Drei Obdachlose bitten Monk, den Tod eines Freundes aufzuklären. Die Ermittlungen führen Monk zu einem Kloster mit einer Quelle, die wundersame Kräfte verspricht.
Aus dem Gefängnis ist ein gefährlicher Verbrecher entkommen, der auf seiner Flucht eine Frau umgebracht hat. Unterschlupf sucht der Gejagte ausgerechnet in Monks Wohnung. Außerdem behauptet der Sträfling, dass er Monks Halbbruder sei.
Natalie hilft einem gestürzten Radfahrer und wird dadurch unfreiwilligerweise zur Komplizin eines Fahrraddiebes, da der Mann sich gerade mit seinem Diebesgut auf der Flucht befunden hatte.
Monk untersucht einen Mordfall in einem Museum und lernt dabei eine sympathische ältere Dame kennen. Aber ihr Interesse an seiner Person macht den schrulligen Privatdetektiv stutzig.
Monk hat Freikarten bekommen und geht mit Stottlemeyer zu den Football-Playoffs. Als es vor dem Stadion zu einer Explosion kommt, glaubt Stottlemeyer an einen Unfall. Monk ist aber misstrauisch und geht der Sache auf den Grund.
Ein Erzfeind aus Jugendzeiten gibt Monk einen Auftrag: Er zweifelt an der Treue seiner Frau und Monk soll sie beschatten. Doch dann geschieht auch noch ein Mord - mit Brody als Verdächtigem.
Ein Freund von Monk wird ermordet. Der Detektiv hält einen Magier für den Täter. Ein raffiniertes Katz-und-Maus-Spiel beginnt. Hat der Magier den perfekten Mord begangen?
Monk versucht den Abriss des Parkhauses zu verhindern, in dem der ungeklärte Mord an seiner Frau geschah. Dann verschwindet eine Abgeordnete aus dem Stadtrat, die ebenfalls gegen den Abriss ist, und zwei Touristen werden getötet.
Ein Navy-Offizier hat sich umgebracht und dem Navy-Museum eine kostbare - aber wohl gestohlene - Münze vermacht. Während die Ermittler die Todesumstände untersuchen, stellen sie sich die Frage, wie der Mann in den Besitz der Münze kam.
Das Team steht vor einem Rätsel: Ein Navy-Offizier wurde auf exakt die gleiche Art getötet wie seine Eltern zehn Jahr zuvor. Zudem wollen die Kollegen ein paar Dinge für einen guten Zweck spenden, doch das gelingt nicht allen auf Anhieb.
In einem See wird die Leiche eines sehr geschätzten Navy-Technikers gefunden. Bei den Nachforschungen finden die Ermittler heraus, dass der Mann wohl ein Hacker war. Zudem bittet Faith ihre biologische Mutter Sloane um einen Gefallen.
Jimmy und Kasie sind gerade in einem Diner, als sie dort zusammen mit den anderen Gästen als Geiseln genommen werden. Eigentlich wollten die Täter in einem nahegelegenen Juweliergeschäft einen Diebstahl durchführen, doch der Coup misslang.
Die Ermittler versuchen, die wahre Identität eines Mannes zu klären, der behauptet, er habe während der Angriffe auf Pearl Harbor auf der U.S.S. Arizona gedient. Der alte Mann wünscht sich, nach seinem Tod dort bestattet zu werden.
Gibbs und McGee sollen einen IT-Fachmann der Navy CIS, der aus privaten Gründen in Russland war, zurück in die USA begleiten. Als die drei im Helikopter Richtung Finnland fliegen, werden sie plötzlich vom Boden aus beschossen.
Lieutenant Commander Ned Wallace, der sich mit dem US-Präsidenten treffen wollte, wird in der Nähe des Weißen Hauses ermordet aufgefunden. Während Gibbs und sein Team ermitteln, erhält Director Vance schlechte Neuigkeiten.
Bei einer Explosion stirbt ein Mann, der brisante Dossiers über Navy-Offiziere bei sich trug. Als sich herausstellt, dass der Tote ein Angestellter von Duckys Jugendfreund Angus war, reisen Ducky und Bishop nach London, um ihn zu befragen.
Während der Flottenwoche wird ein junges Mädchen tot aufgefunden. Zwischen Frost und seinem Vater, Admiral der Navy, kommt es zu Spannungen. Maura geht mit Angelas Mechaniker aus.
Als die Tochter eines Polizisten vor den Augen ihres jüngeren Bruders entführt wird, suchen Jane und das Team hektisch nach ihr.
Der Trainer eines Baseball-Teams wird tot aufgefunden, während die Eigner und ein Star-Spieler um die Kontrolle des Teams kämpfen. Janes Bruder Tommy wird aus der Haft entlassen.
Mauras Geschichtskenntnisse helfen bei der Lösung eines Todesfalls bei einer nachgestellten Schlacht aus dem amerikanischen Unabhängigkeitskrieg. Mauras Mutter kommt zu Besuch.
Jane und das Team untersuchen eine moderne Variante der Hexenjagd von Salem. Unterdessen kehrt Frankies alte Freundin zurück und sorgt für eine Überraschung.
Nach einem tödlichen Straßenraub forschen Jane und Maura in der Familiengeschichte nach. Eine mysteriöse Person aus Mauras Vergangenheit taucht auf, was zum Streit mit Jane führt.
Das Team kommt möglichen Mafiaaktivitäten auf die Spur, die mit Mauras leiblichem Vater zu tun haben. Maura geht mit Tommy aus. Jane drückt sich vor dem Bewusstseinstraining.
Am Abend vor seiner Entlassung stirbt ein junger Mann im Waschraum eines Gefängnisses. Serienmörder Charles Hoyt behauptet, er könne Hinweise auf den Mord geben.
Das Team und die Assistentin des Staatsanwalts, Valerie Hudson, wollen ein berüchtigtes Bandenmitglied überführen. TV-Moderator Bill O'Reilly kritisiert die Polizei.
Das Bostoner Morddezernat arbeitet nach einem Überfall mit dem FBI zusammen, doch die FBI-Agentin Anna Farrell ist offenbar einst mit Detective Frost aneinandergeraten.
Peter und Neal entdecken eine Verbindung zwischen Agent Fowler und einer korrupten Richterin.
Die Enkelin von Neals Vermieterin benötigt dringed eine Niere. Als ihr Antrag abgelehnt wird, macht sich Neal schlau und stößt auf einen Organhändler-Ring.
Peter und Neal sind hinter einer Femme fatale her, die Stücke einer wertvollen Sammlung stiehlt.
Ein ehemaliger Rivale von Neal fordert ihn dazu heraus, eine einzigartige Flasche Wein zu fälschen.
Die Agenten Trent Hauser und seine Kollegin Piper Ferguson, die beide der Spezialabteilung NTSF:SD:SUV:: (National Terrorism Strike Force: San Diego: Sport Utility Vehicle) angehören, geben sich als Schüler aus, um an einer Highschool ermitteln zu können. Dort sind bereits mehrere Kinder einflussreicher Eltern entführt worden.
Trent Hauser und sein Team haben einen neuen Fall auf dem Schreibtisch: Die Polizisten müssen eine Gruppe Terroristen ausschalten und ermitteln dafür verdeckt bei einem Rikscha-Rennen in der Stadt.
Ausgerechnet an einem Samstag wird San Diego von einem Terroristen bedroht. Nun liegt es in den Händen des Polizisten und Kommunikationsexperten Sam Stern, die Stadt zu retten.
Mary und Laura wollen gemeinsam mit ihrer Freundin Ellen im Bach baden, doch der vergnügte Ausflug nimmt ein tragisches Ende, als die 11-jährige Ellen in einer unerwartet heftigen Strömung ertrinkt. Ellens Mutter macht Laura für den Tod ihrer Tochter verantwortlich und zieht sich völlig aus der Gemeinde zurück. Als Laura versucht, der Frau zu helfen, begibt sie sich unbewusst in Gefahr.
Charles hat gerade damit begonnen, für seine Familie eine Küche zu bauen, als er verreisen muss. Was ein Glück, dass ausgerechnet nun der charismatische Handwerker Chris auftaucht und anbietet, die Arbeit gegen Kost und Logis fertigzustellen. Es dauert nicht lange, bis die Gerüchteküche in der kleinen Stadt brodelt und Mary sich sogar Sorgen macht, ob die Ehe ihrer Eltern in Gefahr ist.