Im Geist des Antikommunismus entsteht Anfang 1946 auf Initiative der USA der westdeutsche Auslandsnachrichtendienst. Gründer ist der ehemalige Wehrmachtsgeneral Reinhard Gehlen. Ohne moralische Skrupel werden auch ehemalige Mitglieder von SS, SD oder Gestapo für die Organisation Gehlen und später für den BND rekrutiert. Der Krieg der Geheimdienste von West und Ost im geteilten Deutschland bestimmt die Ära Gehlen bis zum Mauerbau 1961.
Der gesellschaftliche Umbruch Ende der 1960er-Jahre und der sich verschärfende Kalte Krieg stellen den BND nach der Ära Reinhard Gehlens vor kaum zu bewältigende Herausforderungen.
Nach dem Fall der Mauer und dem Ende der Sowjetunion stellt sich die Frage nach der Rolle des BND. Die Terroranschläge des 11. September 2001 scheinen eine eindeutige Antwort zu geben.
Die Lebensgeschichte von Willi Pohl klingt wie ein Spionageroman: beteiligt an der Vorbereitung des Olympia-Attentats 1972 in München, Vertrauter von PLO-Chef Arafat und Agent der CIA. Aus dem Hauptquartier der PLO in Beirut verrät er bis in die 80er-Jahre Anschlagspläne der PLO in aller Welt, rettet damit unzählige Menschenleben. Doch selbst lebt der CIA-Agent mit seiner Familie in ständiger Angst. Der kleinste Fehler hätte den Tod bedeutet. Die größte Gefahr droht, als die Familie im libanesischen Bürgerkrieg zwischen die Fronten gerät: Gefangen und gefoltert von der berüchtigten christlichen Phalange-Miliz, kommt sie nur durch glückliche Umstände wieder frei. Willi Pohl hat vom Agentenleben genug, kehrt nach Deutschland zurück, schreibt als Willi Voss Kriminalromane und Drehbücher unter anderem für den "Tatort". Egmont Koch begleitet Willi Pohl alias Voss auf einer Reise zurück zu den Stationen seiner drei Leben als Terrorist, Spion und Krimiautor.
"Wir müssen alles erfahren!", fordert Erich Mielke, der Leiter des DDR-Inlandsgeheimdienstes. Die etwa 200.000 Mitarbeiter seiner "Staatssicherheit" spionieren dafür rund um die Uhr. Nach der Wende finden Bürgerrechtler tonnenweise Akten, Tonbänder, Filme, aber auch rätselhafte Gläser mit "Geruchsproben" in den Stasiarchiven. Sie geben tiefe Einblicke in die geheime Welt von Mielkes Agenten und Zuträgern, in ihr Tun und Denken.
Auch nach dem Ende der Sowjetunion lebt in Russland der Geist des berühmt-berüchtigten KGB weiter. Im Inland entwickelte der Geheimdienst ein System der Angst und organisierte unzählige Straflager, im Ausland warb er Spione an und attackierte seine Gegner. "ZDF-History" lässt ehemalige Agenten und Opfer zu Wort kommen. Zugleich analysieren Historiker, welche ideologischen Vorgaben und praktischen Herausforderungen den Geheimdienst prägten.