Ein Radiosprecher wird des Mordes verdächtigt. Die Sache hat nur einen Haken: Zur Tatzeit war der Mann live auf Sendung. Jedoch wäre das nicht das erste scheinbar wasserdichte Alibi in Monks Karriere.
Lieutenant Disher erbt von seinem Onkel eine Farm und beschließt, dort ein neues Leben zu beginnen. Als sich jedoch der Verdacht erhärtet, der Onkel sei ermordet worden, bittet er Monk um Hilfe.
Wegen einer blutigen Nase muss Monk ins Krankenhaus. Doch dauert es nicht lange, bis er mitten in einem Mordfall steckt, bei dem er auf seine Spürnase eigentlich nicht verzichten kann.
Monk wird bei einer Wohltätigkeitsveranstaltung von seinem größten Fan Marci "ersteigert". Diese darf nun sechs Stunden mit Monk verbringen. Jedoch kommt es anders, denn Marcis toter Hund wird des Mordes verdächtigt.
Der berühmte Rapper Extra Large wird von einer Autobombe genau so ermordet, wie in einem Lied seines Rivalen MurderUss beschrieben. Damit ist MurderUss der Hauptverdächtige -- doch Natalie hat da ein komisches Gefüh.
Nackte Menschen und Monk? Ein Albtraum für den phobischen Ermittler! Als am Nacktbadestrand ein Mord passiert, ist der Fall für Monk deshalb klar: Der Obernudist war's! Und er muss für immer hinter Gitter.
Gibbs erhält den Auftrag, einen geeigneten Knochenmarkspender für den im Sterben liegenden Lieutenant Alex Quinn aufzuspüren. Der Bruder des Mannes könnte als Kandidat in Frage kommen, gilt aber seit Jahren als verschollen.
Ducky wird aus heiterem Himmel von einem Mann überfallen, der behauptet, Informationen über seinen Halbbruder zu haben, der bereits vor Jahren gestorben ist. Während das Team fieberhaft nach dem Mann sucht, schwelgt Ducky in Erinnerungen.
Abbys Bruder Luca, der als Koch arbeitet, wird verdächtigt, alle Passagiere und die Crew eines Privatjets vergiftet zu haben. Gibbs und sein Team versuchen, die Fakten zu ermitteln. Tony gibt zudem zu, dass er und Zoe sich getrennt haben.
Das Team untersucht den Mord an Navy Lieutenant Alessandra Ramos. Bei den Ermittlungen stoßen die Kollegen auf einen internationalen Ring von Menschenschmugglern. McGee ist zudem während eines Sturms auf der Suche nach einem Schlafplatz.
Tiefseetaucher Diego de la Rossa kommt bei einem Auftrag ums Leben. Seine Kollegen, die mit Diegos Leiche in einer Dekompressionskammer eingesperrt sind, müssen dort ausharren, während das NCIS-Team eine unorthodoxe Ermittlung durchführt.
Das NCIS-Team arbeitet mit dem FBI zusammen, nachdem bekannt wird, dass Sarah Porters Tochter entführt worden ist. McGees Freundin aus Kindertagen, NCIS-Special Agent Valerie Page, ist zudem in der Stadt, um das Team zu schulen.
Auf einem Stützpunkt werden Waffen gestohlen. Bei den Ermittlungen erfährt Gibbs, dass Kollegen einer anderen Behörde den Dieben bereits auf den Fersen sind. Als eine Spur nach Afrika führt, stattet DiNozzo Jeanne Benoit einen Besuch ab.
Ein scheinbar klarer Fall lässt den Ermittlern keine Ruhe. McGee und Delilah streiten zudem darüber, wie wichtig es ist, während des Essens nicht über die Arbeit zu sprechen und DiNozzo langweilt seine Verabredung mit Fachsimpelei.
Ein Paar wird im Irak angegriffen, und zwar auf die gleiche Weise wie sechs Monate zuvor eine Gruppe Scharfschützen. Gibbs benötigt die Aussage des einzigen Überlebenden und versucht, eine Verbindung zu dem Soldaten aufzubauen.
Gibbs und sein Team müssen herausfinden, wer in ihrem neuen Fall lügt: die Ehefrau oder die Geliebte, die sich gegenseitig des Mordes an dem Journalisten Laurence Jennings bezichtigen. DiNozzo hilft zudem einer obdachlosen Frau.
Nach einem tödlichen Straßenraub forschen Jane und Maura in der Familiengeschichte nach. Eine mysteriöse Person aus Mauras Vergangenheit taucht auf, was zum Streit mit Jane führt.
Das Team kommt möglichen Mafiaaktivitäten auf die Spur, die mit Mauras leiblichem Vater zu tun haben. Maura geht mit Tommy aus. Jane drückt sich vor dem Bewusstseinstraining.
Am Abend vor seiner Entlassung stirbt ein junger Mann im Waschraum eines Gefängnisses. Serienmörder Charles Hoyt behauptet, er könne Hinweise auf den Mord geben.
Das Team und die Assistentin des Staatsanwalts, Valerie Hudson, wollen ein berüchtigtes Bandenmitglied überführen. TV-Moderator Bill O'Reilly kritisiert die Polizei.
Das Bostoner Morddezernat arbeitet nach einem Überfall mit dem FBI zusammen, doch die FBI-Agentin Anna Farrell ist offenbar einst mit Detective Frost aneinandergeraten.
Jane nimmt Maura zum Klassentreffen in ihre Schule mit, wo eine ehemalige Mitschülerin auf dem Sportplatz tot aufgefunden wird. Korsak bekommt Besuch von seiner Ex-Frau.
Die Mutter eines Startänzers wird während eines Turniers erstochen. Korsaks Stiefsohn wird vorgeworfen, auf einen Polizisten geschossen zu haben.
Unfall oder Brandstiftung? Und FBI-Agent Gabriel Dean möchte seine Beziehung mit Jane wiederaufnehmen.
Die Freundschaft zwischen Jane und Maura steht auf dem Spiel, nachdem Jane bei einem Einsatz auf den Vater ihrer Freundin, den Verbrecher Paddy Doyle, geschossen hat. Als wäre es noch nicht schlimm genug, dass dieser nun in Lebensgefahr schwebt, wird gegen Jane nun auch noch intern wegen Korruption ermittelt. Zudem kommt ihr Verhältnis mit dem Agenten Dean ans Licht.
Nach den jüngsten Ereignissen ist die Stimmung zwischen Maura und Jane nach wie vor angespannt, doch ein neuer Fall lässt den beiden Frauen keine Wahl: Sie müssen ihre persönlichen Probleme beiseiteschieben und zusammenarbeiten, denn eine Studentin wurde erdrosselt in den Versorgungstunneln des Campusgeländes aufgefunden. Indes taucht Janes Vater Frankie mit Neuigkeiten im Gepäck auf.
Als ein Verbrecher, den Peter verhaftet hat, einen leistungsstarken politischen Berater anheuert, um die Gerichtsverhandlung zu sabotieren, müssen Peter und Neal es mit diesem brillanten, aber hinterhältigen Gegner aufnehmen, der so tut, als verhalte er sich rechtmäßig.
Alex Hunter ist zurück, und sie steht ganz oben auf der FBI-Liste der Drahtzieher, die für eine Reihe verpfuschter Museumsraubüberfälle verantwortlich sind, bei denen sie seltene antike Artefakte anvisieren.
Peter setzt Neal als Undercover-Börsenhändler ein. Neal entdeckt einen Boxring, bei dem Wirtschaftsverbrechen begangen werden, indem Börsenhändler um Insiderinformationen kämpfen. Um den korrupten Leiter zu verhaften, müssen Peter und Neal das Büro gegen den Boxring eintauschen.
Als das FBI auf eines der Gemälde der Inventarliste des Schatzes aufmerksam wird, beauftragt Peter Neal, es zu finden. Neal und Mozzie müssen dem FBI einen Schritt voraus bleiben und so tun, als würden sie mit ihnen zusammenarbeiten, damit sie nicht herausfinden, dass sie über den ganzen Schatz verfügen.
Als der Roboter S.A.M. des Mordes beschuldigt wird, muss Trent an einen Ort gehen, an dem vor ihm noch kein Mensch gewesen ist, und zwar nach Robot Town, San Diego.
Die größte und wichtigste Veranstaltung des Jahres steht vor der Tür: die Comic Con! Trent und sein Team übernehmen dabei eine schwierige Aufgabe: Sie müssen eine Gruppe namens "F.A.N.B.O.Y.Z." aufhalten. Die Verbrecher wollen nämlich alle Comicbuch-Autoren töten, die sie mit ihren Geschichten enttäuscht haben.
Der jährliche Frühlingstanz steht kurz bevor, doch weder Laura noch Grace Snider haben eine männliche Begleitung. Caroline hat das Gefühl, dass Isaiah Edwards sich nicht genügend um Grace bemüht und gibt der jungen Frau ein paar Tipps. Laura, die das Gespräch mitangehört hat, wendet die Ratschläge ihrer Mutter bei sich selbst an, doch der Schuss geht nach hinten los.
Der Gesundheitszustand von Julia Sanderson, einer Witwe mit drei kleinen Kindern, ist sehr schlecht und Doc Baker befürchtet, dass sie nicht mehr lange zu leben hat. Deshalb bittet sie Charles ihr dabei zu helfen, Adoptiveltern für ihre Kinder zu finden. Auch Laura und Mary suchen indes nach einer Pflegefamilie, nachdem sie am Fluss drei Hundewelpen gefunden haben.
Umgehend nach Julias Beerdigung macht sich Charles daran, ihren letzten Wunsch zu erfüllen. Während John, Carl und Alicia vorläufig bei Mr. Edwards und Grace unterkommen, wird Charles von mehreren potentiellen Adoptiveltern aufgesucht. Als er schließlich eine Entscheidung trifft, wer die Kinder bekommen soll, wird er von vielen dafür angefeindet, unter anderem auch von seiner Tochter Laura.