Ein ehemaliger Football-Star kehrt nach Jahren in seine Heimatstadt Walnut Grove zurück, wo er sich mit seiner Frau und seinem Sohn niederlassen möchte. Umgehend übernimmt er das Football-Training der Jungs und stachelt die Spieler zu Höchstleistungen an. Obwohl es der ehemalige Profi gut meint, überfordert er die Kinder schnell mit seinen hohen Erwartungen.
Im Waisenhaus von Sleepy Eye sind zwei junge Brüder untergebracht, die an eine Adoptivfamilie vermittelt werden sollen. Da der jüngere der beiden nicht spricht und Symptome eines emotionalen Traumas aufweist, will die Familie nur den älteren Bruder adoptieren. In ihrer Not laufen die Jungs davon und kommen in der nahegelegenen Blindenschule unter, wo der freundliche Mr. Houston sich ihrer annimmt.
Die 16-jährige Annie, die mit ihren Adoptiveltern in Walnut Grove lebt, zeigt großes Talent für das Malen, obwohl sie blind ist. Als ein Besitzer mehrerer Kunstgalerien Annies Werke sieht, macht er sich für eine Ausstellung in Sleepy Eye stark. Aufgrund der Berichterstattung wird auch Annies leibliche Mutter darauf aufmerksam, die ihre Tochter als Kleinkind verlassen hatte.
Laura und Almanzo sind frisch verheiratet und hatten bislang nur ein paar kleinere Streitereien. Doch als Laura das Gefühl bekommt, dass Almanzo sie betrügt, beschließt sie, ihn zu verlassen. Charles ist indes der stolze Besitzer eines wunderschönen Glasfensters, doch der Einbau gestaltet sich schwieriger als gedacht.
Laura hat sich für ihre Schüler ein neues Projekt überlegt: Damit die Kinder ihre Ausdrucksweise verbessern und mehr über andere Regionen des Landes erfahren, hat sie allen einen Brieffreund organisiert. Besonders Albert findet seine Brieffreundin so toll, dass er alles tut, um das Mädchen von sich zu beeindrucken. Schließlich macht er sich sogar auf, um sie zu besuchen.
Der Mörder Billy Mumford soll nach Halifax überführt werden, doch muss die Nacht aufgrund einer anonymen Bombendrohung am Flughafen von St. John's in Polizeigewahrsam verbringen.
Charlie und Sarah sind in einem Thai-Restaurant zum Essen, als sie plötzlich Chief Archer dort entdecken. Den beiden ist es unheimlich peinlich und sie hoffen, dass er sie nicht gesehen hat, da sie immer noch keinem von ihrer Beziehung erzählt haben und sie nicht wollen, dass ihre engen Freunde das Ganze von Chief Archer erfahren.
Jess wird Zeuge eines Autodiebstahls und wird dabei angeschossen. Er muss ins Krankenhaus und operiert werden. Sein Zustand ist ziemlich kritisch. In der Zwischenzeit finden Charlie und Joe heraus, dass es sich bei dem Diebstahl, nicht nur um einen gewöhnlichen Autoklau gehandelt hat, sondern dass eine Autoschieberbande dahinter steckt.
Im Auftakt der zweiten Staffel holt Reese die Detectives Carter und Fusco zu Hilfe, um mit ihnen seinen entführten Freund Finch zu suchen.
Mithilfe der Maschine kreist Reese Finchs Aufenthaltsort ein und entdeckt schockierende Einzelheiten aus Roots Vergangenheit.
Reese kehrt in den Außendienst zurück, um sofort auf seinen bisher schwierigsten Fall zu stoßen: Er muss die verwöhnte Tochter eines brasilianischen Diplomaten schützen.
Als die Maschine Reese und Finch die Nummer eines Mafiosos in akuter Lebensgefahr meldet, müssen sie entscheiden, ob es sich lohnt, sein Leben zu retten.
Reese muss eine investigative Journalistin schützen, ohne dass sie das mitbekommt, damit er nicht plötzlich in ihrer Story landet.
Reese gerät in ein ungewohntes Milieu, als die Maschine ihn in die Vororte schickt, wo er sich als Familienmensch tarnen muss, um in dem idyllischen Viertel nicht aufzufallen.
Die Machine meldet Finch und Reese die Nummer eines genialen Chirurgen, doch sie entdecken bald, dass ein findiger Dritter das Risiko dieser interessanten Person deutlich erhöht. Deswegen müssen sie bei der Operation unorthodox vorgehen.
Das Team ist überfordert, als zwei Nummern gleichzeitig gemeldet werden - die von Daniel Drake und seiner Frau Sabrina. Bedeutet das "Bis dass der Tod uns scheidet"?
Finchs und Reeses Überwachungsmethoden werden bis zum Anschlag gefordert, als die Nummer eines New Yorker Taxifahrers gemeldet wird - jeder seiner Fahrgäste könnte mit dem drohenden Verbrechen zu tun haben. Aus Hunderten von Fahrgästen werden Hunderte von Verdächtigen.
In dieser Cliffhanger-Episode, die die komplette Situation auf den Kopf stellt, konzentriert sich das FBI erneut darauf, den "Mann im Anzug" zu fassen. Reeses aktuelle interessante Person wird zu seinem persönlichen Anliegen, als er erfährt, dass sie die Schwester eines gefallenen Soldaten ist.
Als ein Investigativjournalist und Navy-Reservist unerwartet stirbt, nimmt das Team die Ermittlungen auf.
Agent Parker wird des Mordes beschuldigt. Sein Team riskiert alles, um die Wahrheit herauszufinden und Parker zu entlasten.
Eine Gruppe Wissenschaftler erhält auf einer Weltraummission Superkräfte. Bald müssen sie gegen den gierigen Geldgeber verbünden, der seine Fähigkeiten nur zu seinem eigenen Vorteil einsetzt.
Als ein Investigativjournalist und Navy-Reservist unerwartet stirbt, nimmt das Team die Ermittlungen auf.
Agent Parker wird des Mordes beschuldigt. Sein Team riskiert alles, um die Wahrheit herauszufinden und Parker zu entlasten.
Eine Gruppe Wissenschaftler erhält auf einer Weltraummission Superkräfte. Bald müssen sie gegen den gierigen Geldgeber verbünden, der seine Fähigkeiten nur zu seinem eigenen Vorteil einsetzt.
Finchs Nummer wird angezeigt, als in der 100. Folge ein schwerwiegender Fehler seine falsche Identität aufdeckt und eine Reihe eskalierender Begegnungen mit Samaritans auslöst.
Das Team muss eine Verschwörung aufdecken und dem Secret Service voraus bleiben, als der Präsident der Vereinigten Staaten der neueste Verdächtige wird.
Finch schleicht sich in einem letzten Versuch, Samaritan zu vernichten, in eine Hochsicherheitsanlage der Regierung ein, aber das könnte auch sein eigenes Ende und das der Machine bedeuten.
Im Serienfinale begibt sich das POI-Team auf eine letzte Mission, um Samaritan daran zu hindern, die Maschine zu zerstören und seine Macht über die Menschheit zu verstärken.