Im Auftakt der zweiten Staffel wird Jane Rizzoli während einer Belagerung des Reviers angeschossen und daraufhin als Heldin geehrt. Doch ein Desaster kürzt die Feier drastisch ab.
Abbys Bruder Luca, der als Koch arbeitet, wird verdächtigt, alle Passagiere und die Crew eines Privatjets vergiftet zu haben. Gibbs und sein Team versuchen, die Fakten zu ermitteln. Tony gibt zudem zu, dass er und Zoe sich getrennt haben.
Das Team untersucht den Mord an Navy Lieutenant Alessandra Ramos. Bei den Ermittlungen stoßen die Kollegen auf einen internationalen Ring von Menschenschmugglern. McGee ist zudem während eines Sturms auf der Suche nach einem Schlafplatz.
Neal arbeitet mit der ehrgeizigen Agentin Kimberly Rice als Berater an einer Entführung.
Neal tut sich mit Alex zusammen, um die Spieldose aus dem italienischen Konsulat zu stehlen.
Als ein Verbrecher, den Peter verhaftet hat, einen leistungsstarken politischen Berater anheuert, um die Gerichtsverhandlung zu sabotieren, müssen Peter und Neal es mit diesem brillanten, aber hinterhältigen Gegner aufnehmen, der so tut, als verhalte er sich rechtmäßig.
Alex Hunter ist zurück, und sie steht ganz oben auf der FBI-Liste der Drahtzieher, die für eine Reihe verpfuschter Museumsraubüberfälle verantwortlich sind, bei denen sie seltene antike Artefakte anvisieren.
Peter setzt Neal als Undercover-Börsenhändler ein. Neal entdeckt einen Boxring, bei dem Wirtschaftsverbrechen begangen werden, indem Börsenhändler um Insiderinformationen kämpfen. Um den korrupten Leiter zu verhaften, müssen Peter und Neal das Büro gegen den Boxring eintauschen.
Als das FBI auf eines der Gemälde der Inventarliste des Schatzes aufmerksam wird, beauftragt Peter Neal, es zu finden. Neal und Mozzie müssen dem FBI einen Schritt voraus bleiben und so tun, als würden sie mit ihnen zusammenarbeiten, damit sie nicht herausfinden, dass sie über den ganzen Schatz verfügen.
Rex soll die Hauptrolle in einem Fernsehwerbespot übernehmen. Doch der Dreh wird durch den Mord an einem der Mitarbeiter der Werbeagentur unterbrochen.
Nachdem ein Bauunternehmer tot aufgefunden wird, verfolgen Charlie und Rex die Spur des Mörders zu einem illegalen Kasino. Major Crimes geht undercover, um den Fall zu lösen.
Als ein Verbrecher, den Peter verhaftet hat, einen leistungsstarken politischen Berater anheuert, um die Gerichtsverhandlung zu sabotieren, müssen Peter und Neal es mit diesem brillanten, aber hinterhältigen Gegner aufnehmen, der so tut, als verhalte er sich rechtmäßig.
Alex Hunter ist zurück, und sie steht ganz oben auf der FBI-Liste der Drahtzieher, die für eine Reihe verpfuschter Museumsraubüberfälle verantwortlich sind, bei denen sie seltene antike Artefakte anvisieren.
Peter setzt Neal als Undercover-Börsenhändler ein. Neal entdeckt einen Boxring, bei dem Wirtschaftsverbrechen begangen werden, indem Börsenhändler um Insiderinformationen kämpfen. Um den korrupten Leiter zu verhaften, müssen Peter und Neal das Büro gegen den Boxring eintauschen.
Als das FBI auf eines der Gemälde der Inventarliste des Schatzes aufmerksam wird, beauftragt Peter Neal, es zu finden. Neal und Mozzie müssen dem FBI einen Schritt voraus bleiben und so tun, als würden sie mit ihnen zusammenarbeiten, damit sie nicht herausfinden, dass sie über den ganzen Schatz verfügen.
Dem Präsidenten der Navy wird das Herz aus der Brust entwendet und durch eine Bombe ersetzt. Das NTSF-Team versucht ihn zu retten.
Nels liefert sich mit seiner Frau im Kaufmannsladen einen heftigen Streit und zieht danach in ein Hotel im Ort. Während die übrigen Bewohner Walnut Groves davon überzeugt sind, dass sich die Wogen zwischen den Eheleuten bald wieder glätten werden, spricht Harriet davon, mit den Kindern wegzuziehen. Schließlich fassen sich Charles und Caroine ein Herz und sprechen mit den beiden.
Harriet Olesons jüngere Nichte kommt zu Besuch nach Walnut Grove und fühlt sich sofort von Doc Baker angezogen. Trotz des Altersunterschieds und obwohl Freunde und Familie ihre Einwände zum Ausdruck bringen, beginnen die beiden eine Romanze. Schließlich führt ein unerwartetes Ereignis dazu, dass die zwei eine schwierige Entscheidung treffen müssen.