Als Nina Sharp überfallen und in die Notaufnahme eingeliefert wi rd, liegt es an Broyles Team herauszufinden, wer hinter dem Ansc hlag steckt.
Als eine unbekannte Organisation die Maschine daran hindert, eine bevorstehende Katastrophe komplett zu erfassen, muss das Team die Puzzleteile selbst zusammenzusetzen.
Im Schlusskapitel der dritten Staffel greift das verzweifelte Team zu extremen Mitteln, um den Netzauftritt der bösartigen künstlichen Intelligenz namens Samaritan zu verhindern.
In der ersten Folge der 4. Staffel muss das Team neue Wege finden, seine Arbeit fortzusetzen, ohne von Samaritan erkannt zu werden, nachdem es gezwungen wurde, neue Identitäten anzunehmen.
Finch muss entscheiden, ob er einem genialen Studenten helfen kann, der in eine potenziell tödliche Schnitzeljagd verwickelt ist, ohne Samaritan aufmerksam zu machen.
Fusco wird zum Schwerenöter - und zu einem Ziel - als Finch ihn bittet, einen professionellen "Flügelmann" zu begleiten, dessen Nummer gemeldet wurde.
Reeses Scheinjob als NYPD-Detektiv wird kompliziert, als das junge Geschwisterpaar, das er schützt, zum Ziel einer Bandenuntersuchung wird.
Das Team muss einen begabten Wahlforscher mit einem Talent für Zahlen schützen, der nicht weiß, dass seine eigene Nummer gerade gemeldet wurde.
Reese trifft seinen größten Fan, als ein bescheidener Büroangestellter vorgibt, ein Kriminalpolizist zu sein und in eine gefährliche Verschwörung hineingerät.
Das NTSF-Team hat die Aufgabe den neuen Teilchenbeschleuniger von San Diego zu beschützen. Als Trent in den Reaktorraum geht, gerät er in ein Paralleluniversum.