Seit der ersten Mission durch das Stargate ist über ein Jahr vergangen. Unerwartet dringen außerirdische Gestalten durch das Tor ein, morden und entführen einen weiblichen Offizier. Colonel Jack O'Neill leitet eine Aufklärungsmission nach Abydos um herauszufinden wer die Angreifer waren. Daniel Jackson, der nach dem ersten Besuch auf Abydos geblieben war, hat inzwischen herausgefunden, dass es unzählige Sternentore gibt, die überall in der Galaxis verteilt sind. Er schließt sich dem Team an, das mithilfe des Jaffa Teal'c mehrere Gefangene aus den Händen des Schlangengottes Apophis befreit.
Der Alien Teal'c darf vorerst nicht, wie von O'Neill vorgeschlagen, Mitglied im SG-1- Team werden, sondern wird von der Regierung genau überprüft. Unterdessen klagt Kawalski über starke Kopfschmerzen. In der Krankenstation findet man unter seiner Haut, eine Goa'Uld-Larve, die sich in Richtung Kopf bewegt. Kawalski tötet daraufhin den diensthabenden Arzt. Es scheint, dass der Parasit Besitz von seinem Körper genommen hat. Unter Anleitung von Teal'C gelingt es den Ärzten, die Larve operativ zu entfernen. Jedoch übernehmen die Reste des Goa'uld nach der Operation erneut Kontrolle über ihn.
Auf dem Planeten Simarka finden Samantha Carter, Daniel Jackson und Jack O'Neill eine Kultur vor, die sehr an das Leben der Mongolen vor über hundert Jahren erinnert. Das Volk der Shavadai ist von einer strengen Klassengesellschaft geprägt, in der Frauen nur eine untergeordnete Rolle spielen. Samantha Carter wird gekidnappt und von Turghan, einem mächtigen Herrscher, versklavt. Als das SG-1-Team von dem Kidnapping erfährt, setzen sie alles daran, um ihre Kollegin zu befreien. Samantha Carter kann sich jedoch nur durch ein Duell wieder "frei" kämpfen.
Das SG1-Team landet auf dem Planeten P3X97 auf dem es zwei unterschiedliche Arten von Bewohnern gibt. Im Gegensatz zu den kultivierten Bewohnern der hellen Seite des Planeten, benehmen sich die Bewohner der dunklen Seite brutal und rücksichtslos. Nach dem das SG-1-Team von dem fremden Planeten zurückkehrt, weisen einzelne Mitglieder unnatürliche Verhaltensweisen auf und gleichen den brutalen Bewohnern der dunklen Seite. Nur Teal'C und Daniel bleiben von den Mutationen verschont und müssen auf den Planeten P3X97 zurückkehren, um ein Heilmittel für die Infizierten zu finden.
Captain Jonas Hanson und sein SG-9-Team sind auf einem Planeten verschollen. Auf der Suche nach ihnen landet das SG-1-Team auf dem seltsamen Planeten und entdeckt, dass die vermisste Truppe von einheimischen Höhlenbewohnern als Götter verehrt wird. Der Leiter von SG-9 hält sich mittlerweile selbst für einen Gott und zwingt die Bewohner, die alten Goa'Uld-Tempel wieder aufzubauen. Wer nicht gefügig ist, muss in der prallen Sonne eines leidvollen Todes sterben. Einen Gott zu stürzen wird für SG-1 keine leichte Aufgabe, zumal es direkt nach seiner Ankunft gefangengenommen wird.
Das SG-1-Team entdeckt auf dem Planeten P3X562 ein riesiges Tal, das mit zerbrochenen Kristallen übersät ist. Nach dem sich Jack O'Neill einem der Kristalle genähert hat, nimmt ein geheimnisvolles Wesen heimlich Jacks Gestalt an und kehrt mit den anderen zur Erde zurück. Als der wahre Jack O'Neill auf die Erde zurückkehrt macht sich das Team rasch auf die Suche nach dem Duplikat, das bereits Jacks Ex-Frau aufgespürt hat. Sam und Daniel finden heraus, dass die Kristalle Energiewesen in sich tragen, die nicht nur Gedanken lesen, sondern auch Menschen imitieren können.
Die Regierung will Beweise sehen, dass die Inbetriebnahme des Stargates auch technologisch Vorteile erbringt und setzt damit General Hammond entsprechend unter Druck. Es sollen vor allem unbekannte und überlegene Technologien entdeckt und nutzbar gemacht werden. SG-1 macht sich auf den Weg durchs Sternentor, um schnellstmöglich verwendbare Technologien aufzuspüren. Bei der Ankunft auf einem fremden Planeten gerät SG-1 in einen Hinterhalt und wird von den Goa'Uld unter Führung von Apophis getötet. Jedoch wird das Team durch die Nox, einem Volk, das sich unsichtbar machen kann, wiederbelebt.
Auf ihrer Mission zum Planteten Argos hilft Daniel (Michael Shanks) einer jungen Frau bei einer komplizierten Geburt und wird als Dank mit seinem Team zu einem Fest eingeladen. Die Bewohner des Planeten sind alle auffallend attraktiv und auch außergewöhnlich jung. Nach Sonnenuntergang fallen alle Bewohner in einen sonderbaren Schlaf, der bis zum Morgengrauen andauert. Am nächsten Tag sind alle um Jahre gealtert. Nach einer Nacht mit der attraktiven Kynthia beginnt auch Jack rapide zu altern. In der Hoffnung ein Heilmittel zu finden, kehrt das SG1-Team ohne Jack auf die Erde zurück.
SG-1 reist auf den Planeten Cimmeria, der als Heimat der legendären nordischen Götter bezeichnet wird. Gleichzeitig gilt der Planet der bei den Goa'Uld als verboten. Als das Team dort ankommt wird Teal'C, der eine Goa'Uld-Larve in sich trägt, von einem Lichtstrahl eingefangen. Als Jack ihm helfen will, werden beide in ein dunkles Labyrinth katapultiert. Sam und Daniel kommen ihnen zur Hilfe und können Teal'C nur befreien, in dem sie Thors einzige wirksame Waffe gegen die Goa'Uld zerstören und damit auch die Möglichkeit für Menschen von den Goa'Uld-Symbionten befreit zu werden.
In Videoaufnahmen aus dem Jahre 1945 entdecken Daniel und Jack, das das Stargate schon früher einmal aktiv war. Ernest Littlefield, Wissenschaftler und Ex-Verlobter von Catherine Langford, ist damals durch das Tor gegangen und kam bis heute nicht zurück. Daniel sucht seine alte Freundin Catherine auf, um sie zu den Vorfällen von damals zu befragen. Das SG-1 Team und Catherine reisen daraufhin auf den Planeten, in der Hoffnung Ernest dort vorzufinden. Sie entdecken den gealterten Wissenschaftler in einem riesigen Raum, der einst als Treffpunkt für verschiedene Alien-Zivilisationen diente.
Nach langer Diskussion mit General Hammond gewährt er dem Team die Reise nach Chulak, dem Heimatplaneten von Teal'C . Dort lebt sein Sohn Rya'C, der mittlerweile in dem Alter ist in dem ihm der Tradition zu Folge eine Goa'Uld-Larve eingepflanzt wird. Teal'C will das unbedingt verhindern und seinen Sohn davor bewahren, ein Jaffa, also ein Sklave von Apophis zu werden. Jedoch gilt Teal'C auf Chulak als Verräter und auch seine menschlichen Freunde sind dort nicht willkommen. Rya'C ist zudem sehr krank und benötigt den Symbionten um nicht sterben zu müssen.
Nach einer Mission auf dem Planeten Oannes kehrt das SG-1-Team ohne Daniel Jackson auf die Erde zurück. Daniel wurde dort nach einem Vulkanausbruch für tot erklärt. Doch Daniel lebt noch und wird auf dem Planeten von einem amphibischen Außerirdischen namens Nem gefangen gehalten wird. Der Außerirdische will von dem Ägyptologen wissen was vor über 4000 Jahren mit seinem Partner Omoroca geschehen ist der auf der Erde gelebt hat. Da Daniel nicht genug über babylonische Geschichte weiß, erklärt er sich schließlich dazu bereit, Nem seine Gedanken lesen zu lassen.
Bei Ausgrabungen öffnen Wissenschaftler einen unentdeckten Sarkophag und wecken dabei Hathor aus ihrem Jahrtausende währenden Schlaf. Was niemand ahnt ist, dass der Goa'Uld, der einst in Hathor geschlüpft war, nun ebenfalls befreit wurde. Der Goa'Uld macht sich auf dem Weg zur Stargate Basis in der Gestalt einer obdachlosen Frau. Bei den Männern hat Hathor ein leichtes Spiel, da sie durch einen Atemhauch ihre Umgebung benebeln kann. Nur Teal'C, Sam und alle weiteren Frauen, die sich auf dem Stützpunkt befinden, können in letzter Sekunde eine Machtübernahme der Goa'Uld auf der Erde verhindern.
Das Team der SG-1 begibt sich auf den Planeten P8X987 um ein schwarzes Loch zu studieren. Auf der Oberfläche finden sie jedoch nur noch die Leichen von allen Bewohnern, sowie von SG-7. Nur ein kleines Mädchen hat überlebt. Sam und Daniel nehmen Cassandra mit auf die Erde, um sie dort medizinisch zu versorgen und tappen somit in eine Falle der Goa'Uld. Das Mädchen wurde nämlich von den Goa'Uld zurückgelassen und in ihrem Bauch befindet sich eine Art Atombombe, die den gesamten Planeten Erde zerstören könnte. Dr. Fraiser entdeckt jedoch die Bombe und veranlasst das Mädchen wegzubringen.
Bei einem Date erwähnt Saber Rider beiläufig einen Geheimtransport. Nachdem genau dieser von den Outridern überfallen wird, festigt sich der Verdacht, dass seine neue Freundin ein Spitzel sein könnte.
Ein superintelligenter Schimpanse zettelt eine Rebellion der Affen gegen die Menschen an: die effektstarke Vorgeschichte der "Planet der Affen"-Saga. Mit James Franco und Freida Pinto.
14 Jahre nachdem er der Sternenflotte den Rücken kehrte, erhält Jean-Luc Picard überraschenden Besuch: Eine junge Frau namens Dahj hofft, mit seiner Hilfe das Rätsel ihrer Herkunft zu lösen.
Picard entdeckt Hinweise auf eine romulanische Geheimorganisation. Doch die Sternenflotte zeigt an seinen Erkenntnissen kaum Interesse. Mithilfe einer alten Bekannten will Picard eine eigene Mission starten.
Mithilfe seiner alten Freundin Raffi will Picard ein Schiff und eine Crew für seine Mission organisieren. Auf seinem Weingut gerät er ins Visier eines romulanischen Killerkommandos.
Auf dem Weg nach Freecloud stoppt Picard auf Vashti, wo er Verstärkung für die Crew finden will. Doch die dort lebenden romulanischen Flüchtlinge bereiten ihm einen frostigen Empfang.
Picard spürt auf Freecloud Bruce Maddox auf. Er befindet sich in der Gewalt einer Händlerin und soll an romulanische Agenten verkauft werden. Seven of Nine und Picard versuchen einen Deal einzufädeln.
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In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Das Raumschiff "Ark One" verliert bei einer verheerenden Katastrophe große Teile seiner Crew. Nun liegt es an den verbliebenen Besatzungsmitgliedern, die Reise durchs All erfolgreich fortzusetzen.
Die Besatzung der "Ark One" ist weiter um Ordnung bemüht. Während die Wasserversorgung an Bord zunehmend kritischer wird, ergibt die Untersuchung der Katastrophe mehr Fragen als Antworten.
Die Wasserkrise auf der "Ark One" erreicht ihren Höhepunkt. Die angespannte Situation wird durch eine weitere Notlage verschärft: Das Raumschiff befindet sich auf Kollisionskurs mit einem Asteroiden.
Die Crew der "Ark One" wird von mysteriösen Halluzinationen heimgesucht. In ihren Wahnstellungen gefangen, sucht die Besatzung in einem Wettlauf gegen die Zeit nach der Ursache.