Ein früherer Torero kommt zum Zentrum und will sich zum Tierhüter ausbilden lassen. Die Tiere scheinen jedoch eine starke Abneigung gegen ihn zu haben, was seine Arbeit sehr erschwert.
Dr. Tracy versucht, einen Phantom-Leoparden zu retten, den ein Jäger unbedingt schießen will.
Judy zerstört die Pläne zweier ehemaliger Häftlinge, deren einziger Wunsch es ist, ins Gefängnis zurückzukehren, wo es ihnen gut ging.
Paula sendet Judy aus, ein Junges zu schützen, das von Jack und Mike wieder in die Wildnis hinausgeschickt wird.
Eine italienische Gräfin bringt ihr Rennpferd zur Behandlung durch Dr. Marsh zum Zentrum. Der Doktor erkennt, dass das Pferd misshandelt worden ist.
Ein Nilpferd und ein Esel entkommen gemeinsam in den Dschungel, wo sie eine leichte Beute für die anderen Tiere sind.
Als Judy den Platz mit einem trainierten Schimpansen tauscht, glaubt jedermann, dass der Besitzer Judy gestohlen hat.
Clarence entweicht in den Dschungel, wo er von drei Löwinnen adoptiert wird, die ihn als Leiter ihrer Herde wollen.
Das Gelände steht kurz davor, von einer Herde hungriger Elefanten auf der Suche nach Futter und Wasser überrannt zu werden.
In einem Park wird ein Anwalt von einem maskierten Mann, der aussieht wie der TV Superheld "Der Wächter der Nacht", erstochen. Charlie und seine Kollegen stehen vor einem Rätsel. Sie vermuten, dass es jemand auf den Anwalt abgesehen hat, der Selbstjustiz betreiben wollte, doch dann kommt alles anders als gedacht.
Charlie und Rex untersuchen den Mord eines wohlhabenden Mannes, der seinen Freunden, die sich kurz vor seinem Tod total zerstritten haben, anstatt seines Vermögens, "nur" seine drei Hunde hinterlässt. Unter Verdacht gerät auch der Hundesitter und die Anwältin, die das Testament des Toten aufgenommen hat.
François Duval, ein russisch-kanadischer Doppelagent, der verdeckt eine Ballettschule leitete, wurde durch ein dubioses Gift getötet. Zuerst ist unklar, dass François ein Geheimagent war, doch als Charlie das mithilfe seines Teams herausgefunden hat, überschlagen sich die Ereignisse und sogar auf Charlie wird ein Giftanschlag verübt.
Im Deer Lake Gefängnis wird David, ein Häftling, mit einem Messer ermordet. Um herauszufinden, was genau passiert ist, lässt sich Charlie dort als Gefangener einschleusen. Anfangs läuft alles nach Plan, doch dann taucht ein Häftling auf, der von Charlie hinter Gitter gebracht wurde. Er droht Charlies Identität auffliegen zu lassen. Die Lage für Charlie wird immer gefährlicher.
Charlies Vater Edward ist Commander bei der Navy und mit seinem Schiff zu Besuch im Hafen von St. John's. Das Verhältnis der beiden ist ohnehin schon angespannt, doch als eine Polizistin in der Umgebung einer örtlichen Partymeile ermordet wird und einige Matrosen damit in Zusammenhang zu stehen scheinen, verhärten sich die Fronten zusehends.
Selbst bei der Taufe von Baby TJ kommen Maura und Jane nicht um einen Fall herum. Nachdem eine Frauenleiche im Taufbecken gefunden wurde, steht das Team vor einem Problem, denn es wimmelt vor Verdächtigen. Während Budgetkürzungen in der Abteilung bereits für blanke Nerven sorgen, versucht Jane, ihren Bruder vor Lydias Verlobten Stuart zu schützen, der das Sorgerecht für TJ bekommen möchte.
Als Mauras Verabredung vom Vorabend tot gefunden wird, gerät die Gerichtsmedizinerin in die Fänge der Polizei und mutiert zur Hauptverdächtigen. Dummerweise kann sich Maura kein bisschen an die Ereignisse des besagten Abends erinnern. Während die Beweislast immer erdrückender wird, muss Jane einen harten Kampf ausfechten. Wie soll sie ihre Freundin beschützen und gleichzeitig ihren Job erledigen?
Dank Hope erhält Maura an Paddys erstem Verhandlungstag ein wenig Einblick in das Verhalten und die Denkweise ihres Vaters. Korsak entschließt sich indes, etwas mehr über Cavanaughs schlimme Vergangenheit zu erzählen. Als Maura und Jane ein schreckliches Geheimnis über Paddy und Hope in Erfahrung bringen, muss sich die Gerichtsmediziner die Frage stellen, auf welche Seite sie sich schlagen soll.
Es gibt Tage, da sollte man am besten im Bett bleiben: Schon am frühen Morgen kippt Jane einer Kundin im Coffeeshop heißen Kaffee über die Kleidung. Nachdem ein kleines Video des Vorfalls im Internet kursiert und sie zum Spott ihrer ganzen Umgebung geworden ist, kommt es noch schlimmer: Ihre Karriere und ihr Ruf drohen Schaden zu nehmen. Indes müssen die Ermittler einen Mordfall aufklären.
Bei einem Verkehrsunfall mit Fahrerflucht stirbt ein beliebter Lehrer einer Highschool. Schnell wird klar, dass der Mann kein Zufallsopfer war und der Unfall geplant war. Während das Team versucht, den Fall aufzuklären, ist Jane sauer. Sie hat das Gefühl, dass Martinez die Drogeneinheit bevorzugt behandelt.
Janes Bruder Frankie darf bei der Aufklärung eines grausamen Mordes mitarbeiten, der die Ermittler in die Eishockey-Szene der Stadt führt. Maura hat indes andere Probleme: Cailin kommt mit ihrer Mutter Hope nicht zurecht und bittet ihre Halbschwester, bei ihr wohnen zu dürfen. Schnell stellt Maura fest, dass das Zusammenleben mit einem Teenager Qualitäten erfordert, über die sie nicht verfügt.
Maura und Jane sollen den Fall des Serienmörders Charles Hoyt auf einem Symposium vortragen. Die Bostoner Polizistin fürchtet jedoch, dass dabei schreckliche Erinnerungen in ihr hochkommen. Als es in der Nähe der Konferenz einen Mordfall gibt, werden die beiden Frauen hellhörig. Und es wird noch schlimmer: Das Team gerät in ein tödliches Katz-und-Maus-Spiel mit einem neuen Serienkiller.
Als es bei einem Autorennen einen Toten gibt, versucht das Team, möglichst schnell die Hintergründe des Falls aufzuklären. Nachdem immer mehr Hinweise ans Tageslicht gelangen, vermutet Jane, dass mit dem Mord eigentlich ein Drogengeschäft vertuscht werden sollte. Als sie sich an Martinez wendet und um Unterstützung bei ihren Ermittlungen bittet, rennt sie jedoch gegen verschlossene Türen.
An einem College werden für angehende Juristen Scheinprozesse abgehalten, bei denen die Studenten ihr Talent als Strafverteidiger oder Staatsanwalt unter Beweis stellen dürfen. Für eine der Studentinnen nimmt der Unterricht jedoch kein gutes Ende: Sie kommt unter tragischen Umständen ums Leben. Jane macht sich indes Sorgen, ob ihre Mutter Angela eventuell Geldsorgen plagen.
Die Ermittler müssen dieses Mal zwei Mordfälle untersuchen, die mehr miteinander zu tun haben, als es auf den ersten Blick scheint. Maura hat indes eigene Sorgen: Ihr Großvater, den sie kaum kennt und der eben aus dem Gefängnis entlassen wurde, braucht eine neue Unterkunft. Jane und Casey müssen indes eine wichtige Entscheidung treffen. Was ist ihnen wichtiger: Ihre Karriere oder ihre Beziehung?
Eines von Janes Tattoos sendet das Team an einen entfernten Ort, wo sie vom FBI Home Office abgeschnitten sind und sich einem gefährlichen Verbrecher stellen müssen.
Als Patterson ein beunruhigendes Tattoo entschlüsselt, das den Mord an einem Polizisten vorhersagt, muss das Team einer brutalen Hinweisspur folgen, um weitere Polizistenmorde zu stoppen.
Jane und Weller geben sich als Weltklasse-Attentäter aus, um zu verhindern, dass tödliche Informationen in falsche Hände geraten. Diese intime Aufgabe bringt sie einander näher als je zuvor.
In einem Park wird ein Anwalt von einem maskierten Mann, der aussieht wie der TV Superheld "Der Wächter der Nacht", erstochen. Charlie und seine Kollegen stehen vor einem Rätsel. Sie vermuten, dass es jemand auf den Anwalt abgesehen hat, der Selbstjustiz betreiben wollte, doch dann kommt alles anders als gedacht.
Charlie und Rex untersuchen den Mord eines wohlhabenden Mannes, der seinen Freunden, die sich kurz vor seinem Tod total zerstritten haben, anstatt seines Vermögens, "nur" seine drei Hunde hinterlässt. Unter Verdacht gerät auch der Hundesitter und die Anwältin, die das Testament des Toten aufgenommen hat.
François Duval, ein russisch-kanadischer Doppelagent, der verdeckt eine Ballettschule leitete, wurde durch ein dubioses Gift getötet. Zuerst ist unklar, dass François ein Geheimagent war, doch als Charlie das mithilfe seines Teams herausgefunden hat, überschlagen sich die Ereignisse und sogar auf Charlie wird ein Giftanschlag verübt.
Im Deer Lake Gefängnis wird David, ein Häftling, mit einem Messer ermordet. Um herauszufinden, was genau passiert ist, lässt sich Charlie dort als Gefangener einschleusen. Anfangs läuft alles nach Plan, doch dann taucht ein Häftling auf, der von Charlie hinter Gitter gebracht wurde. Er droht Charlies Identität auffliegen zu lassen. Die Lage für Charlie wird immer gefährlicher.