Schwester Clarice freundet sich mit Amanda Graystone an. Zoe weiß, dass Clarice nach ihr sucht und vielleicht verhindert, dass sie Caprica verlässt. Also drängt sie Lacy, alles für ihre Abreise vorzubereiten, während sie selbst - in Zylon-Form - ihre Flucht aus dem Labor ihres Vaters plant. Joseph Adama hat unterdessen Tad Thorean ausfindig gemacht und lässt sich von ihm zeigen, wo er Tamaras Avatar findet. Tad erklärt ihm, dass sie nicht echt ist, doch das sieht Joseph etwas anders.
In New Cap City folgt Joseph Adama weiterhin Emmanuelle, die ihn mit einer Droge bzw. einem Hack bekannt macht, die ihn im Spiel hält. Er hat Probleme mit der Gewalt, die er dort vorfindet, doch sein Bruder Sam hat einen Vorschlag für ihn. Daniel Graystone ist unterdessen überzeugt, dass Zoes Avatar nicht verloren gegangen ist, sondern sich in dem Zylon befindet. Er glaubt, dass er sie erreichen kann, doch sie ist ihm einen Schritt voraus. Amanda sieht weiterhin ihren toten Bruder und hat Flashbacks zu der Nacht seines Todes.
Da die Aktien seiner Firma fallen und er den Vertrag, in einem Monat, 100.000 Zylonen zu liefern, nicht erfüllen kann, muss Daniel sein Sportteam an Tomas Vergis verkaufen. Da er nur eine Woche Zeit hat, um die kopierten MCPs auszuliefern, beschließt er, den Chip zu bereinigen und eine leere Kopie herzustellen. Diese Entscheidung zwingt Zoe dazu, sich zu erkennen zu geben. Schwester Clarice beschließt unterdessen, Barnabas zur Rede zu stellen.
Michael Kenmore (Connor Trinneer) hat sich wieder in einen Wraith verwandelt und nähert sich mit seinem Raumschiff der Stadt Atlantis. Er will der Stargate-Crew einen Vorschlag unterbreiten. Wenn ihm Dr. Becketts (Paul McGillion) Retrovirus ausgehändigt wird, mit dem sich die Wraith in Menschen verwandeln können, dann werden die Stadt und die Erde von weiteren Angriffen verschont.
Die Allianz mit den Wraith war nicht von langer Dauer: Zwei Wraith-Schiffe befinden sich direkt auf dem Weg zur Erde. Zu allem Übel wurden Dr. McKay und Ronon Dex gekidnappt. Das Atlantis-Team sucht fieberhaft nach einem Weg, die Angreifer aufzuhalten. Colonel Sheppard konnte sich gerade noch mit seiner F-302 unbemerkt an eines der Schiffe heften. Dr. Weir macht sich unterdessen ebenfalls zur Verfolgung auf, obwohl die Daedalus schwer beschädigt wurde.
Colonel Sheppard und das Stargate-Team sind nach Atlantis zurückgekehrt. Aber dort erwartet sie bereits das nächste Problem: Die Besatzung des gekaperten Wraith-Schiffes wurde durch das Retrovirus in Menschen verwandelt. Nun muss die Atlantis-Crew entscheiden, was mit den menschlichen Wraith geschehen soll. Unterdessen kündigt sich neuer Ärger ein: Richard Woolsey von der IOA ist eingetroffen, um die Situation in Atlantis genauer unter die Lupe nehmen.
Major Sheppard und sein Team stoßen während einer Erkundungsmission auf ein merkwürdiges kleines Dorf. Dessen Bewohner scheinen ihrem Anführer Lucius völlig hörig zu sein. Auch Dr. Beckett lässt sich von Lucius schnell einwickeln und erklärt sich bereit, ihn nach Atlantis mitzunehmen. Ein schlimmer Fehler. Mithilfe einer Droge gelingt es dem hinterlistigen Scharlatan in kurzer Zeit sämtliche Bewohner abhängig zu machen.
Während einer Mission auf einem fremden Planeten geraten Colonel Sheppard, Teyla und Ronon in einen Hinterhalt und werden gefangen genommen. Es stellt sich heraus, dass Ronon bereits zuvor auf dem Planeten war und damals unbeabsichtigt die Wraith auf die Bewohner aufmerksam machte. Als die Wraith angriffen, konnten die Siedler einen Pakt aushandeln: Sie versprachen, Ronon an die Wraith auszuliefern, sollte er jemals wieder den Planeten betreten.
Das Atlantis-Team entdeckt die Koordinaten eines alten Außenpostens der Antiker. Dr. Weir und Colonel Sheppard machen sich sofort auf den Weg und sind verblüfft als sie tatsächlich lebende Antiker antreffen. Dr. Weirs Hoffnung, endlich Verbündete im Kampf gegen die Wraith gefunden zu haben, wird aber sofort jäh zerstört. Denn Oberoth, der Anführer der Basis, verweigert kategorisch jede Hilfe. Schlimmer noch: Als das Atlantis-Team wieder abreisen will, lässt er es gefangen nehmen.
Dr. Weir traut ihren Augen nicht, als sie sich plötzlich in einer psychiatrischen Klinik auf der Erde unweit von Washington D.C. wiederfindet. Noch unglaublicher ist, was ihr die Ärzte erzählen: Angeblich sind ihre Erlebnisse in Atlantis lediglich ein Produkt ihrer Phantasie. Sogar General O'Neill bestätigt die Version der Psychiater. Doch Dr. Weir ist misstrauisch, denn sie wird immer wieder von beunruhigenden Visionen über Atlantis heimgesucht.
Das Atlantis-Team gerät auf einem abgelegenen Planeten in einen Hinterhalt: Kolya, der aus der Regierung der mit der Erde verbündeten Genii verbannt wurde, nimmt Colonel Sheppard gefangen. Als Gegenleistung für Sheppards Freilassung fordert er die Auslieferung von Ladon Radim, dem Anführer der Genii. Unterdessen schmiedet Sheppard in seinem Gefängnis Fluchtpläne. In einem mitgefangenen Wraith findet er unerwartet einen Verbündeten.
Dr. McKay erfährt, dass seine Schwester Jeannie Miller ausgerechnet an dem mathematischen Beweis arbeitet, den er für seine Forschungen benötigt. Obwohl das Verhältnis der Geschwister nicht gerade das Beste ist, holt McKay sie nach Atlantis, damit sie ihn bei seinen Forschungen unterstützt. Und tatsächlich gelingt es McKay mit ihrer Hilfe erstmals, Energie aus einem Paralleluniversum zu importieren. Doch dabei gelangt auch ein Doppelgänger McKays nach Atlantis.
Von einer Erkundungstour kehren Major Leonard und sein Team nicht zurück. Colonel Sheppard macht sich mit einem Suchtrupp auf den Weg. Auf dem Planeten stoßen sie auf mehrere tote Genii und auch Leonards Männer finden sie nur noch tot vor. Nur Leonard selbst bleibt verschwunden. Unterdessen stößt Sheppard in einer Höhle auf einen Generator der Wraith, der offenbar gefährliche Halluzinationen auslöst.
Die Crew der Daedalus testet eine neue intergalaktische Brücke, über die es möglich ist, schnell auf die Erde zu gelangen. Dabei stößt sie auf ein bemanntes Raumschiff der Antiker. Das Schiff wurde im Kampf mit den Wraith beschädigt und will nun nach Atlantis zurück. Für die Stargate-Crew heißt das: Koffer packen! Denn die Antiker fordern, dass alle bis auf Woolsay Atlantis verlassen. Doch den Teammitgliedern fällt es schwer, sich in ihr altes Leben auf der Erde wieder einzufügen.
Die Replikatoren greifen Atlantis an. Kein einziger der Antiker überlebt. General O'Neill und Richard Woolsay konnten sich in einem verlassenen Bereich der Stadt verstecken. Colonel Sheppard schmiedet unterdessen von der Erde aus Pläne, wie er O'Neill und Woolsay in Sicherheit bringen kann. Die Zeit drängt denn General Landry plant unterdessen, ganz Atlantis durch eine Atombombe zu zerstören.
Teyla sieht in rätselhaften Visionen die Geister der bei dem Angriff der Replikatoren getöteten Antiker. Die haben offenbar eine Botschaft für das Stargate-Team. Doch die Athosianerin kann die Nachricht nicht genau entschlüsseln. Plötzlich tauchen auch noch zahlreiche Wale vor der Stadt auf. Noch kann sich keiner erklären, wie die Rufe der riesigen Tiere mit Teylas Visionen in Verbindung stehen.
Der Atlantis-Crew kommen immer wieder Geschichten von einem Helden zu Ohren, der angeblich gegen die Wraith und die Genii siegreich gewesen ist. Colonel Shepherd und sein Team gehen der Sache auf den Grund und erleben prompt eine unangenehme Überraschung. Bei dem Helden handelt es sich um den Hochstapler Lucius, der in Atlantis bereits zuvor für reichlich Aufregung gesorgt hat. Und noch ein weiterer Bekannter sorgt für Ärger: Kolya überfällt das Stargate-Team.
Dr. McKay will in Atlantis alle Geräte ausschalten, die nicht unbedingt benötigt werden. Dabei wird er plötzlich von einem mysteriösen Blitz getroffen. Offenbar kam dieser aus einer Maschine der Antiker. Besorgt lässt er sich von Dr. Beckett untersuchen. Festzustellen ist zunächst nichts. Doch dann beginnt McKay übermenschliche Fähigkeiten zu entwickeln. Aber das bringt auch Gefahren mit sich.
Pyrotechnik, Stunts, Tricks - und Bruce Willis in der Rolle seines Lebens als sprücheklopfender Einzelkämpfer. - Friedliche Weihnachten sind Cop McClane (Bruce Willis) nicht vergönnt. Pünktlich zum Fest bringen Terroristen den Flughafen von Washington unter ihre Kontrolle. Sie wollen den südamerikanischen Drogenboss Esperanza freipressen. Während sie zur Machtdemonstration eine Passagiermaschine am Boden zerschellen lassen, nimmt McClane den Kampf im Alleingang auf.
Picard und die Titan-Crew sind auf der Flucht vor der Sternenflotte. Raffi, Worf und Picard tüfteln einen Plan aus, um in die schwer gesicherte Daystrom Station einzudringen.
Nur noch 36 Stunden bis zum Frontier Day - und dem befürchteten Anschlag. Picard will Vadic in eine Falle locken. Jack stellt beunruhigende Veränderungen an sich fest.
Vadic hat die Titan unter ihre Kontrolle gebracht. Sie droht Crew-Mitglieder hinzurichten, sollte Jack sich nicht stellen. Im Körper des Androiden kämpfen Data und Lore um die Vorherrschaft.
Deanna gelingt es, die rote Tür in Jacks Unterbewusstsein zu öffnen ¿ und macht dahinter eine schreckliche Entdeckung. Jetzt liegt es an Picard und der Crew, die Föderation vor der Vernichtung zu retten.
Mit der restaurierten Enterprise-D machen Picard und seine Crew die Position des Borg-Kubus ausfindig und starten ihre letzte Mission. Auf der Titan kämpfen Seven und Raffi gegen die Crew.
Pyrotechnik, Stunts, Tricks - und Bruce Willis in der Rolle seines Lebens als sprücheklopfender Einzelkämpfer. - Friedliche Weihnachten sind Cop McClane (Bruce Willis) nicht vergönnt. Pünktlich zum Fest bringen Terroristen den Flughafen von Washington unter ihre Kontrolle. Sie wollen den südamerikanischen Drogenboss Esperanza freipressen. Während sie zur Machtdemonstration eine Passagiermaschine am Boden zerschellen lassen, nimmt McClane den Kampf im Alleingang auf.
Daniel betrauert den Verlust seines Unternehmens, seiner Tochter und seiner Frau. Vergis hat Graystone Industries übernommen und hat mit der Massenproduktion von Zylonen begonnen. Daniel sucht Joseph und den Guatrau auf, damit sie ihn gegen Vergis unterstützen. Zoe betritt New Cap City, während Clarice die STO auf Gemenon besucht, aber Schwierigkeiten hat, sie von ihrer Vision der Apotheose zu überzeugen.
Clarice übt rücksichtslos ihre Macht als neues Oberhaupt der STO auf Caprica aus. Sie will ihren Kleinkrieg mit Barnabas ein für alle mal beenden. Agent Durham hilft Amanda dabei, eine alarmierende Entdeckung zu machen. Daniel bereitet sich unterdessen darauf vor, seine Firma zurückzugewinnen, indem er Sam und Joseph Material beschaffen lässt, um die Vorstandsmitglieder zu erpressen, damit sie ihn zurückwählen.
Sam Adamas leidet unter dem fortdauernden Krieg auf Tauros, in dem auch seine Eltern ums Leben kamen. Er will durch illegale Waffengeschäfte helfen, bringt jedoch sein Leben in Gefahr, als er von einer rivalisierenden Gang erwischt wird. Unterdessen freundet sich Amanda weiter mit Clarices Familie an, um mehr über sie herauszufinden, und Daniel erfährt von verstörenden Vorkommnissen in seiner Firma.