In einem Pflegeheim geschehen seltsame Dinge. Eine Schwester behauptet, von einem Unsichtbaren vergewaltigt worden zu sein. Die Patienten, die an Alzheimer leiden, sind ungewöhnlich agil. Mulder und Scully wollen der Sache auf den Grund gehen.
Eine rätselhafte Mordserie beschäftigt Mulder und Scully. Vor genau 50 Jahren hielt bereits einmal eine ähnliche Serie das FBI in Atem. Der Verdacht fällt auf den mutmaßlichen Mörder von damals. Doch der gebrechliche Greis ist körperlich nicht mehr zu solchen Taten fähig.
Als der mächtige Ra den Tempel betritt, stellt Catherine Brücke zur Rede und setzt damit eine Kette an Ereignissen in Gang, die ihr Leben für immer verändert.
Durch einen Unfall injiziert sich Pille eine gefährliche Überdosis Medikamente. Er verliert den Verstand und beamt sich auf einen Planeten. Durch ein Zeitportal gelangt er ins Chicago der 30er Jahre. Kirk und Spock folgen ihm.
Der Planet Deneva hat den Kontakt zur Erde abgebrochen. Kirk ist besorgt, da sein Bruder auf Deneva lebt. Als er auf den Planeten beamt, wird sein Team angegriffen. Spock wird dabei von einem seltsamen Wesen verwundet. Er verliert die Kontrolle über sich. Für Dr. McCoy beginnt Wettlauf gegen die Zeit, er muss schnellstmöglich ein Gegenmittel finden.
Der sonst so emotionslose Vulkanier Mr. Spock ist von einem seltsamen Fieber befallen. Er verweigert Befehle und hat Wutanfälle. McCoy glaubt, dass Spock sterben muss, wenn er nicht sofort nach Vulkan zurückkehrt. Aber die Enterprise muß einem dringenden Auftrag folgen.
Die Enterprise findet auf dem Planeten Galorndon Core ein abgestürztes romulanisches Raumschiff. Während der Rettungsmission bleibt Geordi allein auf der Oberfläche zurück und kann nicht mehr an Bord gebeamt werden. Er findet einen schwer verletzten Romulaner. Beide müssen die alte Feindschaft zwischen Föderation und Romulanern begraben, denn nur gemeinsam haben sie Aussicht auf Rettung.
Die Barzaner wollen das in ihrem Raumsektor entdeckte Wurmloch verkaufen. Neben den Ferengis und den Caldoniern nimmt auch der Chrysalianer Devinoni Ral an den Verhandlungen teil. Er beginnt eine Affäre mit Troi.
Auf dem Planeten Acamar III leben zwei verfeindete Gruppen. Die so genannten Sammler haben sich von der Bevölkerung abgespalten und ziehen nun plündernd durchs All. Die Enterprise-Crew soll beiden Parteien miteinander versöhnen. Herrscherin Marouk ist bereit mit den Sammlern zu verhandeln. Ihre Dienerin Yuta hat allerdings eigene Pläne. Sie will den Konflikt nutzen um feindliche Clan-Mitglieder zu töten.
Die Enterprise erreicht der Hilferuf eines romulanischen Schiffes. Der Romulaner Setal wird an Bord gebeamt und berichtet, dass die Romulaner in der neutralen Zone eine Basis errichten. Diese Vertragsverletzung kann nur einen Grund haben: ein Krieg gegen die Föderation wird geplant. Unterdessen stellt sich heraus, dass es sich bei Setal in Wahrheit um Admiral Jarok handelt, der an mehreren Überfällen auf Außenposten der Föderation beteiligt war.
Die Enterprise stattet dem Planeten Angosia einen Besuch ab, der der Föderation beitreten will. Während ihrer Mission bricht Roga, eine lebende Kampfmaschine, aus der Strafkolonie aus und ersucht Picard um Asyl. Aus diplomatischen Gründen aber lehnt der ab. Roga flieht erneut und provoziert einen Aufstand.
Die Enterprise soll humanitäre Hilfe im Bürgerkrieg auf Rutia-Vier leisten. Die Situation eskaliert, als Dr. Crusher und später auch Captain Picard als Geiseln genommen werden. Die Terroristen drohen, die beiden zu töten.
Mulder und Scully werden vom FBI nach Minneapolis beordert. Bei einem Fall von Leichenschändung soll es sich um das Werk von Aliens handeln. Mulder vermutet allerdings einen gefährlichen Fetischisten am Werk, dessen Trieb wahrscheinlich eskalieren wird. Dann wird er sich nicht mehr mit Leichen begnügen, sondern beginnen, selbst zu morden. Eine fieberhafte Suche nach dem Täter beginnt.
In einem Wald bei Milford Haven in New Hampshire wird die verstümmelte Leiche eines jungen Mannes gefunden. Mulder und Scully übernehmen den Fall. Dabei kommen sie einer mörderischen Sekte von Teufelsanbetern auf die Spur.
In einem Durchgangslager für haitianische Flüchtlinge häufen sich Fälle von Voodoo-Zauber und Leichendiebstählen. Der Leiter Wharton scheint zu brutalen Gegenmaßnahmen zu greifen, um die Machenschaften zu unterbinden. Doch Mulder und Scully finden bald heraus, dass auch Wharton des Voodoo-Zaubers mächtig ist.
In verschiedenen Orten kommen drei identisch aussehende Ärzte auf die gleiche Art ums Leben. Bei der Recherche erfahren Scully und Mulder, dass es sich bei den Opfern um Klone handelt, die angeblich vor Jahren von den Sowjets eingeschleust wurden. Der Fall wird noch undurchsichtiger, als Mulder plötzlich nach Hause gerufen wird: Seine seit ihrer Kindheit vermisste Schwester Samantha ist plötzlich wieder aufgetaucht.
Auf einem Planeten findet das SG-1-Team in einer Stätte von Außerirdischen alte Inschriften, die das Team entziffern soll. O'Neill blickt durch ein Betrachtungsgerät und beginnt kurz darauf die Sprache der Außerirdischen zu sprechen. Von Minute zu Minute wird sein Wissen über die außerirdische Kultur größer. Daniel findet heraus, dass Jack nun im Besitz des Wissens der "Alten" ist, die die Sternentore einst erbaut haben. Dieses Wissen ist jedoch für den menschlichen Verstand zu komplex ist und wird O'Neill vermutlich töten.
Mit einer waghalsigen Aktion versucht SG-1 die Mitglieder von SG-10 aus einem Schwarzen Loch zu retten und bringt sich dabei selbst in höchste Lebensgefahr. Teal'C und Daniel werden bei einer Explosion schwer verletzt. Die beiden Stargate-Kommandos geraten daraufhin in eine unwirkliche Ebene, in der das Raum-Zeit-Kontinuum durcheinander ist und haben so keine Möglichkeit mit der Basis Kontakt aufzunehmen. Das Pentagon schickt O'Neills früheren Kollegen Colonel Cromwell durch das Stargate, um SG-1 zu helfen.
Daniels Seele wird durch eine Maschine mit der des früheren Goa'Uld-Feindes Machello vertauscht und er findet sich sterbend im Krankenhaus wieder. In der Gestalt von Daniel kann Machello aus der Stargate Zentrale fliehen und genießt das Leben auf der Erde. Während das SG-1-Team nach einer Lösung sucht, um den Wechsel rückgängig zu machen und Daniel zu retten, vertauschen auch Jack und Teal'C versehentlich ihre Seelen. Als sie Machello in Daniels Körper finden, teilt dieser ihnen mit, dass eine Rückkehr in die ursprünglichen Körper unmöglich ist.
Der frühere Goa'Uld Anführer Apophis, sucht in der Basis des Stargate-Teams Unterschlupf, als er von den tödlichen Strahlen der Goa'Uld verfolgt wird. Trotz seiner früheren Gewaltverbrechen gewährt SG- 1 ihm Schutz. Apophis liegt im Sterben und bietet dem Team das ganze Wissen der Goa'Uld an, sollten sie ihm einen neuen Körper besorgen. Als Jack jedoch das Angebot entschieden ablehnt, erzählt Apophis die ganze Wahrheit. Er wird von dem Todesgott Sokar verfolgt, dem Apophis einst in Ägypten besiegt hatte. Nun will Sokar sich rächen und tötet jeden, der sich zwischen ihn und Apophis stellt.
Effektreiches Finale der kultigen Blutsauger-Trilogie. Als cooler Vampirjäger trifft Wesley Snipes auf seinen bisher härtesten Gegner: "Drake" Dracula. - Die Vampirfürsten haben ihren Urvater Dracula zu neuem Leben erweckt. Unter dem Namen Drake treibt er erneut sein Unwesen und verträgt nun sogar das Sonnenlicht. Vampirjäger Blade (Wesley Snipes), der vom FBI gejagt wird, versucht, den Blutsauger endgültig ins Grab zu befördern. Unterstützt wird er von der schönen Abigail (Jessica Biel).
Als der mächtige Ra den Tempel betritt, stellt Catherine Brücke zur Rede und setzt damit eine Kette an Ereignissen in Gang, die ihr Leben für immer verändert.
Die Wraith sind noch immer im Kurs auf Atlantis und nicht mehr weit entfernt. Für die Bewohner wird die Zeit knapp. Die Stadt muss dringend evakuiert werden. Gleichzeitig haben Dr. McKay (David Hewlett) und Dr. Radek Zelenka die Idee, den vor einiger Zeit entdeckten Satelliten zu mobilisieren, der einst als Waffenbasis zur Verteidigung gegen die Wraith eingesetzt wurde.
Die Lage in Atlantis wird immer heikler. Die Wraith rücken an und die Stargate-Crew ist verzweifelt. Da bekommt das Team unerwartete Hilfe. Colonel Everett (Clayton Landey) wird von der Erde in die Pegasus-Galaxie gesandt. Mit nuklearen Waffen kann er jedoch nur kurze Zeit den Angreifern Herr werden. Dann hat Major Sheppard (Joe Flanigan) eine Idee. Doch diese entpuppt sich bald schon als große Gefahr.
Auf einem Planeten findet das SG-1-Team in einer Stätte von Außerirdischen alte Inschriften, die das Team entziffern soll. O'Neill blickt durch ein Betrachtungsgerät und beginnt kurz darauf die Sprache der Außerirdischen zu sprechen. Von Minute zu Minute wird sein Wissen über die außerirdische Kultur größer. Daniel findet heraus, dass Jack nun im Besitz des Wissens der "Alten" ist, die die Sternentore einst erbaut haben. Dieses Wissen ist jedoch für den menschlichen Verstand zu komplex ist und wird O'Neill vermutlich töten.
Mit einer waghalsigen Aktion versucht SG-1 die Mitglieder von SG-10 aus einem Schwarzen Loch zu retten und bringt sich dabei selbst in höchste Lebensgefahr. Teal'C und Daniel werden bei einer Explosion schwer verletzt. Die beiden Stargate-Kommandos geraten daraufhin in eine unwirkliche Ebene, in der das Raum-Zeit-Kontinuum durcheinander ist und haben so keine Möglichkeit mit der Basis Kontakt aufzunehmen. Das Pentagon schickt O'Neills früheren Kollegen Colonel Cromwell durch das Stargate, um SG-1 zu helfen.
Daniels Seele wird durch eine Maschine mit der des früheren Goa'Uld-Feindes Machello vertauscht und er findet sich sterbend im Krankenhaus wieder. In der Gestalt von Daniel kann Machello aus der Stargate Zentrale fliehen und genießt das Leben auf der Erde. Während das SG-1-Team nach einer Lösung sucht, um den Wechsel rückgängig zu machen und Daniel zu retten, vertauschen auch Jack und Teal'C versehentlich ihre Seelen. Als sie Machello in Daniels Körper finden, teilt dieser ihnen mit, dass eine Rückkehr in die ursprünglichen Körper unmöglich ist.
Der frühere Goa'Uld Anführer Apophis, sucht in der Basis des Stargate-Teams Unterschlupf, als er von den tödlichen Strahlen der Goa'Uld verfolgt wird. Trotz seiner früheren Gewaltverbrechen gewährt SG- 1 ihm Schutz. Apophis liegt im Sterben und bietet dem Team das ganze Wissen der Goa'Uld an, sollten sie ihm einen neuen Körper besorgen. Als Jack jedoch das Angebot entschieden ablehnt, erzählt Apophis die ganze Wahrheit. Er wird von dem Todesgott Sokar verfolgt, dem Apophis einst in Ägypten besiegt hatte. Nun will Sokar sich rächen und tötet jeden, der sich zwischen ihn und Apophis stellt.
Mulder und Scully werden vom FBI nach Minneapolis beordert. Bei einem Fall von Leichenschändung soll es sich um das Werk von Aliens handeln. Mulder vermutet allerdings einen gefährlichen Fetischisten am Werk, dessen Trieb wahrscheinlich eskalieren wird. Dann wird er sich nicht mehr mit Leichen begnügen, sondern beginnen, selbst zu morden. Eine fieberhafte Suche nach dem Täter beginnt.
In einem Wald bei Milford Haven in New Hampshire wird die verstümmelte Leiche eines jungen Mannes gefunden. Mulder und Scully übernehmen den Fall. Dabei kommen sie einer mörderischen Sekte von Teufelsanbetern auf die Spur.
In einem Durchgangslager für haitianische Flüchtlinge häufen sich Fälle von Voodoo-Zauber und Leichendiebstählen. Der Leiter Wharton scheint zu brutalen Gegenmaßnahmen zu greifen, um die Machenschaften zu unterbinden. Doch Mulder und Scully finden bald heraus, dass auch Wharton des Voodoo-Zaubers mächtig ist.