Gibbs überlebt die Bootsexplosion, doch mit ihm wird auch die Leiche einer Frau angespült. McGee und Torres übernehmen den Fall, um Gibbs zu finden.
Gibbs und Journalistin Marcie Warren jagen den Serienmörder. Gibbs hält sich zwar weiterhin versteckt, wird aber von seinem Team unterstützt.
Das Team fasst den Serienmörder LaMere, findet aber heraus, dass seine Morde Aufträge waren. Ist das Pentagon in die Aufträge verwickelt?
Gibbs und McGee fliegen für Mordermittlungen nach Alaska. Die Toten scheinen alle eine Verbindung zum Bau einer Kupfermine zu haben.
Als Jimmy die Leiche eines Petty Officers transportieren will, explodiert diese im Van.
Für den Mord eines beliebten Sporttrainers der Navy gibt es scheinbar keinerlei Motive. Außerdem muss sich das Team an Gibbs Nachfolger gewöhnen.
Delilahs Mutter ist auf einer Kreuzfahrt. Der Urlaub endet abrupt, als sie ihre Freund tot auffindet.
Ein Navy-Reservist wird mit zahllosen Schusswunden an einem Schießstand gefunden. Steckt eine Bezihungstat dahinter?
Eine Finanzberaterin wird am Eingang eines Navy-Stützpunkts erschossen. Die Hinweise deuten allerdings auf ein persönliches Motiv hin.
Ein verschwundener Offizier wird verdächtigt, Navy-Software gestohlen zu haben. Seine Verlobte und Kollegen glauben an seine Unschuld, aber die Beweise sind erdrückend.
Als Charlie und Rex mit Donovan, Sarah und Jesse auf dem örtlichen Golfplatz ein paar Löcher spielen wollen, entdeckt Rex plötzlich eine Leiche. Es handelt sich um Jennica, die Sponsorin sowie beste Freundin der Tochter des Golfplatz-Betreibers, Raffi.
Ein vermeintlicher Routineeinsatz wird für Charlie und Rex zu einer ungeahnten Gefahr. Als sie ein paar Pferdedieben hinterherjagen, die eine wertvolle Zuchtstute gestohlen haben, wird Charlie nämlich von dem fahrenden Pferdeanhänger der Diebe gestoßen und bleibt mit einer Gehirnerschütterung auf der Straße liegen, während Rex angeschossen wird und fortan unauffindbar scheint.
Als der ehemalige Sträfling Gabriel unmittelbar nach seiner Haftentlassung auf das Revier kommt und Sarah mit einem Messer bedroht, beginnt für Hudson ein Wettlauf gegen die Zeit.
Während der Flottenwoche wird ein junges Mädchen tot aufgefunden. Zwischen Frost und seinem Vater, Admiral der Navy, kommt es zu Spannungen. Maura geht mit Angelas Mechaniker aus.
Als die Tochter eines Polizisten vor den Augen ihres jüngeren Bruders entführt wird, suchen Jane und das Team hektisch nach ihr.
Der Trainer eines Baseball-Teams wird tot aufgefunden, während die Eigner und ein Star-Spieler um die Kontrolle des Teams kämpfen. Janes Bruder Tommy wird aus der Haft entlassen.
Mauras Geschichtskenntnisse helfen bei der Lösung eines Todesfalls bei einer nachgestellten Schlacht aus dem amerikanischen Unabhängigkeitskrieg. Mauras Mutter kommt zu Besuch.
Jane und das Team untersuchen eine moderne Variante der Hexenjagd von Salem. Unterdessen kehrt Frankies alte Freundin zurück und sorgt für eine Überraschung.
Nach einem tödlichen Straßenraub forschen Jane und Maura in der Familiengeschichte nach. Eine mysteriöse Person aus Mauras Vergangenheit taucht auf, was zum Streit mit Jane führt.
Das Team kommt möglichen Mafiaaktivitäten auf die Spur, die mit Mauras leiblichem Vater zu tun haben. Maura geht mit Tommy aus. Jane drückt sich vor dem Bewusstseinstraining.
Am Abend vor seiner Entlassung stirbt ein junger Mann im Waschraum eines Gefängnisses. Serienmörder Charles Hoyt behauptet, er könne Hinweise auf den Mord geben.
Das Team und die Assistentin des Staatsanwalts, Valerie Hudson, wollen ein berüchtigtes Bandenmitglied überführen. TV-Moderator Bill O'Reilly kritisiert die Polizei.
Das Bostoner Morddezernat arbeitet nach einem Überfall mit dem FBI zusammen, doch die FBI-Agentin Anna Farrell ist offenbar einst mit Detective Frost aneinandergeraten.
Als ein wertvolles Gemälde aus einer Privatsammlung gestohlen wird, soll Peter es zurückholen.
Ein Undercover-FBI-Agent verschwindet, Peter und Neal sollen in dem Fall ermitteln.
Monks Phobien drohen einen großen Mordfall vor Gericht platzen zu lassen, denn der aggressive Strafverteidiger nimmt die unkonventionellen Methoden des Ex-Polizisten ins Visier.
Ein Kritiker hat einen vernichtenden Artikel über die Schauspielkünste von Natalies Tochter geschrieben. Doch ist er auch für einen Mord verantwortlich, der zur selben Zeit wie die Aufführung verübt wurde?
Ist Voodoo der Schlüssel zu diesem Fall, in dem jemand Puppen an verschiedene Einwohner von San Francisco schickt? Die Puppen sagen jedenfalls einige unerklärliche Todesfälle voraus - auch Natalie könnte unter den Opfern sein.
Monks Versicherung weigert sich, weiterhin die Kosten für seine Einzeltherapie zu übernehmen, weshalb er sich der Therapiegruppe von Dr. Bell anschließt. Einer der Patienten scheint allerdings ein Mörder zu sein.
Natalie versucht, zu Monks Geburtstag eine Überraschungsfeier zu organisieren, während der den rätselhaften Tod eines Gebäudetechnikers untersucht.