Da sie einen Betrug vermuten, ermitteln Neal und Peter gegen eine wunderschöne Witwe, die kurz davor steht, eine riesige Lebensversicherung ausgezahlt zu bekommen. In einem Undercovereinsatz umwirbt Neal die Witwe und ist selbst überrascht, als er anfängt, echte Gefühle für sie zu entwickeln.
Das NTSF-Team stellt einen Dieb im Naturkundemuseum von San Diego und wird anschließend kreuzweise auf's Kreuz gelegt.
Nach einem aus dem Ruder gelaufenen Einsatz wird Trent suspendiert. Seine Vertretung sorgt allerdings dafür, dass die Dinge noch viel mehr aus dem Ruder laufen.
Das NTSF-Team jagt einen gefährlichen Serienkillerdelphin und greift dabei auch auf die Hilfe des inhaftierten, psychpathischen Serienkillers Lundgren zurück.
Joe Wonder, ein US-amerikanischer Rancher, zäunt ein Stück Land ein, das er genau neben der Tierstation erworben hat.
Officer Maya Power und ihr K9-Partner Rebel untersuchen einen angeblichen Lagerhauseinbruch und geraten in einen Hinterhalt. Die Kollegen von Major Crimes übernehmen die Ermittlungen, doch der Fall geht ihnen sehr nahe.
Serena, eine junge Frau, die mit ihrem Freund einen Trip in die Wildnis gemacht hat, wird tot aufgefunden und ihr Freund wird dadurch zum Hauptverdächtigen. Die Familie fordert Gerechtigkeit und für den jungen Mann beginnt ein wahres Katz- und Mausspiel. Ist er tatsächlich der Mörder?
Wie aus dem Nichts taucht Charlies Bruder Jack auf. Er ist Boxer und hat einen wichigen Kampf, nach dem sein Gegner tot aufgefunden wird. Charlie und sein Team beginnen zu ermitteln. Ist sein Bruder wirklich ein Mörder?
Anna Kolcheck kehrt zurück, um Callen zu warnen, dass er sich in Gefahr befindet und er nun mit einem Erzfeind zusammenarbeiten muss, um einen unterirdischen Menschenhändlerring zu stoppen.
Fatima wird während einer Mission als Geisel genommen und die Entführer fordern Lösegeld. Callen und Sam bitten daraufhin einen Undercover-Agenten der CIA um Mithilfe.
Ein FBI-Agent wird getötet und die Agenten stellen fest, dass er versucht hatte, den Aufenthaltsort eines Undercover-Agenten zu ermitteln. Nun liegt es an dem NCIS-Team diesen Mann zu finden, bevor es die Kriminellen tun.
Während der NCIS das Verschwinden eines Offiziers des Verteidigungsministeriums untersucht, der kürzlich ein UFO gesichtet hatte, trifft Anna eine mutige Entscheidung über ihre Zukunft.
Während Sam den Mord an einem iranischen Exilanten untersucht, der auf den Sturz des gegenwärtigen Regimes hinarbeitet, muss er auch versuchen, Agent Roundtree zu retten, einen neuen Agenten, der einen unerwartet abenteuerlichen ersten Arbeitstag hat, als er versehentlich eine Bombe auslöst.
Der NCIS unterstützt das DOJ bei der Untersuchung eines Brandstifter, der ein sicheres Haus des FBI ins Visier nimmt, das einen Asyl suchenden politischen Aktivisten schützt. Außerdem beschäftigt sich Eric mit den Nachwirkungen des Ausscheiden von Nell aus dem Team.
Der NCIS hilft einem ehemaligen technischen Mitarbeiter des NCIS bei der Suche nach ihrem vermissten Ex-Partner. Sie befürchtet, er könnte mit den Waffenschmugglern zusammenarbeiten, die sie vor Jahren nicht zur Strecke bringen konnten.
Sam, Callen und Roundtree reisen nach Afghanistan. Dort führen sie die Ermittlungen in einem besonders sensiblen Fall. Zwei Navy SEALs haben ausgesagt, dass ihr Vorgesetzter einen unbewaffneten Gefangenen ermordet habe.
Em muss Sonny vertreten, der mit dem Tod seines Neffen kämpft. Hina und Kainalu jonglieren mehrere Notfälle, während Will Besuch bekommt.
Zwei College-Kids werden in einer Sandgrube eingeschlossen, ein Hai greift an und Will erfährt, ob er den Job bei der Feuerwehr bekommt.
Army Corporal John Sydney, ein alter Freund der Familie, bittet Gibbs, ihn auf eine Reise zu begleiten. Zudem wird ein Navy Lieutenant, obwohl er sich bereits in Schutzhaft befand, von einem berüchtigten Drogendealer vergiftet.
Als eine unterernährte und verwirrte 9-jährige in einer Lagereinheit gefunden wird, öffnet das NCIS einen alten Vermisstenfall, da man vermutet, dass das Mädchen die Tochter eines Navy-Rekruten ist, der vor 10 Jahren verschwunden ist.
McGee besucht seine High School, nachdem das einzigartige Passwort, das er als Teenager verwendet hatte, mit dem Mord eines Rüstungsunternehmers in Verbindung steht. Kurz darauf bricht jemand bei McGee ein und will seinen alten PC stehlen.
Das NCIS-Team übernimmt die Ermittlungen, nachdem auf einem Zerstörer auf dem Meer ein Mann über Bord gegangen ist. Torres ist zudem wenig begeistert, dass Director Vance ihm die Verantwortung für drei Highschool-Schüler überträgt.
Jimmy ist zwischen seiner Familie und seiner Arbeit hin- und hergerissen, als sein Schwiegervater Ed ihn bittet, Beweismittel in einer aktuellen Mordermittlung zu verändern. Zudem bittet Eds Pokerkumpel Anthony DiNozzo Sr. seine Hilfe an.
Gibbs und Bishop befinden sich wegen einer Mordermittlung auf einem Atom-U-Boot, nachdem ein Taucher bei einem Einsatz gestorben ist. Plötzlich wird Vance vom Pentagon darüber informiert, dass das U-Boot zu einem Einsatz gerufen wurde.
Torres ist auf die Ermittlungskünste seiner Kollegen angewiesen, nachdem er voller Blut auf einem Fischkutter aufgewacht ist und sich nicht mehr an die letzten zwölf Stunden erinnern kann. Kurz darauf wird die Leiche einer Frau entdeckt.
In einem Klinikum der Navy gibt es eine Schießerei. Das NCIS-Team sucht nach dem Schützen, der vom Tatort fliehen konnte. Auch jemand aus Sloanes Vergangenheit befand sich zu der Zeit im Krankenhaus und ist eine Schlüsselzeugin in dem Fall.
Das Team untersucht den Mord an Ellen Wallace, deren Überreste auf einer Baustelle entdeckt werden. Eigentlich war man jahrelang davon ausgegangen, dass Ellen bei den Anschlägen aufs Pentagon gestorben sei. Gibbs rollt den Fall neu auf.
Kasie gelingt es dank neuer DNA-Technik, einen 30 Jahre zurückliegenden Mordfall zu lösen, dennoch könnte der Mann auf freiem Fuß bleiben. McGee besucht ein Technologie-Unternehmen im Silicon Valley, das ihm einen gutbezahlten Job anbietet.