Elnor bleibt mit Hugh auf dem Borg-Kubus zurück. Die Crew der La Sirena muss einen Verfolger abschütteln. Picard flüchtet mit Soji auf einen fremden Planeten - und trifft auf bekannte Gesichter.
Die Enterprise verfolgt Raumpiraten, die Kolonisten gekidnappt haben - und gerät in eine Falle. Piraten-Captain Angel will mit der Aktion ihren Geliebten aus vulkanischer Gefangenschaft freipressen.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Der Rancher Jim Parker wird nachts von einem wilden Tier angegriffen. Als Jim die Kreatur erschießt, muss er zu seinem Entsetzen feststellen, dass er einen Indianer getötet hat. Einige Tage später wird Jim auf grausame Weise umgebracht. Mulder erfährt, dass in der Gegend bereits ähnliche Überfälle passierten und nimmt Ermittlungen auf.
In den Wäldern Oregons ist eine Gruppe von Holzfällern spurlos verschwunden. Die Polizei verdächtigt zwei radikale Umweltschützer. Mulder stößt auf einen Fall aus dem Jahr 1934. Auch damals verschwanden Holzfäller spurlos. Bei ihren Nachforschungen stoßen Mulder und Scully bei einigen gefällten Bäumen auf rätselhafte Jahresringe.
Eugene Victor Tooms, der mehrere Menschen ermordet und ihnen die Leber entnommen hatte, wird auf Bewährung freigelassen - allen Warnungen von Mulder und Scully zum Trotz. Mulder ist davon überzeugt, dass Tooms sich bald ein weiteres Oper suchen wird, damit er sich zum Winterschlaf zurückziehen kann. Gegen die Anordnung seiner Vorgesetzten will Mulder den Killer überwachen.
Die ziellos im All umhertreibende "Ark Three" stellt die Crew vor ein Rätsel. Finden sich Besatzungsmitglieder oder zumindest Hinweise an Bord, woher das Raumschiff kommt?
Auf einem fremden Planeten gerät das SG-1-Team in eine Falle wodurch alle Mitglieder ihr Bewusstsein verlieren. Sie erwachen erst wieder im Labor des Wissenschaftlers Harlan, der behauptet 11.000 Jahre alt zu sein und seit über tausend Jahren allein auf dem Planeten zu leben. Der Wissenschaftler teilt dem Team mit, dass er sie geheilt und "verbessert" habe. Auf der Erde zurück untersucht Dr. Fraiser das Team und stellt fest, dass sie keinen Herzschlag mehr haben. Sie finden heraus, dass Harlan ihre Körper nicht geheilt hat, sondern ihr Bewusstsein in unzerstörbare Roboter implantiert hat.
Nachdem Daniel die Oberfläche eines Spiegels berührt hat, gelangt er in eine andere Realität. Der Planet sieht zwar wie die Erde aus, aber es gibt erschreckende Unterschiede. In der Parallelwelt haben die Goa'Uld mit massiven Attacken fast die ganze Menschheit ausgelöscht. Dabei ist auch Teal'C an der Zerstörung der Erde maßgeblich beteiligt und kann von Daniel nicht aufgehalten werden. Im letzten Moment gelingt es ihm fliehen und in seine eigene Realität zurückkehren, um die anderen vor der drohenden Invasion zu warnen.
Daniel kehrt in die Realität zurück und will das Team der SG-1 vor der Gefahr warnen, die er in der Parallelwelt miterlebt hat. Unterdessen wird die Unterhaltung von Colonel Samuels unterbrochen, der die Befugnis hat, die Stargate Basis schließen zu lassen. Er will die finanziellen Mittel für das Stargate-Programm ablehnen, weil er nicht davon überzeugt ist, das die SG-Teams für die nationale Sicherheit wichtig sind. Sogar als Daniel ihm von dem bevorstehenden Angriff der Goa'Uld erzählt, kann er Colonel Samuels nicht von seiner Meinung abbringen.
Bisher konnten die Bewohner von Atlantis die Umgebung der Stadt noch nicht nach Sturmschäden überprüfen. Nun macht sich Dr. McKay (David Hewlett) mit einigen Kollegen auf den Weg. Doch plötzlich sterben zwei seiner Männer. Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) vermutet sofort einen Zusammenhang mit dem von McKay entdeckten, mysteriösen Labor der Antiker außerhalb von Atlantis. Offenbar sind die Toten dort mit einem rätselhaften Virus infiziert worden.
Als Major Sheppard (Joe Flanigan) bei einem Flug mit dem "Puddel Jumper One" von den Wraith attackiert wird, gelingt es ihm wie durch Geisterhand zu entkommen. Offenbar wurde er durch eine geheime Waffe vor dem Angriff gerettet. Bei seinen Nachforschungen gelangt er auf den Planeten Proculis. Den Bewohnern dort und ihrer Hohenpriesterin Chaya (Leonor Varela) sind die Wraith völlig unbekannt. Ein Zufluchtsort von den grausamen Gegnern scheint gefunden.