Die Mordermittlung des NCIS-Teams gegen einen Mann, der militärische Informationen verkauft hat, führt zur Entführung eines Arztes.
Ausgerechnet an einem Samstag wird San Diego von einem Terroristen bedroht. Nun liegt es in den Händen des Polizisten und Kommunikationsexperten Sam Stern, die Stadt zu retten.
Ein brutaler Serienkiller treibt sein Unwesen in San Diego. Der Mörder hat es anscheinend ausschließlich auf die Regisseure von Teenie-Filmen abgesehen. Natürlich übernehmen die Agenten Trent Hauser und Alphonse die Ermittlungen. Ihre Chefin Kove beginnt indes mit einem Podcast.
Was für eine spannende Begegnung: San Diegos Spezialeinheit schließt sich mit einer Gruppe Zeitreisender zusammen, um Verbrechen zu verhindern, die noch nicht geschehen sind, aber in der Zukunft begangen werden sollen.
Um zu verhindern, dass ihr Buch schlecht verfilmt wird, reist Jessica nach Hollywood. Doch als sie dort ankommt, wird sie des Mordes verdächtigt...
Sarahs alter Studienfreund Andrew hat zusammen mit seiner Frau Makenna beruflich in St. John's zu tun. Sein Besuch nimmt jedoch eine tragische Wende, als er nach einem Meeting im Fahrstuhl des Bürogebäudes seiner Investmentfirma brutal zusammengeschlagen wird und daraufhin ins Koma fällt.
Als Sarah und Charlie eines Abends nach Hause kommen, erwartet sie bereits ein sterbender Fremder in der Küche. Er scheint Charlie zu kennen, doch kennt Charlie ihn nicht. Im Zuge der daraufhin einsetzenden Ermittlung stellt sich heraus, dass es sich um den Bruder eines Einbrechers namens Lennie handelt, den Charlie fünf Jahre zuvor ins Gefängnis gebracht hat.
Die designierte Kandidatin für das Amt der Premierministerin, Karla Fulford, ist auf Wahlkampftour in ihrer Heimatstadt St. John's. Zusammen mit Brandon Keillor, einem rehabilitierten Ex-Sträfling, der in derselben Straße großgeworden ist wie sie selbst, plant Fulford hier in Kürze ihre Kandidatur bekanntzugeben.
Gibbs und Bishop befinden sich wegen einer Mordermittlung auf einem Atom-U-Boot, nachdem ein Taucher bei einem Einsatz gestorben ist. Plötzlich wird Vance vom Pentagon darüber informiert, dass das U-Boot zu einem Einsatz gerufen wurde.
Torres ist auf die Ermittlungskünste seiner Kollegen angewiesen, nachdem er voller Blut auf einem Fischkutter aufgewacht ist und sich nicht mehr an die letzten zwölf Stunden erinnern kann. Kurz darauf wird die Leiche einer Frau entdeckt.
In einem Klinikum der Navy gibt es eine Schießerei. Das NCIS-Team sucht nach dem Schützen, der vom Tatort fliehen konnte. Auch jemand aus Sloanes Vergangenheit befand sich zu der Zeit im Krankenhaus und ist eine Schlüsselzeugin in dem Fall.
Das Team untersucht den Mord an Ellen Wallace, deren Überreste auf einer Baustelle entdeckt werden. Eigentlich war man jahrelang davon ausgegangen, dass Ellen bei den Anschlägen aufs Pentagon gestorben sei. Gibbs rollt den Fall neu auf.
Kasie gelingt es dank neuer DNA-Technik, einen 30 Jahre zurückliegenden Mordfall zu lösen, dennoch könnte der Mann auf freiem Fuß bleiben. McGee besucht ein Technologie-Unternehmen im Silicon Valley, das ihm einen gutbezahlten Job anbietet.
Vance und Gibbs wollen mehr über das geheime Konto herausfinden, mit dessen Geldern landesweit Selbstjustiz finanziert wird. Mallory gibt zu, dass sie den CIA-Agenten Clark erschossen hat, behauptet aber, sie habe in Notwehr gehandelt.
Das NCIS-Team untersucht den Mord an einem Soldaten, der für seine Leistungen als Kriegsheld gefeiert wird. Zudem sucht Gibbs Hilfe bei Confalone, nachdem er - ganz entgegen seiner Art - sein Team alleine an einem Tatort zurückgelassen hat.
Fornell bittet Gibbs, alles zu tun, was nötig ist, um die Drogendealer in der Gegend festzunehmen, nachdem seine Tochter Emily mit einer Überdosis in die Klinik eingeliefert wurde. Bei dem Fall wird Gibbs von seiner Vergangenheit eingeholt.
Gibbs ist überrascht, als er nach Jahren eine Nachricht von Ziva erhält, die er für tot gehalten hat. Die Agentin erklärt ihm, dass er in Lebensgefahr schwebt und gemeinsam begeben sie sich auf die Suche nach einer unbekannten Frau.
Ziva, die ihren Tod vorgetäuscht hat und nach Jahren überraschend wieder aufgetaucht ist, bringt die Ermittler des NCIS auf eine Spur. Eine Terrorgruppe plant Anschläge auf Kongressabgeordnete. Zudem sprechen Gibbs und Ziva sich aus.
Der Mord an einem berüchtigten Dieb führt Jane und Maura in die Welt der Kunstdiebstähle und der Kunstfälschungen. Jane muss sich bei diesem Fall zu allem Übel mit einem FBI-Agenten herumschlagen. Außerdem gibt es einen neuen Mann in Angelas Leben.
Der Mord an einer Kriminaltechnikerin schockiert das ganze Team. Als der Verdacht aufkommt, dass die Kollegin Beweismittel manipuliert hat, wird Maura von ihrem Posten suspendiert. Jane ist fest entschlossen, den Mörder zu fassen und den guten Ruf ihres Teams wiederherzustellen, damit Maura so schnell wie möglich zurückkehren kann.
Die gute Nachricht zuerst: Bei dem zu untersuchenden Mordfall gibt es einen Augenzeugen. Die schlechte Nachricht: Der Augenzeuge leidet an Prosopagnosie, einer Gesichtserkennungsschwäche, und kann daher die Identität des Mörders nicht feststellen. Auch privat haben es die Rizzolis nicht einfach: Sie bereiten sich auf den Besuch ihres durchtriebenen Cousins Carlo vor.
Als ein 16-jähriges Mädchen tot in einem Tierkäfig entdeckt wird, müssen sich Jane und Maura mit einem Psychiater herumschlagen, der ihnen wegen seiner Schweigepflicht nichts erzählen möchte. Dabei könnte er mit seinem Wissen vermutlich sehr zur Aufklärung des Falls beitragen. Frankie sieht indes UFOs.
Als der Juwelier von Bostons High Society stirbt, führen die Ermittlungen bis an den Amazonas. Dort stoßen die Polizisten auf ein Mitglied aus Mauras Familie, mit dem Maura nichts zu tun haben möchte. Welches Geheimnis verbirgt die Pathologin seit so vielen Jahren vor ihren engsten Freunden?
Als die Ermittler den Tod eines Collegestudenten untersuchen, entdecken die Polizisten bald, dass der junge Mann mehr als dreißig Freundinnen hatte. Jane und Maura Ermittlungen führen sie in die Welt der App-Entwickler, virtueller Freunde und Beziehungen, die auf Lügen basieren. Korsak stellt indes jedem die neue Frau in seinem Leben vor.
Als eine Hundetrainerin tot in ihrem Haus aufgefunden wird, ist der Rottweiler der Dame der Hauptverdächtige. Während das Team die Todesumstände genauer untersucht, hat Maura eine seltsame Begegnung mit Kent.
Nachdem in Boston eine Leiche gefunden wurde, die mit einem Todesopfer in Los Angeles in Verbindung steht, packen Jane und Maura ihre Sonnencreme ein und steigen in den nächsten Flieger an die Westküste. Während die beiden Freundinnen unterwegs sind, planen Angela und Korsak ein Doppeldate mit Kiki und Ron.
Im Magen einer toten Frau wird in einem Kokainballon auch eine alte Uhr gefunden. Bei den Ermittlungen stellt sich bald heraus, dass die Uhr in Zusammenhang mit Jane steht. Die Ermittler müssen schnell handeln, um Jane und alle, die ihr nahe stehen, zu schützen.
Als Maura entführt wird, lassen Jane und das Team nichts unversucht, um ihre Freundin zu retten. Maura entdeckt indes, dass es sich bei ihrer Entführung um eine Verschwörung handelt, deren ultimatives Ziel Jane ist.
Als das Team einen tödlichen Bomber jagt, der Manhattan terrorisiert, deckt Jane ein vernichtendes Geheimnis aus ihrer Jugend auf.
Während Jane mit einem Geheimnis aus ihrer Vergangenheit ringt, beeilt sich das Team, eine internationale Krise zu verhindern.
Das Team geht Undercover auf ein Filmset, um einen Terroranschlag mit unerwarteten Hintermännern zu stoppen. Roman erpresst Weller mit einem schrecklichen Geheimnis bezüglich Jane.
Lt. Davis und Captain Walsh schicken BRAVO nach Thailand, um mit der DEA in einer Task Force gegen den Fentanylhandel vorzugehen. Drew wird BRAVO trotz seiner Einwände als Vollzeitkraft zugewiesen und ein Journalist befragt ihn zu seiner Familie.
BRAVO nimmt eine Fabrik in Myanmar ins Visier, die mit China und der Fentanylproduktion in Verbindung gebracht wird. Lt. Davis will, dass das Team die Fabrik zerstört. Jason will einen sichereren Plan. Seine Entscheidungen werden infrage gestellt.
Selbst enge Brüder streiten sich mal. Während eines Überwachungseinsatzes in Malaysia erhitzen sich die Gemüter. Als das Team in sengender Hitze sein Lager aufschlägt, werden Beschwerden laut und Drew offenbart, warum er sich so verschlossen hat.
Als der Killerwal Gary umgebracht wird, schiebt man der Spezialeinheit NTSF:SD:SUV:: die Schuld dafür in die Schuhe. Trent, Alphonse und Piper müssen ihren Namen reinwaschen, bevor diese Geschichte für immer ihren guten Ruf ruiniert.
Als der Roboter S.A.M. des Mordes beschuldigt wird, muss Trent an einen Ort gehen, an dem vor ihm noch kein Mensch gewesen ist, und zwar nach Robot Town, San Diego.
Die größte und wichtigste Veranstaltung des Jahres steht vor der Tür: die Comic Con! Trent und sein Team übernehmen dabei eine schwierige Aufgabe: Sie müssen eine Gruppe namens "F.A.N.B.O.Y.Z." aufhalten. Die Verbrecher wollen nämlich alle Comicbuch-Autoren töten, die sie mit ihren Geschichten enttäuscht haben.