Im Serienfinale begibt sich das POI-Team auf eine letzte Mission, um Samaritan daran zu hindern, die Maschine zu zerstören und seine Macht über die Menschheit zu verstärken.
Dem Präsidenten der Navy wird das Herz aus der Brust entwendet und durch eine Bombe ersetzt. Das NTSF-Team versucht ihn zu retten.
Die Agenten Trent Hauser und seine Kollegin Piper Ferguson, die beide der Spezialabteilung NTSF:SD:SUV:: (National Terrorism Strike Force: San Diego: Sport Utility Vehicle) angehören, geben sich als Schüler aus, um an einer Highschool ermitteln zu können. Dort sind bereits mehrere Kinder einflussreicher Eltern entführt worden.
Adam gerät bei einem furchtbaren Unfall in Lebensgefahr. Doch er überlebt nicht nur, er kann sogar wieder sehen, als er zu sich kommt. Alle freuen sich sehr für ihn, einzig Mary macht sich Sorgen, als er beschließt, den Lehrerberuf an den Nagel zu hängen und stattdessen einen anderen Lebenstraum zu verwirklichen. Harriet ist indes fest entschlossen, ein paar Kilo abzunehmen.
Adam hofft auf eine Karriere als Anwalt und macht sich auf den Weg nach Minneapolis, um dort die Prüfung abzulegen. Kann er endlich seinen Lebenstraum verwirklichen? In Walnut Grove kämpft Harriet indes sehr mit ihrere Diät. Nels glaubt, dass ein Besuch von Harriets schlanker und hübscher Cousine Miriam sie weiter motivieren könnte.
Eine Frauenrechtsaktivistin kommt nach Walnut Grove und schlägt den Männern vor, ihre Rechte mit den Frauen zu teilen. Nachdem Harriet Oleson deshalb einen schrecklichen Streit mit ihrem Ehemann Nels hatte, tritt sie mit ihren Forderungen im Hotel auf. Die Situation verschärft sich, als auch Caroline Harriets Vorbild folgt und einen beispiellosen Streit mit ihrem Ehemann Charles vom Zaun bricht.
Als Percivals Eltern Benjamin und Edna nach Walnut Grove zu Besuch kommen, geraten Harriet und Benjamin bald in einen heillosen Streit darüber, in welchem Glauben ihr erstes Enkelkind erzogen werden soll. Nellies bislang so unkomplizierte Schwangerschaft gerät durch die Streitereien ernsthaft in Gefahr, doch schließlich kommen die Familien zu einer ungewöhnlichen Übereinkunft.
Sara Carter bittet Gibbs, den Mord an ihrer Mutter nochmals zu untersuchen, da sie davon überzeugt ist, dass die Polizei den falschen Mann verhaftet hat. Abby erhält zudem eine Einladung zum Abendessen in einem brandneuen Sternelokal.
Das Team erfährt, dass einer von Ihnen auf der Abschussliste eines Todesschützen steht. Fieberhaft durchsuchen die Ermittler alte Fallakten, um herauszufinden, wer an ihnen Rache üben will.
Gibbs besucht die Gedächtnis-Andacht für einen Freund, der auf See gestorben ist. Dabei entdeckt er, dass sich der angeblich verstorbene Navy Captain Brooks versteckt hat, nachdem dessen Boot auf See angegriffen wurde.
Sloane ist davon überzeugt, dass ein Mann, der sie in Afghanistan gefangen gehalten und gefoltert hat, und der angeblich nach ihrer Rettung getötet wurde, in Washington D.C. ist. Vance und Gibbs fürchten, dass Sloane den Mann töten wird.
Einen Monat, nachdem Director Vance entführt wurde, ist sein Verbleib noch immer ungeklärt. Während das gesamte Team nicht nur im Land, sondern auch weltweit nach ihm sucht, übernimmt Gibbs interimsweise Vance' Posten als Leiter des NCIS.
Das NCIS-Team ermittelt, nachdem ein Navy-Lieutenant tot in seinem Whirlpool gefunden wurde. Torres scheint etwas neben der Spur zu sein und will mit den Jungs einen trinken gehen, doch der Abend endet in einer Katastrophe.
McGee ist ein großer Fan von Sheba Nicholas, einer bekannten Reality-TV-Schauspielerin. Als er erfährt, dass sie und ihr Mann fast Opfer eines Anschlags wurden und das NCIS in dem Fall ermittelt, ist er schrecklich nervös.
Gibbs ruhiger Urlaub in einer Hütte in den Wäldern wird gestört, als plötzlich Tobias Fornell und Navy Captain Brooks dort auftauchen. Auch das NCIS bittet ihn um Hilfe, denn in der Nähe versteckt sich ein Räuber auf der Flucht.
Als eine 50 Jahre alte Aufnahme auftaucht, die ein Mordopfer hinterlassen hat, versucht das NCIS-Team, Ray Jennings zu entlasten, der für das Verbrechen im Gefängnis sitzt. Hat sich die Geschichte damals ganz anders zugetragen?
Halloween steht vor der Tür und das Team muss sich um die Aufklärung neuer Mordfälle kümmern. Jimmy glaubt zudem, dass es in seinem Labor spuken könnte, nachdem sich dort auf mysteriöse Art und Weise Objekte bewegen.
Eine Frau kommt blutüberströmt mit einer Waffe in der Hand auf das Revier. Den überraschten Beamten erklärt sie, dass sie jemanden getötet hat. Durch das erlittene Trauma weiß die Frau allerdings nicht mehr, wer sie ist, noch wen sie getötet hat. Die Beamten versuchen, diesen eigenartigen Fall aufzuklären, während sie mit dem Verlust ihres Freundes und Kollegen Frost zurechtkommen müssen.
Ein Mörder hat sich einen perfiden Plan zurechtgelegt, um passende Opfer für seine grausamen Taten zu finden. Mittels Online-Anzeigen sucht er nach Menschen, die nicht vermisst werden, wenn sie verschwinden. Jane erfährt indes, dass es ein schwieriges Unterfangen wird, ihre Schwangerschaft vor ihrer Mutter und Maura geheim zu halten.
Die Beamten stehen erneut vor einem schwierigen Fall: Ein Mann wurde in seinem Katastrophen-Bunker getötet, der eigentlich als uneinnehmbar gilt. Nun will die Polizei herausfinden, wie und warum er zum Opfer wurde. Jane fällt es sehr schwer, sich auf den Fall zu konzentrieren, als sie erfährt, dass Korsak mit dem Gedanken spielt, in Pension zu gehen.
Die Beamten untersuchen den Mord an einer wohlhabenden Frau, die Krebs im Endstadium hatte und sowieso nur noch wenige Monate zu leben gehabt hätte. Maura unterrichtet indes an der Universität und trifft dabei auf einen Professor, der das Potenzial hätte, ihr Mr. Perfect zu sein. Da sie mit den Männern in ihrem Leben jedoch meist Pech hatte, ist sie unsicher, ob sie sich auf ihn einlassen soll.
Jane steht vor einem riesigen Problem. Es scheint fast so, als wäre einem Mörder das perfekte Verbrechen gelungen. Und zu allem Überfluss kann sie dieses Mal nicht auf Mauras Hilfe im Labor und in der Pathologie zählen, denn Maura ist auf einer Konferenz für Gerichtsmediziner. Korsak erhält indes Besuch vom Enkelsohn eines verstorbenen Freundes, mit dem er früher Musik gemacht hat.
Der Mord an einem Buchhändler führt Jane und Maura in die Welt keltischer Schriften und verschlüsselter Geständnisse. Auch Paddy Doyle scheint in die Geschichte verstrickt zu sein. Zudem versucht Maura, ihre beste Freundin Jane darauf vorzubereiten, den neuen Mann an ihrer Seite kennenzulernen. Janes Mutter will indes nochmals durchstarten und kündigt ihren Job im Café des Polizeireviers.
In einem Wettlauf gegen die Zeit müssen die Beamten versuchen, eine junge Zeugin zu finden, die beobachtet hat, wie eine Frau vor einem Nachtklub von einem Auftragskiller getötet wurde. Um das Mädchen zu retten, begibt sich Jane schließlich in größte Gefahr. Korsak beschließt, das Team mit der jungen Polizistin Nina Holiday zu ergänzen, nachdem Berry Frosts Schreibtisch lange leer stand.
In einem Weinkeller werden die mumifizierten Überreste einer Frau gefunden, die wohl vergiftet wurde. Dieser Fall ist eine harte Bewährungsprobe für die Ermittlungsfähigkeiten des Teams. Jane arbeitet indes von ihrem Krankenhauszimmer aus, während sie zusammen mit Maura und ihrer Familie versucht, einen schrecklichen Verlust zu verarbeiten.
Die Beamten wollen Korsak bei einem alten Fall helfen, bei dem schon seit langer Zeit keine neuen Beweise ans Licht gekommen sind. Angela versteckt indes ein Schreiben, in dem steht, dass ihre Tochter wieder zum Dienst erscheinen darf. Jane kann nicht fassen, dass sie noch nicht zurück auf das Revier darf und versucht mit ungewöhnlichen Methoden, bei den Fällen auf dem Laufenden zu bleiben.
Mitten in einer Hitzewelle müssen Jane und Maura den Tod eines Mannes aufklären, der in einer Badewanne voll Eis gefunden wurde. Bei der Autopsie stellt Maura fest, dass der Mann stranguliert wurde. Angela versucht indes, sich auf andere Art abzukühlen. Sie hat einen Tee gefunden, der Abkühlung verspricht, doch das Getränk hat unerwartete Konsequenzen.
Peter setzt Neal als Undercover-Börsenhändler ein. Neal entdeckt einen Boxring, bei dem Wirtschaftsverbrechen begangen werden, indem Börsenhändler um Insiderinformationen kämpfen. Um den korrupten Leiter zu verhaften, müssen Peter und Neal das Büro gegen den Boxring eintauschen.
Als das FBI auf eines der Gemälde der Inventarliste des Schatzes aufmerksam wird, beauftragt Peter Neal, es zu finden. Neal und Mozzie müssen dem FBI einen Schritt voraus bleiben und so tun, als würden sie mit ihnen zusammenarbeiten, damit sie nicht herausfinden, dass sie über den ganzen Schatz verfügen.
Peter und Neal versuchen herauszufinden, was hinter den Verbrechen von Neals Vater steckt. Um das zu schaffen, muss sich Neal undercover in die Welt von gefälschtem Whiskey einschleusen, um ein wichtiges Mitglied der irischen Mafia zu verhaften.
Als Dennis Flynn kurz nach seiner Verhaftung während eines Gefängnistransportes, der von einem Senator angeordnet wurde, getötet wird, vermutet Peter Fremdeinwirkung. Bevor Senator Pratt in die Politik ging, war er Polizist in Washington, und zwar, als Ellen und Neals Vater bei der Polizei waren. Wenn er ein korrupter Polizist war, ermittelte Ellen wahrscheinlich gehen ihn.
Trent Hauser und sein Team haben einen neuen Fall auf dem Schreibtisch: Die Polizisten müssen eine Gruppe Terroristen ausschalten und ermitteln dafür verdeckt bei einem Rikscha-Rennen in der Stadt.
Adam gerät bei einem furchtbaren Unfall in Lebensgefahr. Doch er überlebt nicht nur, er kann sogar wieder sehen, als er zu sich kommt. Alle freuen sich sehr für ihn, einzig Mary macht sich Sorgen, als er beschließt, den Lehrerberuf an den Nagel zu hängen und stattdessen einen anderen Lebenstraum zu verwirklichen. Harriet ist indes fest entschlossen, ein paar Kilo abzunehmen.
Adam hofft auf eine Karriere als Anwalt und macht sich auf den Weg nach Minneapolis, um dort die Prüfung abzulegen. Kann er endlich seinen Lebenstraum verwirklichen? In Walnut Grove kämpft Harriet indes sehr mit ihrere Diät. Nels glaubt, dass ein Besuch von Harriets schlanker und hübscher Cousine Miriam sie weiter motivieren könnte.
Eine Frauenrechtsaktivistin kommt nach Walnut Grove und schlägt den Männern vor, ihre Rechte mit den Frauen zu teilen. Nachdem Harriet Oleson deshalb einen schrecklichen Streit mit ihrem Ehemann Nels hatte, tritt sie mit ihren Forderungen im Hotel auf. Die Situation verschärft sich, als auch Caroline Harriets Vorbild folgt und einen beispiellosen Streit mit ihrem Ehemann Charles vom Zaun bricht.