Die Enterprise empfängt einen Notruf von Worfs Ziehbruder Nikolai . Er informiert sie, dass starke atmosphärische Stürme den Planeten Boraal II bedrohen. Worf begibt sich, als Boraalaner getarnt, auf die Suche nach Nikolai. Er findet ihn auch und kann ihn auf der Enterprise in Sicherheit bringen. Nun macht sich die Enterprise daran, auch die restliche Bevölkerung zu retten.
Auf der Beerdigung ihrer Großmutter erfährt Beverly , dass diese eine romantische Beziehung zu einem gewissen Ronin hatte. Wenig später lernt Beverly ihn kennen und verliebt sich. Sie zieht mit Ronin auf den Planeten Caldos. Dort stirbt kurz darauf ein Mann unter sonderbaren Umständen. Der Leichnam weist Rückstände anaphasischer Energie auf, wie sie auch am Leichnam von Beverlys Großmutter gefunden wurden.
In der Holosuite gelingt es dem Gangster Frankie Eyes und seinen Handlangern, Vic Fontaines Casino zu übernehmen. Da viele auf Deep Space Nine sich mit Vic angefreundet haben, versuchen sie sofort, Frankie aus dem Programm zu löschen, was jedoch nicht funktioniert. Nog , O'Brien und Kira entwickeln einen Plan, wie sie den Gangster wieder loswerden können, und beschließen, ihn mit seinen eigenen Mitteln zu schlagen.
Dr. Bashir steckt in einem Dilemma. Er bereitet sich gerade auf eine medizinische Konferenz auf Romulus vor, als er von Sloane , dem Direktor von "Sektion 31", einer eher obskuren Geheimdienstorganisation, aufgesucht wird. Sloane bittet Bashir, für ihn Informationen über den Gesundheitszustand der romulanischen Führung zu sammeln. Als Bashir seinen Vorgesetzten Captain Sisko in den Fall einweiht, schlägt der ihm vor, so zu tun, als sei er bereit, Sloanes Bitte zu erfüllen.