Im Auftakt der zweiten Staffel wird Jane Rizzoli während einer Belagerung des Reviers angeschossen und daraufhin als Heldin geehrt. Doch ein Desaster kürzt die Feier drastisch ab.
Janes und Mauras Ruhetag in einem Wellness-Center bringt reichlich Unruhe, als sie eine ermordete schwangere Frau entdecken, die ihr Kind als Leihmutter austrug.
Während der Flottenwoche wird ein junges Mädchen tot aufgefunden. Zwischen Frost und seinem Vater, Admiral der Navy, kommt es zu Spannungen. Maura geht mit Angelas Mechaniker aus.
Als die Tochter eines Polizisten vor den Augen ihres jüngeren Bruders entführt wird, suchen Jane und das Team hektisch nach ihr.
Der Trainer eines Baseball-Teams wird tot aufgefunden, während die Eigner und ein Star-Spieler um die Kontrolle des Teams kämpfen. Janes Bruder Tommy wird aus der Haft entlassen.
Mauras Geschichtskenntnisse helfen bei der Lösung eines Todesfalls bei einer nachgestellten Schlacht aus dem amerikanischen Unabhängigkeitskrieg. Mauras Mutter kommt zu Besuch.
Jane und das Team untersuchen eine moderne Variante der Hexenjagd von Salem. Unterdessen kehrt Frankies alte Freundin zurück und sorgt für eine Überraschung.
Da sie einen Betrug vermuten, ermitteln Neal und Peter gegen eine wunderschöne Witwe, die kurz davor steht, eine riesige Lebensversicherung ausgezahlt zu bekommen. In einem Undercovereinsatz umwirbt Neal die Witwe und ist selbst überrascht, als er anfängt, echte Gefühle für sie zu entwickeln.
Eine verführerische Kunstdiebin macht Neal ein Angebot im Austausch von wichtigen Informationen über seine Vergangenheit. Aber um seinen Teil der hitchcockartigen Abmachung zu erfüllen, muss Neal ein wertvolles Kunstwerk vor der Nase von Peter und dem FBI stehlen.
Mozzie kauft ein Lager, das ihn, Neal und Peter auf eine gefährliche Schatzsuche führt. Sie verfolgen Spuren, die Mozzies Meinung nach von den modernen Überresten eines revolutionären Spionagerings hinterlassen wurden.
In der Schule taucht ein neuer Schüler auf und Laura ist sofort von dem Jungen fasziniert. Johnny Johnson ist freundlich und lustig, interessiert sich aber leider nicht an Laura, sondern an deren Schwester Mary. Und obwohl diese Johnnys Gefühle nicht erwidert, ist die Lage kompliziert genug, dass die Schwestern über den Jungen miteinander in Streit geraten.
Amy Hearn ist eine der älteren Bewohner des Örtchens Walnut Grove. Da ihre Kinder kaum zu Besuch kommen, ist Amy oft traurig. In ihrer Verzweiflung hat sie schließlich eine Idee: Wie wäre es, wenn sie ihre eigene Beerdigung ausrichten würde, um die Familie nach Walnut Grove zu locken? Natürlich kann sie diesen kleinen Betrug nicht alleine ausführen und braucht Unterstützung.
Laura freundet sich mit ihrer netten und schüchternen Klassenkameradin Olga Nordstrom an, die mit einem verkürzten Bein auf die Welt gekommen ist. Als Charles hört, welches Problem Olga hat, kommt ihm eine Idee, wie man dem Mädchen vielleicht helfen könnte. Doch es ist nicht leicht, den verwitweten Vater des Mädchens zu überzeugen, der sich als extrem stur erweist.