Gibbs und Bishop befinden sich wegen einer Mordermittlung auf einem Atom-U-Boot, nachdem ein Taucher bei einem Einsatz gestorben ist. Plötzlich wird Vance vom Pentagon darüber informiert, dass das U-Boot zu einem Einsatz gerufen wurde.
Torres ist auf die Ermittlungskünste seiner Kollegen angewiesen, nachdem er voller Blut auf einem Fischkutter aufgewacht ist und sich nicht mehr an die letzten zwölf Stunden erinnern kann. Kurz darauf wird die Leiche einer Frau entdeckt.
In einem Klinikum der Navy gibt es eine Schießerei. Das NCIS-Team sucht nach dem Schützen, der vom Tatort fliehen konnte. Auch jemand aus Sloanes Vergangenheit befand sich zu der Zeit im Krankenhaus und ist eine Schlüsselzeugin in dem Fall.
Das Team untersucht den Mord an Ellen Wallace, deren Überreste auf einer Baustelle entdeckt werden. Eigentlich war man jahrelang davon ausgegangen, dass Ellen bei den Anschlägen aufs Pentagon gestorben sei. Gibbs rollt den Fall neu auf.
Ein bekannter Staatsanwalt wird des Mordes bezichtigt und inhaftiert. Während immer mehr Hinweise gegen den Mann sprechen, kommen Jane langsam Zweifel, dass der Staatsanwalt den Mord tatsächlich begangen hat. Angela will Maura indes dabei helfen, mit den Kindern von heute richtig zu kommunizieren, nachdem die Gerichtsmedizinerin endlich Jacks 12-jährige Tochter kennenlernen soll.
Staatsanwalt Paul sprang von einer Brücke und Jane folgte ihm ins Wasser. Nun müssen die Beamten nicht nur ihre Kollegin finden, sondern auch den echten Mörder. In der Zwischenzeit bittet Angela ihren Sohn Frankie um Hilfe, denn sie will sich auf ein Bewerbungsgespräch als Restaurantmanagerin vorbereiten. Korsak hat sich indes als Geschenk für seinen Ruhestand eine Bar in der Stadt gekauft.
Nachdem ein einzelner Fuß, der Wunden aufweist, an Land gespült wurde, ist die Polizei alarmiert, doch die Bestimmung der Identität des Opfers erweist sich als schwierig. Erst als nach und nach mehr Körperteile des Opfers gefunden werden, wird eine Identifizierung möglich. Angela hat indes bei ihrer Jobsuche wenig Erfolg und findet schließlich Gefallen daran, Korsak im Dirty Robber zu helfen.
Die Beamten müssen sich mit einem überaus engagierten Privatermittler zusammentun, als ein erfolgreicher Modedesigner ermordet und dessen Frau als vermisst gemeldet wird. Jane ist indes der Meinung, dass Angela zu viel Geld ausgibt und bittet Maura darum, ihrer Mutter beizubringen, wie sie mit ihrem Geld besser haushalten kann.
Am Straßenrand wird ein Mann aufgefunden, der zu Tode geprügelt wurde. Schnell schließen sich Jane und ihre Kollegen mit einem anderen Detective zusammen, der glaubt, den gleichen Straßenmörder zu jagen. Maura entdeckt indes, dass ihre Identität gestohlen wurde, und bittet Angela um Hilfe, den Schuldigen auszumachen.
Die Beamten machen Überstunden, um einen Heckenschützen zu fassen, der im Franklin Park sein Unwesen treibt. Maura freundet sich indes mit einem Mann an, der die Tat beobachtet hat und als Zeuge nützlich sein könnte. Unglücklicherweise leidet der Mann an einer psychotischen Störung, die ihn glauben lässt, er sei ein Werwolf. Privat muss Maura mit dem Ende ihrer Beziehung zurechtkommen.
Als ein Mann tot aufgefunden wird, deutet auf den ersten Blick alles darauf hin, dass der Mann gefallen ist und an seiner Kopfverletzung verstarb. Im Zuge der Ermittlungen stellen die Beamten aber fest, dass der Mann seit Längerem ein Doppelleben geführt hat. Maura will indes der jungen Tasha unter die Arme greifen, die studieren will, allerdings nicht genug Geld für ein College hat.
Bei einer Verfolgungsjagd hat Janes Bruder Frankie einen Schuss abgegeben, kurz darauf ist der Flüchtende tot. Jane und Maura geben alles, um Frankie zu entlasten, doch die Umstände der Schießerei sind alles andere als klar.
Jane und Maura ermitteln in der mörderischen Welt der Turnierfischerei, in der es um hohe Einsätze geht. Wie sich schnell herausstellt, hat das Opfer nicht immer mit fairen Mitteln gearbeitet. Frankie, der eine Wette verloren hat, muss indes einen hohen Preis zahlen.
In der "Body Farm" an der Boston Cambridge University lernen Studenten alles über die Verwesung von Leichen. Als zwischen den Studienobjekten die Leiche eines Mordopfers entdeckt wird, werden Jane und Maura mit dem Fall betraut. Angela hütet indes ein Geheimnis, das sie am liebsten tief begraben wüsste.
Als Neal und Peter einen Mörder verfolgen, wird es noch gefährlicher, als sie merken, dass es sich um die gleiche Person handeln könnte, die Neal manipuliert.
Als ein Fall der Wirtschaftsspionage Verbindungen zu Neal aufzeigt, rekrutiert Peter Diana trotz Mutterschutz, um einen Undercovereinsatz durchzuführen und gegen einen gefährlichen Börsenhändler zu ermitteln.
Neal und Peter liefern sich ein Kopf-an-Kopf-Rennen mit einem kriminellen Superhirn, um einen unschätzbar wertvollen Schatz zu finden, der in New York versteckt ist.
Laura und Mary sollen für ein Schulprojekt Insekten sammeln und sind nicht begeistert, dass ihre kleine Schwester sie begleiten will. Genervt und abgelenkt bemerken die beiden erst nicht, dass Carrie unterwegs verschwindet. Das Mädchen ist in einen Minenschacht gefallen und kann sich auch mit vereinten Kräften der Dorfbewohner nicht befreien. Kann der alkoholkranke Mr. Laudy Carrie retten?
Zu Halloween erhalten Laura und Mary von ihren Eltern die Erlaubnis, in die Stadt zu gehen und kleine Streiche zu spielen. Gerade als Laura dem Kaufmannsladen der Olesons einen Besuch abstatten will, wird sie vermeintlich Zeuge, wie Mr. Oleson ein schreckliches Verbrechen begeht. Als Laura den anderen davon erzählt, will ihr keiner glauben.
Charles erfährt vom Tod seiner Mutter und reist nach Wisconsin, um sich um seinen trauernden Vater zu kümmern. Der will nach dem Tod seiner geliebten Frau nicht weiterleben und versucht, sich umzubringen. Um das Schlimmste zu verhindern, beschließt Charles, seinen Vater zu einem Umzug nach Walnut Grove zu überreden, doch der weigert sich, seine Heimat zu verlassen.
Charles ist es gelungen, seinen trauernden Vater nach Walnut Grove zu locken. Obwohl es Lansford Ingalls nach dem Tod seiner geliebten Frau immer noch sehr schlecht geht, lebt sich der alte Mann in Walnut Grove gut ein und wird von allen in der Familie respektiert und geschätzt. Besonders Laura schließt er bald in sein Herz, da sie ihn stark an seine verstorbene Frau, Lauras Großmutter, erinnert.