Als eine unterernährte und verwirrte 9-jährige in einer Lagereinheit gefunden wird, öffnet das NCIS einen alten Vermisstenfall, da man vermutet, dass das Mädchen die Tochter eines Navy-Rekruten ist, der vor 10 Jahren verschwunden ist.
Als Keller Elizabeth entführt, versuchen Peter und Neal, die Lösegeldforderungen zu erfüllen.
Neal spielt einen Aushilfslehrer, um herauszufinden, wohin Gelder für Stipendien verschwinden.
Drei Gruppen von Menschen sind in der Säuberungsnacht auf den Straßen gefangen und versuchen, das Chaos und die Gewalt zu überleben, die dort herrschen.
Während Sam den Mord an einem iranischen Exilanten untersucht, der auf den Sturz des gegenwärtigen Regimes hinarbeitet, muss er auch versuchen, Agent Roundtree zu retten, einen neuen Agenten, der einen unerwartet abenteuerlichen ersten Arbeitstag hat, als er versehentlich eine Bombe auslöst.
Der NCIS unterstützt das DOJ bei der Untersuchung eines Brandstifter, der ein sicheres Haus des FBI ins Visier nimmt, das einen Asyl suchenden politischen Aktivisten schützt. Außerdem beschäftigt sich Eric mit den Nachwirkungen des Ausscheiden von Nell aus dem Team.
Der NCIS hilft einem ehemaligen technischen Mitarbeiter des NCIS bei der Suche nach ihrem vermissten Ex-Partner. Sie befürchtet, er könnte mit den Waffenschmugglern zusammenarbeiten, die sie vor Jahren nicht zur Strecke bringen konnten.
Drei Gruppen von Menschen sind in der Säuberungsnacht auf den Straßen gefangen und versuchen, das Chaos und die Gewalt zu überleben, die dort herrschen.
Nachdem das Wandgemälde eines Street-Art-Künstlers gestohlen wurde, ermittelt das NCIS-Team. Bald erfahren die Ermittler, dass in den Bildern geheime QR-Codes versteckt sind, die sie schließlich auf Websites von Umweltaktivisten führen.
McGee und Bishop ermitteln in einem neuen Todesfall und reisen für ihre Ermittlungen sogar nach Afghanistan. Zudem verlässt Kasie ihr Labor und begleitet Torres an den Fundort der Leiche, um dort weitere Spuren einzusammeln.
Eine Frau, die mit dem Einbruch bei einem Admiral in Verbindung steht, wird aus dem Gefängnis entlassen. Das NCIS-Team nimmt die Ermittlungen auf und versucht in einer Undercover-Aktion, sowohl den Partner als auch das Diebesgut zu finden.
Das NCIS Team entdeckt eine Verbindung zwischen dem Diebstahl eines Dronenprototyps und der Party eines Videospiel-Streamers. Callen und Sam treffen auf die Versicherungsmitarbeiterin Katherine Casillas, die den Besitz des Streamers versichert.
Trent muss seinen Vater umbringen, doch so einfach ist das nicht.
Eine Gruppe von Jägern kommt ins Zentrum auf der Suche nach einem verhungernden Löwen, der sich auf das Gelände verlaufen hat. Sie wollen ihn töten, denn er hat angeblich ihr Vieh gerissen.