Piper ist ein Schläfer und wird wieder aktiviert. Dadurch entwickelt sie sich zur gemeingefährlichen Killerin und verursacht Chaos im NTSF-Hauptquartier.
Der junge Bart ist mit seinen Eltern nach Walnut Grove gezogen und macht vom ersten Moment an in der Schule Schwierigkeiten. Er terrorisiert nicht nur die anderen Kinder, sondern auch Miss Wilder. Weil der Schulbeirat aber nichts unternimmt, beschließt die junge Lehrerin, die Schule zu verlassen. Als Laura erfährt, dass Almanzo seine Schwester begleiten wird, weist sie Bart in die Schranken.
Charles und Caroline reisen nach Milwaukee. Während Charles dort eine Farmerversammlung besuchen will, hat Caroline eine Einladung zu ihrem 25-jährigen Klassentreffen erhalten. Nachdem die beiden sich so sehr auf das Wiedersehen gefreut haben, sind sie umso erstaunter, wie stark sich manche ihrer ehemaligen Schulkameraden verändert haben.
Adam ist mit Hester-Sue, Caroline und Harriet auf dem Weg nach Redwood Falls, um für die Blindenschule Fördergelder zu beantragen. Damit Mary nicht alleine ist, besucht Laura ihre Schwester und will bei ihr übernachten. Statt einen netten Abend zu verbringen, geraten die Schwestern jedoch in ernste Gefahr als drei entlaufene Verbrecher auftauchen.
Laura will ihre Fähigkeiten als Lehrerin ausbauen und erwachsener erscheinen. Deshalb bietet sie an, einen tauben Jungen namens Daniel zu unterrichten, dessen Vater keine großen Hoffnungen in seinen Sohn setzt. Alles läuft wunderbar, bis Daniel sich in Laura verliebt. Obwohl Laura Daniels Gefühle nicht teilt, spielt sie mit, da sie Almanzo erneut mit einer anderen Frau gesehen hat.
An der Blindenschule soll ein Picknick veranstaltet werden, um Spendengelder für den Anbau zu sammeln. Albert und sein Freund Clay treiben sich derweil im Keller des Gebäudes herum und lösen dabei versehentlich einen Brand aus, der nicht nur das Gebäude zerstört, sondern auch Todesopfer fordert.
Army Corporal John Sydney, ein alter Freund der Familie, bittet Gibbs, ihn auf eine Reise zu begleiten. Zudem wird ein Navy Lieutenant, obwohl er sich bereits in Schutzhaft befand, von einem berüchtigten Drogendealer vergiftet.
Als eine unterernährte und verwirrte 9-jährige in einer Lagereinheit gefunden wird, öffnet das NCIS einen alten Vermisstenfall, da man vermutet, dass das Mädchen die Tochter eines Navy-Rekruten ist, der vor 10 Jahren verschwunden ist.
McGee besucht seine High School, nachdem das einzigartige Passwort, das er als Teenager verwendet hatte, mit dem Mord eines Rüstungsunternehmers in Verbindung steht. Kurz darauf bricht jemand bei McGee ein und will seinen alten PC stehlen.
Das NCIS-Team übernimmt die Ermittlungen, nachdem auf einem Zerstörer auf dem Meer ein Mann über Bord gegangen ist. Torres ist zudem wenig begeistert, dass Director Vance ihm die Verantwortung für drei Highschool-Schüler überträgt.
Jimmy ist zwischen seiner Familie und seiner Arbeit hin- und hergerissen, als sein Schwiegervater Ed ihn bittet, Beweismittel in einer aktuellen Mordermittlung zu verändern. Zudem bittet Eds Pokerkumpel Anthony DiNozzo Sr. seine Hilfe an.
Gibbs und Bishop befinden sich wegen einer Mordermittlung auf einem Atom-U-Boot, nachdem ein Taucher bei einem Einsatz gestorben ist. Plötzlich wird Vance vom Pentagon darüber informiert, dass das U-Boot zu einem Einsatz gerufen wurde.
Torres ist auf die Ermittlungskünste seiner Kollegen angewiesen, nachdem er voller Blut auf einem Fischkutter aufgewacht ist und sich nicht mehr an die letzten zwölf Stunden erinnern kann. Kurz darauf wird die Leiche einer Frau entdeckt.
In einem Klinikum der Navy gibt es eine Schießerei. Das NCIS-Team sucht nach dem Schützen, der vom Tatort fliehen konnte. Auch jemand aus Sloanes Vergangenheit befand sich zu der Zeit im Krankenhaus und ist eine Schlüsselzeugin in dem Fall.
Das Team untersucht den Mord an Ellen Wallace, deren Überreste auf einer Baustelle entdeckt werden. Eigentlich war man jahrelang davon ausgegangen, dass Ellen bei den Anschlägen aufs Pentagon gestorben sei. Gibbs rollt den Fall neu auf.
Kasie gelingt es dank neuer DNA-Technik, einen 30 Jahre zurückliegenden Mordfall zu lösen, dennoch könnte der Mann auf freiem Fuß bleiben. McGee besucht ein Technologie-Unternehmen im Silicon Valley, das ihm einen gutbezahlten Job anbietet.
Die Beamten machen Überstunden, um einen Heckenschützen zu fassen, der im Franklin Park sein Unwesen treibt. Maura freundet sich indes mit einem Mann an, der die Tat beobachtet hat und als Zeuge nützlich sein könnte. Unglücklicherweise leidet der Mann an einer psychotischen Störung, die ihn glauben lässt, er sei ein Werwolf. Privat muss Maura mit dem Ende ihrer Beziehung zurechtkommen.
Als ein Mann tot aufgefunden wird, deutet auf den ersten Blick alles darauf hin, dass der Mann gefallen ist und an seiner Kopfverletzung verstarb. Im Zuge der Ermittlungen stellen die Beamten aber fest, dass der Mann seit Längerem ein Doppelleben geführt hat. Maura will indes der jungen Tasha unter die Arme greifen, die studieren will, allerdings nicht genug Geld für ein College hat.
Bei einer Verfolgungsjagd hat Janes Bruder Frankie einen Schuss abgegeben, kurz darauf ist der Flüchtende tot. Jane und Maura geben alles, um Frankie zu entlasten, doch die Umstände der Schießerei sind alles andere als klar.
Jane und Maura ermitteln in der mörderischen Welt der Turnierfischerei, in der es um hohe Einsätze geht. Wie sich schnell herausstellt, hat das Opfer nicht immer mit fairen Mitteln gearbeitet. Frankie, der eine Wette verloren hat, muss indes einen hohen Preis zahlen.
In der "Body Farm" an der Boston Cambridge University lernen Studenten alles über die Verwesung von Leichen. Als zwischen den Studienobjekten die Leiche eines Mordopfers entdeckt wird, werden Jane und Maura mit dem Fall betraut. Angela hütet indes ein Geheimnis, das sie am liebsten tief begraben wüsste.
Der Mord an einem berüchtigten Dieb führt Jane und Maura in die Welt der Kunstdiebstähle und der Kunstfälschungen. Jane muss sich bei diesem Fall zu allem Übel mit einem FBI-Agenten herumschlagen. Außerdem gibt es einen neuen Mann in Angelas Leben.
Der Mord an einer Kriminaltechnikerin schockiert das ganze Team. Als der Verdacht aufkommt, dass die Kollegin Beweismittel manipuliert hat, wird Maura von ihrem Posten suspendiert. Jane ist fest entschlossen, den Mörder zu fassen und den guten Ruf ihres Teams wiederherzustellen, damit Maura so schnell wie möglich zurückkehren kann.
Die gute Nachricht zuerst: Bei dem zu untersuchenden Mordfall gibt es einen Augenzeugen. Die schlechte Nachricht: Der Augenzeuge leidet an Prosopagnosie, einer Gesichtserkennungsschwäche, und kann daher die Identität des Mörders nicht feststellen. Auch privat haben es die Rizzolis nicht einfach: Sie bereiten sich auf den Besuch ihres durchtriebenen Cousins Carlo vor.
Als ein 16-jähriges Mädchen tot in einem Tierkäfig entdeckt wird, müssen sich Jane und Maura mit einem Psychiater herumschlagen, der ihnen wegen seiner Schweigepflicht nichts erzählen möchte. Dabei könnte er mit seinem Wissen vermutlich sehr zur Aufklärung des Falls beitragen. Frankie sieht indes UFOs.
Als der Juwelier von Bostons High Society stirbt, führen die Ermittlungen bis an den Amazonas. Dort stoßen die Polizisten auf ein Mitglied aus Mauras Familie, mit dem Maura nichts zu tun haben möchte. Welches Geheimnis verbirgt die Pathologin seit so vielen Jahren vor ihren engsten Freunden?
Nachdem im großen Stil Wertpapiere gestohlen wurden, trifft Neal im Rahmen der Ermittlungen auf eine alte Bekannte.
Die Verhaftung eines Juwelendiebes führt Peter und Neal zu einem wesentlich abscheulicheren Fall.
Peter taucht ab, um einem Kollegen zu helfen, der bezichtigt wird, Informationen aus dem Zeugenschutzprogramm zu verkaufen.
Neal und Peter müssen undercover ermitteln, als der Leiter eines Tech-Unternehmens ermordet wird.
Das NTSF-Team bekommt neue SUVs, die mit künstlicher Intelligenz ausgestattet sind. Innerhalb kürzester Zeit beginnen die SUVs verrückt zu spielen.
Dem Präsidenten der Navy wird das Herz aus der Brust entwendet und durch eine Bombe ersetzt. Das NTSF-Team versucht ihn zu retten.
Die Agenten Trent Hauser und seine Kollegin Piper Ferguson, die beide der Spezialabteilung NTSF:SD:SUV:: (National Terrorism Strike Force: San Diego: Sport Utility Vehicle) angehören, geben sich als Schüler aus, um an einer Highschool ermitteln zu können. Dort sind bereits mehrere Kinder einflussreicher Eltern entführt worden.
Mary kann ihren Verlust nicht verarbeiten. Da Adam sich nicht mehr zu helfen weiß, reist er nach New York City, um dort einen Spezialisten für Mary zu finden. Albert kommt indes mit seinen Schuldgefühlen nicht zurecht und macht sich auf die Suche nach seinem leiblichen Vater. Jonathan Garvey hat sich derweil dem Alkohol zugewandt und hadert mit Gott.
Almanzo und Eliza freuen sich über den Überraschungsbesuch ihres kleinen Bruders Perley Day. Nach einigen Tagen erinnern sie sich aber daran, wie schwierig das Leben mit Perley Day sein kann und warum er sich von der Familie entfremdet hat. Charles hofft indes weiterhin, dass Laura das Interesse an Almanzo verliert und einen gleichaltrigen Jungen findet, und auch Albert hat sich verliebt.