McGee und Bishop ermitteln in einem neuen Todesfall und reisen für ihre Ermittlungen sogar nach Afghanistan. Zudem verlässt Kasie ihr Labor und begleitet Torres an den Fundort der Leiche, um dort weitere Spuren einzusammeln.
Eine Frau, die mit dem Einbruch bei einem Admiral in Verbindung steht, wird aus dem Gefängnis entlassen. Das NCIS-Team nimmt die Ermittlungen auf und versucht in einer Undercover-Aktion, sowohl den Partner als auch das Diebesgut zu finden.
Kurz vor Weihnachten: Ein Veteran der Navy ist tot und das NCIS-Team ermittelt. Zeitgleich finden die Kollegen ein Neugeborenes, das niemand zu vermissen scheint. Während sie sich um das Kind kümmern, versuchen sie, seine Familie zu finden.
US-Verteidigungsminister Wynn Grawford mischt sich in Gibbs Morduntersuchung ein und fordert ein sofortiges Ende der Ermittlungen. Zudem verlangt er, dass die beiden Special Agents McGee und Torres wegen ihres Verhaltens verhaftet werden.
Der Mord an einem Buchhändler führt Jane und Maura in die Welt keltischer Schriften und verschlüsselter Geständnisse. Auch Paddy Doyle scheint in die Geschichte verstrickt zu sein. Zudem versucht Maura, ihre beste Freundin Jane darauf vorzubereiten, den neuen Mann an ihrer Seite kennenzulernen. Janes Mutter will indes nochmals durchstarten und kündigt ihren Job im Café des Polizeireviers.
In einem Wettlauf gegen die Zeit müssen die Beamten versuchen, eine junge Zeugin zu finden, die beobachtet hat, wie eine Frau vor einem Nachtklub von einem Auftragskiller getötet wurde. Um das Mädchen zu retten, begibt sich Jane schließlich in größte Gefahr. Korsak beschließt, das Team mit der jungen Polizistin Nina Holiday zu ergänzen, nachdem Berry Frosts Schreibtisch lange leer stand.
In einem Weinkeller werden die mumifizierten Überreste einer Frau gefunden, die wohl vergiftet wurde. Dieser Fall ist eine harte Bewährungsprobe für die Ermittlungsfähigkeiten des Teams. Jane arbeitet indes von ihrem Krankenhauszimmer aus, während sie zusammen mit Maura und ihrer Familie versucht, einen schrecklichen Verlust zu verarbeiten.
Die Beamten wollen Korsak bei einem alten Fall helfen, bei dem schon seit langer Zeit keine neuen Beweise ans Licht gekommen sind. Angela versteckt indes ein Schreiben, in dem steht, dass ihre Tochter wieder zum Dienst erscheinen darf. Jane kann nicht fassen, dass sie noch nicht zurück auf das Revier darf und versucht mit ungewöhnlichen Methoden, bei den Fällen auf dem Laufenden zu bleiben.
Mitten in einer Hitzewelle müssen Jane und Maura den Tod eines Mannes aufklären, der in einer Badewanne voll Eis gefunden wurde. Bei der Autopsie stellt Maura fest, dass der Mann stranguliert wurde. Angela versucht indes, sich auf andere Art abzukühlen. Sie hat einen Tee gefunden, der Abkühlung verspricht, doch das Getränk hat unerwartete Konsequenzen.
Ein bekannter Staatsanwalt wird des Mordes bezichtigt und inhaftiert. Während immer mehr Hinweise gegen den Mann sprechen, kommen Jane langsam Zweifel, dass der Staatsanwalt den Mord tatsächlich begangen hat. Angela will Maura indes dabei helfen, mit den Kindern von heute richtig zu kommunizieren, nachdem die Gerichtsmedizinerin endlich Jacks 12-jährige Tochter kennenlernen soll.
Staatsanwalt Paul sprang von einer Brücke und Jane folgte ihm ins Wasser. Nun müssen die Beamten nicht nur ihre Kollegin finden, sondern auch den echten Mörder. In der Zwischenzeit bittet Angela ihren Sohn Frankie um Hilfe, denn sie will sich auf ein Bewerbungsgespräch als Restaurantmanagerin vorbereiten. Korsak hat sich indes als Geschenk für seinen Ruhestand eine Bar in der Stadt gekauft.
Nachdem ein einzelner Fuß, der Wunden aufweist, an Land gespült wurde, ist die Polizei alarmiert, doch die Bestimmung der Identität des Opfers erweist sich als schwierig. Erst als nach und nach mehr Körperteile des Opfers gefunden werden, wird eine Identifizierung möglich. Angela hat indes bei ihrer Jobsuche wenig Erfolg und findet schließlich Gefallen daran, Korsak im Dirty Robber zu helfen.
Die Beamten müssen sich mit einem überaus engagierten Privatermittler zusammentun, als ein erfolgreicher Modedesigner ermordet und dessen Frau als vermisst gemeldet wird. Jane ist indes der Meinung, dass Angela zu viel Geld ausgibt und bittet Maura darum, ihrer Mutter beizubringen, wie sie mit ihrem Geld besser haushalten kann.
Am Straßenrand wird ein Mann aufgefunden, der zu Tode geprügelt wurde. Schnell schließen sich Jane und ihre Kollegen mit einem anderen Detective zusammen, der glaubt, den gleichen Straßenmörder zu jagen. Maura entdeckt indes, dass ihre Identität gestohlen wurde, und bittet Angela um Hilfe, den Schuldigen auszumachen.
Neal spielt einen politischen Berater, um einen korrupten Staatssenator zu Fall zu bringen.
Neal und Peter denken, es handelt sich bei dem Diebstahl eines Gemäldes um einen Trittbrettfahrer.
Mozzie befürchtet, das Objekt seiner Zuneigung wurde entführt. Er bittet Neal und Peter um Hilfe.
Das NTSF-Team stellt einen Dieb im Naturkundemuseum von San Diego und wird anschließend kreuzweise auf's Kreuz gelegt.
Nach einem aus dem Ruder gelaufenen Einsatz wird Trent suspendiert. Seine Vertretung sorgt allerdings dafür, dass die Dinge noch viel mehr aus dem Ruder laufen.
Das NTSF-Team jagt einen gefährlichen Serienkillerdelphin und greift dabei auch auf die Hilfe des inhaftierten, psychpathischen Serienkillers Lundgren zurück.
Das NTSF-Team ermittelt in einem Strip Club und kommt einer mexikanischen Verschwörung auf die Spur.
Mary weiß, dass Adam eine schwierige Beziehung zu seinem Vater hat und schreibt diesem heimlich, als sie ihr erstes Kind erwartet. Tatsächlich taucht der Mann einige Zeit später in Walnut Grove auf, um seinen Sohn und seine Schwiegertochter zu besuchen und sich auszusöhnen. Albert hat sich indes in die neue Lehrerin Miss Bennett verliebt, die Mrs. Garvey in der Schule vertritt.
Die exzentrische, aber gutherzige Kezia lebt in einem Haus am See. Als Kezia sich beharrlich weigert, ihre Steuern zu zahlen, wird ihr Anwesen versteigert und ausgerechnet an Harriet Oleson verkauft, die sich ein Sommerhaus zulegen will. Rücksichtslos wie eh zieht Harriet mit den Kindern in das Haus ein und gestattet Kezia, darin zu wohnen, sofern sie als Dienstmädchen für die Familie arbeitet.