Nachdem Monk von einer früheren Mitschülerin, deren Haushälterin ermordet wurde, um Hilfe gebeten, wird, führen ihn erst Erinnerungen an seinen "ersten Fall" auf die richtige Spur.
San Francisco versinkt in Weihnachtsstimmung. In die allgemeine Fröhlichkeit mischt sich jedoch ein Mord an einem Polizisten. Um den Fall aufzuklären, schlüpft Monk sogar in ein Weihnachtsmann-Kostüm.
Die Polizeibeamtin Maria Ortiz benötigt Hilfe. Ihr Sohn wurde wegen Mordes an einem Model eingesperrt. Obwohl DNA-Spuren Pablo schwer belasten, hält Monk den jungen Mann für schuldlos.
Monk verliert durch einen Schlag auf den Kopf das Bewusstsein und erleidet eine Amnesie. Als er wieder zu sich kommt, lässt eine Frau namens Cora ihn glauben, er sei mit ihr verheiratet.
Der eifersüchtige Stottlemeyer beauftragt Monk und Natalie, seine Frau zu observieren. Tatsächlich können sie diese bei einer Verabredung mit einem anderen Mann beobachten.
Nach drei Wochen ohne Auftrag sind Monk und Natalie knapp bei Kasse. So entschließen sich die beiden dazu, den Alexander Diamanten zu suchen und den Finderlohn einzustreichen.
Zusammen mit der CIA-Agentin Joanna - der Mutter des ermordeten Ned - heften sich die NCIS-Ermittler an die Fersen der Terrorzelle. Während Gibbs vorsichtig an die Hintermänner herankommen will, kann es Joanna nicht schnell genug gehen.
Nachdem auf Gibbs geschossen wurde, kämpft er an Bord eines Navy-Lazarettschiffs um sein Leben. Während das Team nun auf Neuigkeiten zu Gibbs Zustand wartet, machen sich Tony DiNozzo und CIA-Officer Joanna Teague auf den Weg nach Shanghai.
Gibbs bittet sein Team, Luis Mitchell, der als Agent bei der US-Drogenbehörde arbeitet, in einer Sache zu unterstützen. Bald findet DiNozzo heraus, dass Gibbs nicht nur ein persönliches Interesse an dem Fall hat, sondern auch an Mitchell.
Ein Marine wird tot aufgefunden, nur wenige Stunden, nachdem er sich bei Gibbs gemeldet hatte und ihm brisante Informationen zu einem Fall mitteilen wollte. Da das Team nur wenige Anhaltspunkte hat, ermitteln Bishop und McGee undercover.
Vance kehrt in den Außendienst zurück, um Gibbs zu unterstützen: Bei einem Mordfall gibt es Hinweise auf einen ehemaligen NCIS-Agenten, den Vance vor Jahren hinter Gitter gebracht hatte, da der Agent damals Beweise gestohlen hatte.
Für einen Fall stellt Abby Nachforschungen in einem Pharmalabor an. Gerade als sie sich dort mit einer Forscherin trifft, wird durch einen Alarm das gesamte Labor abgeriegelt und bewaffnete Männer nehmen die beiden Frauen als Geiseln.
Als ein Unteroffizier ermordet wird, deutet zunächst alles darauf hin, dass der Mann einem Serienmörder zum Opfer gefallen ist. Gibbs und sein Team übernehmen die Ermittlungen. Zudem müssen McGee und Delilah lernen, Kompromisse einzugehen.
Das NCIS-Team übernimmt die Ermittlungen, nachdem ein Navy-Commander im Ruhestand tot aufgefunden wurde. Schon kurze Zeit später muss der Gerichtsmediziner Ducky gestehen, dass er in dem Fall befangen ist, was Gibbs gar nicht gefällt.
Im Südsudan wird eine Krankenstation, in der Ärzte und Mitarbeiter der Navy ehrenamtlich arbeiten, von Rebellen überfallen. Umgehend reisen Tony und Bishop in das Land, um sich selbst ein Bild der Lage zu machen.
Ein Unteroffizier wird verdächtigt, seine Exfreundin getötet zu haben, kann aber wegen eines Formfehlers nicht belangt werden. Da ihn die Anschuldigung schwer belastet, will er, dass Gibbs den Fall neu aufnimmt und seine Unschuld beweist.
In einem Park in Boston wird ein Toter mit durchgeschnittener Kehle gefunden. Schnell machen Rizzoli und ihre Kollegin Dr. Isles eine schreckliche Entdeckung: Der Mann wurde bereits vor über zwei Jahren getötet und seither tiefgekühlt gelagert. Die Verletzungen deuten auf den inhaftierten Serienmörder Hoyt hin, der bereits zweimal versucht hat, Jane zu töten. Hat Hoyt etwa einen Komplizen?
Detective Jane Rizzoli und ihre Kollegin Maura Isles sollen den Mord an einem jungen Mann aufklären, der tot in seinem Auto gefunden worden ist. Seltsam ist, dass das seine Fingerspitzen mit Säure behandelt hat, um Fingerabdrücke zu vermeiden. Warum wollte der junge Mann seine Identität verbergen? Als sich herausstellt, dass er Mauras Halbbruder war, überschlagen sich die Ereignisse.
Als die Tarnung eines Polizisten auffliegt, der verdeckt im Drogenmilieu ermittelt, wird er kurzerhand von Mitgliedern der Mafia erschossen. Nachdem Detective Rizzoli und ihr Bruder Frank den Tatort untersucht und einige Beweisstücke sichergestellt haben, kehren sie aufs Revier zurück. Doch bald stürmen Mitglieder des Drogenrings die Dienststelle. Sie sind auf der Suche nach etwas ganz Bestimmtem.
Im Auftakt der zweiten Staffel wird Jane Rizzoli während einer Belagerung des Reviers angeschossen und daraufhin als Heldin geehrt. Doch ein Desaster kürzt die Feier drastisch ab.
Janes und Mauras Ruhetag in einem Wellness-Center bringt reichlich Unruhe, als sie eine ermordete schwangere Frau entdecken, die ihr Kind als Leihmutter austrug.
Während der Flottenwoche wird ein junges Mädchen tot aufgefunden. Zwischen Frost und seinem Vater, Admiral der Navy, kommt es zu Spannungen. Maura geht mit Angelas Mechaniker aus.
Als die Tochter eines Polizisten vor den Augen ihres jüngeren Bruders entführt wird, suchen Jane und das Team hektisch nach ihr.
Der Trainer eines Baseball-Teams wird tot aufgefunden, während die Eigner und ein Star-Spieler um die Kontrolle des Teams kämpfen. Janes Bruder Tommy wird aus der Haft entlassen.
Mauras Geschichtskenntnisse helfen bei der Lösung eines Todesfalls bei einer nachgestellten Schlacht aus dem amerikanischen Unabhängigkeitskrieg. Mauras Mutter kommt zu Besuch.
Jane und das Team untersuchen eine moderne Variante der Hexenjagd von Salem. Unterdessen kehrt Frankies alte Freundin zurück und sorgt für eine Überraschung.
Zurück in New York wird Peter für sein Handeln auf der Insel bestraft und aus der Abteilung der Wirtschaftsverbrechen versetzt. Allerdings schafft er es mit der Hilfe von Neal und dem Team, gegen einen brillanten Dieb, der dem FBI jahrelang entkommen ist, heimlich zu ermitteln.
Da sie einen Betrug vermuten, ermitteln Neal und Peter gegen eine wunderschöne Witwe, die kurz davor steht, eine riesige Lebensversicherung ausgezahlt zu bekommen. In einem Undercovereinsatz umwirbt Neal die Witwe und ist selbst überrascht, als er anfängt, echte Gefühle für sie zu entwickeln.
Eine verführerische Kunstdiebin macht Neal ein Angebot im Austausch von wichtigen Informationen über seine Vergangenheit. Aber um seinen Teil der hitchcockartigen Abmachung zu erfüllen, muss Neal ein wertvolles Kunstwerk vor der Nase von Peter und dem FBI stehlen.
Mozzie kauft ein Lager, das ihn, Neal und Peter auf eine gefährliche Schatzsuche führt. Sie verfolgen Spuren, die Mozzies Meinung nach von den modernen Überresten eines revolutionären Spionagerings hinterlassen wurden.
In der Schule taucht ein neuer Schüler auf und Laura ist sofort von dem Jungen fasziniert. Johnny Johnson ist freundlich und lustig, interessiert sich aber leider nicht an Laura, sondern an deren Schwester Mary. Und obwohl diese Johnnys Gefühle nicht erwidert, ist die Lage kompliziert genug, dass die Schwestern über den Jungen miteinander in Streit geraten.
Amy Hearn ist eine der älteren Bewohner des Örtchens Walnut Grove. Da ihre Kinder kaum zu Besuch kommen, ist Amy oft traurig. In ihrer Verzweiflung hat sie schließlich eine Idee: Wie wäre es, wenn sie ihre eigene Beerdigung ausrichten würde, um die Familie nach Walnut Grove zu locken? Natürlich kann sie diesen kleinen Betrug nicht alleine ausführen und braucht Unterstützung.
Laura freundet sich mit ihrer netten und schüchternen Klassenkameradin Olga Nordstrom an, die mit einem verkürzten Bein auf die Welt gekommen ist. Als Charles hört, welches Problem Olga hat, kommt ihm eine Idee, wie man dem Mädchen vielleicht helfen könnte. Doch es ist nicht leicht, den verwitweten Vater des Mädchens zu überzeugen, der sich als extrem stur erweist.