Nach ihrer Rückkehr aus Syrien übernimmt BRAVO einen unerwartet persönlichen Einsatz.
Was für eine spannende Begegnung: San Diegos Spezialeinheit schließt sich mit einer Gruppe Zeitreisender zusammen, um Verbrechen zu verhindern, die noch nicht geschehen sind, aber in der Zukunft begangen werden sollen.
Als der Killerwal Gary umgebracht wird, schiebt man der Spezialeinheit NTSF:SD:SUV:: die Schuld dafür in die Schuhe. Trent, Alphonse und Piper müssen ihren Namen reinwaschen, bevor diese Geschichte für immer ihren guten Ruf ruiniert.
Als der Roboter S.A.M. des Mordes beschuldigt wird, muss Trent an einen Ort gehen, an dem vor ihm noch kein Mensch gewesen ist, und zwar nach Robot Town, San Diego.
Reverend Alden bietet der 15-jährigen Mary ihre erste vorläufige Lehrerinnenstelle in einer abgelegenen Gemeinde. Doch dem jungen Mädchen bläst harter Gegenwind entgegen, da die alte Miss Peel gegen die Schule wettert und ihre Aussagen mit ihrem kruden Verständnis der Bibel rechtfertigt. Es dauert einige Zeit, bis Mary klar wird, warum Miss Peel sich ihr gegenüber so verhält.
An Charles' und Carolines Hochzeitstag bereiten die Frauen zuhause alles für ein kleines Festmahl vor. Während Caroline und die Kinder zuhause warten, verspätet sich Charles, da ein Rad des Wagens gebrochen ist. Caroline nutzt die Zeit und erzählt ihren Kindern, wie sie und Charles sich kennengelernt und das erste Mal miteinander getanzt haben.
Laura findet beim Fischen eine Flaschenpost und macht sich auf die Suche nach dem Absender der Nachricht. Bei ihren täglichen Ausflügen an den Fluss findet sie stattdessen jedoch ein ausgesetztes Baby. Während Laura sich um das Kind kümmert und es Grace nennt, sucht Charles die Gegend nach der Mutter ab.
Gibbs und das Team versuchen, den Namen von Sergeant John Ross reinzuwaschen, der inzwischen im Ruhestand ist. Der Mann organisiert und schickt regelmäßig Care-Pakete an Marines, die noch im Dienst sind, doch in einem wurde Zyanid entdeckt.
Gibbs und Ducky sehen zufällig im Fernsehen einen antiken Stock, der die Mordwaffe in einem Fall sein könnte, der 16 Jahre zurückliegt. Während die Ermittler mehr in Erfahrung bringen wollen, versucht der Mörder, seine Spuren zu verwischen.
Das Hauptquartier des NCIS wird evakuiert, als man auf dem Dach des Hauses eine Leiche sowie Material entdeckt, das zum Bau von Bomben verwendet werden kann. Zudem dürfen die Kollegen den ersten Entwurf von Duckys Buch lesen.
Gibbs muss sich um das zehnjährige Waisenmädchen Elena kümmern, das geflohen ist, und übernimmt vorläufig die Aufsichtspflicht für das Kind. Wie sich herausstellt, ist das Mädchen Opfer einer gewaltbereiten Gang geworden.
Ein Angehöriger der Navy wird eines tätlichen Angriffs verdächtigt, doch ihm gelingt die Flucht aus dem Polizeigewahrsam. Torres arbeitet eng mit der Zeugin Annie Barth zusammen, die blind ist, aber die entscheidenden Beweise gehört hat.
Sara Carter bittet Gibbs, den Mord an ihrer Mutter nochmals zu untersuchen, da sie davon überzeugt ist, dass die Polizei den falschen Mann verhaftet hat. Abby erhält zudem eine Einladung zum Abendessen in einem brandneuen Sternelokal.
Das Team erfährt, dass einer von Ihnen auf der Abschussliste eines Todesschützen steht. Fieberhaft durchsuchen die Ermittler alte Fallakten, um herauszufinden, wer an ihnen Rache üben will.
Gibbs besucht die Gedächtnis-Andacht für einen Freund, der auf See gestorben ist. Dabei entdeckt er, dass sich der angeblich verstorbene Navy Captain Brooks versteckt hat, nachdem dessen Boot auf See angegriffen wurde.
Sloane ist davon überzeugt, dass ein Mann, der sie in Afghanistan gefangen gehalten und gefoltert hat, und der angeblich nach ihrer Rettung getötet wurde, in Washington D.C. ist. Vance und Gibbs fürchten, dass Sloane den Mann töten wird.
Einen Monat, nachdem Director Vance entführt wurde, ist sein Verbleib noch immer ungeklärt. Während das gesamte Team nicht nur im Land, sondern auch weltweit nach ihm sucht, übernimmt Gibbs interimsweise Vance' Posten als Leiter des NCIS.
Vor 20 Jahren versetzte ein als Clown verkleideter Entführer die Bewohner Bostons in Angst und Schrecken. Obwohl der Verbrecher nie gefasst wurde, hörten die Entführungen eines Tages überraschend auf. Nun scheint der Entführer aber zurück zu sein, was die Polizei in höchste Alarmbereitschaft versetzt. Privat kämpfen Maura Isles und Jane Rizzoli indes mit ganz eigenen Problemen.
Die Sängerin und Gitarristin Natascha Osmenski wird ermordet in einer Bar aufgefunden. Als im Zuge der Ermittlungen immer mehr Details über Nataschas Leben ans Licht kommen, wird den Beamten klar, dass die junge Frau etwas zu verbergen hatte. Indes kehrt Janes Vater nach über einem Jahr überraschend nach Boston zu seiner Familie zurück - mit schlechten Nachrichten im Gepäck.
Als ein Spitzenkoch überraschend stirbt, weisen alle Anzeichen auf eine Vergiftung hin. Wie der Mann sich vergiften konnte, ist den Beamten aber erst einmal ein Rätsel, denn er war dafür bekannt, nur die besten Zutaten zu verwenden. Während Tommy Neuigkeiten hat, die Angela begeistern, unternimmt Mauras leibliche Mutter Hope einen mutigen Schritt, um sich mit ihrer Tochter zu versöhnen.
Als die Tochter eines Senators ermordet aufgefunden wird, schaltet sich schnell auch die Homeland Security in die Ermittlungen des Teams um Jane Rizzoli ein. Wie sich herausstellt, hatte die junge Frau für eine Sicherheitsfirma gearbeitet und war im Besitz geheimer Daten, die in den falschen Händen eine Bedrohung für die nationale Sicherheit Amerikas darstellen könnten.
Eine Frau wurde beim Joggen im Park erstochen. Der Fall wird noch brisanter, als Jane und ihre Kollegen erfahren, dass das Opfer einen Kinderwagen bei sich hatte und der Täter es wohl auf das Kind abgesehen hatte. Während Jane versucht, ihre Schwangerschaft vor ihrer neugierigen Mutter geheim zu halten, wissen Maura und Frank nicht recht, wie sie sich nach dem Kuss verhalten sollen.
Eine Frau kommt blutüberströmt mit einer Waffe in der Hand auf das Revier. Den überraschten Beamten erklärt sie, dass sie jemanden getötet hat. Durch das erlittene Trauma weiß die Frau allerdings nicht mehr, wer sie ist, noch wen sie getötet hat. Die Beamten versuchen, diesen eigenartigen Fall aufzuklären, während sie mit dem Verlust ihres Freundes und Kollegen Frost zurechtkommen müssen.
Ein Mörder hat sich einen perfiden Plan zurechtgelegt, um passende Opfer für seine grausamen Taten zu finden. Mittels Online-Anzeigen sucht er nach Menschen, die nicht vermisst werden, wenn sie verschwinden. Jane erfährt indes, dass es ein schwieriges Unterfangen wird, ihre Schwangerschaft vor ihrer Mutter und Maura geheim zu halten.
Die Beamten stehen erneut vor einem schwierigen Fall: Ein Mann wurde in seinem Katastrophen-Bunker getötet, der eigentlich als uneinnehmbar gilt. Nun will die Polizei herausfinden, wie und warum er zum Opfer wurde. Jane fällt es sehr schwer, sich auf den Fall zu konzentrieren, als sie erfährt, dass Korsak mit dem Gedanken spielt, in Pension zu gehen.
Die Beamten untersuchen den Mord an einer wohlhabenden Frau, die Krebs im Endstadium hatte und sowieso nur noch wenige Monate zu leben gehabt hätte. Maura unterrichtet indes an der Universität und trifft dabei auf einen Professor, der das Potenzial hätte, ihr Mr. Perfect zu sein. Da sie mit den Männern in ihrem Leben jedoch meist Pech hatte, ist sie unsicher, ob sie sich auf ihn einlassen soll.
Jane steht vor einem riesigen Problem. Es scheint fast so, als wäre einem Mörder das perfekte Verbrechen gelungen. Und zu allem Überfluss kann sie dieses Mal nicht auf Mauras Hilfe im Labor und in der Pathologie zählen, denn Maura ist auf einer Konferenz für Gerichtsmediziner. Korsak erhält indes Besuch vom Enkelsohn eines verstorbenen Freundes, mit dem er früher Musik gemacht hat.
Peter und Neal sind hinter einer Femme fatale her, die Stücke einer wertvollen Sammlung stiehlt.
Ein ehemaliger Rivale von Neal fordert ihn dazu heraus, eine einzigartige Flasche Wein zu fälschen.
Neal arbeitet mit der ehrgeizigen Agentin Kimberly Rice als Berater an einer Entführung.
Neal tut sich mit Alex zusammen, um die Spieldose aus dem italienischen Konsulat zu stehlen.
Die größte und wichtigste Veranstaltung des Jahres steht vor der Tür: die Comic Con! Trent und sein Team übernehmen dabei eine schwierige Aufgabe: Sie müssen eine Gruppe namens "F.A.N.B.O.Y.Z." aufhalten. Die Verbrecher wollen nämlich alle Comicbuch-Autoren töten, die sie mit ihren Geschichten enttäuscht haben.
Piper möchte heiraten. Bald schon muss sie feststellen, dass das aber gar nicht so leicht ist. Ihr größtes Problem ist ihr Exfreund, der bekanntermaßen ein Ninja ist und Schwierigkeiten damit hat, seine alte Liebe loszulassen.
Reverend Alden bietet der 15-jährigen Mary ihre erste vorläufige Lehrerinnenstelle in einer abgelegenen Gemeinde. Doch dem jungen Mädchen bläst harter Gegenwind entgegen, da die alte Miss Peel gegen die Schule wettert und ihre Aussagen mit ihrem kruden Verständnis der Bibel rechtfertigt. Es dauert einige Zeit, bis Mary klar wird, warum Miss Peel sich ihr gegenüber so verhält.
An Charles' und Carolines Hochzeitstag bereiten die Frauen zuhause alles für ein kleines Festmahl vor. Während Caroline und die Kinder zuhause warten, verspätet sich Charles, da ein Rad des Wagens gebrochen ist. Caroline nutzt die Zeit und erzählt ihren Kindern, wie sie und Charles sich kennengelernt und das erste Mal miteinander getanzt haben.
Laura findet beim Fischen eine Flaschenpost und macht sich auf die Suche nach dem Absender der Nachricht. Bei ihren täglichen Ausflügen an den Fluss findet sie stattdessen jedoch ein ausgesetztes Baby. Während Laura sich um das Kind kümmert und es Grace nennt, sucht Charles die Gegend nach der Mutter ab.