Trent hat seinen Intimfeind Gunnar Gerhardt wiedergefunden und verfolgt ihn mit Piper und Alphonse auf das Kreuzfahrtschiff Acapulco Princess.
Piper und Sam werden von Japanern auf ein U-Boot aus dem Zweiten Weltkrieg entführt. Als die übrigen Mitglieder des NTSF-Teams das mitbekommen, starten sie eine Rettungsaktion.
Das NTSF-Team hat die Aufgabe den neuen Teilchenbeschleuniger von San Diego zu beschützen. Als Trent in den Reaktorraum geht, gerät er in ein Paralleluniversum.
Seit zwei Monaten regnet es in Walnut Grove und Charles Ingalls fürchtet, dass seine Familie bald hungern wird, da er mit seinen Feldern nichts erwirtschaften kann. Einen Ausweg, so glaubt er, bietet die Suche nach Gold. Und so macht sich die Familie gemeinsam mit den Edwards auf den Weg in ein 400 Meilen entferntes Gebiet, auf dem schon einige auf Gold gestoßen sein sollen.
Inzwischen sind die Ingalls und die Edwards in dem Camp angekommen, in dem die Goldsucher leben. Während Charles und Isaiah ihr Glück versuchen, eröffnet Caroline eine Schule. Doch es zeigt sich schnell, dass die Umgebung alles andere als ideal ist, um Kindern etwas beizubringen. Schließlich erkennen Charles und Isaiah, dass sie einen Fehler begangen haben und kehren nach Walnut Grove zurück.
Jessica macht in New York die Bekanntschaft des Soap-Stars Joanna. Diese trennt sich nicht nur von ihrem Liebhaber Devon, sondern heiratet kurz darauf einen Millionär. Devon droht daraufhin mit Mord.
Der ehemalige Polizist Sean Cullane lehrt gemeinsam mit Jessica Kriminologie an der Universität von Manhattan. Als er des Mordes verdächtigt wird, glaubt nur Jessica an seine Unschuld...
Als Harriet, die Jessica mit ihren Computerproblemen half, nach einer Behandlung durch Seth Hazlitt stirbt, wird dieser der Fahrlässigkeit bezichtigt. Doch Jessica glaubt nicht an seine Schuld...
Als Jessica einen Freund in Mexiko besucht, herrscht dort große Aufregung: die Totenmaske Montezumas ist gestohlen worden! Als dann auch noch ein Mord passiert, beginnt Jessica mit Ermittlungen.
Jessicas Freund Martin, der gerade an einem neuen Theaterstück arbeitet, glaubt, seine verstorbene Frau durchs Haus spuken zu sehen. Dann geschieht auch noch ein Mord. Nun schaltet sich Jessica ein.
Seth Hazlett ist hoch erfreut, als ein alter Kamerad aus der Armee seinen Besuch ankündigt. Die Freude wird schnell getrübt, denn Privatdetektiv Jarvis verfolgt seinen Freund wegen eines Juwelenraubs.
Laura ist entsetzt, als sie ihren geliebten Hund Jack tot in der Scheune findet. Nach einer emotionalen Beerdigung bringt Charles kurz darauf einen Streuner namens Bandit mit nach Hause, der ihm zugelaufen ist und nun seine traurige Tocher trösten soll. Doch das Mädchen ist anfangs nicht bereit, sich auf ein neues Haustier einzulassen.
Charles will zu einer Versammlung der Farmervereinigung nach Chicago reisen und hatte gehofft, den Ausflug mit seiner Frau Caroline zu unternehmen. Stattdessen begleitet er am Ende seine Tochter Mary, die ihren Verlobten John besuchen will. Charles und Mary streifen durch eine Stadt, die ganz anders ist als ihre Heimat, und erhalten schließlich beide unerwartete Neuigkeiten.
Mary und Laura wollen gemeinsam mit ihrer Freundin Ellen im Bach baden, doch der vergnügte Ausflug nimmt ein tragisches Ende, als die 11-jährige Ellen in einer unerwartet heftigen Strömung ertrinkt. Ellens Mutter macht Laura für den Tod ihrer Tochter verantwortlich und zieht sich völlig aus der Gemeinde zurück. Als Laura versucht, der Frau zu helfen, begibt sie sich unbewusst in Gefahr.
Charles hat gerade damit begonnen, für seine Familie eine Küche zu bauen, als er verreisen muss. Was ein Glück, dass ausgerechnet nun der charismatische Handwerker Chris auftaucht und anbietet, die Arbeit gegen Kost und Logis fertigzustellen. Es dauert nicht lange, bis die Gerüchteküche in der kleinen Stadt brodelt und Mary sich sogar Sorgen macht, ob die Ehe ihrer Eltern in Gefahr ist.
Laura und ihr neuer Freund Andy Garvey finden eine verletzte Wolfsmutter, die ihre Welpen nicht mehr versorgen kann. Kurzerhand nehmen sie die Tiere mit nach Hause, um sich um sie zu kümmern. Während Doc Baker sich der verletzten Wolfsmutter annimmt, wird das Vieh in der Gegend angegriffen. Bald glauben die Dorfbewohner, dass die Wölfe für die Angriffe verantwortlich sind.
Im Auftakt der zweiten Staffel wird Jane Rizzoli während einer Belagerung des Reviers angeschossen und daraufhin als Heldin geehrt. Doch ein Desaster kürzt die Feier drastisch ab.
Janes und Mauras Ruhetag in einem Wellness-Center bringt reichlich Unruhe, als sie eine ermordete schwangere Frau entdecken, die ihr Kind als Leihmutter austrug.
Lieutenant Commander Ned Wallace, der sich mit dem US-Präsidenten treffen wollte, wird in der Nähe des Weißen Hauses ermordet aufgefunden. Während Gibbs und sein Team ermitteln, erhält Director Vance schlechte Neuigkeiten.
Bei einer Explosion stirbt ein Mann, der brisante Dossiers über Navy-Offiziere bei sich trug. Als sich herausstellt, dass der Tote ein Angestellter von Duckys Jugendfreund Angus war, reisen Ducky und Bishop nach London, um ihn zu befragen.
Reese und Finch treffen auf ihre bisher schwierigste interessante Person: eine Staatsagentin, die terroristische Anschläge verhindert, bevor sie ausgeführt werden.
Als die Maschine sechs Nummern gleichzeit ausgibt, geraten Reese und Finch auf der Jagd nach einem namen- und gesichtlosen Mörder in einen heftigen Sturm.
Larry Overson, Ex-Navy-Mitarbeiter und Gründer des Unternehmens OverGuard, liegt tot im Hafen. Der Verdacht fällt auf den ehemaligen Kollegen des Toten, Mike Powell. Dieser berichtet, dass er gemeinsam mit Overson eine Software namens "Dämon" kreiert hat, die Millionen Nutzerdaten speichert, ohne dass die Nutzer es bemerken. Callen und Sam beginnen nun verdeckt in der Firma Flibbit zu arbeiten.
Hetty beauftragt Kensi und Deeks damit, Jack Simon zu beschützen. Er ist aus Afghanistan angereist, um sich mit dem Zollbeamten Sy Riggs zu treffen. Dieser katalogisierte in dem Kriegsgebiet antike Gegenstände und wird verdächtigt, mit seinem Wissen Geschäfte zu machen. Dem scheint tatsächlich so. Doch dann wird Riggs ermordet, und der Täter hat es als nächstes auf Jack Simon abgesehen.
Kirkin, ein enger Freund des NCIS, wird bei einem Spa-Besuch entführt. Wie sich herausstellt, hat Anna Kolchek den Mann gekidnappt. Wenn sie ihn nach Russland bringt, erfährt sie wo sich ihr Vater befindet - der totgeglaubte Arkady Kolchek. Das NCIS-Team will Anna bei ihrem Plan unterstützen und schleust sich in die russische Botschaft rein, um an nähere Informationen zu kommen.
Als eine Kinderbetreuungsstätte eine Bombendrohung erhält, wird Avi erneut mit komplexen Lügen und Beweggründen konfrontiert. Außerdem wird Pauls Frau vermisst und Janine ermutigt Avi, sich mit seiner Vergangenheit auseinander zu setzen.
Avi hat mehrere Verdächtige für die Bombendrohung, doch jeder Hinweis verkompliziert den Fall. Earl versucht mehr über Holt herauszufinden.
Anna ist in schockierende Ereignisse verwickelt, während Avi hinterfragt, ob Elisabeth vermisst oder tot ist. Brad wird festgenommen.
Avi kann einen Fall lösen, Paul Serra will New York verlassen und Peter Hanney ist überraschend ehrlich.
Die Ermittler versuchen, die wahre Identität eines Mannes zu klären, der behauptet, er habe während der Angriffe auf Pearl Harbor auf der U.S.S. Arizona gedient. Der alte Mann wünscht sich, nach seinem Tod dort bestattet zu werden.
Gibbs und McGee sollen einen IT-Fachmann der Navy CIS, der aus privaten Gründen in Russland war, zurück in die USA begleiten. Als die drei im Helikopter Richtung Finnland fliegen, werden sie plötzlich vom Boden aus beschossen.
Lieutenant Commander Ned Wallace, der sich mit dem US-Präsidenten treffen wollte, wird in der Nähe des Weißen Hauses ermordet aufgefunden. Während Gibbs und sein Team ermitteln, erhält Director Vance schlechte Neuigkeiten.
Bei einer Explosion stirbt ein Mann, der brisante Dossiers über Navy-Offiziere bei sich trug. Als sich herausstellt, dass der Tote ein Angestellter von Duckys Jugendfreund Angus war, reisen Ducky und Bishop nach London, um ihn zu befragen.
Piper ist ein Schläfer und wird wieder aktiviert. Dadurch entwickelt sie sich zur gemeingefährlichen Killerin und verursacht Chaos im NTSF-Hauptquartier.
Das NTSF-Team bekommt neue SUVs, die mit künstlicher Intelligenz ausgestattet sind. Innerhalb kürzester Zeit beginnen die SUVs verrückt zu spielen.
Dem Präsidenten der Navy wird das Herz aus der Brust entwendet und durch eine Bombe ersetzt. Das NTSF-Team versucht ihn zu retten.
Charles hat gerade damit begonnen, für seine Familie eine Küche zu bauen, als er verreisen muss. Was ein Glück, dass ausgerechnet nun der charismatische Handwerker Chris auftaucht und anbietet, die Arbeit gegen Kost und Logis fertigzustellen. Es dauert nicht lange, bis die Gerüchteküche in der kleinen Stadt brodelt und Mary sich sogar Sorgen macht, ob die Ehe ihrer Eltern in Gefahr ist.