Ein Ex-Knacki wird unter mysteriösen Umständen in einer Gasse bestialisch getötet: Der Mörder hat ihm mit einem Schwert die Hand abgeschlagen und anschließend seinen Körper der Länge nach zerteilt. Beckett und Castle verdächtigen zunächst die Mitglieder der Bürgerwehr. Allerdings finden sie schnell heraus, dass ein selbsternannter Superheld samt Kostüm durch New Yorks Straßen zieht und skrupellos Selbstjustiz übt.
Der neuste Fall stellt Castle und Beckett vor ein Rätsel. Als sie am Tatort ankommen, finden sie keine Leiche vor. Reifenspuren führen zu einer Firma, die Menschen einfriert um sie in der Zukunft wiederzubeleben. Es stellt sich heraus, dass das Opfer einen Vertrag mit dem Unternehmen hatte. Somit muss das Team ohne Autopsie ermitteln.
Jane Herzfeld wird erschossen auf einer Baustelle gefunden. Ballistische Untersuchungen ergeben, dass die Studentin mit der vor zwei Monaten gestohlenen Dienstwaffe von Kevin Ryan ermordet wurde. Die Spurenlage deutet auf den Serienmörder Jerry Tyson hin und Ryan schwört nicht zu Ruhen bis er ihn gefunden hat.
Als Jacob, der Sohn eines Richters, vor dem Gerichtsgebäude erschossen wird, vermuten Logan und Wheeler zunächst einen Zusammenhang mit der Verurteilung eines Rappers zu 15 Jahren Haft. Das Überwachungsvideo des Gerichts zeigt allerdings, wie Jacob aus dem zuvor gestohlenem Fahrzeug des Vaters geworfen wird. Nachdem die Autodiebe schnell gefasst sind und als Mörder ausscheiden, finden die Ermittler im persönlichen Umfeld Jacobs wichtige Hinweise zum Tatmotiv...
Der ermordete Spezialist für Gehörlosenimplantate, Dr. Mallory, wird von seiner tauben Patientin Malia aufgefunden. Erste Ermittlungen offenbaren einen Konflikt mit seinem rivalisierenden und tablettensüchtigen Kollegen, Dr. Strauss. Als die Dekanin für Gehörlosen-Studien der Universität mit derselben Waffe, wie Marroy erschossen wird, ermitteln Goren und Eames in der Gemeinschaft der Gehörlosen. Allerdings bringen die sich widersprechenden Aussagen der Vernommenen mehr Verwirrung als Klarheit und lassen die Frage offen, wer die Morde begangen hat.
Die Astronautin Jessica Hart wird erstochen. Die Tatwaffe, ein Tauchermesser, bringt ihren Kollegen und Hobbytaucher Craig Hurley ins Visier der Ermittler, da er als Ersatzmann für einen Flug ins All in Frage kommt. Neben Hart's Liebhaber, Luke Nelson, verhält sich auch eine weitere Person aus Hart's Umfeld äußerst verdächtig: Sandy Delgado. Bei der Befragung stellen Goren und Eames bei ihr einen juckenden Hautausschlag fest, der offenbar von einer, mit anabolen Steroiden versetzten, Körperlotion stammt. Ermordete Delgado Hart im Rausch der Hormone?
Während einer Gang-Schießerei wurde ein unschuldiges Mädchen getötet. Es stellt sich heraus, dass die Streitereien der verfeindeten Banden in den sozialen Medien befeuert wurden. Stone , der den Fall übernimmt, schießt mit seinem Gerechtigkeitssinn über das Ziel hinaus und gefährdet damit leichtfertig die Familie eines aussagewilligen Zeugen. Um den Fall zu retten, beschließt Stone, gleichzeitig gegen den Social-Media-Anbieter und gegen den eigentlichen Schützen vorzugehen.
Als ein Stadtrat, der für seine Haltung gegen Umweltschutz bekannt war, durch einen Unfall mit Fahrerflucht ums Leben kommt, setzen Antonio und Nagel alles daran, um herauszufinden, wer das Fahrzeug gesteuert hat. Dabei stellt sich heraus, dass hinter der Tat keine militanten Umweltschützer stehen, sondern eine verzweifelte Mutter, deren Kind entführt wurde. Als Valdez herausfindet, dass die Mutter Opfer eines Betrugs wurde, stellt sich die Frage, wer letztendlich die Schuld am Tod des Stadtrates trägt.
Monk ist am Boden zerstört, als er erfährt, dass die Polizei einen Einstellungsstopp verhängt hat. Damit sind seine Hoffnungen auf eine Wiederanstellung zunichtegemacht. Natalie wird derweil von ihren Eltern bedrängt, mit dem Sohn der wohlhabenden Nachbarn auszugehen, die bei einem Autounfall tödlich verunglückten. Monk findet den Unfall der Eltern und das gleichzeitige Verschwinden von deren Butler verdächtig. Er stellt Ermittlungen an, indem er sich als neuer Butler des Erben verdingt.
Der wegen seiner schlüpfrigen Ansagen berüchtigte Radiomoderator Max Hudson ist gerade auf Sendung, als seine Frau zu Hause an einer Gasvergiftung stirbt. Deren Schwester Linda ist überzeugt, dass Max seine Frau auf dem Gewissen hat und sich durch seine Arbeit ein perfektes Alibi verschaffen konnte. Sie bittet Monk und Natalie um Hilfe, Max doch noch zu überführen.
Lt. Randall Disher (Jason Gray-Stanford) hat nach einem beruflichen Misserfolg eine Lebenskrise. Auf der Farm, die er nach dem Selbstmord seines Onkels geerbt hat, will er wieder zu sich finden. Disher zweifelt den Freitod seines Onkels an und besteht auf weitere Ermittlungen, die die örtliche Polizei jedoch für unnötig hält. Also bittet Disher Monk um Hilfe. Der findet auch bald Anhaltspunkte für einen Mord und ermittelt undercover auf der Nachbarfarm von Jimmy Belmont . Dort macht Monk eine erstaunliche Entdeckung.