NCIS erhält ein realistisches aber gefälschtes Video eines verstorbenen Terroristen und soll herausfinden, wie es erstellt wurde.
Die größte und wichtigste Veranstaltung des Jahres steht vor der Tür: die Comic Con! Trent und sein Team übernehmen dabei eine schwierige Aufgabe: Sie müssen eine Gruppe namens "F.A.N.B.O.Y.Z." aufhalten. Die Verbrecher wollen nämlich alle Comicbuch-Autoren töten, die sie mit ihren Geschichten enttäuscht haben.
Piper möchte heiraten. Bald schon muss sie feststellen, dass das aber gar nicht so leicht ist. Ihr größtes Problem ist ihr Exfreund, der bekanntermaßen ein Ninja ist und Schwierigkeiten damit hat, seine alte Liebe loszulassen.
Trent muss seinen Vater umbringen, doch so einfach ist das nicht.
Jessica reist nach New York zu ihrem Verleger und besucht ihren Neffen Grady. Dort verabredet sie sich mit Elizabeth Gordon, einer ehemaligen Schülerin, zum Abendessen, doch Liz taucht nicht auf...
Nachdem ein Journalist während der Suche nach einem Piratenschatz stirbt, tauchen Charlie und Rex tief in die Welt der Schatzjäger ein, um den Mörder zu finden.
Während sich Sarah auf ein Abenteuer in der Wildnis begibt, untersuchen Charlie und Rex den Mord an einem College-Professor.
Als das Vermögen eines Börsengurus gestohlen wird, führen die Ermittlungen Charlie und Rex auf eine überraschende Spur.
Auf einem Übungsgelände für Drohnenflüge wird ein Toter gefunden. Gibbs und sein Team sollen feststellen, ob es sich um einen Unfall oder Mord handelt. Palmer führt indes Bewerbungsgespräche für die Assistenzstelle in der Gerichtsmedizin.
Torres und Bishop sind gerade beim Joggen, als der NCIS-Agent von einem Raser angefahren wird. Während Torres auf der Intensivstation um sein Leben kämpft, nehmen Bishop und die anderen Kollegen die Ermittlungen auf.
Gibbs' Freund Phillip Brooks hat auf einer Dating-Website eine Frau kennengelernt, die allerdings Hauptverdächtige in zwei Mordfällen ist. Sloane hat zudem am Valentinstag einen geheimen Verehrer und Torres darf das Krankenhaus verlassen.
Ein Navy-Offizier hat sich umgebracht und dem Navy-Museum eine kostbare - aber wohl gestohlene - Münze vermacht. Während die Ermittler die Todesumstände untersuchen, stellen sie sich die Frage, wie der Mann in den Besitz der Münze kam.
Das Team steht vor einem Rätsel: Ein Navy-Offizier wurde auf exakt die gleiche Art getötet wie seine Eltern zehn Jahr zuvor. Zudem wollen die Kollegen ein paar Dinge für einen guten Zweck spenden, doch das gelingt nicht allen auf Anhieb.
In einem See wird die Leiche eines sehr geschätzten Navy-Technikers gefunden. Bei den Nachforschungen finden die Ermittler heraus, dass der Mann wohl ein Hacker war. Zudem bittet Faith ihre biologische Mutter Sloane um einen Gefallen.
Jimmy und Kasie sind gerade in einem Diner, als sie dort zusammen mit den anderen Gästen als Geiseln genommen werden. Eigentlich wollten die Täter in einem nahegelegenen Juweliergeschäft einen Diebstahl durchführen, doch der Coup misslang.
Die Ermittler versuchen, die wahre Identität eines Mannes zu klären, der behauptet, er habe während der Angriffe auf Pearl Harbor auf der U.S.S. Arizona gedient. Der alte Mann wünscht sich, nach seinem Tod dort bestattet zu werden.
Als eine Leiche spurlos verschwindet, geraten die NCIS-Ermittler auf die Spur eines Drogenrings, der auch Fornells Tochter Emily beliefert hat.
Im NCIS-Hauptquartier wird eine Leiche gefunden, die scheinbar mit einem alten Fall von Gibbs in Verbindung steht.
Jane und Maura müssen eine alte Geistergeschichte aufklären, um ihren neuesten Fall abschließen zu können: ein Doppelmord in einem Krankenhaus. Angela überzeugt indes Frankie davon, Kent nicht länger aus dem Weg zu gehen und dessen Einladung zu einem Konzert anzunehmen. Maura erhält zudem Ratschläge einer Autorin, die ihr dabei helfen könnte, sich in der Literaturszene zu etablieren.
Ein Fahrradfahrer scheint spontan in Flammen aufgegangen zu sein. Schon bald kann Maura nachweisen, dass dieser bizarre Tod kein unerklärliches Rätsel ist, sondern die Tat eines wissenschaftlich bewanderten Mörders. Jane wird derweil eingeladen, in Quantico eine Klasse von FBI-Rekruten zu unterrichten und Angela ist auf der Suche nach einer eigenen Wohnung.
Als die mögliche Zeugin eines Doppelmordes verhaftet wird, geht Jane freiwillig als verdeckte Ermittlerin in das Gefängnis, um von der Frau wertvolle Informationen zu erhalten. Der Rest ihres Teams soll indes durch Janes Ermittlungen den Mörder dingfest machen. Nachdem der Fall gelöst ist, informiert sich Jane über den möglichen Job, der ihr in Quantico angeboten wurde.
Am Morgen, an dem Jane in einem Gerichtsprozess aussagen soll, entdeckt sie, dass ein wichtiges Beweisstück gestohlen wurde. Nun hat die Polizei von Boston genau drei Tage Zeit, das Verbrechen lückenlos aufzuklären - andernfalls wird der Mörder aus Mangel an Beweisen freigesprochen. Als Frankie entdeckt, dass Nina von Zauberei begeistert ist, will er unbedingt ein paar Tricks lernen.
Als in einem Park ein Finanzsachverständiger erschossen wird, kommen Jane und Maura einem ausgeklügelten Schneeballsystem auf die Spur. Zudem wird bei den Ermittlungen bekannt, dass Maura einst mit dem Hauptverdächtigen verheiratet war. Angelas Exfreund Ron taucht auf und erklärt, dass er sie immer noch liebt und Jane trifft eine Entscheidung, die ihr Leben für immer verändern wird.
Als ein Leichenbestatter in einem seiner eigenen Särge entdeckt wird, geraten Jane und ihre Kollegen tief in die Welt der Einbalsamierungen, Beerdigungen und Serienmörder. Tommy Rizzoli kommt mit seinem Sohn TJ nach Boston zu Besuch und spielt mit dem Gedanken, für immer nach Hause zurückzukehren. Jane verkündet, dass sie für das FBI arbeiten möchte.
Korsak ermittelt im Mordfall eines Vaters und einer Tochter, zwischen deren Mordfällen vierzig Jahre liegen. Besonders schwierig für ihn ist, dass er sowohl Vater als auch Tochter gut kannte. Da ihm der Fall persönlich zu nahe geht, beschließt er, dass nun der richtige Moment gekommen ist, um in den Ruhestand zu gehen. Jane will indes den Umzug ohne Mauras und Angelas Hilfe bewältigen.
Der letzte Fall für das Ermittlerteam: Ein Mann wird - mit Handschellen gefesselt - tot in seinem Bett aufgefunden. Korsaks Ruhestand ist indes in greifbare Nähe gerückt. Dank der Urlaubstage kann er einen Monat früher in Rente gehen. Jane kündigt an, dass auch sie sich eine kurze Auszeit nehmen wird und gemeinsam mit ihrer besten Freundin Maura Urlaub in Paris macht, bevor sie zum FBI wechselt.
Detective Jane Rizzoli und die Gerichtsmedizinerin Dr. Maura Isles ermitteln im Mordfall an einem wohlhabenden Pärchen. Alle am Tatort gefundenen Hinweise deuten auf den Serienkiller Charles Hoyt hin, der den Spitznamen "der Chirurg" trägt, da er beim Töten stets ein Skalpell verwendet. Doch Hoyt sitzt seit geraumer Zeit im Gefängnis. Hat er etwa einen Nachahmer?
Als kurz nacheinander zwei Frauen tot aufgefunden werden, denen ein Seidenschal um den Hals gebunden wurde, stellen sich die Ermittlerinnen Rizzoli und Isles eine schreckliche Frage: Ist der "Würger von Boston" in die Stadt zurückgekehrt, der vor 40 Jahre dreizehn Frauen erdrosselte? Als das Team in dieser Richtung ermitteln möchte, legt ihnen ihr neuer Vorgesetzter bald erste Steine in den Weg.
Das Team beeilt sich, mit der Hilfe von Reades Freundin Megan (Gaststar RESHMA SHETTY), einer Journalistin, tödliche terroristische Anschläge zu vereiteln.
Während Jane und Weller sich mit einem mysteriösen Mann aus Janes Vergangenheit zusammenschließen, um eine vermisste Person zu finden, beeilt sich das Team, um einen Waffenhandel zu stoppen.
Weller und sein ehemaliger FBI-Partner arbeiten für eine gefährliche Undercover-Mission wieder zusammen, während Zapata einen ehemaligen Feind verhört.
BRAVO kehrt fassungslos aus Nazarios Lager zurück. Das Team muss sich neu formieren und entwickelt einen neuen Plan, um ihn zu fangen, aber sie laufen in eine Falle. Später wird Jason von der Mission abgezogen und erhält eine neue Aufgabe.
Hat der Krieg immer das letzte Wort? Jason ringt mit seiner Schuld und sucht in Afghanistan nach Antworten. Die Decker-Ermittlungen finden ein Ende, Ray schlägt ein neues Kapitel auf und das neue BRAVO-Team stürzt sich direkt in die nächste Mission.
Als eine Leiche spurlos verschwindet, geraten die NCIS-Ermittler auf die Spur eines Drogenrings, der auch Fornells Tochter Emily beliefert hat.
Im NCIS-Hauptquartier wird eine Leiche gefunden, die scheinbar mit einem alten Fall von Gibbs in Verbindung steht.