Das SG-1 Team reist auf einen Planeten, der durch einen Krieg verheerende Schäden erlitten hat. Es gibt nur wenige Überlebende, die in einer paradiesischen Landschaft unter einer großen Kuppel Zuflucht gesucht haben. Mit der Datenbank, die diese Kuppel steuert, sind alle Menschen, die darunter Leben vernetzt. Jack und sein Team bieten den Bewohnern an, sie auf einen anderen Planeten zu evakuieren, doch sie lehnen ab. Das SG-Team befürchtet das Schlimmste, als immer häufiger Menschen spurlos verschwinden und die restlichen Einwohner sich zunehmend sonderbar verhalten.
Das SG-Team geht an Bord des Raumschiffs 'Stromos', welches ziellos im All treibt. Dort entdecken sie eine Unmenge an Körpern, die sich im Kälteschlaf befinden. Einige von ihnen sind bereits tot. Kurz darauf erleiden die Mitglieder des SG-Teams eine Art Schock und verlieren das Bewusstsein. Während sich Teal'c, Jack O'Neill und Sam Carter schnell wieder erholen, geht es Daniel zunehmend schlechter. Die Seelen derer, die an Bord der "Stromos" starben, haben von seinem Körper Besitz ergriffen.
Beim Einsatz auf einem Planeten wird Scott von einem Organismus angegriffen und fällt ins Koma. Während das Team versucht, ihn zu retten, halluziniert er von der Erde und seiner geplanten Hochzeit.
Mulder und Scully untersuchen eine rätselhafte Mordserie: Den Opfern wurde Fettgewebe entzogen und die Körper verwesen innerhalb weniger Stunden. Mulder hat bald eine heiße Spur. Offenbar lernte das letzte Opfer den Mörder über Kontaktanzeigen im Internet kennen.
Im Militärkrankenhaus von St. Evanston geschehen mysteriöse Morde. Zudem versucht Lieutenant Colonel Stans mehrmals vergeblich, sich das Leben zu nehmen. Er behauptet, eine unsichtbare Person würde ihn jedes Mal daran hindern. Mulder glaubt, dass der Soldat Trimble mit der Sache zu tun hat. Doch der hat im Golfkrieg Arme und Beine verloren.
Die 15-jährige Amy Jacobs wird aus ihrem Schlafzimmer entführt. Zu selben Zeit bricht Lucy Householder an ihrem Arbeitsplatz blutend zusammen. Es stellt sich heraus, dass sie als Kind ebenfalls entführt und fünf Jahre in einem dunklen Verlies festgehalten wurde. Jetzt scheint sie Amys Qualen und Ängste am eigenen Körper mitzuerleben. Mulder hofft, Amy mit Lucys Hilfe zu finden.
Mulder fällt ein mysteriöses Videoband in die Hände. Auf dem ist die Autopsie eines Außerirdischen zu sehen, die durch Soldaten abrupt beendet wird. Mulder und Scully kontaktieren den Hersteller des Videos, um mehr zu erfahren. Sie finden den Mann tot vor. Bei weiteren Nachforschungen stoßen sie auf geheime Satellitenfotos eines Bergungsschiffes. Auch der japanische Geheimdienst ist an den Fotos interessiert.
Mr. X macht Mulder auf einen mysteriösen Transport aufmerksam: In einem versiegelten Wagon eines Zuges soll ein rätselhaftes Wesen außer Landes gebracht werden. Trotz Warnungen dringt Mulder in den Zug ein, um der Sache auf den Grund zu gehen. Scully entdeckt unterdessen eine ehemalige Lepra-Kolonie und erfährt von den letzten Überlebenden die grausame Wahrheit über das Lager.
Mulder und Scully ermitteln in einer Mordserie: Alle Opfer wiesen die Wundmale Christi auf. Der zehnjährige Kevin zeigt ebenfalls die Stigmata und könnte dadurch in Gefahr geraten. Mulder glaubt jedoch nicht, dass Kevins Wunden echt sind. Scully ist allerdings anderer Ansicht.
In einer Kleinstadt häufen sich Grauen erregende Todesfälle: Menschen werden von Kakerlaken angefallen und getötet. Mulder findet am Tatort eine Kakerlake, deren Skelett aus Metall ist. Eine Spur führt ihn zur NASA, die Roboter nach dem Vorbild von Insekten entwickelt.
In der Kleinstadt Comity starben drei Jugendliche auf rätselhafte Weise. Die Einwohner vermuten, dass sie Opfer eines Satanskults wurden. Detective Angela White bittet Mulder und Scully um Hilfe bei ihren Ermittlungen. Die finden heraus, dass der Ort an einem bestimmten Datum im Brennpunkt einer sehr ungewöhnlichen kosmischen Energie steht.
Nach der Verhaftung eines siebenfachen Mörders geschehen plötzlich weitere Morde nach demselben grausamen Schema. Der Verurteilte Mostow, der in der Todeszelle sitzt, behauptet, er habe die Taten unter Zwang verübt - eine unwiderstehliche böse Macht habe Besitz von ihm ergriffen. Mulder versetzt sich bei seinen Nachforschungen immer mehr in die Psyche des Mörders und glaubt schließlich selbst, den Einfluss des Bösen zu spüren.
Die Crew des französischen Bergungsschiffes Piper Maru wird mit schweren Strahlenschäden in San Diego ins Krankenhaus eingeliefert. Angeblich sollten sie ein Flugzeug aus dem Zweiten Weltkrieg bergen, doch Mulder vermutet, dass es sich dabei tatsächlich um ein UFO handelt. Bei seinen Ermittlungen trifft er auf seinen Ex-Partner Krycek, der offenbar Regierungsgeheimnisse an Interessenten in aller Welt verkauft.
Mulder hat Krycek verhaftet. Er fordert von ihm die Herausgabe geheimer Regierungsdokumente. Direktor Skinner, der sich weigerte, die Ermittlungen im Mordfall von Scullys Schwester einzustellen, wurde angeschossen. Scully findet heraus, dass der Attentäter offenbar auch der Mörder ihrer Schwester ist. Doch auch der Killer scheint nur ein kleiner Fisch zu sein.
Robert Modell besitzt offenbar so starke telepathische Fähigkeiten, dass er Menschen zwingen kann, Selbstmord zu begehen. Einer Verhaftung kann er sich zunächst entziehen. Als er schließlich doch gefasst wird, legt er es auf ein psychisches Kräftemessen mit Mulder an.
Bei Ausgrabungen in Ecuador findet ein Forscher-Team eine Urne mit den Gebeinen einer Schamanin. Gegen den Widerstand der indigenen Bevölkerung bringen die Forscher die Urne nach Boston ins Museum. Bald häufen sich rätselhafte Todesfälle. Scully verdächtigt Dr. Bilac, der ebenfalls Mitglied der Expedition war.
In San Francisco wurde schon zum dritten Mal ein Chinese bei lebendigem Leib in einem Krematorium verbrannt. Gemeinsam mit Detective Chao nimmt Mulder Ermittlungen auf. Eine Spur führt sie zu einem skrupellosen Organhändlerring.
Der Schriftsteller Jose Chung schreibt gerade an einem Buch über Außerirdische. Gemeinsam mit Scully rekonstruiert er einen angeblichen Entführungsfall, der sich bald als Betrugsmanöver der Air Force entpuppt. Doch weitere Nachforschungen werfen neue Rätsel auf.
Panik in London: Die Zombieseuche wütet schlimmer als zuvor - und US-Truppen legen die ganze Stadt in Schutt und Asche. Fortsetzung von Danny Boyles Horrorkultfilm "28 Days Later".
Eine lokale Tradition auf einem Prä-Warp-Planeten bringt Tillys Leben in Gefahr. Captain Burnham sieht sich gezwungen über einen Bruch der Obersten Direktive nachzudenken.
Die Gefangennahme von Moll und L'ak beschert der Föderation eine diplomatische Krise, denn die Breen verlangen ihre Auslieferung. Tilly und Adira entschlüsseln den jüngsten Hinweis.
Der nächste Hinweis führt die Discovery direkt in die Badlands. Burnham wird einer mentalen Prüfung unterzogen, in der sie sich der Progenitor-Technologie würdig erweisen muss.
Moll und die Breen bringen ein mysteriöses Artefakt in ihren Besitz, das alle Kräfte der Progenitoren beinhaltet. Burnham startet eine verdeckte Mission, um es ihnen abzujagen.
Um die Technologie der Progenitoren zu sichern, muss Burnham auf die andere Seite des mysteriösen Portals. Dort scheinen die Gesetze von Raum und Zeit außer Kraft gesetzt zu sein.
Vom Highschool-Loser zum Superhelden: Cleverer Sci-Fi-Thriller im "Cloverfield"-Stil. - Die Kumpel Andrew, Steve und Matt (Dane DeHaan, Michael B. Jordan, Alex Russell) erkunden eine Höhle und kommen dabei mit einer mysteriösen Kristallstruktur in Kontakt. Mit erstaunlichen Folgen, denn fortan verfügen die drei Teenager über telekinetische Fähigkeiten. Zunächst stellen sie mit den neuen Superkräften nur Unsinn an. Aber bald läuft die Sache aus dem Ruder. Denn in dem labilen Andrew gären mächtige Aggressionen.
Die Graystones suchen in New Cap City nach Zoe, während Lacy ein Geheimnis über die Zylonen herausfindet. Unterdessen merken Clarice, Olaf und Nestor, dass Amanda die Spionin war, die sich bei ihnen eingeschlichen hat.
Die Graystones suchen nach Zoe, während die rachsüchtige Clarice ihnen dicht auf den Fersen ist. Unterdessen will die STO Lacys Tod, da sie die Macht hat, die Zylonenarmee zu kontrollieren. Der Guatrau hat derweil herausgefunden, dass Joseph und Sam Adama Zylonen nach Tauron verschoben haben.
Daniel, Amanda und Zoe geben alles, um Clarices Plan zu vereiteln und Tausende von Leben zu retten, während sie von der GDD verfolgt werden, die sie als Terroristen betrachtet. Fidelia wendet sich unterdessen gegen ihren Vater und hilft damit Joseph und Sam Adama.