Doggett findet aufgrund eines anonymen Hinweises eine in die Wand eines Mietshauses eingemauerte Frauenleiche. Mithilfe der scharfsinnigen Analysen des jungen FBI-Kadetten Rudolph Hayes recherchieren die Agenten, dass der Täter noch einen weiteren Mord begangen hat und auch der Mörder von Doggetts Sohn Luke ist. Doggett setzt alle Hebel in Bewegung, um den Killer zu überführen. Doch der erweist sich als harter Brocken, der offensichtlich besonderen Schutz genießt.
In der Nähe eines unscheinbaren Vorstadthauses bei Los Angeles werden kurz hintereinander zwei junge Männer tot aufgefunden. Offenbar sind sie durch das Dach geschleudert worden und stürzten aus großer Höhe zu Boden. Die Agents Doggett und Reyes nehmen das fragliche Haus unter die Lupe und entdecken einen sonderbaren Bewohner.
Als Scully entdeckt, dass Haushälterin Lizzie ihre Vitaminpillen manipuliert, gesteht diese, seit Jahren daran zu arbeiten, Klone aus einer menschlichen Eizelle und außerirdischer DNS zu produzieren. Scullys Baby sei etwas ganz Besonderes, ein perfektes Kind ohne menschliche Schwächen. Aus diesem Grund sei auch Miles hinter Scully her. Er scheint eine Art neuer Alien zu sein, mit dem die Außerirdischen die Erde erobern wollen - und offenbar ist er nicht der einzige seiner Art.
Doggett und Agentin Monica Reyes wollen die hochschwangere Scully außerhalb von Washington in Sicherheit bringen. In Doggetts Geburtsort, einem verlassenen Nest in Georgia, bringt Scully ihr Baby zur Welt. Inzwischen haben Mulder und Doggett herausgefunden, dass die obskuren Informanten Knowle Rohrer und Alex Krycek offenbar auch zu der neuen Spezies von Aliens gehören und gute Verbindungen zur FBI-Zentrale haben.
Agent John Doggett und seine Kollegin Monica Reyes erhalten einen anonymen Hinweis auf einen mysteriösen Todesfall: Carl Wormus, Leiter der Umweltschutzbehörde, ist mit seinem Wagen in den Potomac gestürzt und ertrunken. Doch Scully stellt bei einer Autopsie fest, dass Wormus von jemandem getötet worden sein muss. Als kurz darauf ein Mitarbeiter des Wasserwerks ums Leben kommt, der mit Chloramin zu tun hatte, beschließen Doggett und Reyes, dort ein wenig herumzuschnüffeln.
Doggetts Lebensretterin Shannon McMahon berichtet ihm über biotechnische Manipulationen, durch die sie zur unverwundbaren Supersoldatin wurde. Mittels manipulierten Chloramins im Trinkwasser sollen nun aus der US-Bevölkerung immer mehr ihrer Sorte entstehen. Die Ermittlungen führen Doggett und Reyes zu einem Navy-Schiff, das sich als riesiges Genlabor erweist.
Als ein älteres Ehepaar offenbar Opfer eines satanischen Ritualmords wird, glaubt Agentin Monica Reyes, die Anwesenheit des Bösen zu spüren. Aber Doggett misstraut ihren Empfindungen. Wenig später meldet eine Nervenklinik die Flucht eines gefährlichen Patienten und eines Aufsehers. Darauf verhören Doggett und Reyes in der Klinik den Patienten Joseph Kobold, der zuletzt mit den Verschwundenen zusammen war. Joseph scheint ein dunkles Geheimnis zu haben.
Agent Doggett wird von einem mutmaßlichen Frauenmörder angeschossen und erleidet so schwere Verletzungen, dass er querschnittsgelähmt bleibt. Doch bei genauerer Untersuchung erweist sich, dass die Kugel, die ihn getroffen hat, aus Monica Reyes' Waffe stammt. Reyes ist jedoch sicher, dass Doggett bei ihr war, als sie telefonisch erfuhr, er sei niedergeschossen worden. Die Wahrheit lässt sich, wie Reyes spekuliert, nicht in unseren gewohnten Dimensionen finden.
An einer High School in New Jersey stirbt ein Junge bei einer Stunt-Show. Doggett und Reyes ermitteln in dem Fall und machen die überraschende Entdeckung, dass nicht der Unfall, sondern eine Unmenge Fliegen am Tod des Schülers schuld waren: Sie haben sein Gehirn regelrecht ausgehöhlt, so dass sein Schädel bei dem Crash kollabiert ist. Als auch der Veranstalter der Stunt-Show von Fliegen angegriffen wird, führt die Spur zu Dylan, dem Sohn der Direktorin.
Ein mysteriöser Informant nimmt Kontakt zu Doggett und Reyes auf und will die Namen der genetisch manipulierten Supersoldaten nennen, mit denen die Agenten zuletzt zu tun hatten. Dieser "Schattenmann" will allerdings nur mit dem verschwundenen Mulder sprechen, der als einziger die richtigen Verbindungen herstellen könne. Scully lässt sich nach langem Zögern erweichen, den Kontakt mit Mulder aufzunehmen.
John Doggett erwacht ohne Gedächtnis irgendwo in Mexiko. Während Reyes, Scully und Direktor Skinner in den USA versuchen zu rekonstruieren, was mit ihm geschehen ist, wird John von der mexikanischen Polizei ins Gefängnis geworfen. Dort stößt er einen Helfer, der ihm zur Freilassung, aber nicht zur Freiheit verhilft.
Eine Mordserie in dem Ort Novi in Virginia ruft die Agents Reyes und Doggett auf den Plan: Zwei Männer aus einer Therapiegruppe ehemaliger Strafgefangener sind bei lebendigem Leib gehäutet worden. Der Verdacht fällt auf ein weiteres Gruppenmitglied, doch dieser Mann wird von schrecklichen Visionen gequält. Reyes findet heraus, dass es für die Mordserie ein historisches Vorbild gibt.
Weil er der Auffassung ist, dass die Menschen ihn betrogen haben, ergreift Todd die Befehlsmacht auf der Daedalus. Er verlangt von Sheppard (Joe Flanigan), die Koordinaten des Attero-Geräts preiszugeben. Sollte dieser nicht kooperieren, droht er damit, Woolsey und die anderen zu ermorden. Glücklicherweise konnten Ronan (Jason Momoa) und Dr. Keller (Jewel Staite) zuvor entwischen. Ihnen gelingt es, das Waffensystem und den Hyperantrieb des Schiffes lahmzulegen. Doch Todd hat nach Ronans Sabotage vor, die Daedalus selbst als Waffe zu nutzen.
Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Team statten Dr. Beckett auf seinem abgeschiedenen Planeten einen Besuch ab. Der hat es sich zur Aufgabe gemacht, sowohl die Einheimischen als auch die Balarer, Überlebende einer Plage, zu verpflegen. Aus heiterem Himmel tauchen die Wraith auf und fordern die Auslieferung der Balarer. Diese sind aufgrund der überwundenen Plage immun gegen deren Saugattacken. Die Wraith vergiften sich sogar regelrecht an deren Lebensenergie. Sheppard hat einen Plan, doch der Feind rückt früher als erwartet mit Verstärkung an.
Sheppard (Joe Flanigan) und sein Team erhalten eine Einladung anlässlich der Gründung einer Allianz zwischen den menschlichen Bewohnern in der Pegasusgalaxie. Doch der Empfang entpuppt sich für die Vertreter Atlantis' als äußerst unfreundlich. Kurz nach der Ankunft soll sich das Team vor einem Rat für mehrere Verbrechen in der Pegasusgalaxie verantworten. Sollte Sheppard und seine Kollegen für schuldig befunden werden, droht ein Leben im Exil. Ihre einzige Hoffnung ist Woolsey (Robert Picardo) und sein juristisches Fachwissen.
Atlantis wird durch einen Hackerangriff in absolute Dunkelheit getaucht. Der einzige, nicht betroffene Ort ist der weiter oben gelegene Kontrollraum. Sheppard (Joe Flanigan) und Mckay (David Hewlett) versuchen, zu Fuß dorthinzugelangen. Auf dem Weg müssen sie feststellen, dass die Eindringlinge eine Barriere um den Kontroll- und den Gateraum gezogen haben. Teyla (Rachel Luttrell) wird indessen klar, dass es sich bei einem der Eindringlinge um den Wraithhybriden Michael handelt, der vorhat, sie zu kidnappen.
Während einer Expedition wird Colonel Sheppard (Joe Flanigan) von einem alten Gegenspieler in die Falle gelockt und gefangen genommen. Der Widersacher Sheppards hat es offensichtlich auf dessen Identifikationscode abgesehen. Zeitglich erfährt Woolsey (Robert Picardo), dass er befördert wurde und auf die Erde zurückkehren soll. Da er es aber vorzieht auf Atlantis zu bleiben, versucht er mit Hilfe einer neuen Bekannten, die Entscheidung anzufechten. McKay (David Hewlett) und Zelenka untersuchen eine Sonde, die auf Atlantis gelandet ist, aber offensichtlich an ein anderes Ziel gelangen sollte.
Das Außenteam der Enterprise infiziert sich bei einem Einsatz mit einer merkwürdigen Erkrankung. Pike und Spock untersuchen derweil, warum die Kolonie der Illyrianer verschwunden ist.
Während einer Mission zu einem Kolonieplaneten wird die Enterprise von unbekannten Feinden attackiert. Nur La'An Noonien Singh weiß mehr über die Angreifer, denn sie war bei ihnen in Gefangenschaft.
Auf dem Weg zu einem Außenposten stoßen die Starsheriffs auf einen intergalaktischen Wanderzirkus. Während sich Saber Rider in Artistin Lila verguckt, schmiedet Direktor Mr. Big Top finstere Pläne.
Rachel Weisz und Brendan Fraser auf turbulenter Mumienjagd im Wüstensand: effektvolles Reboot des 30er-Jahre-Gruselklassikers mit viel Indiana-Jones-Action, Witz und Effektezauber.
In "Sci_Xpert - Leschs Universum" beantwortet Astrophysiker Prof. Dr. Harald Lesch in 35 Episoden Zuschauerfragen zu allen erdenklichen Phänomenen der Science-Fiction auf seine ganz spezielle Art und Weise: wissenschaftlich, verständlich und unterhaltsam. Harald Lesch ist seit 1995 Professor für Theoretische Astrophysik an der Ludwig-Maximilians-Universität und seit 2002 Lehrbeauftragter Professor für Naturphilosophie an der Hochschule für Philosophie in München.
Ba'al, einer der Systemlords, ist auf der Erde untergetaucht. Lieutenant Colonel Mitchell und das SG-1-Team wollen ihn festnehmen. Doch Ba'al droht damit, an einem geheimen Ort eine Bombe zu zünden.
Das SG-1-Team spürt den Unterschlupf der Jaffa-Krieger von Sodan, die 500 Jahre zuvor gegen ihren Systemlord aufbegehrten, auf. Es kommt zum Gefecht. Mitchell wird dabei schwer verletzt und verschleppt. Die Jaffa-Krieger zwingen ihn, für einen Kampf um Leben und Tod zu trainieren.
In einem verlassenen Labor der Goa'uld entdecken Mitchell und das SG-1-Team einen menschlichen Goa'uld-Hybriden, den Prototyp für einen unbezwingbaren Superkrieger. Sie bringen ihn zur Erde, um an ihm zu forschen, und machen bald eine verblüffende Entdeckung: Der Hybrid trägt offenbar die DNA ihres einstigen Erzfeindes Anubis in sich.
Ein Mitglied des SG-1-Teams infiziert sich mit einer schrecklichen Krankheit der Ori. Innerhalb kurzer Zeit breitet sich die Seuche in Amerika aus. Da taucht Orlin auf und bietet seine Hilfe an. Er will verhindern, dass die Ori die Situation ausnutzen und die Herrschaft in der Galaxie an sich reißen. Gemeinsam mit Sam macht er sich daran, ein Heilmittel zu finden.
Auch zahlreiche Mitglieder des SG-1-Teams sind inzwischen mit der furchtbaren Ori-Seuche infiziert. Orlin und Sam suchen fieberhaft nach einem Heilmittel. Doch dazu benötigen sie die DNS eines Priors. Mitchell und Daniel machen sich auf, um mit Hilfe von Sams neuentwickelter Waffe einen Prior gefangen zu nehmen.
Das SG-1-Team reist zum Planeten Galar, um diplomatische Beziehungen aufzunehmen. Doch die Mission steht unter keinem guten Stern: Mitchell wird völlig überraschend des Mordes angeklagt. Er hat die Tat zwar nicht begangen, doch merkwürdigerweise spielt ihm sein Gedächtnis vor, tatsächlich schuldig zu sein.
Böse Überraschung im Stargate-Center: Von einer Mission kommt das SG-1-Team in doppelter Ausführung zurück. Die Kopien von Sam, Daniel und Teal'c sind genetisch nicht von den Originalen zu unterscheiden und sorgen für heftige Verwicklungen.
Ba'al entführt Mitglieder des Hohen Rates der Jaffa und unterzieht sie einer Gehirnwäsche. So will er die Jaffa unter seine Kontrolle bringen. Währenddessen steht Mitchell vor einer schwierigen Entscheidung: Er weiß nicht, ob er einem sterbenden Freund Details über das Programm von SG-1 verraten kann.
Das SG-1-Team reist mit der "Prometheus" nach Tegalus. Dort wollen sie verhindern, dass eine von den Ori gelieferte Waffe gegen die Caledonians eingesetzt wird. Doch nichts läuft nach Plan: Die ganze Mission gerät in Gefahr, als Daniel gefangen genommen wird und die "Prometheus" unter Beschuss gerät.