Mit einer waghalsigen Aktion versucht SG-1 die Mitglieder von SG-10 aus einem Schwarzen Loch zu retten und bringt sich dabei selbst in höchste Lebensgefahr. Teal'C und Daniel werden bei einer Explosion schwer verletzt. Die beiden Stargate-Kommandos geraten daraufhin in eine unwirkliche Ebene, in der das Raum-Zeit-Kontinuum durcheinander ist und haben so keine Möglichkeit mit der Basis Kontakt aufzunehmen. Das Pentagon schickt O'Neills früheren Kollegen Colonel Cromwell durch das Stargate, um SG-1 zu helfen.
Daniels Seele wird durch eine Maschine mit der des früheren Goa'Uld-Feindes Machello vertauscht und er findet sich sterbend im Krankenhaus wieder. In der Gestalt von Daniel kann Machello aus der Stargate Zentrale fliehen und genießt das Leben auf der Erde. Während das SG-1-Team nach einer Lösung sucht, um den Wechsel rückgängig zu machen und Daniel zu retten, vertauschen auch Jack und Teal'C versehentlich ihre Seelen. Als sie Machello in Daniels Körper finden, teilt dieser ihnen mit, dass eine Rückkehr in die ursprünglichen Körper unmöglich ist.
Der frühere Goa'Uld Anführer Apophis, sucht in der Basis des Stargate-Teams Unterschlupf, als er von den tödlichen Strahlen der Goa'Uld verfolgt wird. Trotz seiner früheren Gewaltverbrechen gewährt SG- 1 ihm Schutz. Apophis liegt im Sterben und bietet dem Team das ganze Wissen der Goa'Uld an, sollten sie ihm einen neuen Körper besorgen. Als Jack jedoch das Angebot entschieden ablehnt, erzählt Apophis die ganze Wahrheit. Er wird von dem Todesgott Sokar verfolgt, dem Apophis einst in Ägypten besiegt hatte. Nun will Sokar sich rächen und tötet jeden, der sich zwischen ihn und Apophis stellt.
Während einer Mission trifft das SG-1-Team auf sehr freundliche und friedliche Aliens, die ein viel schlichteres Leben führen als die Menschen auf der Erde. Kurz darauf erkranken einige Bewohner des Planeten ernsthaft und eine regelrechte Seuchte bricht aus. Die plötzlichen Erkrankungen der Bewohner des Planeten legen den Verdacht nahe, dass der Ausbruch der Krankheit mit der Anwesenheit des SG-1-Teams zusammen hängt. Fieberhaft sucht das SG-1-Team nach einem Mittel, um zu verhindern, dass die gesamte Alien-Population ausgelöscht wird.
Die Reetou planen die Menschheit auszulöschen. Da ihr Planet von den Goa'Uld zerstört wurde, glauben sie nun sie können die Goa'Uld vernichten in dem Sie die Menschen als ihre potentiellen Träger töten. Eine einzige Bewohnerin ist gegen den Plan und hat ihren Sohn sichtbar gemacht und als Boten zum Team geschickt, um die Menschen zu warnen. Das Team beobachtet, dass der kleine Junge rasant wächst und bald sterben wird, wenn ihm nicht sofort geholfen werden kann. Zu dieser Sorge hinzu kommt die tödliche Bedrohung durch die Reetou, die sich vielleicht schon im Stargate-Center befinden.
Die Erschütterungen einer Sonneneruption katapultiert das SG-1-Team durch Raum und Zeit. Es landet im Jahr 1969 und wird gefilzt von einem jungen Soldaten namens Hammond, dem zukünftigen Vorgesetzten der Stargate-Truppe. Sam trägt einen Brief bei sich, den ihr Hammond vor ihrer Zeitreise zugesteckt hat. Dieser überzeugt den jungen Soldaten dem SG-1-Team zu helfen ein Stargate zu finden, das sie wieder zurück in ihre Zeit befördert. Dabei ist sie nächste Sonneneruption die einzige Möglichkeit, das Jahr 1969 zu verlassen.
Als Jack (Richard Dean Anderson) aus tiefem Schlaf erwacht umstehen in lauter fremde Menschen die behaupten, er habe knapp 80 Jahre lang im Kälteschlaf gelegen und Carter, Jackson und all die anderen seien genauso lange tot. Doch Jack erkennt, dass die Goa'ulds ihn in Hathors Festung entführt haben und mit diesem Trick wichtige Informationen von ihm erhalten wollen. Und Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) teilen sein Schicksal: Am Ende der Prozedur soll allen dreien eine Goa'uld-Larve eingepflanzt werden.
In Gefangenschaft der Goa'Uld müssen Sam (Armanda Tapping) und Daniel (Michael Shanks) hilflos mit ansehen, wie bei Jack (Richard Dean Anderson) eine Goa'Uld Larve eingepflanzt wird. Colonel Makepeace und sechs SG-Teams, die General Hammond (Don S. Davis) inzwischen losgeschickt hat, können die Beiden in letzter Minute vor demselben Schicksal retten. Zwar gelingt die Befreiung von Sam und Daniel doch macht ein Energiegürtel den Hathor um sein Hauptquartier gelegt hat, es unmöglich, dieses zu verlassen und das Stargate zu erreichen. Unterdessen wird Jack von einem Spion der Tok'Ra in eine Kryogen-Kammer eingesperrt, um dessen Symbionten zu töten.
Magische Momente im Museum: Mit viel Witz und neuen Figuren liefert der dritte Teil der Reihe erneut prächtige Familienunterhaltung. - Weil das geheime Nachtleben seiner Ausstellungsfreunde bedroht ist, reist Museumswächter Larry (Ben Stiller) mit Theodore Roosevelt (Robin Williams) und dessen Gefährten nach London. Dort erwecken sie das British Museum zum Leben und müssen sich durch eine abenteuerliche Nacht schlagen - gemeinsam mit Sir Lancelot und einem ägyptischen Pharao (Ben Kingsley).
Als der neue Lieutenant Michael Kenmore (Connor Trinneer) sich plötzlich in der Krankenstation von Atlantis wiederfindet, kann er sich an nichts mehr erinnern. Angeblich wurde er aus den Fängen der Wraith gerettet. Auch einige Zeit nach seinem Erwachen hat Michael noch keine befriedigende Erklärung für seinen Gedächtnisverlust und seine schrecklichen Alpträume gefunden. Er muss unbedingt die Wahrheit erfahren.
Auf dem Planeten Taranis gibt es eine Basis der Antiker, deren Schilde nicht mehr funktionstüchtig sind. Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Crew wollen den Taranern helfen, diese wieder in Gang zu bringen. Doch auf dem Himmelskörper erwartet das Stargate-Team nicht nur ein uraltes Raumschiff der Antiker, sondern noch eine andere Überraschung: Ein riesiger Vulkan droht jeden Moment auszubrechen.
Michael Kenmore (Connor Trinneer) hat sich wieder in einen Wraith verwandelt und nähert sich mit seinem Raumschiff der Stadt Atlantis. Er will der Stargate-Crew einen Vorschlag unterbreiten. Wenn ihm Dr. Becketts (Paul McGillion) Retrovirus ausgehändigt wird, mit dem sich die Wraith in Menschen verwandeln können, dann werden die Stadt und die Erde von weiteren Angriffen verschont.
Die Allianz mit den Wraith war nicht von langer Dauer: Zwei Wraith-Schiffe befinden sich direkt auf dem Weg zur Erde. Zu allem Übel wurden Dr. McKay und Ronon Dex gekidnappt. Das Atlantis-Team sucht fieberhaft nach einem Weg, die Angreifer aufzuhalten. Colonel Sheppard konnte sich gerade noch mit seiner F-302 unbemerkt an eines der Schiffe heften. Dr. Weir macht sich unterdessen ebenfalls zur Verfolgung auf, obwohl die Daedalus schwer beschädigt wurde.
Colonel Sheppard und das Stargate-Team sind nach Atlantis zurückgekehrt. Aber dort erwartet sie bereits das nächste Problem: Die Besatzung des gekaperten Wraith-Schiffes wurde durch das Retrovirus in Menschen verwandelt. Nun muss die Atlantis-Crew entscheiden, was mit den menschlichen Wraith geschehen soll. Unterdessen kündigt sich neuer Ärger ein: Richard Woolsey von der IOA ist eingetroffen, um die Situation in Atlantis genauer unter die Lupe nehmen.
Major Sheppard und sein Team stoßen während einer Erkundungsmission auf ein merkwürdiges kleines Dorf. Dessen Bewohner scheinen ihrem Anführer Lucius völlig hörig zu sein. Auch Dr. Beckett lässt sich von Lucius schnell einwickeln und erklärt sich bereit, ihn nach Atlantis mitzunehmen. Ein schlimmer Fehler. Mithilfe einer Droge gelingt es dem hinterlistigen Scharlatan in kurzer Zeit sämtliche Bewohner abhängig zu machen.
Während einer Mission auf einem fremden Planeten geraten Colonel Sheppard, Teyla und Ronon in einen Hinterhalt und werden gefangen genommen. Es stellt sich heraus, dass Ronon bereits zuvor auf dem Planeten war und damals unbeabsichtigt die Wraith auf die Bewohner aufmerksam machte. Als die Wraith angriffen, konnten die Siedler einen Pakt aushandeln: Sie versprachen, Ronon an die Wraith auszuliefern, sollte er jemals wieder den Planeten betreten.
Das Atlantis-Team entdeckt die Koordinaten eines alten Außenpostens der Antiker. Dr. Weir und Colonel Sheppard machen sich sofort auf den Weg und sind verblüfft als sie tatsächlich lebende Antiker antreffen. Dr. Weirs Hoffnung, endlich Verbündete im Kampf gegen die Wraith gefunden zu haben, wird aber sofort jäh zerstört. Denn Oberoth, der Anführer der Basis, verweigert kategorisch jede Hilfe. Schlimmer noch: Als das Atlantis-Team wieder abreisen will, lässt er es gefangen nehmen.
Tilly und Adira leiten eine Trainingsmission für Kadetten, die eine gefährliche Wendung nimmt. Bei den Beitrittsverhandlungen von Ni'Var kommt es zu Komplikationen.
Burnham und Book müssen eine Gruppe Kolonisten retten, auf die sich die Anomalie zubewegt. Ein hochrangiger Wissenschaftler kommt an Bord, um weitere Untersuchungen durchzuführen.
Die Discovery untersucht eine Subraumspalte, die von der Anomalie verursacht wurde. Unterdessen wird Book mit einem Besucher aus seiner Vergangenheit konfrontiert.
Auf einer Konferenz der Sternenflotte, auf der Maßnahmen gegen die Anomalie erörtert werden, kommt es zu Spannungen. Stamets und Adira wollen den Ursprung der Anomalie lokalisieren.