Die Lykans werden beschuldigt, Rinder getötet zu haben. Audra Miles hat selbst lange Zeit bei den wolfsähnlichen Wesen gelebt und ist von deren Unschuld überzeugt. Doc und Nico sollen helfen.
Auf Grana drohen die Marshmallow-Bäume der Kiwis den gesamten Planeten zu überwuchern. Die Rangers wollen das extreme Wachstum mit Heuschrecken bekämpfen, stoßen damit jedoch auf Widerstand.
Dem Gewinner eines bizarren Wettbewerbs der Kronenkönigin winkt der Psychokristall von Eliza. Zach will mit Hilfe des Kristalls seine Frau zurückholen. Die böse Herrscherin verfolgt andere Pläne.
Die Gefahr durch die Replikatoren ist noch lange nicht gebannt. Das Stargate-Team ist vollauf mit der Evakuierung der Planeten beschäftigt, die auf dem Weg zum Heimatplaneten der Replikatoren liegen. Zudem müssen sie sich selbst für den Kampf rüsten. Colonel Sheppard schließt unterdessen ein ungewöhnliches Bündnis: Der Anführer der Wraith will dem Stargate-Team Kampfschiffe zur Verfügung stellen.
Nach dem Kampf gegen die Replikatoren entdeckt das Atlantis-Team ein Schiff der Wraith, das verlassen und führungslos im All treibt. Es gehört offenbar Todd, dem Alliierten des Teams. An Bord entdeckt Sheppard eine Karte, die den Weg zu einem rätselhaften Planeten weist, den die Wraith offenbar als heilig betrachten.
Eli, Brody und Rush erkunden die Destiny. Unterdessen werden Mitglieder der Crew bei einer Erkundungsmission von einer Kreatur entführt. Werden sich alle aus den Fängen des Aliens befreien können?
Kurz nach Scullys Rückkehr aus Afrika wird Mulder aus dem Krankenhaus entführt. Er findet sich im Auto des geheimnisvollen Rauchers wieder. Der bietet ihm an, ein völlig neues Leben zu beginnen. Scully findet unterdessen weitere unglaubliche Details über die Texte auf dem UFO heraus.
Ein ungewöhnlicher Mord ruft Fox Mulder und Dana Scully auf den Plan. Dem Opfer, einem Angestellten eines Hamburger-Restaurants, wurde das Gehirn ausgesaugt. Mulder hat bald Derwood Spinks, einen Kollegen des Getöteten in Verdacht.
Vier ehemalige FBI-Leute begehen in ganz verschiedenen Gegenden des Landes innerhalb eines halben Jahres Selbstmord. Ihre Leichen verschwinden nach der Beerdigung aus den Gräbern. Mulder stellt bald einen Zusammenhang mit der berühmten Millennium-Gruppe her. Er bittet den ehemaligen FBI-Profiler Black um Hilfe, der einst Mitglied der Gruppe war.