Anlässlich eines Schriftstellerkongresses ist Jessica diesmal in New York und beobachtet zufällig einen Schmuckdiebstahl. Bald geschieht auch ein Mord der eng mit diesem verknüpft sein muss...
Fred Keppard wird ermordet im Schlafzimmer der Immobilienmaklerin Eve Simpson aufgefunden. Als der gutaussehende Wayne Bennett unter Verdacht gerät, beginnt Jessica mit eigenen Ermittlungen.
Jessicas ehemaliger Verleger Preston Giles, den sie einst des Mordes überführte, wird frühzeitig aus dem Gefängnis entlassen. Kurz nach seiner Rückkehr in seine alte Firma geschieht wieder ein Mord...
Charlie hat einen Termin bei seiner Versicherungsmaklerin, doch als er dort ist und seine Verträge unterschreiben will, stürmt ein maskierter Mann das Gebäude und schießt wild um sich.
In einem Park wird ein Anwalt von einem maskierten Mann, der aussieht wie der TV Superheld "Der Wächter der Nacht", erstochen. Charlie und seine Kollegen stehen vor einem Rätsel. Sie vermuten, dass es jemand auf den Anwalt abgesehen hat, der Selbstjustiz betreiben wollte, doch dann kommt alles anders als gedacht.
Charlie und Rex untersuchen den Mord eines wohlhabenden Mannes, der seinen Freunden, die sich kurz vor seinem Tod total zerstritten haben, anstatt seines Vermögens, "nur" seine drei Hunde hinterlässt. Unter Verdacht gerät auch der Hundesitter und die Anwältin, die das Testament des Toten aufgenommen hat.
Torres und Bishop ermitteln undercover und geben sich als kriminelles Pärchen aus, das man für Verbrechen engagieren kann. Die beiden versuchen, ihrem Team dabei zu helfen, einen Drogenring auffliegen zu lassen.
Auf den ersten Blick versteht niemand, wieso sich die erfolgreiche Anwältin Melissa Newhall umgebracht haben soll. Gibbs und sein Team beschließen, eine genaue Untersuchung durchzuführen und erfahren, dass die Frau ein Doppelleben führte.
Eine 15-jährige Schülerin klaut gemeinsam mit ihrer Freundin ein Auto, um eine Spritztour zu machen. Leider bauen die beiden einen Unfall. Als die Kollegen zum Haus der Schülerin fahren, stellen sie fest, dass die Familie verschwunden ist.
Als ein Commander der Navy tot aufgefunden wird, verlangt Vance, dass Gibbs und das Team bei ihren Ermittlungen mit dem ehemaligen FBI-Agenten Fornell zusammenarbeiten. Bishop und Torres befragen zudem einen Investmentberater.
Das Team handelt mit dem verurteilten Mörder Paul Triff einen Deal aus: Sie gewähren ihm 48 Stunden in seinem ehemaligen Zuhause - im Gegenzug für Informationen, die seinen früheren Zellengenossen Gabriel Hick des Mordes überführen sollen.
Gibbs und das Team versuchen, den Namen von Sergeant John Ross reinzuwaschen, der inzwischen im Ruhestand ist. Der Mann organisiert und schickt regelmäßig Care-Pakete an Marines, die noch im Dienst sind, doch in einem wurde Zyanid entdeckt.
Gibbs und Ducky sehen zufällig im Fernsehen einen antiken Stock, der die Mordwaffe in einem Fall sein könnte, der 16 Jahre zurückliegt. Während die Ermittler mehr in Erfahrung bringen wollen, versucht der Mörder, seine Spuren zu verwischen.
Das Hauptquartier des NCIS wird evakuiert, als man auf dem Dach des Hauses eine Leiche sowie Material entdeckt, das zum Bau von Bomben verwendet werden kann. Zudem dürfen die Kollegen den ersten Entwurf von Duckys Buch lesen.
Gibbs muss sich um das zehnjährige Waisenmädchen Elena kümmern, das geflohen ist, und übernimmt vorläufig die Aufsichtspflicht für das Kind. Wie sich herausstellt, ist das Mädchen Opfer einer gewaltbereiten Gang geworden.
Ein Angehöriger der Navy wird eines tätlichen Angriffs verdächtigt, doch ihm gelingt die Flucht aus dem Polizeigewahrsam. Torres arbeitet eng mit der Zeugin Annie Barth zusammen, die blind ist, aber die entscheidenden Beweise gehört hat.
Janes Bruder Frankie darf bei der Aufklärung eines grausamen Mordes mitarbeiten, der die Ermittler in die Eishockey-Szene der Stadt führt. Maura hat indes andere Probleme: Cailin kommt mit ihrer Mutter Hope nicht zurecht und bittet ihre Halbschwester, bei ihr wohnen zu dürfen. Schnell stellt Maura fest, dass das Zusammenleben mit einem Teenager Qualitäten erfordert, über die sie nicht verfügt.
Maura und Jane sollen den Fall des Serienmörders Charles Hoyt auf einem Symposium vortragen. Die Bostoner Polizistin fürchtet jedoch, dass dabei schreckliche Erinnerungen in ihr hochkommen. Als es in der Nähe der Konferenz einen Mordfall gibt, werden die beiden Frauen hellhörig. Und es wird noch schlimmer: Das Team gerät in ein tödliches Katz-und-Maus-Spiel mit einem neuen Serienkiller.
Als es bei einem Autorennen einen Toten gibt, versucht das Team, möglichst schnell die Hintergründe des Falls aufzuklären. Nachdem immer mehr Hinweise ans Tageslicht gelangen, vermutet Jane, dass mit dem Mord eigentlich ein Drogengeschäft vertuscht werden sollte. Als sie sich an Martinez wendet und um Unterstützung bei ihren Ermittlungen bittet, rennt sie jedoch gegen verschlossene Türen.
An einem College werden für angehende Juristen Scheinprozesse abgehalten, bei denen die Studenten ihr Talent als Strafverteidiger oder Staatsanwalt unter Beweis stellen dürfen. Für eine der Studentinnen nimmt der Unterricht jedoch kein gutes Ende: Sie kommt unter tragischen Umständen ums Leben. Jane macht sich indes Sorgen, ob ihre Mutter Angela eventuell Geldsorgen plagen.
Die Ermittler müssen dieses Mal zwei Mordfälle untersuchen, die mehr miteinander zu tun haben, als es auf den ersten Blick scheint. Maura hat indes eigene Sorgen: Ihr Großvater, den sie kaum kennt und der eben aus dem Gefängnis entlassen wurde, braucht eine neue Unterkunft. Jane und Casey müssen indes eine wichtige Entscheidung treffen. Was ist ihnen wichtiger: Ihre Karriere oder ihre Beziehung?
Vor 20 Jahren versetzte ein als Clown verkleideter Entführer die Bewohner Bostons in Angst und Schrecken. Obwohl der Verbrecher nie gefasst wurde, hörten die Entführungen eines Tages überraschend auf. Nun scheint der Entführer aber zurück zu sein, was die Polizei in höchste Alarmbereitschaft versetzt. Privat kämpfen Maura Isles und Jane Rizzoli indes mit ganz eigenen Problemen.
Die Sängerin und Gitarristin Natascha Osmenski wird ermordet in einer Bar aufgefunden. Als im Zuge der Ermittlungen immer mehr Details über Nataschas Leben ans Licht kommen, wird den Beamten klar, dass die junge Frau etwas zu verbergen hatte. Indes kehrt Janes Vater nach über einem Jahr überraschend nach Boston zu seiner Familie zurück - mit schlechten Nachrichten im Gepäck.
Als ein Spitzenkoch überraschend stirbt, weisen alle Anzeichen auf eine Vergiftung hin. Wie der Mann sich vergiften konnte, ist den Beamten aber erst einmal ein Rätsel, denn er war dafür bekannt, nur die besten Zutaten zu verwenden. Während Tommy Neuigkeiten hat, die Angela begeistern, unternimmt Mauras leibliche Mutter Hope einen mutigen Schritt, um sich mit ihrer Tochter zu versöhnen.
Als die Tochter eines Senators ermordet aufgefunden wird, schaltet sich schnell auch die Homeland Security in die Ermittlungen des Teams um Jane Rizzoli ein. Wie sich herausstellt, hatte die junge Frau für eine Sicherheitsfirma gearbeitet und war im Besitz geheimer Daten, die in den falschen Händen eine Bedrohung für die nationale Sicherheit Amerikas darstellen könnten.
Eine Frau wurde beim Joggen im Park erstochen. Der Fall wird noch brisanter, als Jane und ihre Kollegen erfahren, dass das Opfer einen Kinderwagen bei sich hatte und der Täter es wohl auf das Kind abgesehen hatte. Während Jane versucht, ihre Schwangerschaft vor ihrer neugierigen Mutter geheim zu halten, wissen Maura und Frank nicht recht, wie sie sich nach dem Kuss verhalten sollen.
Eine gefährliche Situation entblößt die Geheimnisse, die Jane und ihre neue Flamme Oliver (JONATHAN PATRICK MOORE) hatten. Können sie einander vertrauen?
Das Team ringt wegen einer Untersuchung durch einen alten Rivalen damit, sich zu verteidigen. Inzwischen führt ein Tattoo sie zu einem mysteriösen Tod in einem Pflegeheim.
Jane und Weller gehen undercover auf die Jagd nach Geheimdokumenten in den Händen mächtiger Hacker. Shepherd reist nach Thailand, um sich eine gefährliche Waffe zu besorgen.
BRAVO arbeitet mit den Soldatinnen der syrischen Miliz YPJ zusammen, um den Bombenanschlag auf die U.S.S. Crampton aufzuklären.
Eine verpasste Chance vertieft das Misstrauen zwischen Jason und Omar und bringt BRAVO und ihre Verbündeten in Gefahr.
Nach ihrer Rückkehr aus Syrien übernimmt BRAVO einen unerwartet persönlichen Einsatz.
Das NTSF-Team ermittelt in einem Strip Club und kommt einer mexikanischen Verschwörung auf die Spur.
Trent hat seinen Intimfeind Gunnar Gerhardt wiedergefunden und verfolgt ihn mit Piper und Alphonse auf das Kreuzfahrtschiff Acapulco Princess.
Als Jesse bei seinem Gitarrenlehrer Danny zum Unterricht erscheint, muss er eine grausame Entdeckung machen - Danny wurde ermordet. Da aber zur selben Zeit am anderen Ende der Stadt auch noch eine weitere Leiche entdeckt wird, muss Jesse den Fall ganz allein untersuchen.