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An Tag Eins der drohenden Alien-Invasion spielen sich bizarre Szenen ab. Kinder auf der ganzen Welt verfallen in eine Art Schockstarre. Sie befinden sich in einem tranceähnlichen Zustand und kündigen die Ankunft der Außerirdischen an! Nur Wenige wissen, dass es sich bei den Aliens um die 456 handelt, die bereits zuvor auf der Erde waren. Um ein Geheimnis aus den 1960er-Jahren zu vertuschen, schickt Premierminister Brian Green (Nicholas Farrell) ein Killerkommando los, welches das Team der Torchwood 3-Basis eliminieren soll. Die Niederlassung in Cardiff wird durch eine Bombe zerstört, die Agentin Johnson (Liz May Brice) zuvor in Jacks Bauch platzieren ließ.
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Agentin Johnson und ihre bewaffnete Spezialeinheit machen Jagd auf das Torchwood-Team. Gwen, Rhys und Ianto tauchen vorerst unter. Später gelingt es ihnen, Jack mit einer tollkühnen Rettungsaktion aus der Gefangenschaft zu befreien. Sein zerfetzter Körper hat sich in der Zwischenzeit regeneriert. Auch Clement McDonald (Paul Copley), der den Aliens als Kind nur knapp entwischt ist, gelingt die Flucht. Unterdessen baut die Regierung im Auftrag der Außerirdischen ein rätselhaftes Objekt. Die spezielle Kammer muss exakt den Vorgaben der 456 entsprechen.