Scully soll den FBI-Agenten Ritter bei seinen Ermittlungen unterstützen. Ritter ist auf der Jagd nach dem vermeintlichen Serienkiller Alfred Fellig. Der Fotograf war über Jahrzehnte hinweg immer der erste am Tatort eines Mordes und geriet deshalb in den Verdacht, selbst für die Morde verantwortlich zu sein. Von Mulder erhält Scully brisante Informationen über den Gesuchten: Fellig scheint unsterblich zu sein.
Überraschend taucht Agent Spenders Mutter Cassandra wieder auf. Sie erzählt Mulder und Scully eine unglaubliche Geschichte. Einem Forscherteam unter der Leitung des geheimnisvollen Rauchers sei es gelungen, einen Alien-Mensch-Hybriden zu schaffen: Sie selbst.
Ein Auftragsmörder der Kronenkönigin befindet sich an Bord eines Luxusdampfers. Doc und Nico wollen den Killer aus dem Verkehr ziehen, jedoch können sie ihre besonderen Fähigkeiten nicht einsetzen.
Mit Hilfe der Outrider wird aus der unbewohnbaren Wüste des Planeten Laramies eine grüne Oase. Die Bewohner sind überglücklich, nur die Starsheriffs zweifeln am Sinneswandel der Phantomwesen.
Kirk, Dr. McCoy und Spock beamen auf den Planeten Platonius, der der griechischen Antike ähnelt. Er wird von König Parmen regiert. Dieser ist krank und will, daß Dr. McCoy für immer bei ihm bleibt. Mit psychokinetischen Kräften will er ihnen seinen Willen aufzwingen.
Seit dem Besuch auf dem scheinbar entvölkerten Planeten Scalos geschehen seltsame Dinge an Bord der Enterprise. Dabei ist immer ein merkwürdiges Summen zu hören. Unsichthbare Fremde haben sich an Bord geschmuggelt. Sie sabotieren die Sauerstoffversorgung des Schiffes.
Botschafter Odan vom Planeten Trill ist auf der Enterprise zu Gast. Er soll einen Krieg zwischen den Bewohnern des Alpha- und denen des Betamondes verhindern. Dr. Crusher verliebt sich in ihn. Unterwegs mit Riker in einem Shuttle wird er schwer verletzt. Es stellt sich heraus, dass Odan der Wirtskörper eines Symbionten ist, der nun sofort einen neuen Wirt braucht. Riker stellt sich zur Verfügung.
Geordi fliegt mit einem Shuttle nach Risa um einige Tage auszuspannen. Unterwegs wird er von Romulanern verschleppt und einer Gehirnwäsche unterzogen. Zurück auf der Enterprise, bemerken seine Kollegen keinerlei Veränderung an ihm. Doch Geordi verfolgt unaufhaltsam seinen Auftrag: Er soll den klingonischen Gouverneur Vagh ermorden. Da bemerkt Data in Geordis Nähe verräterische Signale.
Während einer Mission verliebt sich Lieutenant Jenna D'Sora in Data. Der Androide programmiert sich zum perfekten Liebhaber um. Einizger Haken: Er entwickelt keine echten Gefühle. Das führt natürlich zu heftigen Komplikationen. Währenddessen entdeckt die Crew der Enterprise einen mysteriösen Nebel, der sowohl der Besatzung, als auch dem Schiff gefährlich wird.
Der geheimnisvolle Raucher enthüllt Mulder die ganze Wahrheit über die Entwicklung eines Alien-Mensch-Hybriden und die Verschwörer, die seit dem Vorfall in Roswell an dem Projekt arbeiten. Zudem gibt er Mulder einen Tipp, wie er und Scully sich vor der bevorstehenden Invasion durch die Aliens retten können. Mulder versucht, das Schlimmste zu verhindern.
FBI-Agent Dale bittet Mulder und Scully um Hilfe bei einem rätselhaften Fall: In Florida soll eine ganze Familie von einem Wesen getötet worden sein, das ausschließlich aus Wasser zu bestehen scheint. Scully hält Dales Theorie für blanken Unsinn. Während ein Hurrikan Florida bedroht, wird sie aber eines Besseren belehrt.
Mulder steckt in einer Zeitschleife fest. Immer wieder erlebt er denselben Tag, der tragisch für ihn endet: Er gerät in einen Banküberfall und wird vom Täter getötet. Nur die Freundin des Täters scheint zu wissen, was passieren wird und versucht, Mulder zu warnen.
In einer luxuriösen Wohnanlage sind drei Ehepaare spurlos verschwunden. Getarnt als neue Bewohner nehmen Mulder und Scully die Ermittlungen auf. Schon bald stoßen sie auf einige Merkwürdigkeiten: In der Anlage gelten strenge und völlig absurde Verhaltensregeln.
Um Senatorin Michaels und Dr. Covel in neuer Position auf der Destiny begrüßen zu können, reisen Greer und Camille auf die Erde. Dort angekommen, werden sie Opfer eines Anschlags der Luzianer.
Colonel Sheppard wird von Raumnomaden gefangen genommen. Das Volk lebt seit langer Zeit an Bord ihrer Raumschiffe, um den Angriffen der Wraith zu entgehen. Jetzt haben sie ein altes Raumschiff der Antiker entdeckt, doch um es wieder instand zu setzen, brauchen sie Sheppards Antiker-Gene. Um ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen, droht deren Anführerin Larrin, Sheppard in den Raum zu katapultieren, sollte er nicht kooperieren.
Dr. MacKay erwacht in seinem Labor, ohne jede Erinnerung, wo er ist und wer er ist. Auf einem Computer entdeckt er eine Videobotschaft von sich selbst, in der er sich auffordert Teyla zu suchen. Nur sie könne eine schreckliche Katastrophe verhindern. Offenbar breitet sich in Atlantis ein schrecklicher Virus aus, der allen die Erinnerung nimmt.
Teal'c leidet unter schlimmen Visionen, in denen er versucht, seinem Schwiegervater das Leben zu retten oder Daniel Jackson erscheint und warnt ihn vor Operationen. Es stellt sich heraus, dass dies menschliche Reaktionen sind und Teal'c sich nicht mehr wie ein Jaffa verhält. Um Licht in die Sache zu bringen, reist das SG-1 Team auf Bra'tacs Planeten, denn dort begannen nach einem Treffen der Jaffa-Führer Teal'cs Beschwerden. Sie stellen fest, dass sein Leben ernsthaft gefährdet ist, da die Goa'uld den Jaffa die Symbionten entfernt haben.
Das SG-1 Team befindet sich als Berater an Bord des Raumschiffs Prometheus, als dieses zu einen Testflug durch den Hyperraum startet. Als Komplikationen auftreten, überhitzt der Reaktor und sie müssen auf dem Planeten P3X-744 notlanden. Dieser soll angeblich ein Stargate besitzen, durch das eine Rückkehr auf die Erde möglich sein könnte. Die Bewohner des Planeten geben an, nichts von einem Stargate zu wissen. Die Nachforschungen gestalten sich schwierig für Jack O'Neill und seine Leute, da alle historischen Dokumente von der Regierung des Planeten zerstört wurden.
Als das SG-1 Team den Planeten P4S 237 besucht, wird es voller Freude von den unterdrückten Bewohnern empfangen. Man hält sie für die Befreier, die in einer alten Prophezeiung erwähnt wurden. Jonas jedoch plagen finstere Vorahnungen, die Übelkeit und Bewusstlosigkeit auslösen. Dr. Frasier stellt einen Gehirntumor bei ihm fest und bereitet sofort die Operation vor. Doch noch bevor der Eingriff stattfinden kann, hat Jonas eine schlimme Vision, in der er seine Kollegen in höchster Gefahr sieht.
Jack O'Neill bekommt Besuch von Daniel Jackson, der ihm eine Horrormeldung überbringt: Anubis sucht auf dem Planeten Abydos nach einem ganz besondern Schmuckstück. Vom "Auge des Ra" existieren insgesamt sechs Exemplare, fünf davon beisitzt Anubis bereits. Sollte er die sechste Kette finden, hätte er unbeschreibliche Macht. Jack bricht auf, um Anubis zuvor zu kommen und die Menschen auf Abydos vor dem sicheren Tod zu bewahren. Kurz nach seiner Ankunft kommt es auf dem Planeten zu einem schrecklichen Unglück mit tödlichem Ausgang.
Sam Adamas leidet unter dem fortdauernden Krieg auf Tauros, in dem auch seine Eltern ums Leben kamen. Er will durch illegale Waffengeschäfte helfen, bringt jedoch sein Leben in Gefahr, als er von einer rivalisierenden Gang erwischt wird. Unterdessen freundet sich Amanda weiter mit Clarices Familie an, um mehr über sie herauszufinden, und Daniel erfährt von verstörenden Vorkommnissen in seiner Firma.
Das Raumschiff, das Lacy nach Gemenon bringen sollte, wird von Polytheisten entführt, die gleich damit beginnen, junge Rekruten zu töten. Clarice bekommt Zoes Anstecknadel in die Hände, die eigentlich ein digitales Speichermedium ist und eine Kopie des Avatar-Programms enthält. Daniel erzählt unterdessen Joseph und Sam von den Unregelmäßigkeiten in seiner Firma, besonders, dass Zylonen an die STO auf Gemenon verkauft werden. Der Guatrau gibt Daniel zwei Wochen Zeit, um sein Programm fertigzustellen.
Apollo und Starbuck stoßen auf ein Raumschiff, dass womöglich vom legendären Planeten Erde kommt. Die Besatzung befindet sich jedoch in Schlafkammern, deren Öffnung womöglich tödliche Folgen hätte.
Die erwachte Besatzung offenbart Apollo und seinem Team, dass sie auf der Flucht vor der "Östlichen Allianz" sind. Denn die totalitäre Gruppierung will die Geflüchteten festnehmen und hinrichten.
Commander Adama gerät immer häufiger mit dem Rat der Zwölf aneinander, so auch bei den Friedensbemühungen des Rates mit der "Östlichen Allianz". Baltar hingegen sieht darin seine Chance auf Freiheit.
Catherine kann sich befreien und versucht, zwei Soldaten zu überzeugen, das Stargate zu passieren. Brücke und Professor Langford machen währenddessen Bekanntschaft mit einem unbekannten Wesen.
Colonel Sheppard wird von Raumnomaden gefangen genommen. Das Volk lebt seit langer Zeit an Bord ihrer Raumschiffe, um den Angriffen der Wraith zu entgehen. Jetzt haben sie ein altes Raumschiff der Antiker entdeckt, doch um es wieder instand zu setzen, brauchen sie Sheppards Antiker-Gene. Um ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen, droht deren Anführerin Larrin, Sheppard in den Raum zu katapultieren, sollte er nicht kooperieren.
Dr. MacKay erwacht in seinem Labor, ohne jede Erinnerung, wo er ist und wer er ist. Auf einem Computer entdeckt er eine Videobotschaft von sich selbst, in der er sich auffordert Teyla zu suchen. Nur sie könne eine schreckliche Katastrophe verhindern. Offenbar breitet sich in Atlantis ein schrecklicher Virus aus, der allen die Erinnerung nimmt.
Um Senatorin Michaels und Dr. Covel in neuer Position auf der Destiny begrüßen zu können, reisen Greer und Camille auf die Erde. Dort angekommen, werden sie Opfer eines Anschlags der Luzianer.
Der geheimnisvolle Raucher enthüllt Mulder die ganze Wahrheit über die Entwicklung eines Alien-Mensch-Hybriden und die Verschwörer, die seit dem Vorfall in Roswell an dem Projekt arbeiten. Zudem gibt er Mulder einen Tipp, wie er und Scully sich vor der bevorstehenden Invasion durch die Aliens retten können. Mulder versucht, das Schlimmste zu verhindern.
FBI-Agent Dale bittet Mulder und Scully um Hilfe bei einem rätselhaften Fall: In Florida soll eine ganze Familie von einem Wesen getötet worden sein, das ausschließlich aus Wasser zu bestehen scheint. Scully hält Dales Theorie für blanken Unsinn. Während ein Hurrikan Florida bedroht, wird sie aber eines Besseren belehrt.
Mulder steckt in einer Zeitschleife fest. Immer wieder erlebt er denselben Tag, der tragisch für ihn endet: Er gerät in einen Banküberfall und wird vom Täter getötet. Nur die Freundin des Täters scheint zu wissen, was passieren wird und versucht, Mulder zu warnen.