Die Vereinigten Staaten von Amerika feiern ihr 100-jähriges Bestehen. Im ganzen Land soll es anlässlich des Jahrestags Feierlichkeiten geben und natürlich bildet Walnut Grove dabei keine Ausnahme. Die gute Stimmung im Ort ändert sich allerdings schlagartig, als bekannt wird, dass die Steuern im Land erhöht werden sollen, was besonders Familien wie die Ingalls schwer treffen wird.
Mrs. Whipple ist voller Freude, als ihr Sohn nach vielen Jahren wieder nach Walnut Grove zurückkehrt. Granville hatte im amerikanischen Bürgerkrieg gedient, wurde dort verwundet und schließlich morphiumsüchtig. Er und seine Mutter hoffen, dass der traumatisierte Granville in seiner alten Heimat wieder zurück in ein normales Leben finden kann.
Charles Ingalls hatte hohe Erwartungen an die diesjährige Ernte, doch ein Tornado zerstört nicht nur sämtliche Felder, sondern tötet einige Tiere der Familie und richtet Schäden am Wohnhaus an. Der gottesfürchtige Mann begreift diesen Schicksalsschlag als Zeichen Gottes und beschließt, Walnut Grove den Rücken zu kehren und mit seiner Familie nach Wisconsin zurückzugehen.
Reverend Alden reist durch seine weitläufige Gemeinde und versucht, Spenden für Walnut Grove zu sammeln. Dabei erkrankt der Geistliche und wird schließlich von Caleb Hodgekiss gefunden. Der ehemalige Häftling nimmt Alden mit zu sich nach Hause, wo sich seine Ehefrau um ihn kümmert und bietet an, die Kollekte nach Walnut Grove zu bringen. Doch tatsächlich plant Hodgekiss aber, das Geld zu behalten.
Nach einem Brettspiel-Turnier wird Alex, einer der Erfinder des überaus erfolgreichen Spiels "Snakepit", tot aufgefunden. Eigenartig daran ist, dass die Leiche offenbar Schlangenbisse aufweist. Der Veranstaltungsort, die Firmenzentrale des Spieleherstellers, wird daraufhin abgeriegelt und die Suche nach der tödlichen Schlange beginnt.
Im Frauengefängnis gibt es einen Bombenanschlag, bei dem es zwei Insassinnen gelingt, auszubrechen. Die Suche nach dem Bombenleger führt Charlie und Sarah ins Gefängnis. Die beiden Flüchtigen feiern indes eine wilde Party in der Stadt mit Shopping und Essen im Sterne- Restaurant.
Als an der Heritage Universität eine Studentin tot aufgefunden wird, entflammt ein Streit zwischen Donovan und seiner Tochter Camilla. Es ist nämlich Camilla, die das Opfer entdeckt und sich als Nachwuchsjournalistin sofort mitten in die Recherche zu dem Fall begibt.
Wie konnte Finch einst ohne den Mann im Anzug arbeiten? Geheimnisse seines Unternehmens aus der Zeit vor Reese werden gelüftet - darunter auch alarmierende Verbindungen zu aktuellen Ereignissen.
Die Maschine beauftragt Root, einen Hausmeister mit geheimnisvoller Vergangenheit aufzusuchen. Doch als er durch ihre Anwesenheit in Lebensgefahr gerät, erhält Finch auch seine Nummer.
Finch und Reese wagen sich in Politikerkreise, als die neueste interessante Person einen Diplomaten der Vereinten Nationen verfolgt.
Reese und Shaw wagen sich auf ihr bisher gefährlichstes Terrain - ein Klassentreffen. Sie geben sich als ehemalige Mitschüler aus, um die von ihnen überwachte Person im Blick zu behalten.
Reese gibt sich als Geheimagent aus, um an einen Parlamentsabgeordneten heranzukommen, der vielleicht dazu beitragen kann, Decimas Pläne für eine zweite Maschine im Netz zu vereiteln.
Finchs schlimmste Befürchtungen werden wahr, als Decima seine Ex-Verlobte und große Liebe Grace Hendricks bedroht: So soll Finch aus seiner Deckung hervorgelockt werden.
Als eine unbekannte Organisation die Maschine daran hindert, eine bevorstehende Katastrophe komplett zu erfassen, muss das Team die Puzzleteile selbst zusammenzusetzen.
Im Schlusskapitel der dritten Staffel greift das verzweifelte Team zu extremen Mitteln, um den Netzauftritt der bösartigen künstlichen Intelligenz namens Samaritan zu verhindern.
In der ersten Folge der 4. Staffel muss das Team neue Wege finden, seine Arbeit fortzusetzen, ohne von Samaritan erkannt zu werden, nachdem es gezwungen wurde, neue Identitäten anzunehmen.
Finch muss entscheiden, ob er einem genialen Studenten helfen kann, der in eine potenziell tödliche Schnitzeljagd verwickelt ist, ohne Samaritan aufmerksam zu machen.
Eine Finanzberaterin wird am Eingang eines Navy-Stützpunkts erschossen. Die Hinweise deuten allerdings auf ein persönliches Motiv hin.
Ein verschwundener Offizier wird verdächtigt, Navy-Software gestohlen zu haben. Seine Verlobte und Kollegen glauben an seine Unschuld, aber die Beweise sind erdrückend.
Das Team reagiert auf den Notruf eines Forschungsschiffs, das zwei Offiziere gerettet hat. Schnell wird klar, dass an deren Geschichte etwas faul ist.
Als ein neues globales Eiszeitalter die Welt bedroht, versucht ein Klimatologe, einen Weg zu finden, die Menschheit zu retten und zu seinem kleinen Sohn in New York zu gelangen.
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Ein Pflegehelfer wird als vermisst gemeldet; Sidney folgt Keith mit wachsender Befürchtung, dass dieser gefährlich sein könnte.
Jason und Mike suchen in den Bergen nach einem vermissten Paar; Keith tritt einer Trauma-Therapiegruppe bei.
Jason und Nikki nutzen eine Zwillingsschwester, als sich ein Vermisstenfall in einen möglichen Mordfall verwandelt.
Sidney gesteht die Einzelheiten über den Tag von Keiths Verschwinden.