Clarence entweicht in den Dschungel, wo er von drei Löwinnen adoptiert wird, die ihn als Leiter ihrer Herde wollen.
Das Gelände steht kurz davor, von einer Herde hungriger Elefanten auf der Suche nach Futter und Wasser überrannt zu werden.
Dr. Tracy und sein Team suchen verzweifelt eine Möglichkeit, eine zerstörerische Herde von Elefanten auf dem Weg zum Zentrum zu retten.
Ein Fremder taucht auf dem Gelände auf, auf dem Jack und Paula einen Elefantenfriedhof untersuchen.
Als Judy die Medikamente im Zentrum vermischt, nimmt ein kranker ehemaliger Stammeschef ein Medikament, das ihn so erstarken lässt, dass er seinen Nachfolger herausfordert.
Ein früherer Preisboxer erhält die Lizenz zum Schießen einer Löwin, die ihn angegriffen hatte. Dr. Tracy muss versuchen.
Judy glaubt, dass sie und die anderen Tiere das Gelände besser vor Dieben schützen können als ein neu installiertes Warnsystem.
Ein Rancher will einen jungen Geparden töten, der sein Vieh angegriffen hat.
Judy besprüht Toto, das Schimpansenbaby, mit einem Duft, der Leoparden abschreckt. Als Toto darauf eine große Raubkatze abwehren kann, wird sie als Reinkarnation eines Häuptlings angesehen.
Als Charlie und Rex mit Donovan, Sarah und Jesse auf dem örtlichen Golfplatz ein paar Löcher spielen wollen, entdeckt Rex plötzlich eine Leiche. Es handelt sich um Jennica, die Sponsorin sowie beste Freundin der Tochter des Golfplatz-Betreibers, Raffi.
Ein vermeintlicher Routineeinsatz wird für Charlie und Rex zu einer ungeahnten Gefahr. Als sie ein paar Pferdedieben hinterherjagen, die eine wertvolle Zuchtstute gestohlen haben, wird Charlie nämlich von dem fahrenden Pferdeanhänger der Diebe gestoßen und bleibt mit einer Gehirnerschütterung auf der Straße liegen, während Rex angeschossen wird und fortan unauffindbar scheint.
Als der ehemalige Sträfling Gabriel unmittelbar nach seiner Haftentlassung auf das Revier kommt und Sarah mit einem Messer bedroht, beginnt für Hudson ein Wettlauf gegen die Zeit.
Sarahs alter Studienfreund Andrew hat zusammen mit seiner Frau Makenna beruflich in St. John's zu tun. Sein Besuch nimmt jedoch eine tragische Wende, als er nach einem Meeting im Fahrstuhl des Bürogebäudes seiner Investmentfirma brutal zusammengeschlagen wird und daraufhin ins Koma fällt.
Als Sarah und Charlie eines Abends nach Hause kommen, erwartet sie bereits ein sterbender Fremder in der Küche. Er scheint Charlie zu kennen, doch kennt Charlie ihn nicht. Im Zuge der daraufhin einsetzenden Ermittlung stellt sich heraus, dass es sich um den Bruder eines Einbrechers namens Lennie handelt, den Charlie fünf Jahre zuvor ins Gefängnis gebracht hat.
Vor 20 Jahren versetzte ein als Clown verkleideter Entführer die Bewohner Bostons in Angst und Schrecken. Obwohl der Verbrecher nie gefasst wurde, hörten die Entführungen eines Tages überraschend auf. Nun scheint der Entführer aber zurück zu sein, was die Polizei in höchste Alarmbereitschaft versetzt. Privat kämpfen Maura Isles und Jane Rizzoli indes mit ganz eigenen Problemen.
Die Sängerin und Gitarristin Natascha Osmenski wird ermordet in einer Bar aufgefunden. Als im Zuge der Ermittlungen immer mehr Details über Nataschas Leben ans Licht kommen, wird den Beamten klar, dass die junge Frau etwas zu verbergen hatte. Indes kehrt Janes Vater nach über einem Jahr überraschend nach Boston zu seiner Familie zurück - mit schlechten Nachrichten im Gepäck.
Als ein Spitzenkoch überraschend stirbt, weisen alle Anzeichen auf eine Vergiftung hin. Wie der Mann sich vergiften konnte, ist den Beamten aber erst einmal ein Rätsel, denn er war dafür bekannt, nur die besten Zutaten zu verwenden. Während Tommy Neuigkeiten hat, die Angela begeistern, unternimmt Mauras leibliche Mutter Hope einen mutigen Schritt, um sich mit ihrer Tochter zu versöhnen.
Als die Tochter eines Senators ermordet aufgefunden wird, schaltet sich schnell auch die Homeland Security in die Ermittlungen des Teams um Jane Rizzoli ein. Wie sich herausstellt, hatte die junge Frau für eine Sicherheitsfirma gearbeitet und war im Besitz geheimer Daten, die in den falschen Händen eine Bedrohung für die nationale Sicherheit Amerikas darstellen könnten.
Eine Frau wurde beim Joggen im Park erstochen. Der Fall wird noch brisanter, als Jane und ihre Kollegen erfahren, dass das Opfer einen Kinderwagen bei sich hatte und der Täter es wohl auf das Kind abgesehen hatte. Während Jane versucht, ihre Schwangerschaft vor ihrer neugierigen Mutter geheim zu halten, wissen Maura und Frank nicht recht, wie sie sich nach dem Kuss verhalten sollen.
Eine Frau kommt blutüberströmt mit einer Waffe in der Hand auf das Revier. Den überraschten Beamten erklärt sie, dass sie jemanden getötet hat. Durch das erlittene Trauma weiß die Frau allerdings nicht mehr, wer sie ist, noch wen sie getötet hat. Die Beamten versuchen, diesen eigenartigen Fall aufzuklären, während sie mit dem Verlust ihres Freundes und Kollegen Frost zurechtkommen müssen.
Ein Mörder hat sich einen perfiden Plan zurechtgelegt, um passende Opfer für seine grausamen Taten zu finden. Mittels Online-Anzeigen sucht er nach Menschen, die nicht vermisst werden, wenn sie verschwinden. Jane erfährt indes, dass es ein schwieriges Unterfangen wird, ihre Schwangerschaft vor ihrer Mutter und Maura geheim zu halten.
Die Beamten stehen erneut vor einem schwierigen Fall: Ein Mann wurde in seinem Katastrophen-Bunker getötet, der eigentlich als uneinnehmbar gilt. Nun will die Polizei herausfinden, wie und warum er zum Opfer wurde. Jane fällt es sehr schwer, sich auf den Fall zu konzentrieren, als sie erfährt, dass Korsak mit dem Gedanken spielt, in Pension zu gehen.
Die Beamten untersuchen den Mord an einer wohlhabenden Frau, die Krebs im Endstadium hatte und sowieso nur noch wenige Monate zu leben gehabt hätte. Maura unterrichtet indes an der Universität und trifft dabei auf einen Professor, der das Potenzial hätte, ihr Mr. Perfect zu sein. Da sie mit den Männern in ihrem Leben jedoch meist Pech hatte, ist sie unsicher, ob sie sich auf ihn einlassen soll.
Jane steht vor einem riesigen Problem. Es scheint fast so, als wäre einem Mörder das perfekte Verbrechen gelungen. Und zu allem Überfluss kann sie dieses Mal nicht auf Mauras Hilfe im Labor und in der Pathologie zählen, denn Maura ist auf einer Konferenz für Gerichtsmediziner. Korsak erhält indes Besuch vom Enkelsohn eines verstorbenen Freundes, mit dem er früher Musik gemacht hat.
Im spannenden Finale für die Staffelmitte verfolgt das Team einen Ring von frisch aktivierten Schläferspionen und versucht, eine Reihe von Attentaten zu unterbinden.
Während Jane von einer Serie von Enthüllungen über ihre Tätowierungen erschüttert wird und mit der Entscheidung kämpft, ob sie Oscar vertrauen kann, verfolgt das Team einen Fall ins Ausland.
Nachdem ein gestörter Irak-Veteran einen Stützpunkt hochschießt, enthüllt das Team eine Verschwörung, und Jane und Weller müssen einem zielstrebigen Wissenschaftler Einhalt gebieten.
Als Charlie und Rex mit Donovan, Sarah und Jesse auf dem örtlichen Golfplatz ein paar Löcher spielen wollen, entdeckt Rex plötzlich eine Leiche. Es handelt sich um Jennica, die Sponsorin sowie beste Freundin der Tochter des Golfplatz-Betreibers, Raffi.
Ein vermeintlicher Routineeinsatz wird für Charlie und Rex zu einer ungeahnten Gefahr. Als sie ein paar Pferdedieben hinterherjagen, die eine wertvolle Zuchtstute gestohlen haben, wird Charlie nämlich von dem fahrenden Pferdeanhänger der Diebe gestoßen und bleibt mit einer Gehirnerschütterung auf der Straße liegen, während Rex angeschossen wird und fortan unauffindbar scheint.
Als der ehemalige Sträfling Gabriel unmittelbar nach seiner Haftentlassung auf das Revier kommt und Sarah mit einem Messer bedroht, beginnt für Hudson ein Wettlauf gegen die Zeit.
Sarahs alter Studienfreund Andrew hat zusammen mit seiner Frau Makenna beruflich in St. John's zu tun. Sein Besuch nimmt jedoch eine tragische Wende, als er nach einem Meeting im Fahrstuhl des Bürogebäudes seiner Investmentfirma brutal zusammengeschlagen wird und daraufhin ins Koma fällt.
Als Sarah und Charlie eines Abends nach Hause kommen, erwartet sie bereits ein sterbender Fremder in der Küche. Er scheint Charlie zu kennen, doch kennt Charlie ihn nicht. Im Zuge der daraufhin einsetzenden Ermittlung stellt sich heraus, dass es sich um den Bruder eines Einbrechers namens Lennie handelt, den Charlie fünf Jahre zuvor ins Gefängnis gebracht hat.