Das NTSF-Team ermittelt in einem Fall explosiver Drinks, die an die Studenten der University of South San Diego verkauft werden.
Das gesamte NTSF-Team erhält Erpresseranrufe. Nur Kove nicht. Und alle behaupten ihr gegenüber zu einer Geburtstagsparty eingeladen zu sein. Das macht Kove wahnsinnig. Mit verhängnisvollen Folgen.
Als Paläontologen posierende Diamantendiebe verstecken ihr Diebesgut in einer Kiste voller Knochen. Sie heuern Roy Kimba an, die Kiste erst nach Nairobi und dann nach Paris zu fliegen.
Judy gesellt sich zu einer Schimpansenfamilie und Paula sorgt sich über ihre Abwesenheit. Als aber eins der Schimpansenbabys verletzt wird, bringt Judy es zur Pflege ins Zentrum.
Sarahs Expertise wird in Frage gestellt, als eine ehemalige Kommilitonin ihr vor Gericht widerspricht. Es beginnt ein Wettlauf mit der Zeit, da das Team um Charlie und Rex innerhalb eines Wochenendes beweisen muss, dass ein Nachtclubbesitzer seinen Club selbst angezündet hat.
Als Taylors Trauzeugin Luisa nach der Junggesellinnenabschiedsparty tot aufgefunden wird, wird sofort gemunkelt, dass Luisa wieder rückfällig geworden ist und Drogen oder Alkohol im Spiel sind. Doch Charlie glaubt irgendwie nicht daran. Auch einen Unfall schließt er aus.
Charlie und Sarah fahren gemeinsam in den Urlaub und wollen ein ruhiges Wochenende im beschaulichen Apple Bay verbringen. Kurz nach ihrer Ankunft entdeckt Rex jedoch eine Leiche, womit das Wochenende dann doch in Arbeit auszuarten droht. Der örtliche Sheriff Gina lehnt die angebotene Hilfe bei den Ermittlungen zwar dankend ab, doch ist sich Sarah sicher, dass bei dem Fall irgendetwas nicht stimmt.
Als ein Geheimdienst-Offizier gefoltert und ermordet wird, erfährt das Team, dass auf die gleiche Weise CIA-Agenten getötet werden.
Deeks wird entführt, Eric macht Nell ein Angebot und das Team ermittelt in der Tötung eines Delphins, der einen russischen Mikrochip trug.
Der Wagen des Teams wurde von einer Rakete getroffen. So müssen die schwer verletzten Callen, Sam, Kensi und Deeks einen Weg finden, Mexiko zu verlassen. Vor allem um den bewusstlosen Deeks machen sich die Agenten große Sorgen.
Hetty und Mosley müssen den Konsequenzen der Mexiko-Mission ins Auge blicken, während Callen noch immer nicht diensttauglich ist. Admiral Hollace Kilbridge übernimmt vorrübergehend die Leitung des NCIS-Teams, auf das bereits der nächste Fall wartet.
Callen und Sam sind abgestellt den stellvertretenden Kronprinzen Kamal zu beschützen, nachdem ein unbekannter Attentäter bei seiner Ankunft in Los Angeles bereits einen Anschlag versuchte.
Das mexikanische Kartell hat Callen und sein Team noch immer im Visier. Zeitgleich muss sich Mosley einem Staatsanwalt stellen, der die unauthorisierte Mexiko-Mission genau unter die Lupe nimmt.
Deeks macht sich Sorgen um die NCIS-Informantin Tiffany Williams, die während eines Undercover-Einsatzes festgenommen wird. Das Team versucht dafür zu sorgen, dass die Anklage fallen gelassen wird und zugleich Fortschritte bei jenem Fall zu machen.
Als ein Profikiller des Kartells getötet wird, gehört Mosley zu den Hauptverdächtigen. So bleibt dem NCIS-Team nur sie rechtzeitig aufzuspüren um Schlimmeres zu verhindern. Allerdings darf die Anklagevertretung hiervon nichts erfahren.
Das Team bereitet sich auf die Geschenkesammlung zu Weihnachten vor, während Hina und Kainalu auf die Enkel eines verunglückten Surfers aufpassen.
Nach einem Quad-Unfall eilt das Team zum Rettungseinsatz. Zwischen wischen Em und Will sowie Kainalu und Hina knistert es gewaltig.
In einem See wird die Leiche eines sehr geschätzten Navy-Technikers gefunden. Bei den Nachforschungen finden die Ermittler heraus, dass der Mann wohl ein Hacker war. Zudem bittet Faith ihre biologische Mutter Sloane um einen Gefallen.
Jimmy und Kasie sind gerade in einem Diner, als sie dort zusammen mit den anderen Gästen als Geiseln genommen werden. Eigentlich wollten die Täter in einem nahegelegenen Juweliergeschäft einen Diebstahl durchführen, doch der Coup misslang.
Die Ermittler versuchen, die wahre Identität eines Mannes zu klären, der behauptet, er habe während der Angriffe auf Pearl Harbor auf der U.S.S. Arizona gedient. Der alte Mann wünscht sich, nach seinem Tod dort bestattet zu werden.
Als eine Leiche spurlos verschwindet, geraten die NCIS-Ermittler auf die Spur eines Drogenrings, der auch Fornells Tochter Emily beliefert hat.
Im NCIS-Hauptquartier wird eine Leiche gefunden, die scheinbar mit einem alten Fall von Gibbs in Verbindung steht.
Ein Fall führt das Team zu einer jahrelangen Schatzsuche, während Gibbs und Fornell weiter heimlich gegen den Drogenring ermitteln.
Ein Mordfall führt das Team auf die Bahamas, wo McGee und Delilah gerade Urlaub machen. Gibbs Freund Clarence soll die beiden im Auge behalten.
Die Ermittlungen von Gibbs und Fornell gegen den Drogenring, den sie für Emilys Überdosis verantwortlich machen, stehen kurz vor dem Abschluss.
Torres und Bishop werden auf der Suche nach einem Sprengstofflager von ihrem Team abgeschnitten.
Ein Navy-Soldat wird ermordert, während er einen frisch entlassenen Mann aus dem Gefängnis nach Hause fährt.
Finale der 2. Staffel. In dem ersten von zwei Teilen reisen Walt er und Olivia ins Paralleluniversum. Dort kommt es zu der erwart eten Konfrontation zwischen Walter Bishop und William Bell (Leon ard Nimoy).
Die Universen werden niemals mehr dieselben sein! Das Staffelfin ale der zweiten Season!
In der ersten Folge der dritten Staffel muss eine verwirrte Oliv ia ihren Weg nach Hause erkämpfen, dabei lernen wir ihre Mutter Marilyn kennen.
Peter stellt Neals Vorschlag seinen Vorgesetzten beim FBI vor: Im Austausch für seine Freiheit wird Neal die Pink Panthers zu Fall bringen. Als Neal herausfindet, dass Keller nun einer der Panthers ist, will Peter die Mission abbrechen, doch Neal weiß, dass dies seine letzte Chance ist. Er kann Keller nicht trauen und versteht nicht, warum Keller ihn nicht sofort an die Panthers verraten hat.
Zwei Archäologen heuern einen lokalen Jäger, Theo Banhoof, an, um sie bei der Arbeit vor gefährlichen Tieren zu beschützen.
Als Paläontologen posierende Diamantendiebe verstecken ihr Diebesgut in einer Kiste voller Knochen. Sie heuern Roy Kimba an, die Kiste erst nach Nairobi und dann nach Paris zu fliegen.
Judy gesellt sich zu einer Schimpansenfamilie und Paula sorgt sich über ihre Abwesenheit. Als aber eins der Schimpansenbabys verletzt wird, bringt Judy es zur Pflege ins Zentrum.