Roland Emmerichs Mega-Sci-Fi-Hit mit Will Smith und Jeff Goldblum: Brutale Alien-Invasoren starten einen Großangriff auf die Erde. Oscar für die Effekte! - Eine Flotte gigantischer Raumschiffe zieht über den Metropolen der Erde auf und startet einen Generalangriff auf die Menschheit. Bald liegt halb Amerika in Schutt und Asche. US-Präsident Thomas J. Whitmore (Bill Pullman) bläst zum Gegenschlag: Am Unabhängigkeitstag will Amerika den ungeladenen Gästen aus dem All den Garaus machen. Zu den Unerschrockenen, die an dieser Mission teilnehmen, zählen Computerspezialist Levinson (Jeff Goldblum) und Fliegerass Hiller (Will Smith).
Sams Vater Jacob (Carmen Argenziano) bittet das SG-1-Team um Hilfe bei seiner Suche nach dem ehemaligen verstoßenen Goa'Uld Systemlord Seth (Robert Duncan). Er vermutet, dass sich Seth auf der Erde versteckt. Bei Nachforschungen stellt sich heraus, dass Seth seit Tausenden von Jahren gewaltige Macht auf der Erde besitzt. Als verlogener Kultanführer scharrt er mithilfe einer Goa'Uld Droge eine Menge Menschen um sich. Unter Vorbehalt falscher Religionen führt er in Washington eine Sekte an, die das FBI bereits im Visier hat. Das Team macht sich auf den Weg zu Seths Hauptlager.
Der Anführer der Asgard Thor berichtet Jack (Richard Dean Anderson), dass die Herrscher des Goa'Uld Systems planen, die Erde anzugreifen und bietet ihm seine Unterstützung bei den Friedensverhandlungen an. Yu, Nirrti und Cronos, drei Goa'Uld System Lords, sind bei den Verhandlungen anwesend. Die Drei stimmten zunächst dem Angebot zu, doch dann werden Teal'C und Cronos schwer verwundet aufgefunden. Sam findet heraus, dass Nirrti den Kampf zwischen Teal'C und Cronos inszeniert hat, um ihre eigene Macht auszubauen. Die Friedensverhandlungen scheinen zu scheitern.
Während einer Routinemission findet SG 1 einen Raum indem sich Goa'Uld Leichen befinden, die offensichtlich eine Auseinandersetzung mit Systemlords hatten. Einer von ihnen hält eine Tafel. Als Daniel (Michael Shanks) diese berührt, beginnt er Stimmen zu hören und wird plötzlich von Horror-Visionen geplagt. Medizinische Untersuchungen offenbaren, dass er an Schizophrenie leidet. Doch dann übertragen sich die Anzeichen plötzlich auf Teal'C (Christopher Judge), der sterbenskrank davon wird. Jack und Sam untersuchen die Tafel, die Daniel berührt hat, da sie glauben, dass diese für die plötzlichen Erkrankungen verantwortlich ist.
Dr. Weir traut ihren Augen nicht, als sie sich plötzlich in einer psychiatrischen Klinik auf der Erde unweit von Washington D.C. wiederfindet. Noch unglaublicher ist, was ihr die Ärzte erzählen: Angeblich sind ihre Erlebnisse in Atlantis lediglich ein Produkt ihrer Phantasie. Sogar General O'Neill bestätigt die Version der Psychiater. Doch Dr. Weir ist misstrauisch, denn sie wird immer wieder von beunruhigenden Visionen über Atlantis heimgesucht.
Das Atlantis-Team gerät auf einem abgelegenen Planeten in einen Hinterhalt: Kolya, der aus der Regierung der mit der Erde verbündeten Genii verbannt wurde, nimmt Colonel Sheppard gefangen. Als Gegenleistung für Sheppards Freilassung fordert er die Auslieferung von Ladon Radim, dem Anführer der Genii. Unterdessen schmiedet Sheppard in seinem Gefängnis Fluchtpläne. In einem mitgefangenen Wraith findet er unerwartet einen Verbündeten.
Dr. McKay erfährt, dass seine Schwester Jeannie Miller ausgerechnet an dem mathematischen Beweis arbeitet, den er für seine Forschungen benötigt. Obwohl das Verhältnis der Geschwister nicht gerade das Beste ist, holt McKay sie nach Atlantis, damit sie ihn bei seinen Forschungen unterstützt. Und tatsächlich gelingt es McKay mit ihrer Hilfe erstmals, Energie aus einem Paralleluniversum zu importieren. Doch dabei gelangt auch ein Doppelgänger McKays nach Atlantis.
Vanessa, Jack und Violet öffnen ein Portal in eine andere Realität, um Abraham Van Helsing um Hilfe zu bitten. Kaum wieder zurück, kommt es zum folgenreichen Kampf mit Sam und dem Orakel.
Drei Seiten aus dem Familienbuch der Van Helsings sind der Schlüssel, um den Dunklen Fürsten wiederzubeleben - oder zu zerstören. Violet wird durch einen Zauber ausgebremst.
Ein Rückblick in die Zeit, als die Vampire die Vorherrschaft an sich rissen: Jack und ihre Schützen kämpfen gegen eine Übermacht von Blutsaugern, die die Stadt überrennen.