Das entführte Mädchen Amber Lynn wurde noch immer nicht gefunden. Der Hellseher Harold Pillar bietet Mulder und Scully seine Hilfe an. Gemeinsam mit ihm stößt Mulder auf Hinweise, was mit seiner vermissten Schwester Samantha geschehen ist.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Die Bewohner des Planeten M5V-80 wurden einst von den Genii gezwungen in Minen nach rätselhaften Substanzen zu schürfen. Seitdem leiden sie unter heftigen Atemproblemen. Sam Carter, Dr. Keller und Dr. McKay machen sich auf den Weg, um den Bewohnern zu helfen. Doch kaum angekommen stürzen die drei in ein Loch im Boden. Aus dem scheint es kein Entkommen zu geben.
Alle außerirdischen Mitglieder des Stargate-Programms müssen sich zu Befragungen durch die IOA auf der Erde einfinden. Sam Carter ist beunruhigt: Sie befürchtet, dass Ronon wegen seines aufbrausenden Temperaments Probleme bekommen könnte, und bittet deshalb ihren alten Freund Teal'c, ihn auf das Interview vorzubereiten. Gemeinsam reisen die beiden zur Erde. Als sie auf halbem Weg auf der Midway-Station eintreffen, tauchen plötzlich die Wraith auf.
Dr. Keller berichtet von einer Seuche, die sich bereits auf mehreren Planeten in der Pegasus-Galaxie ausgebreitet hat. Die schreckliche Krankheit wird offenbar durch ein Protein ausgelöst, das die Hoffan vor einigen Jahren entwickelten. Ursprünglich sollte es die Menschen für die Wraith giftig machen. Doch nun scheint das Protein außer Kontrolle geraten zu sein. Unterdessen macht auch Teyla dem Atlantis-Team Sorgen. Sie behauptet, dass der Vater ihres Kindes mit ihr Kontakt aufgenommen hat.
Teyla wird vermisst. Sie wurde von Michael in sein Versteck verschleppt. Verzweifelt sucht sie nach einer Fluchtmöglichkeit. Während der Suche nach ihr machen Sheppard und sein Team eine verblüffende Entdeckung: Sie finden den bei einer Explosion in Atlantis getöteten Dr. Carson Beckett quicklebendig als Gefangenen in einer von Michaels Operationsbasen. Zurück in Atlantis soll Dr. Keller untersuchen, ob Beckett tatsächlich derjenige ist, der er vorgibt zu sein.
Nach einem weiteren missglückten Versuch, Teyla zu finden, kehrt Colonel Sheppard enttäuscht nach Atlantis zurück. Doch dort erwartet ihn eine schreckliche Überraschung. In der Stadt ist es ungewöhnlich heiß und das Meer hat sich in eine Wüste verwandelt. Ein Hologramm des gealterten Dr. McKay klärt ihn auf: Offenbar wurde Sheppard durch eine Sonneneruption 48000 Jahre in die Zukunft befördert.
Das SG-1 wird nach Los Angeles gerufen: Dort hat der allzu entschlossene Wissenschaftler Keffler einen Hybriden aus Goa'Uld und Mensch namens Anna geschaffen, der außer Kontrolle geriet und ein Massaker verübte. Während das SG-1 Team das Labor untersucht, in dem Anna "konstruiert" wurde, wendet diese ihre tödliche Kraft gegen ihren eigenen Schöpfer.
Die Vereinigten Staaten haben einen neuen Präsidenten und der frühere Senator und jetzige Vizepräsident Kinsey sieht eine zweite Chance, die Kontrolle über das Stargate-Programm an sich zu reißen. Er liefert dem Präsidenten scheinbar unwiderlegbare Beweise dafür, dass General Hammond und seine Leute versagt haben. Die gründliche Revision, die Kinsey vorschlägt, beginnt damit, dass er das Programm unter sein Kommando stellt.
Daniel übersetzt Schriften der Antiker, die das SG-2 Team vom Planeten P3X-439 mitgebracht hat. Daraus erfährt er von der 'Bibliothek des Wissens', die in einem bestimmten Behältnis aufbewahrt wird. Doch SG-2 stieß auf dem Planeten auch auf einen Aufklärer der Goa' Uld, folglich hat auch Anubis Kenntnis von dem geheimen Wissen. Nun beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn SG-1 muss das Behältnis zuerst finden, um die Lage der "Verlorenen Stadt" der Antiker zu erfahren. Mit ihrer Technologie könnte die Kontrolle der Galaxie durch die Goa'uld endlich beendet werden.
Das Wissen der Antiker wurde aus dem besagten Behältnis direkt in O'Neills Gehirn geladen. Nun hofft er, bald den Standort der "Verlorenen Stadt" zu kennen, denn dort liegt die Macht, die Anubis für immer unschädlich machen könnte. Dessen Heer nähert sich der Erde und SG-1 hofft, dass Daniel bald die antikische Sprache beherrscht, um an Informationen zu kommen. Doch ihnen ist auch klar, dass O'Neills körperliche Konstitution diesem Übergang nicht standhalten kann und er sterben wird.
Carter und Teal'c hoffen, dass die Alliierten des SG-1-Teams, die Asgard, das Wissen der Antiker aus O'Neills Gehirn löschen und ihn damit vor der ewigen Bewusstlosigkeit bewahren können. Bei dem Versuch, Kontakt zu ihnen aufzunehmen, wird Carter jedoch gefangen genommen. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln währenddessen mit undurchsichtigen Fremden, die sich gerne mit ihnen gegen einen gemeinsamen Feind verbünden würden.
Teal'c kehrt ohne Sam zur Erde zurück, um O'Neill zu retten, bevor das Wissen der Antiker ihn tötet. Doch um eine Waffe zu bauen, die die Replikatoren vernichten kann, benötigt O'Neill genau dieses Wissen. Die vermisste Sam erwacht unterdessen in Montana. Dort trifft sie auf ihren Freund Pete, glaubt aber, in einem Traum gefangen zu sein. An Bord des Replikatorenschiffs muss Fifth mit ansehen, wie ein neuer Replikator mit Sams Aussehen geboren wird.
Da das SG-1-Team nur noch aus drei Personen besteht, bewirbt sich der russische Colonel Alexej Vaselov um einen Posten. Nach einem Gespräch mit Daniel Jackson erkrankt er jedoch plötzlich. Als O'Neill ihn in Quarantäne bringen lassen will, rastet Daniel plötzlich aus. Dr. Brightman findet bald den wahren Grund für Vaselovs Krankheit und Daniels unerklärliches Verhalten: Anubis.
Jack wird der Golfkriegsveteran und Ex-CIA-Mitarbeiter Mark Gilmor als Assistent zur Seite gestellt. Doch der treibt ein doppeltes Spiel. Zu allem Überfluss möchte der Präsident die Basis besuchen. Die gesamte Besatzung ist in heller Aufruhr. Doch einige Abgeordnete von Amra weigern sich zu gehen. Jack setzt alles daran, sie zur Abreise zu bewegen. Auch Camulus sorgt für Schwierigkeiten.
Daniel Jackson wird vom Rest des Teams getrennt und strandet verletzt auf einem fremden Planeten. Die Farmerin Leda gewährt ihm Unterschlupf, damit seine Verletzungen heilen können. Das SG-1-Team erfährt, dass die Bewohner des Planeten das Stargate vergöttern, und warnen sie vor der Gefahr, die von den Goa'uld ausgeht. Der Fanatiker Soren zettelt unterdessen einen Bürgerkrieg zwischen dem Rand-Protektorat und der rivalisierenden kaledonischen Föderation an.
O'Neill wird von den Goa'uld getötet. Teal'c läuft daraufhin Amok und zerstört die Drohnen. Um in Zukunft besser auf einen Angriff der Goa'uld vorbereitet zu sein, verbessert Teal'c den Simulations-Stuhl. Jackson will ihn bei der Kampf-Simulation unterstützen und bringt einen zweiten Stuhl samt Joystick an. Im Verlauf des gefährlichen Spiels stehen sich Teal'c, Daniel, eine virtuelle Carter und ein virtueller O'Neill gegenüber.
Picard und seine Crew erreichen den Borg-Kubus im romulanischen Raum, der bei Picard traumatische Erinnerungen provoziert. An Bord des Kubus hofft Narek, endlich Sojis Geheimnis zu lüften.
Elnor bleibt mit Hugh auf dem Borg-Kubus zurück. Die Crew der La Sirena muss einen Verfolger abschütteln. Picard flüchtet mit Soji auf einen fremden Planeten - und trifft auf bekannte Gesichter.
Picard erfährt den Hintergrund der Anschläge auf dem Mars. Die Crew der La Sirena hat unterdessen mit eigenen Enthüllungen zu kämpfen. Seven of Nine kommt Elnor an Bord des Kubus zu Hilfe.
Verfolgt von den Romulanern, trifft Picard auf Sojis Heimatplaneten ein, auf dem eine Kolonie von Synths existiert. Die reagieren auf Picards Warnungen allerdings anders als erwartet.
Die romulanische Flotte trifft im Orbit von Coppelius ein und droht, alle Synths auf dem Planeten zu vernichten. Picard versucht auf Zeit zu spielen, bis die Verstärkung eintrifft.
Mulder und Scully ermitteln in einem ärmlichen Vorort von Los Angeles. Dort soll in Vollmondnächten ein Werwolf sein Unwesen treiben. Die Kameras der TV-Reality-Show "COPS" begleiten die beiden Agenten dabei auf Schritt und Tritt bei ihrer Arbeit.
Die Firma FPS stellt äußerst realistische, virtuelle Computerspiele her. Bei einem Probelauf wird eine Testperson von einer Spielfigur getötet - nicht nur virtuell, sondern ganz real. Mulder und Scully sollen der Sache nachgehen. Kurz darauf ereignet sich ein weiterer Todesfall.
Dem Arzt Dr. Wieder widerfährt ein schwerer Schicksalsschlag nach dem anderen. Mulder ist überzeugt, dass dabei Hexerei im Spiel ist. Er stößt auf einen geheimnisvollen Mann, der Wieder für den Tod seiner Tochter verantwortlich macht.
Scully und Mulder erfahren von der Wunderheilung eines krebskranken Jungen. Scully geht der Sache vor Ort nach. Bei ihrem Besuch macht sie eine unglaubliche Entdeckung. Der Junge wurde offenbar durch den gleichen Chip geheilt, den auch sie im Nacken trägt.
Direktor Skinner betraut Mulder mit einem Fall in einem kleinen Ort in Vermont: Dort ist eine Frau spurlos verschwunden. Deren Tochter berichtet Mulder von einem Raben, den sie kurz zuvor gesehen hat. Mulder glaubt, dass sich jemand durch einen beschworenen Geist an dem Opfer rächen wollte.
Mulder will in England das Auftreten neuer Kornkreise untersuchen. Scully bleibt unterdessen in Washington. Im Krankenhaus trifft sie ihren schwer kranken Ex-Geliebten Dr. Daniel Waterston wieder. Scully bittet einen taoistischen Heiler, Daniel zu retten.
Kurz bevor er vor Gericht gegen seinen ehemaligen Arbeitgeber, den Tabakkonzern Morley aussagen kann, erstickt ein Wissenschaftler unter mysteriösen Umständen. Mulder und Scully sollen klären, ob der Konzern ihn ermorden ließ. Bei ihren Ermittlungen entdecken sie eine bislang unbekannte Käferart.
In einer Kirche in Washington explodiert eine Rohrbombe. Mulder und Scully sollen herausfinden, ob es jemand auf den Kardinal O'Fallon abgesehen hatte. An ihre Fersen heftet sich Hollywood-Autor Wayne Federman, der den Agenten über die Schulter sehen will. Aber dabei geraten Realität und Fiktion bald ein wenig durcheinander.
Das Auftauchen zweier identisch aussehender Frauen sorgt in Kansas City für Unruhe. Wo auch immer sich die beiden gemeinsam zeigen, kommt es zu Schlägereien und Unglücksfällen. Mulder und Scully versuchen, dem rätselhaften Fall auf den Grund zu gehen - und kommen dabei nicht ungeschoren davon.