Überraschend taucht Agent Spenders Mutter Cassandra wieder auf. Sie erzählt Mulder und Scully eine unglaubliche Geschichte. Einem Forscherteam unter der Leitung des geheimnisvollen Rauchers sei es gelungen, einen Alien-Mensch-Hybriden zu schaffen: Sie selbst.
Der geheimnisvolle Raucher enthüllt Mulder die ganze Wahrheit über die Entwicklung eines Alien-Mensch-Hybriden und die Verschwörer, die seit dem Vorfall in Roswell an dem Projekt arbeiten. Zudem gibt er Mulder einen Tipp, wie er und Scully sich vor der bevorstehenden Invasion durch die Aliens retten können. Mulder versucht, das Schlimmste zu verhindern.
FBI-Agent Dale bittet Mulder und Scully um Hilfe bei einem rätselhaften Fall: In Florida soll eine ganze Familie von einem Wesen getötet worden sein, das ausschließlich aus Wasser zu bestehen scheint. Scully hält Dales Theorie für blanken Unsinn. Während ein Hurrikan Florida bedroht, wird sie aber eines Besseren belehrt.
Dr. MacKay erwacht in seinem Labor, ohne jede Erinnerung, wo er ist und wer er ist. Auf einem Computer entdeckt er eine Videobotschaft von sich selbst, in der er sich auffordert Teyla zu suchen. Nur sie könne eine schreckliche Katastrophe verhindern. Offenbar breitet sich in Atlantis ein schrecklicher Virus aus, der allen die Erinnerung nimmt.
Teyla und Dr. Keller sollen auf dem neuen Planeten der Anthosianer nach dem Rechten sehen. Doch von Teylas Leuten fehlt jede Spur. Zudem stoßen die beiden auf Zeichen eines Kampfes. Bevor Teyla und Keller die Suche aufnehmen können werden sie von einer Horde von Kriegern angegriffen: Es handelt sich um Mitglieder der berüchtigten Bola Kai, eines Volkes sadistischer Killer.
Das Atlantis-Team trifft auf einen Mann mit hellseherischen Fähigkeiten. Der Seher sagt voraus, dass Sheppards Team bald in einen Hinterhalt der Wraith geraten wird. Durch die Prophezeiung gewarnt, kann Sheppard einen Wraith gefangen nehmen. Der berichtet, dass die Replikatoren in ihrem Krieg gegen die Wraith inzwischen ganze Zivilisationen ausrotten, um ihnen so die Nahrung zu nehmen. Der Gefangene will sich mit dem Atlantis-Team verbünden, um die Replikatoren zu stoppen.
Jeanie Miller, Rodney McKays Schwester, wird aus ihrem Haus in Vancouver entführt. McKay, Sheppard and Ronon machen sich sofort auf den Weg zur Erde, um sie zu suchen. Dr. McKay stellt schnell fest, dass offenbar Jeanies Computer angezapft wurde, und verfolgt diese Spur bis zu einem Bürogebäude, ohne sich von Sheppard und Ronon absichern zu lassen. Prompt erweist sich die Spur als eine Falle: Der Industrielle Henry Wallace kidnappt McKay und will ihn zwingen, seine todkranke Tochter zu retten.
Eine rätselhafte Raumsonde wird in Atlantis gefunden. Colonel Sheppard ist überzeugt, dass von ihr Gefahr für die Station ausgeht. Er soll Recht behalten: Die Sonde zerstört sich in Dr. McKays Labor selbst und verursacht eine riesige Explosion. Danach häufen sich in Atlantis mysteriöse Ereignisse. Was Sheppard besonders beunruhigt: Er verfügt plötzlich über rätselhafte Selbstheilungskräfte.
Als das SG-1 Team den Planeten P4S 237 besucht, wird es voller Freude von den unterdrückten Bewohnern empfangen. Man hält sie für die Befreier, die in einer alten Prophezeiung erwähnt wurden. Jonas jedoch plagen finstere Vorahnungen, die Übelkeit und Bewusstlosigkeit auslösen. Dr. Frasier stellt einen Gehirntumor bei ihm fest und bereitet sofort die Operation vor. Doch noch bevor der Eingriff stattfinden kann, hat Jonas eine schlimme Vision, in der er seine Kollegen in höchster Gefahr sieht.
Jack O'Neill bekommt Besuch von Daniel Jackson, der ihm eine Horrormeldung überbringt: Anubis sucht auf dem Planeten Abydos nach einem ganz besondern Schmuckstück. Vom "Auge des Ra" existieren insgesamt sechs Exemplare, fünf davon beisitzt Anubis bereits. Sollte er die sechste Kette finden, hätte er unbeschreibliche Macht. Jack bricht auf, um Anubis zuvor zu kommen und die Menschen auf Abydos vor dem sicheren Tod zu bewahren. Kurz nach seiner Ankunft kommt es auf dem Planeten zu einem schrecklichen Unglück mit tödlichem Ausgang.
Beduinen finden auf einem entfernten Planeten Daniel Jackson, den seine Freunde beim SG-1 Team verloren geglaubt hatten. Daniel hat sein Gedächtnis verloren und hat keinerlei Erinnerung an seine Vergangenheit. Im Stargate Center entdeckt Jonas zufällig eine Spur seines Vorgängers und SG-1 bricht auf, um Daniel nach Hause zu holen. Aus Neugier folgt er seinen alten Freunden. Diese haben inzwischen recherchiert, dass die Verlorene Stadt, in deren Nähe sich Daniel aufhielt, für ihren Feind Anubis eine wichtige Rolle spielt und wollen ihn in eine Falle locken.
Anubis befindet sich mit Daniel als blindem Passagier und Jonas als Gefangenem auf den Weg zu Jonas' Heimatplaneten, da die Falle des SG-1 Teams in der Verlorenen Stadt nicht funktionierte. Er scheint es jetzt auf die explosiven Naquadah-Vorräte der Kelownaner abgesehen zu haben. Vertreter des Planeten bitten das Stargate-Team um Hilfe, da sie dringend ein spezielles Kristallgefäß benötigen, um ihr Naquadah sicher aufbewahren und schützen zu können.
Ein dreizehnjähriger Junge sorgt im Stargate Center für Verwirrung. Er behauptet Jack O'Neill zu sein und kann sich nicht nur an Details aus dessen Leben erinnern, sondern verhält sich auch wie er. Als Dr. Fraiser ihn untersucht und seine DNS völlig mit Jacks übereinstimmt, ist sich das Team sicher, seinen Colonel vor sich zu haben. Daniel meint, dass Jacks Verjüngung mit Versuchen zusammenhängt, die die Asgards mit Menschen machten. Doch die Ärztin entdeckt eine Anomalie in der DNS des jungen Jack, die bedeutet das der Junge ein Klon des wahren Jack ist.
Feindliche Jaffa verletzten Teal'c schwer. Da er seinen Symbionten, der ihn früher stets heilen konnte, nicht mehr in sich hat, ist seine Genesung sehr langwierig. Zumal Teal'c sich einredet, ohne seine Symbionten nicht mehr völlig gesund zu werden. Als er, noch völlig geschwächt, seine Freunde auf eine waghalsige Mission begleitet, ist es für seine Feinde ein Leichtes, ihn gefangen zu nehmen. Daniel wurde zuvor von Visionen heimgesucht, in denen er Teal'cs Sohn Rya'c und dessen Beschützer Bra'tac in großer Gefahr sah...
Das SG-1 Team reist auf einen Planeten, der durch einen Krieg verheerende Schäden erlitten hat. Es gibt nur wenige Überlebende, die in einer paradiesischen Landschaft unter einer großen Kuppel Zuflucht gesucht haben. Mit der Datenbank, die diese Kuppel steuert, sind alle Menschen, die darunter Leben vernetzt. Jack und sein Team bieten den Bewohnern an, sie auf einen anderen Planeten zu evakuieren, doch sie lehnen ab. Das SG-Team befürchtet das Schlimmste, als immer häufiger Menschen spurlos verschwinden und die restlichen Einwohner sich zunehmend sonderbar verhalten.
Das SG-Team geht an Bord des Raumschiffs 'Stromos', welches ziellos im All treibt. Dort entdecken sie eine Unmenge an Körpern, die sich im Kälteschlaf befinden. Einige von ihnen sind bereits tot. Kurz darauf erleiden die Mitglieder des SG-Teams eine Art Schock und verlieren das Bewusstsein. Während sich Teal'c, Jack O'Neill und Sam Carter schnell wieder erholen, geht es Daniel zunehmend schlechter. Die Seelen derer, die an Bord der "Stromos" starben, haben von seinem Körper Besitz ergriffen.
Archäologen finden auf dem Planeten P3X-403 eine große Naquadah-Mine. Als ein Geologe spurlos verschwindet, werden SG-1 und SG-3 um Unterstützung gebeten. Während Teal'c und seine Kollegen versuchen, den Vermissten aufzuspüren, stößt Daniel auf Beweise für die Existenz von Unas auf dem Planeten. Kurz darauf wird die Leiche des Vermissten gefunden und Colonel Edwards, der Leiter des Forschungsteams, wird von Unas angegriffen. Diese wollen die Mine schützen, da sie sie für einen heiligen Ort halten.
Captain Warrick macht Sam ein verlockendes Angebot. Wenn sie im einen Naquadah-Reaktor für sein Schiff Zerberus zur Verfügung stellt, gibt er ihr die Möglichkeit die Technologie seines Volkes, der Serrakin, zu studieren. Mit Hilfe des neuen Reaktors kann er an einem wichtigen Wettrennen teilnehmen. Sam begleitet Warrick als Cop-Pilotin zu dem großen Ereignis. Obwohl die Konkurrenz stark ist, liegen die beiden gut im Rennen, bis eine schreckliche Explosion das Schiff erschüttert. Offensichtlich wurde die Zerberus sabotiert, denn nun nimmt sie Kurs auf die Sonne.
Captain Pike kommt einem Shuttle zu Hilfe und trifft dabei auf seine alte Flamme Alora vom Planeten Majalis. Dessen Bewohner führen ein paradiesisches Leben - und zahlen dafür einen hohen Preis.
Die Enterprise verfolgt Raumpiraten, die Kolonisten gekidnappt haben - und gerät in eine Falle. Piraten-Captain Angel will mit der Aktion ihren Geliebten aus vulkanischer Gefangenschaft freipressen.
Die Enterprise bleibt in einem seltsamen Nebel stecken und die Crewmitglieder werden bewusstlos. Als sie wieder erwachen, scheinen sie allesamt Figuren aus einem Märchen zu verkörpern.
Pike sucht mit einem Team nach der vermissten U.S.S. Peregrine. Er findet sie ohne Crew auf einem Eisplaneten. Offenbar war eine Person an Bord mit gefährlichen Gorn-Eiern infiziert.
Gerade als Captain Pike glaubt, seinem Schicksal entkommen zu können, erhält er denkwürdigen Besuch: Sein zukünftiges Ich lädt ihn per Zeitsprung ein, in die Zukunft zu schauen.
Hintergründe und spannende Eindrücke vom großen Star Trek Fan-Event "Destination Star Trek".
Mulder steckt in einer Zeitschleife fest. Immer wieder erlebt er denselben Tag, der tragisch für ihn endet: Er gerät in einen Banküberfall und wird vom Täter getötet. Nur die Freundin des Täters scheint zu wissen, was passieren wird und versucht, Mulder zu warnen.
In einer luxuriösen Wohnanlage sind drei Ehepaare spurlos verschwunden. Getarnt als neue Bewohner nehmen Mulder und Scully die Ermittlungen auf. Schon bald stoßen sie auf einige Merkwürdigkeiten: In der Anlage gelten strenge und völlig absurde Verhaltensregeln.
Ein mysteriöser Wildhund soll mehrere Menschen getötet haben. Der Besitzer des Tieres, Dr. Detweiler, und die Biologin Karen glauben aber nicht, dass der Hund gefährlich ist. Karen bringt Mulder auf eine andere Spur: Sie hat Detweiler selbst in Verdacht.
Während eines Tornados verschwindet der Strafgefangene Pinker Rawls spurlos aus seiner Zelle. Kurz darauf wird die in zwei Hälften zerteilte Leiche des Gefängnisdirektors gefunden. Mulder ist überzeugt, dass Rawls der Täter ist. Doch dazu müsste Rawls durch geschlossene Türen gehen können.
Mulder und Scully ermitteln in einer Mordserie, bei der allen Opfern das Herz entfernt wurde. Mulder hat seinen neuen Nachbarn Padgett, einen jungen Schriftsteller, in Verdacht. Und tatsächlich findet er in dessen unfertigem Roman alle Morde bis ins Detail beschrieben.
Mulder spürt den Polizisten Arthur Dales auf, der 1947 in Roswell Dienst tat. Von ihm erfährt er eine unglaubliche Geschichte über die Baseball-Legende Josh Exley. Dales behauptet, dass Exley in Wirklichkeit ein Außerirdischer war.
Bei einer Messe für Militärtechnik in Las Vegas wollen die drei Verschwörungstheoretiker Byers, Langly und Frohike Geheimnisse der Rüstungsindustrie ausspionieren. Dabei sieht Byers seine Bekannte Suzanne Modesky wieder, die vor zehn Jahren von Geheimdienstlern entführt wurde. Byers bitte Scully um Hilfe.
In North Carolina verschwindet ein Ehepaar. Drei Tage später findet man die Vermissten vollständig skelettiert. Mulder und Scully untersuchen den Fall. Aber kurz darauf tauchen die Totgeglaubten wohlbehalten wieder auf. Sie behaupten, von Aliens entführt worden zu sein.
In Westafrika wurde ein rätselhaftes Täfelchen entdeckt, dass außerirdischen Ursprungs zu sein scheint. Dr. Sandoz bringt das Artefakt an die American University nach Washington. Kurz darauf verschwindet er spurlos. Mulder und Scully sollen der Sache auf den Grund gehen.