Im Jahre 1990, noch vor seiner Arbeit an den X-Akten, wird Mulder mit einem Fall konfrontiert, der bis in die McCarthy-Ära zurückreicht. Ein Mörder erwähnte vor seinem Tod den Namen von Mulders Vater. Die Ermittlungen bringen bald unangenehme Wahrheiten ans Licht. Offenbar half Mulders Vater gefährliche Experimente zu vertuschen.
Der Luzianer Simeon tötet Rushs und Elis Freundinnen und flüchtet durch das Stargate auf einen verlassenen Planeten. Scott und auch Rush verfolgen ihn. Es kommt zur tödlichen Konfrontation.
Colonel Sheppard und Dr. McKay werden mit den erschreckenden Folgen eines Spieles der Antiker konfrontiert, dem sie heimlich vor einiger Zeit nachgegangen sind. Darin kämpften sie als Schöpfer zweier Gesellschaften gegeneinander. Doch das Spiel hat offenbar diese Gesellschaften auch in der Realität erschaffen und nun stehen beide kurz vor einem schrecklichen Krieg.
Das Atlantis-Team stößt in einer geheimen Weltraumbasis auf die letzten Überlebenden einer Zivilisation, die vor Jahren in Stasis versetzt wurden. So wollten sie den Angriffen der Wraith entgehen. Dr. McKay holt versehentlich einen der Überlebenden, den Wissenschaftler Herick, aus der Stasis und löst dadurch eine Kette verhängnisvoller Ereignisse aus.
Daniel findet heraus, dass die Colonier auf dem Planeten 4C3 eine Substanz für die Herstellung von Massenvernichtungswaffen benutzen. Als er in letzter Sekunde versucht, eine Explosion zu verhindern, wird Daniel schwer verstrahlt und lebensgefährlich verstrahlt. Seine Freunde schaffen es zwar ihn auf die Erde zurückzubringen, doch auf der Krankenstation kann man ihm nicht mehr helfen.
Das SG-1-Team befindet sich in tiefer Trauer um Daniel Jackson, als sie ein Hilferuf ereilt. Die Asgard werden von den Goa'uld bedroht, die ihre fortschrittliche Technologie an sich reißen wollen. Thor haben sie schon in ihre Gewalt gebracht und hoffen, mit seiner Hilfe, mehr über die Technologie der Asgard erfahren zu können. Mit einem riskanten Versuch wollen Teal'c und Jack O'Neill Thor befreien, doch sie werden von den Goa'uld gefangen genommen. Die Situation scheint ausweglos.
Teal'cs Frau liegt im Sterben, da sie sich keine weitere Goa'uld-Larve einsetzen lassen will. Während sich Bra'tac und Teal'c auf dem Weg nach Chulak machen, um nach Drey-Auc zu sehen, wird die Stargate-Basis von Anubis angegriffen, der eine neue Waffe einsetzt, so dass Jack O'Neill und sein Team das Stargate nicht mehr schließen können und es jede Sekunde zu explodieren droht. Die letzte Rettung scheint eine schnelle Evakuierung in ein experimentelles Raumschiff.
Teal'c erfährt auf seinem Heimatplaneten Chulak von einem befreundeten Jaffa, dass seine Menschenfreunde von Anubis angegriffen wurden. Todesmutig begibt sich Teal'c auf einen Planeten, auf dem er Anubis und seine Jaffas vermutet und wird prompt von ihnen entdeckt. In der Stargate-Basis zählt derweil jede Sekunde. Bevor das Stargate explodieren kann und dadurch die gesamte Erdbevölkerung auslöschen würde, versucht Jack O'Neill das Sternentor mit einem Raumgleiter in den Weltraum zu schaffen.
Daniel betrauert den Verlust seines Unternehmens, seiner Tochter und seiner Frau. Vergis hat Graystone Industries übernommen und hat mit der Massenproduktion von Zylonen begonnen. Daniel sucht Joseph und den Guatrau auf, damit sie ihn gegen Vergis unterstützen. Zoe betritt New Cap City, während Clarice die STO auf Gemenon besucht, aber Schwierigkeiten hat, sie von ihrer Vision der Apotheose zu überzeugen.
Clarice übt rücksichtslos ihre Macht als neues Oberhaupt der STO auf Caprica aus. Sie will ihren Kleinkrieg mit Barnabas ein für alle mal beenden. Agent Durham hilft Amanda dabei, eine alarmierende Entdeckung zu machen. Daniel bereitet sich unterdessen darauf vor, seine Firma zurückzugewinnen, indem er Sam und Joseph Material beschaffen lässt, um die Vorstandsmitglieder zu erpressen, damit sie ihn zurückwählen.
Iblis bietet dem Rat der Zwölf an, ihnen drei Wünsche zu erfüllen, wenn sie ihm die Führung der Flotte übertragen. Adama misstraut dem Fürsten und versucht, seine wahre Identität zu enthüllen.
Starbuck trifft auf einen Mann namens Chameleon, der behauptet, sein Vater zu sein. Begeistert von der Möglichkeit, seinem alten Herrn gegenüberzustehen, stellt der Kolonialkrieger Nachforschungen an.
Starbuck wird vorgeworfen, einen Mord begangen zu haben. Commander Adama entschließt sich, Starbuck vor Gericht zu bringen. Nun ist der Kolonialkrieger dazu gezwungen, seine Unschuld beweisen.
10 Jahre nach der Ausgrabung eines riesigen Rings ist dessen Bedeutung weiterhin ein Rätsel. Die junge Catherine Langford will nun herauszufinden, was es mit dem mysteriösen Objekt auf sich hat.
Colonel Sheppard und Dr. McKay werden mit den erschreckenden Folgen eines Spieles der Antiker konfrontiert, dem sie heimlich vor einiger Zeit nachgegangen sind. Darin kämpften sie als Schöpfer zweier Gesellschaften gegeneinander. Doch das Spiel hat offenbar diese Gesellschaften auch in der Realität erschaffen und nun stehen beide kurz vor einem schrecklichen Krieg.
Das Atlantis-Team stößt in einer geheimen Weltraumbasis auf die letzten Überlebenden einer Zivilisation, die vor Jahren in Stasis versetzt wurden. So wollten sie den Angriffen der Wraith entgehen. Dr. McKay holt versehentlich einen der Überlebenden, den Wissenschaftler Herick, aus der Stasis und löst dadurch eine Kette verhängnisvoller Ereignisse aus.
Der Luzianer Simeon tötet Rushs und Elis Freundinnen und flüchtet durch das Stargate auf einen verlassenen Planeten. Scott und auch Rush verfolgen ihn. Es kommt zur tödlichen Konfrontation.
In einem kleinen Ort in Texas scheinen Vampire ihr Unwesen zu treiben, denn man findet dort zwei völlig blutentleerte Leichen. Mulder und Scully nehmen die Ermittlungen auf und stellen fest, dass offenbar der ganze Ort von Vampiren besiedelt ist.
In Kasachstan verbrannte eine Gruppe von Menschen unter mysteriösen Umständen. Der einzige Zeuge des Vorfalls wird von Agent Krycek als Geisel genommen. Eine Spur führt Mulder und Scully zu Cassandra Spender, die behauptet, bereits mehrfach von Außerirdischen entführt worden zu sein. Wie Scully hat auch sie ein Implantat im Nacken. Doch Mulder glaubt, dass es sich um eine Verschwörung der Regierung handelt.
Scully überlebt nur knapp ein Flammeninferno an einem Staudamm in Pennsylvania. Sie kann sich aber an nichts mehr erinnern. Unter Hypnose erzählt sie von Aliens, die die Menschen in Brand steckten und Cassandra entführten. Mulder hält die Geschichte allerdings für Suggestion.