Als ein Astronauten-Schimpanse versehentlich auf dem Gelände landet, wird er von allen für Judy gehalten. Später ist die Air Force so beeindruckt von Judy, dass sie ihr ein verlockendes Angebot macht.
Marsh versorgt eine Leopardin mit einem Tumor. Judy kümmert sich um ihr Junges, gerät aber in Schwierigkeiten, als das geheilte Tier zum Zentrum zurückkommt und nach seinem Baby sucht.
Dr. Tracy und Paula versuchen, den Gouverneur von Hedleys Kompetenz als Bezirksverwalter zu überzeugen, als sie hören, dass Hedley in den Ruhestand gezwungen werden soll.
Ein Journalist beschließt die "Bloßstellung" des Forschungszentrums und behauptet, dass es keinen wirklichen Zweck hat.
Judy entkommt von einem Weltraumexperiment für Schimpansen und gelangt in ein Dorf, in dem Schimpansen heilig sind. Judy wird zur Herrscherin ernannt.
Ein früherer Torero kommt zum Zentrum und will sich zum Tierhüter ausbilden lassen. Die Tiere scheinen jedoch eine starke Abneigung gegen ihn zu haben, was seine Arbeit sehr erschwert.
Dr. Tracy versucht, einen Phantom-Leoparden zu retten, den ein Jäger unbedingt schießen will.
Judy zerstört die Pläne zweier ehemaliger Häftlinge, deren einziger Wunsch es ist, ins Gefängnis zurückzukehren, wo es ihnen gut ging.
Paula sendet Judy aus, ein Junges zu schützen, das von Jack und Mike wieder in die Wildnis hinausgeschickt wird.
Der NCIS unterstützt das DOJ bei der Untersuchung eines Brandstifter, der ein sicheres Haus des FBI ins Visier nimmt, das einen Asyl suchenden politischen Aktivisten schützt. Außerdem beschäftigt sich Eric mit den Nachwirkungen des Ausscheiden von Nell aus dem Team.
Der NCIS hilft einem ehemaligen technischen Mitarbeiter des NCIS bei der Suche nach ihrem vermissten Ex-Partner. Sie befürchtet, er könnte mit den Waffenschmugglern zusammenarbeiten, die sie vor Jahren nicht zur Strecke bringen konnten.
Sam, Callen und Roundtree reisen nach Afghanistan. Dort führen sie die Ermittlungen in einem besonders sensiblen Fall. Zwei Navy SEALs haben ausgesagt, dass ihr Vorgesetzter einen unbewaffneten Gefangenen ermordet habe.
Als ein russischer Bomber über den USA verschweindet, sollten Callen und Sam Flugzeug, Waffen und Informationen sichern, bevor sie vernichtet werden.
Als der Hauptzeuge in einem Prozess wegen Kriegsverbrechen verschwindet, soll das NCIS-Team bei der Suche helfen.
Sam soll sich mit einem Informanten treffen, der geheime Militärinformationen aufdecken will, und gerät dabei in Lebensgefahr.
Nachdem das Wandgemälde eines Street-Art-Künstlers gestohlen wurde, ermittelt das NCIS-Team. Bald erfahren die Ermittler, dass in den Bildern geheime QR-Codes versteckt sind, die sie schließlich auf Websites von Umweltaktivisten führen.
McGee und Bishop ermitteln in einem neuen Todesfall und reisen für ihre Ermittlungen sogar nach Afghanistan. Zudem verlässt Kasie ihr Labor und begleitet Torres an den Fundort der Leiche, um dort weitere Spuren einzusammeln.
Eine Frau, die mit dem Einbruch bei einem Admiral in Verbindung steht, wird aus dem Gefängnis entlassen. Das NCIS-Team nimmt die Ermittlungen auf und versucht in einer Undercover-Aktion, sowohl den Partner als auch das Diebesgut zu finden.
Kurz vor Weihnachten: Ein Veteran der Navy ist tot und das NCIS-Team ermittelt. Zeitgleich finden die Kollegen ein Neugeborenes, das niemand zu vermissen scheint. Während sie sich um das Kind kümmern, versuchen sie, seine Familie zu finden.
US-Verteidigungsminister Wynn Grawford mischt sich in Gibbs Morduntersuchung ein und fordert ein sofortiges Ende der Ermittlungen. Zudem verlangt er, dass die beiden Special Agents McGee und Torres wegen ihres Verhaltens verhaftet werden.
Army Corporal John Sydney, ein alter Freund der Familie, bittet Gibbs, ihn auf eine Reise zu begleiten. Zudem wird ein Navy Lieutenant, obwohl er sich bereits in Schutzhaft befand, von einem berüchtigten Drogendealer vergiftet.
Als eine unterernährte und verwirrte 9-jährige in einer Lagereinheit gefunden wird, öffnet das NCIS einen alten Vermisstenfall, da man vermutet, dass das Mädchen die Tochter eines Navy-Rekruten ist, der vor 10 Jahren verschwunden ist.
McGee besucht seine High School, nachdem das einzigartige Passwort, das er als Teenager verwendet hatte, mit dem Mord eines Rüstungsunternehmers in Verbindung steht. Kurz darauf bricht jemand bei McGee ein und will seinen alten PC stehlen.
Das NCIS-Team übernimmt die Ermittlungen, nachdem auf einem Zerstörer auf dem Meer ein Mann über Bord gegangen ist. Torres ist zudem wenig begeistert, dass Director Vance ihm die Verantwortung für drei Highschool-Schüler überträgt.
Jimmy ist zwischen seiner Familie und seiner Arbeit hin- und hergerissen, als sein Schwiegervater Ed ihn bittet, Beweismittel in einer aktuellen Mordermittlung zu verändern. Zudem bittet Eds Pokerkumpel Anthony DiNozzo Sr. seine Hilfe an.
Em muss Sonny vertreten, der mit dem Tod seines Neffen kämpft. Hina und Kainalu jonglieren mehrere Notfälle, während Will Besuch bekommt.
Zwei College-Kids werden in einer Sandgrube eingeschlossen, ein Hai greift an und Will erfährt, ob er den Job bei der Feuerwehr bekommt.
Walternate findet einen Weg, um Chaos in dieser Welt zu verbreiten.
In einem verzweifelten Rennen gegen die Zeit muss Olivia Sam Weiss vertrauen.
Die aufregende dritte Staffel geht ihrem Höhepunkt entgegen. Einige Fragen werden beantwortet als Peter sich mit seiner Bestimmung konfrontiert sieht und ein geliebtes Team Mitglied erlebt den ultimativen Untergang.
Das MPU-Team findet die Wahrheit über einen Autobombenanschlag heraus, woraufhin sie um ihr Leben kämpfen müssen.
Dem MPU-Team widerfährt endlich Gerechtigkeit für die Aufklärung des Martiz-Bombenanschlag-Falls.