Mr. X macht Mulder auf einen mysteriösen Transport aufmerksam: In einem versiegelten Wagon eines Zuges soll ein rätselhaftes Wesen außer Landes gebracht werden. Trotz Warnungen dringt Mulder in den Zug ein, um der Sache auf den Grund zu gehen. Scully entdeckt unterdessen eine ehemalige Lepra-Kolonie und erfährt von den letzten Überlebenden die grausame Wahrheit über das Lager.
Mulder und Scully ermitteln in einer Mordserie: Alle Opfer wiesen die Wundmale Christi auf. Der zehnjährige Kevin zeigt ebenfalls die Stigmata und könnte dadurch in Gefahr geraten. Mulder glaubt jedoch nicht, dass Kevins Wunden echt sind. Scully ist allerdings anderer Ansicht.
SYFY zu Gast auf der Star Wars Celebration: Auf dieser Fan-Convention können kleine und große Sternenkrieger ihrer Begeisterung für die beliebteste Science-Fiction-Saga aller Zeiten nachgehen. Mit dabei: Kostüme und Kulissen, Fan-Artikel, Frage-Antwort-Runden mit den Machern der Filme und vieles, vieles mehr.
Atlantis wird von den grausamen Wraith belagert. Die Stargate-Crew will sich aber nicht einfach geschlagen geben. Von der Erde erreicht das Team außerdem Hilfe durch Raumschiff Daedalus und dessen Mannschaft um Colonel Steven Caldwell (Mitch Pileggi). Mit der Unterstützung fällt die Verteidigung leichter, doch ein Ende der Angriffe ist nicht in Sicht. Lieutenant Aiden Ford (Rainbow Sun Francks) scheint unterdessen nach seinem Zusammenstoß mit den Wraith seltsam verändert zu sein.
Als in der Daedalus mehrere Männer unter mysteriösen Umständen ums Leben kommen, hegt Dr. McKay (David Hewlett) einen schrecklichen Verdacht. Das Raumschiff wurde offensichtlich von einem Tod bringenden Virus der Wraith infiziert, um die Macht über die Daedalus zu übernehmen. Die Bekämpfung des Eindringlings stellt sich als äußerst schwierig heraus.
Auf einem fremden Planeten stößt das Stargate-Team auf einen toten Wraith. Offenbar wurde der Alien wegen seiner Enzyme getötet. Es ist schnell klar, dass der verschwundene Lieutenant Ford (Rainbow Sun Francks) dahinter stecken muss. Doch auf der Suche nach Ford geraten Teyla (Rachel Luttrell) und Major Sheppard (Joe Flanigan) in die Hände eines sogenannten 'Runners'. Dieser trägt seit Jahren einen Peilsender der Wraith im Körper und ist so ständig auf der Flucht vor den Außerirdischen. Er hat eine besondere Forderung an seine Gefangenen.
Dr. McKay (David Hewlett) und Lieutenant Laura Cadman (Jaime Ray Newman) geraten in die Schusslinie gegen die Wraith. Eigentlich müssten beide rematerialisiert werden, doch die Energie reicht nur aus, um McKay zu neuem Leben zu erwecken. Dann wird plötzlich klar, dass in dessen Körper auch Laura Cadmans Bewusstsein fortlebt.
Bei einem Erkundungsgang auf dem Planeten Olesia wird das Stargate-Team von barbarischen Angreifern überrascht. Bewohner des Himmelskörpers kommen zu Hilfe, doch Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Kollegen sind skeptisch. Schließlich wurde das Volk der Olesianer bisher von den Wraith verschont. Offensichtlich arbeiten diese mit den Feinden zusammen und das Gefängnis auf einer olesianischen Insel scheint damit in Zusammenhang zu stehen.
Während einer Mission trifft das SG-1-Team auf sehr freundliche und friedliche Aliens, die ein viel schlichteres Leben führen als die Menschen auf der Erde. Kurz darauf erkranken einige Bewohner des Planeten ernsthaft und eine regelrechte Seuchte bricht aus. Die plötzlichen Erkrankungen der Bewohner des Planeten legen den Verdacht nahe, dass der Ausbruch der Krankheit mit der Anwesenheit des SG-1-Teams zusammen hängt. Fieberhaft sucht das SG-1-Team nach einem Mittel, um zu verhindern, dass die gesamte Alien-Population ausgelöscht wird.
Die Reetou planen die Menschheit auszulöschen. Da ihr Planet von den Goa'Uld zerstört wurde, glauben sie nun sie können die Goa'Uld vernichten in dem Sie die Menschen als ihre potentiellen Träger töten. Eine einzige Bewohnerin ist gegen den Plan und hat ihren Sohn sichtbar gemacht und als Boten zum Team geschickt, um die Menschen zu warnen. Das Team beobachtet, dass der kleine Junge rasant wächst und bald sterben wird, wenn ihm nicht sofort geholfen werden kann. Zu dieser Sorge hinzu kommt die tödliche Bedrohung durch die Reetou, die sich vielleicht schon im Stargate-Center befinden.
Die Erschütterungen einer Sonneneruption katapultiert das SG-1-Team durch Raum und Zeit. Es landet im Jahr 1969 und wird gefilzt von einem jungen Soldaten namens Hammond, dem zukünftigen Vorgesetzten der Stargate-Truppe. Sam trägt einen Brief bei sich, den ihr Hammond vor ihrer Zeitreise zugesteckt hat. Dieser überzeugt den jungen Soldaten dem SG-1-Team zu helfen ein Stargate zu finden, das sie wieder zurück in ihre Zeit befördert. Dabei ist sie nächste Sonneneruption die einzige Möglichkeit, das Jahr 1969 zu verlassen.
Als Jack (Richard Dean Anderson) aus tiefem Schlaf erwacht umstehen in lauter fremde Menschen die behaupten, er habe knapp 80 Jahre lang im Kälteschlaf gelegen und Carter, Jackson und all die anderen seien genauso lange tot. Doch Jack erkennt, dass die Goa'ulds ihn in Hathors Festung entführt haben und mit diesem Trick wichtige Informationen von ihm erhalten wollen. Und Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) teilen sein Schicksal: Am Ende der Prozedur soll allen dreien eine Goa'uld-Larve eingepflanzt werden.
In Gefangenschaft der Goa'Uld müssen Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) hilflos mit ansehen, wie bei Jack (Richard Dean Anderson) eine Goa'Uld Larve eingepflanzt wird. Colonel Makepeace und sechs SG-Teams, die General Hammond (Don S. Davis) inzwischen losgeschickt hat, können die Beiden in letzter Minute vor demselben Schicksal retten. Zwar gelingt die Befreiung von Sam und Daniel doch macht ein Energiegürtel den Hathor um sein Hauptquartier gelegt hat, es unmöglich, dieses zu verlassen und das Stargate zu erreichen. Unterdessen wird Jack von einem Spion der Tok'Ra in eine Kryogen-Kammer eingesperrt, um dessen Symbionten zu töten.
Sams Vater Jacob (Carmen Argenziano) bittet das SG-1-Team um Hilfe bei seiner Suche nach dem ehemaligen verstoßenen Goa'Uld Systemlord Seth (Robert Duncan). Er vermutet, dass sich Seth auf der Erde versteckt. Bei Nachforschungen stellt sich heraus, dass Seth seit Tausenden von Jahren gewaltige Macht auf der Erde besitzt. Als verlogener Kultanführer scharrt er mithilfe einer Goa'Uld Droge eine Menge Menschen um sich. Unter Vorbehalt falscher Religionen führt er in Washington eine Sekte an, die das FBI bereits im Visier hat. Das Team macht sich auf den Weg zu Seths Hauptlager.
Der Anführer der Asgard Thor berichtet Jack (Richard Dean Anderson), dass die Herrscher des Goa'Uld Systems planen, die Erde anzugreifen und bietet ihm seine Unterstützung bei den Friedensverhandlungen an. Yu, Nirrti und Cronos, drei Goa'Uld System Lords, sind bei den Verhandlungen anwesend. Die Drei stimmten zunächst dem Angebot zu, doch dann werden Teal'C und Cronos schwer verwundet aufgefunden. Sam findet heraus, dass Nirrti den Kampf zwischen Teal'C und Cronos inszeniert hat, um ihre eigene Macht auszubauen. Die Friedensverhandlungen scheinen zu scheitern.
Während einer Routinemission findet SG 1 einen Raum indem sich Goa'Uld Leichen befinden, die offensichtlich eine Auseinandersetzung mit Systemlords hatten. Einer von ihnen hält eine Tafel. Als Daniel (Michael Shanks) diese berührt, beginnt er Stimmen zu hören und wird plötzlich von Horror-Visionen geplagt. Medizinische Untersuchungen offenbaren, dass er an Schizophrenie leidet. Doch dann übertragen sich die Anzeichen plötzlich auf Teal'C (Christopher Judge), der sterbenskrank davon wird. Jack und Sam untersuchen die Tafel, die Daniel berührt hat, da sie glauben, dass diese für die plötzlichen Erkrankungen verantwortlich ist.
Nach einer Reise des SG-1-Teams auf den Planeten der Orbaner, begleitet das Mädchen Merrin Jack (Richard Dean Anderson) zurück auf die Erde, um im Stargate Center einen Nacquadah Reaktor zu präsentieren. Jack und Sam wird bald klar, dass Merrin keine gewöhnliche Elfjährige ist, sondern extrem intelligent ist. Sie finden heraus, dass die verblüffende Intelligenz der Kinder auf diesem Planeten nicht natürlichen Ursprungs ist und die Kinder-Genies von den Orbanern als Wissenspeicher benutzt werden. Indem sich Jack für Merrin einsetzt, riskiert er vor das Kriegsgericht gestellt zu werden.
Das SG-1-Team ist erstaunt, als sie Doppelgänger von Sam und dem verstorbenen Major Kawalsky im geheimen Arreal 51 finden. Die Beiden stammen aus einer alternativen Realität. In ihrer Parrallelversion der Erde wurde die Menschheit von den Goa'Ulds angegriffen, was sie in die Flucht getrieben hat. In der alternativen Realität hatte Dr. Carter Jack geheiratet, der aber vor kurzem von den Goa'Uld getötet wurde. Daher flüchteten die Beiden durch den Quanten Spiegel und bitten nun das wahre SG-1 um Hilfe.
Die Konsequenzen intensiver Raumfahrt in den letzten 60 Jahren zeigen sich auch in Form von Weltraumschrott, der eine Gefahr für Raumschiffe darstellen kann. Im Jahr 2013 schätzten Experten, dass etwa 29.000 Objekte, die größer als 10 cm sind, die Erde umkreisen. Der Kurzfilm wurde für die 6. Europäische Konferenz zum Thema Weltraumschrott erstellt.
Die Enterprise verfolgt Raumpiraten, die Kolonisten gekidnappt haben - und gerät in eine Falle. Piraten-Captain Angel will mit der Aktion ihren Geliebten aus vulkanischer Gefangenschaft freipressen.
Die Enterprise bleibt in einem seltsamen Nebel stecken und die Crewmitglieder werden bewusstlos. Als sie wieder erwachen, scheinen sie allesamt Figuren aus einem Märchen zu verkörpern.
Pyrotechnik, Stunts, Tricks - und Bruce Willis in der Rolle seines Lebens als sprücheklopfender Einzelkämpfer. - Friedliche Weihnachten sind Cop McClane (Bruce Willis) nicht vergönnt. Pünktlich zum Fest bringen Terroristen den Flughafen von Washington unter ihre Kontrolle. Sie wollen den südamerikanischen Drogenboss Esperanza freipressen. Während sie zur Machtdemonstration eine Passagiermaschine am Boden zerschellen lassen, nimmt McClane den Kampf im Alleingang auf.
Scully wird von dem Außerirdischen als Geisel genommen und soll gegen Mulders Schwester Samantha ausgetauscht werden. Gemeinsam mit Direktor Skinner will Mulder den Außerirdischen während des Austausches töten. Doch der Plan schlägt fehl: Stattdessen wird Samantha getötet. Kurze Zeit später steht Mulder mehreren Frauen gegenüber, die genauso aussehen wie seine Schwester.
Mulder und Scully werden nach Fairfield in Idaho gerufen. In der kleinen Stadt häufen sich mysteriöse Todesfälle: In der Nähe des Zoos wurde ein Bauarbeiter von einem Elefanten zu Tode getrampelt, ein Tierschützer von einem Tiger zerfleischt. Das Mysteriöse daran: Keiner der Zeugen hat eines der Tiere am Tatort bemerkt.
Ein amerikanischer Zerstörer ist vor der Küste Norwegens verschwunden. Das einzige überlebende Besatzungsmitglied scheint um 60 Jahre gealtert zu sein. Mulder und Scully machen sich auf die Suche und finden das Schiff tatsächlich, allerdings in einem gespenstischen Zustand. Bis auf den Kapitän sind alle Besatzungsmitglieder tot, offenbar an Altersschwäche gestorben. Auch Mulder und Scully bemerken bald, wie sie sich verändern.
Scully und Mulder untersuchen eine rätselhafte Mordserie an missgebildeten Zirkusdarstellern. Zunächst tappen die beiden Agenten völlig im Dunkeln. Dann erfährt Mulder von einer alten Legende über die mörderische Fidschi-Meerjungfrau.
Mulder und Scully untersuchen den rätselhaften Tod des kleinen Teddy Holvey. Seine rumänische Großmutter glaubt, dass Teddys Bruder Charlie besessen ist und Schuld am Tod seines Bruders hat. Sie ruft Teufelsaustreiber aus Rumänien zu Hilfe.
Mulder und Scully sollen sich an der Jagd nach zwei entflohenen Häftlingen beteiligen. Bald entdecken sie, dass hinter der Sache mehr steckt, als es den Anschein hat. Die Flüchtigen wurden im Gefängnis offenbar Opfer eines Seuchenexperiments.
Mulder und Scully sollen in Virginia das Schicksal einiger Vermisster klären. Was zunächst nach einem Routinefall aussieht, erweist sich bald als äußerst mysteriös: Alle Opfer hinterließen am Ort ihres Verschwindens rätselhafte Brandflecken. Die beiden Agenten kommen bei ihren Nachforschungen, gefährlichen Experimenten des Kernphysikers Banton, der die Existenz dunkler Materie nachweisen will, auf die Spur.
In Dudley, einer verschlafenen Kleinstadt in Arkansas, verschwinden seit Jahren auf unerklärliche Weise Menschen. Nach dem Verschwinden des letzten Opfers George Kearns mehren sich plötzlich unter der Bevölkerung die Symptome der seltenen Creutzfeld-Jakob-Krankheit, die nur durch den Verzehr von infiziertem Fleisch übertragen werden kann. Mulder schöpft bald den Verdacht, dass dabei offenbar Kannibalismus eine Rolle spielt
Der Hacker Soona dringt in den Zentralcomputer des Pentagons ein und stiehlt eine geheime Akte, deren Inhalt in der Sprache der Navajo-Indianer verschlüsselt ist. Er lässt die Akte Mulder zukommen. Kurz darauf ist Soona tot. Mulder nimmt die Ermittlungen auf, die ihn in die Wüste von New Mexico führen, wo ein Indianerjunge einen vergrabenen Eisenbahnwagon entdeckte.