Die erwachte Besatzung offenbart Apollo und seinem Team, dass sie auf der Flucht vor der "Östlichen Allianz" sind. Denn die totalitäre Gruppierung will die Geflüchteten festnehmen und hinrichten.
Commander Adama gerät immer häufiger mit dem Rat der Zwölf aneinander, so auch bei den Friedensbemühungen des Rates mit der "Östlichen Allianz". Baltar hingegen sieht darin seine Chance auf Freiheit.
Catherine kann sich befreien und versucht, zwei Soldaten zu überzeugen, das Stargate zu passieren. Brücke und Professor Langford machen währenddessen Bekanntschaft mit einem unbekannten Wesen.
Colonel Sheppard wird von Raumnomaden gefangen genommen. Das Volk lebt seit langer Zeit an Bord ihrer Raumschiffe, um den Angriffen der Wraith zu entgehen. Jetzt haben sie ein altes Raumschiff der Antiker entdeckt, doch um es wieder instand zu setzen, brauchen sie Sheppards Antiker-Gene. Um ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen, droht deren Anführerin Larrin, Sheppard in den Raum zu katapultieren, sollte er nicht kooperieren.
Dr. MacKay erwacht in seinem Labor, ohne jede Erinnerung, wo er ist und wer er ist. Auf einem Computer entdeckt er eine Videobotschaft von sich selbst, in der er sich auffordert Teyla zu suchen. Nur sie könne eine schreckliche Katastrophe verhindern. Offenbar breitet sich in Atlantis ein schrecklicher Virus aus, der allen die Erinnerung nimmt.
Um Senatorin Michaels und Dr. Covel in neuer Position auf der Destiny begrüßen zu können, reisen Greer und Camille auf die Erde. Dort angekommen, werden sie Opfer eines Anschlags der Luzianer.
Der geheimnisvolle Raucher enthüllt Mulder die ganze Wahrheit über die Entwicklung eines Alien-Mensch-Hybriden und die Verschwörer, die seit dem Vorfall in Roswell an dem Projekt arbeiten. Zudem gibt er Mulder einen Tipp, wie er und Scully sich vor der bevorstehenden Invasion durch die Aliens retten können. Mulder versucht, das Schlimmste zu verhindern.
FBI-Agent Dale bittet Mulder und Scully um Hilfe bei einem rätselhaften Fall: In Florida soll eine ganze Familie von einem Wesen getötet worden sein, das ausschließlich aus Wasser zu bestehen scheint. Scully hält Dales Theorie für blanken Unsinn. Während ein Hurrikan Florida bedroht, wird sie aber eines Besseren belehrt.
Mulder steckt in einer Zeitschleife fest. Immer wieder erlebt er denselben Tag, der tragisch für ihn endet: Er gerät in einen Banküberfall und wird vom Täter getötet. Nur die Freundin des Täters scheint zu wissen, was passieren wird und versucht, Mulder zu warnen.