Das SG-1-Team reist mit der "Prometheus" nach Tegalus. Dort wollen sie verhindern, dass eine von den Ori gelieferte Waffe gegen die Caledonians eingesetzt wird. Doch nichts läuft nach Plan: Die ganze Mission gerät in Gefahr, als Daniel gefangen genommen wird und die "Prometheus" unter Beschuss gerät.
Das SG-1-Team unternimmt einen Undercover-Einsatz auf dem Planeten P6G-462, um dort den Handel mit einer süchtig machenden Droge zu untersuchen. Offenbar steckt die "Lucian Allianz", eine zwielichtige Söldnerorganisation, dahinter. Doch der Einsatz geht gründlich schief: Als Mitchell und sein Leute zurückkehren wollen, verschwindet vor ihren Augen das Stargate. Das Team wird verhaftet und zum Tode verurteilt.
Deputy Director Kersh konfrontiert Scully mit mysteriösen Abdrücken, die stark an jenes außerirdische Raumschiff erinnern, das zwei Jahre zuvor vor der Küste Westafrikas gefunden worden war. Die Spur führt zu FBI-Agent Robert Comer, der eine UFO-Sekte infiltrieren sollte und dann die Seiten wechselte. Jetzt wird Comer zur tödlichen Gefahr für Scullys kleinen Sohn William.
Scully und Reyes versuchen, Informationen über den Verbleib von Scullys Sohn William und die Motive der obskuren UFO-Sekte zu erhalten. Dabei werden sie von ihren FBI-Kollegen behindert.
Kurz nachdem sich Doggett und Monica Reyes näher gekommen sind, wird Monica in einen schweren Autounfall verwickelt und ins Krankenhaus eingeliefert. Als kurz darauf der Hirntod festgestellt wird, weigert sich Doggett das zu akzeptieren. Er beginnt eigene Nachforschungen und kommt dabei einem gewissenlosen Arzt auf die Spur, der einen schwunghaften Organhandel betreibt.
John Doggett hatte vor 13 Jahren einen Serienmörder namens Bob Fassl gefasst, der nun auf freien Fuß gesetzt wird, weil ein genetischer Test seine Unschuld erwiesen haben soll. Tatsächlich macht der unscheinbare und offenbar harmlose Mann nicht den Eindruck eines Schwerverbrechers. Doch Doggett weigert sich, dem Test zu glauben und bittet Scully um eine erneute Untersuchung des DNA-Materials. Diese stellt dabei mit ihrer Kollegin Monica Reyes eine abenteuerliche Theorie auf.
Monica Reyes entdeckt in einer Mordserie einen numerologischen Hinweis, als sie die sogenannten Karmazahlen der Opfer errechnet. Beim FBI herrscht Skepsis, doch Monica kann Doggett von ihrer Theorie überzeugen, dass der Täter streng nach einem Zahlenmuster mordet, in dem die Sechs und die Neun eine besondere Rolle spielen.
Die FBI-Mitarbeiterin Leyla Harrison lenkt die Aufmerksamkeit von Doggett und Reyes auf einen Jungen namens Tommy Conlon, der mit seinem Vater in den Bergen von Pennsylvania lebt. Die Mutter hat sich angeblich mit 16 Messerstichen selbst umgebracht. Als die Agents und Leyla sich des Falles annehmen, beginnt für sie ein wahrer Alptraum.
Der ehemalige Geheimdienstmitarbeiter Morris Fletcher bittet Reyes und Doggett um Schutz vor seinem derzeitigen Arbeitgeber, der ihn umzubringen versucht. Dafür bietet er dem FBI die Aushändigung einer "Supersoldatin" namens Yves Adele an. Yves war früher eine Hackerkollegin der drei einsamen Schützen Byers, Langley und Frohike. Doch die drei glauben Fletcher nicht, da sie ihn als ständigen Lügner kennengelernt haben und versuchen, Yves Adele auf eigene Faust aufzuspüren.
Ein von Brandnarben gezeichneter, geheimnisvoller Mann attackiert Agent Doggett in seinem Büro. Weil er über die Verschwörung der Regierung, die Existenz von Aliens zu vertuschen, Bescheid weiß, hält man ihn erst für den verschollen geglaubten Mulder. Nur Scully erkennt bald seine wahre Identität.
Doggett findet aufgrund eines anonymen Hinweises eine in die Wand eines Mietshauses eingemauerte Frauenleiche. Mithilfe der scharfsinnigen Analysen des jungen FBI-Kadetten Rudolph Hayes recherchieren die Agenten, dass der Täter noch einen weiteren Mord begangen hat und auch der Mörder von Doggetts Sohn Luke ist. Doggett setzt alle Hebel in Bewegung, um den Killer zu überführen. Doch der erweist sich als harter Brocken, der offensichtlich besonderen Schutz genießt.
In der Nähe eines unscheinbaren Vorstadthauses bei Los Angeles werden kurz hintereinander zwei junge Männer tot aufgefunden. Offenbar sind sie durch das Dach geschleudert worden und stürzten aus großer Höhe zu Boden. Die Agents Doggett und Reyes nehmen das fragliche Haus unter die Lupe und entdecken einen sonderbaren Bewohner.
McKay (David Hewlett) folgt der Einladung seines ehemaligen Rivalen Malcom Tunney auf die Erde. Tunney gibt vor, die Lösung für das Problem der globalen Erwärmung gefunden zu haben. Mit Hilfe eines Zeitportals plant er, die überschüssige Wärme in eine andere Dimension abzuleiten. Doch die Sache geht schief. McKay, der schon in der Vergangenheit schlechte Erfahrungen mit derselben Technik gemacht hat, erkennt, dass eine schnelle Schließung des Tores lebensnotwendig ist. Denn ist das Tor längere Zeit offen, schwindet die gesamte Wärme der Erde - alle müssten binnen weniger Stunden erfrieren.
Über Atlantis bricht ein Schiff der Wraith aus dem Hyperraum und sendet eine bruchstückhafte Hilfenachricht. Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team unternehmen eine Expedition zum Schiff ihrer Erzfeinde, trotzdem sie damit rechnen müssen, in eine Falle zu tappen. Auf dem Schiff finden sie eine Nachricht ihres Widersachers Todd, in der er von einer Infektion seiner Crew berichtet und um Hilfe bittet. Als der Ernst der Lage erkannt wird, beschließt man, den Wraith zu helfen. Denn nicht nur die Besatzung ist infiziert, sondern auch das Schiff selbst. Auf einmal besteht für alle Gefahr.
Die Kriminelle Neeva Casol findet auf einem ihrer Diebeszüge einen Kommunikationsapparat der Antiker. Sie aktiviert das Gerät und transferiert so aus Versehen ihren Geist in den Körper von Dr. Keller (Jewel Staite). Diese wiederum wird, in Neevas Körper gefangen, verhaftet und vor ein Gericht gestellt, welches die Todesstrafe fordert. In Atlantis ist man mittlerweile aufgrund des befremdlichen Verhaltens von Jennifer davon überzeugt, dass ein Körpertausch stattgefunden haben muss. Im Wettlauf gegen die Zeit versuchen Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team den Tod Dr. Kellers zu verhindern.
Auf der Erde werden immer öfter Menschenleichen gefunden, denen offensichtlich die Lebensenergie entzogen wurde. "Detective" Sheppard (Joe Flanigan) nimmt den Fall an und stößt wenig später auf einen Wraith, der sich, als Mensch getarnt, in Vegas aufhält. Sheppard kann in letzter Sekunde verhindern, dass der Wraith die Erdkoordinaten an seine Artgenossen übermittelt. Die Gefahr scheint gebannt, dennoch kann Sheppard nicht ausschließen, dass die Nachricht die Wraith in einem anderen Paralleluniversum erreicht haben könnte.
Um sich von dem neuen Wraith Schiff einen Eindruck machen zu können, unternimmt das Atlantis Team einen Erkundungsflug. Doch der Schock sitzt tief, als man feststellt, dass das Schiff seine Vorgänger an technologischem Fortschritt bei weitem übertrifft. Es kommt zum Gefecht. Inmitten des Kampfgeschehens kann eine kodierte Nachrichte der Wraith mit den Erdkoordinaten abgefangen werden. Kurz darauf lässt das feindliche Schiff das Atlantis Team hinter sich. Das Ziel: die Erde.
Das Außenteam der Enterprise infiziert sich bei einem Einsatz mit einer merkwürdigen Erkrankung. Pike und Spock untersuchen derweil, warum die Kolonie der Illyrianer verschwunden ist.
Während einer Mission zu einem Kolonieplaneten wird die Enterprise von unbekannten Feinden attackiert. Nur La'An Noonien Singh weiß mehr über die Angreifer, denn sie war bei ihnen in Gefangenschaft.
Eine Gruppe Outrider will den jährlichen "Galaxy Grand Prix" auf Yuma gewinnen. Fireball nimmt ebenfalls teil, um einen Sieg der Phantomwesen zu verhindern und trifft dabei auf einen früheren Rivalen.
Zehn Jahre nach dem Sieg über die Mumie müssen Brendan Fraser und Rachel Weisz erneut Jagd nach dem Untoten machen: die effektreiche Fortsetzung des Fantasy-Action-Abenteuers.
Das SG-1-Team soll eine diplomatische Delegation zum Gamma-Stützpunkt eskortieren. Dort angekommen erwartet sie eine böse Überraschung. Zunächst friedliche Käfer mutieren zu gefährlichen fleischfressenden Insekten und greifen den Stützpunkt an.
Während der Arbeit an einem alten Gerät der Antiker geschieht ein Unfall: Carter und Mitchell werden durch eine Phasenverschiebung in eine andere Dimension gezogen. Für alle anderen sind die beiden von nun an völlig unsichtbar. Im Stargate-Center herrscht wegen ihres Verschwindens helle Aufregung. Unterdessen folgt Teal'c einem Hilferuf der Sodan. Unbemerkt schließt sich Mitchell der Mission an.
Vala nimmt mit Hilfe eines alten Gerätes der Antiker Kontakt mit dem Stargate-Center auf. Genauer: Sie hat sich in Daniel Jacksons Körper transferiert, um dem SG-1-Team Informationen über die Ori zukommen zu lassen. Die bereiten offenbar einen Angriff auf die Erde vor.
Valas Warnungen vor den Ori bleiben nicht ohne Wirkung. Mitchell und das SG-1-Team machen sich auf die Suche nach einem Waffensystem der Antiker, mit dem man die Ori angeblich besiegen kann. In Merlins Bibliothek in Camelot werden sie fündig. Doch das Gerät wird von einem schwarzen Ritter bewacht.
Die Ori haben die gesamte Flotte der Tauri und der Jaffa vernichtet. Bei Vala setzen unterdessen die Wehen ein. Doch das Kind wird ihr sofort weggenommen. Carter hat die Schlacht überlebt und treibt hilflos im All. Es gelingt ihr, Kontakt mit Mitchell aufzunehmen. Auch Daniel Jackson hat überlebt: Er konnte sich mit dem Ringtransporter auf eines der Schiffe der Ori retten.
Das SG-1-Team unternimmt eine Mission zu einem Planeten, auf dem ständige Nacht herrscht. Da kommt es zu rätselhaften Todesfällen. Jeder, der auf dem Planeten einschläft, ist kurze Zeit später tot. Teal'c und Cameron finden heraus, dass offenbar ein Parasit dahintersteckt. Unterdessen wird Vala im Stargate-Center auf Herz und Nieren geprüft. General Landry muss entscheiden, ob sie zum SG-1-Team zurückkehren kann.
Daniel und Vala reisen nach Atlantis. Dort in der Bibliothek soll eine geheime Waffe gegen die Ori versteckt sein. Währenddessen schließen sich Mitchell und Carter mit Dr. McKay zusammen, um sich in das Supergate der Ori einzuloggen.
Das SG-1-Team sieht sich mit einem alten Feind konfrontiert: Ba'al. Doch das Team nimmt nicht nur ihn gefangen, sondern auch einige Klone. Jetzt gilt es herauszufinden, wer der wahre Ba'al ist. Währenddessen muss sich General Landry mit Agent Barrett und dessen Organisation N.I.D. auseinandersetzen.
Teal'c unterstützt das SG-3-Team bei einer Mission. Dabei stoßen sie auf einen brutalen Außerirdischen, der alle tötet, die sich ihm in den Weg stellen. Das SG-1-Team greift ein und entdeckt, dass ein Parasit Schuld an dem Verhalten des Aliens ist. Zunächst vermuten Mitchell und seine Kollegen, dass die Ori dahinter stecken. Doch dann finden sie die schockierende Wahrheit heraus.