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Aus dem brasilianischen Regenwald gelangt ein parasitärer Pilz nach Chicago. Dort angekommen sorgt ein furchterregendes Monster in den dunklen Gängen des Field Museum of Natural History in Chicago für Angst und Schrecken. Der mutige Cop Vincent (Tom Sizemore) und die taffe Biologin Margo (Penelope Ann Miller) machen sich auf, um der beißwütigen Bestie die Zähne zu ziehen. - Für die Erschaffung der Grauen erregenden Kreatur zeichnete der dreifache Oscar-Preisträger und Effekte-Guru Stan Winston verantwortlich, der bereits den James Cameron-Monstern "Aliens" (1986) und "Terminator 2" (1991) Leben einhauchte und seine dritte Trophäe für "Jurassic Park" (1993) errang.
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Frankie (Patricia Arquette) ist verzweifelt, denn an ihrem Körper tauchen plötzlich die blutenden Male Christi auf. Die Kirche wird auf den Fall aufmerksam und schickt Pater Andrew (Gabriel Byrne), um die junge, atheistische Friseurin zu untersuchen. Andrew ist zunächst skeptisch, dass es sich wirklich um Stigmata handelt. Doch seine Nachforschungen fördern Unglaubliches zutage. - Das apokryphe Thomasevangelium ist in Wirklichkeit nicht in aramäischer Sprache, welche Jesus selbst sprach, verfasst worden, sondern stellt eine koptische Übersetzung aus dem Griechischen dar.