O'Neill bekommt überraschenden Besuch: Joe Spencer, ein Friseur aus Indiana, taucht bei ihm auf und behauptet, in Visionen alle Abenteuer des SG-1-Teams hautnah mitzuerleben. Alle Freunde und Verwandte haben sich bereits von Joe abgewandt, weil sie ihn für verrückt halten. Nun hat er nichts mehr zu verlieren und bittet O'Neill um Hilfe. Carter findet heraus, dass Joe offenbar ein Antiker-Gen besitzt.
Im Kampf gegen die Goa'uld führen Teal'c und Bra'tac die Jaffa-Rebellion an. Doch Replikatoren stürmen das Rebellenschiff. Während Daniel weggebeamt wird, bringt sich die restliche Besatzung in Sicherheit. Um die desillusionierten Jaffa zu motivieren, entscheidet sich Teal'c, einen Tempel der Goa'uld anzugreifen. Carter macht sich Sorgen um Daniel und vermutet, dass dieser entführt wurde, da die Replikatoren Informationen über die ihnen gefährlichen Antikerwaffen erhalten wollen.
Ein amerikanischer Geschäftsmann stirbt kurze Zeit nach seiner Ankunft in Washington. Scully stellt bei der Autopsie fest, dass er schon in Bombay, wo er ins Flugzeug stieg, tot gewesen sein muss. Doch wie soll ein Toter um die halbe Welt gereist sein? Scullys Theorie, dass der Körper als Unterschlupf für jemanden diente, der auf diese Weise illegal in die USA einreiste, hält Doggett allerdings für völlig abwegig. Doch wenig später kommt es zu zwei ähnlichen Fällen. Ein zwölfjähriger Junge bringt sie dann auf die richtige Spur.
In Pennsylvania besucht Doggett eine Familie, die ein Jahr zuvor schon der inzwischen verschwundene Mulder aufgesucht hatte. Der hatte im Fall einer verschwundenen Frau ermittelt. Die Familie und der örtliche Sheriff behaupten allerdings, Mulders damaliger Besuch sei auf Grund eines Missverständnisses erfolgt. Aber dann findet Doggett Hinweise, dass er belogen wird: Mulder muss ein zweites Mal dort gewesen sein.
In Boston wird ein Bahnpolizist mit schrecklichen Verstümmelungen in einem U-Bahnabteil aufgefunden. Zusammen mit einer kleinen Gruppe von Spezialisten ermittelt Agent Doggett unter der Erde, während Dana Scully den Einsatz von der Verkehrsleitzentrale aus überwacht. Kurz darauf weist einer der Männer die gleichen Verätzungen auf, die an dem Toten festgestellt wurden. Als Doggett in einem stillgelegten Tunnel drei weitere Leichen findet, eskaliert die Situation.
Ein gewisser Duffy Haskell erzählt Scully eine abstruse Geschichte: Er behauptet, seiner Frau sei während der Geburt von Ärzten ihr Baby gestohlen worden, und anschließend wurde sie selbst umgebracht. Doch Scully glaubt ihm nicht - bis sie die hochschwangere Mary Hendershot kennen lernt, die eigentlich unfruchtbar ist und fest davon überzeugt ist, dass ihr Kind während einer Entführung durch Außerirdische entstanden ist. Auch sie hat Angst, dass ihr die Ärzte das Baby wegnehmen.
Richie Szalay ist in Montana auf der Suche nach seinem Freund Gary, der kurz vor Mulder von Aliens entführt wurde. Dabei stößt er nachts in einem Feld auf die schwer verletzte Teresa Hoese, die ebenfalls von Außerirdischen gekidnappt wurde. Doggett aber glaubt mehr an ein Ritualverbrechen einer Sekte und schaltet die FBI-Agentin Monica Reyes ein. Tatsächlich stoßen die Beamten bei der Durchsuchung einer nahe gelegenen Farm auf den gesuchten Sektenführer Absalom.
Drei Monate nach der Beerdigung lässt Direktor Skinner gegen Doggetts Willen Mulders Leiche exhumieren, denn dessen Körper gibt immer noch Vitalzeichen von sich. Doggett erfährt von dem selbsternannten Endzeitpropheten Absalom, dass es Plan der Außerirdischen sei, ihre Entführungsopfer nach einer Transformation als Aliens wieder auferstehen zu lassen.
Als ein Angestellter des Statistischen Bundesamtes der USA über den Zaun des Weißen Hauses klettert, um den Präsidenten vor der drohenden Invasion Außerirdischer zu warnen, wird er von Sicherheitsbeamten erschossen. Daraufhin bricht Sektenführer Absalom aus dem Gefängnis aus und nimmt Agent Doggett als Geisel. Gemeinsam mit ihm will er sich im Statistischen Bundesamt Zutritt zu einem Raum mit gespeicherten Bevölkerungsdaten verschaffen. Auch Mulder hat sich vorgenommen, die Daten unter die Lupe zu nehmen.
Der Angestellte Jeb Dukes verliert seinen Bürojob und wird kurz darauf Zeuge eines schrecklichen Autounfalls. Danach ist er wie verwandelt und ermordet die beiden Vorgesetzten, die ihm kurz zuvor gekündigt haben. Agent Doggetts neue Kollegin Monica Reyes beschäftigt sich mit dem Fall und hat dabei eine Vision, die eine Verbindung zu einem anderen Verbrechen zieht.
Obwohl Mulder nicht mehr für die X-Akten zuständig ist, macht er Doggett auf den mysteriösen Tod eines Arbeiters auf einer Bohrinsel im Golf von Mexiko aufmerksam. Scully findet bei der Obduktion der Leiche heraus, dass der Tote von Natur aus gegen das Alien-Virus resistent war - im Gegensatz zu den restlichen Arbeitern auf der Plattform. Doch ihre Warnung erreicht Mulder und Doggett zu spät: Die beiden werden von der infizierten Mannschaft angegriffen.
Scully geht in Mutterschaftsurlaub und Doggett bekommt eine neue Partnerin: Agentin Leyla Harrison. Als der alte Arlen Sacks ermordet wird, ahnt Doggett, dass ein Tier der Täter war. Kurz darauf werden er und Harrison in einem unterirdischen Tunnelsystem zu hilflosen Gefangenen eines riesigen Salamanders.
McKay wird von einem Parasiten befallen, der sich im Gehirn ausdehnt und operativ nicht zu entfernen ist. Diese Krankheit befällt ältere Menschen und ist in der Galaxie als "die zweite Kindheit" bekannt. Als sich Jeanie von McKay verabschiedet, berichtet Ronon von einer Heiligenstätte. Dort hat der Sterbende die Chance, noch einen Tag zu leben, um sich von Angehörigen zu verabschieden. Jeanie begibt sich trotz vieler Gefahren mit ihrem Bruder dorthin und kann das Rätsel um den Parasiten lösen.
Beckett (Paul McGillon) will das Hoffaner Protein erforschen, weil er sich für seine Verbreitung verantwortlich fühlt. Sheppard (Joe Flanigan) hat noch eines von Michaels Laboratorien gefunden. Mit Beckett will er zum betreffenden Planeten. Dort angekommen finden sie Wesen in Stasiskapseln, die bereits alle Menschlichkeit verloren haben. Ein Einheimischer lässt dennoch eines der Wesen - einer gefährlichen Vorstufe zu einem Mensch-Iratus-Hybrid - frei, da es einst seine Frau war. Und so fordert das Monster einige Opfer.
In einem von Michaels Laboren hat die Crew Daten gefunden, die Dr. Keller (Jewel Staite) in die Lage versetzten, eine Gentherapie für die Wraith zu entwickeln, damit sie sich fortan normal ernähren können. Sie trifft sich mit ihrem alten Freund Todd, um ihn für den Vorschlag zu gewinnen, die Therapie an einem Wraith aus seiner Allianz zu testen. Dafür muss allerdings erst die Erlaubnis der Königin der Königinnen, die Urmutter der Wraith, eingeholt werden und das wiederum bedarf einiger List.
McKay (David Hewlett) nimmt freiwillig an einer Goodwill Mission teil, weil er sich davon verspricht, Dr. Keller (Jewel Staite) näher zu kommen. Doch auch Ronon (Jason Momoa), sein Konkurrent, begleitet die beiden auf der Reise, die dazu dient, die medizinische Versorgung auf einem Planeten zu sichern. Als Dr. Keller von Kiryk entführt wird, bleibt Ronan und McKay keine andere Möglichkeit, als bei der Rettung von Dr. Keller zusammenzuarbeiten. Allerdings benutzt der Kidnapper einen Teleportationsapparat, der die Verfolgung erschwert.
Dr. Daniel Jackson besucht Atlantis in der Absicht, das Geheimlabor des Antiker Janus zu finden. Jackson ernennt McKay (David Hewlett) zu seinem Assistenten, was dem aber missfällt. McKay steht der Expedition eher skeptisch gegenüber. Entgegen McKays Erwartungen machen sie das Labor tatsächlich ausfindig und stellen zudem Kontakt mit einer außerirdischen Rasse her. Doch die Außerirdischen entführen die beiden Wissenschaftler kurzerhand.
Ein Komet rast auf einen bewohnten Planeten zu, begleitet von einem Raumschiff. Muss Captain Pike tatenlos zusehen oder gibt es einen Weg, den Himmelskörper zu stoppen?
Das Außenteam der Enterprise infiziert sich bei einem Einsatz mit einer merkwürdigen Erkrankung. Pike und Spock untersuchen derweil, warum die Kolonie der Illyrianer verschwunden ist.
In einer fernen Zukunft sieht sich die Menschheit einer außerirdischen Bedrohung ausgesetzt. In der Special-Episode nehmen die Starsheriffs erneut den Kampf gegen die feindlichen Outrider auf.
Yippie-Ya-Yeah, Schweinebacke! Bruce Willis ist in Teil 5 der Actionreihe wieder der falsche Mann zur falschen Zeit am falschen Ort: In Moskau geht er als Kultcop auf seine brisanteste Mission. - In Moskau muss John McLane nicht nur seinen missratenen Sohn (Jai Courtney) auf die richtige Spur bringen, der mit einem undurchsichtigen Dissidenten (Sebastian Koch) auf der Flucht ist. Bald gilt es auch noch, die ganze Welt vor waffenfähigem Uran zu bewahren.
In einer fernen Zukunft sieht sich die Menschheit einer außerirdischen Bedrohung ausgesetzt. In der Special-Episode nehmen die Starsheriffs erneut den Kampf gegen die feindlichen Outrider auf.
Dem SG-1-Team kommt zu Ohren, dass im Tempel von Dakara eine Waffe versteckt sein soll, die in der Lage ist, alles Leben in der Galaxis zu zerstören. Auch die Replikatoren sind an der Waffe interessiert. Carter will die Waffe vernichten, doch Selmak hat eine andere Idee. Sie will die Waffe so umbauen, dass sie nur die Replikatoren vernichtet, aber alle anderen Bewohner der Galaxie verschont.
O'Neill macht sich Sorgen um Daniel, den er noch immer in Gefangenschaft vermutet. Doch Daniel befindet sich lediglich auf einer anderen Existenzebene. Dort findet er heraus, dass Anubis plant, eine heilige Stadt anzugreifen. Teal'c und Bra'tac werden unterdessen von den Jaffa als Helden verehrt. Trotzdem grübelt Teal'c, ob er sein Leben weiterhin dem Kampf gegen die Goa'uld widmen soll.
Aus dem Nachlass von Catherine Langford, die einst das Stargate entdeckte, erhält Daniel ein Buch. In ihm findet er den Hinweis auf ein Zero-Point-Modul, das sich offenbar im alten Ägypten im Besitz des Goa'uld Ra befand. Daniel überredet daraufhin O'Neill zu einer Zeitreise, um sich dieses wichtige Stück Antikertechnologie zu sichern. Eine heikle Mission, denn die Zeitlinie darf während der Reise nicht beeinflusst werden, damit das Team wohlbehalten zurückkehren kann.
Die Vergangenheit wurde durch die Zeitreise des SG-1-Teams verändert. Alternative Ichs der Mitglieder reisen nach Chulak, wo sie auf Teal'c treffen. Weil dieser sie nicht erkennt, lässt er sie gefangen nehmen. Doch O'Neill kann ihn schließlich überzeugen. Den Goa'uld gelingt es unterdessen, einen der ihren in Daniel zu implantieren.
Lieutenant Colonel Mitchell stößt als neues Mitglied zum SG-1-Team. Doch ihn erwartet zunächst eine bittere Überraschung: Von General Landry erfährt er, dass sich das Team aufgelöst hat. Carter befindet sich in der Area 51, Daniel steht kurz vor seiner Abreise nach Atlantis und Teal'c hat die Mannschaft verlassen, um bei seinem Volk zu leben. Als allerdings Vala mit einer Schatzkarte zurückkehrt, beschließt Mitchell, das SG-1-Team wieder zu vereinen.
Nachdem Vala mit einer Schatzkarte zurückgekehrt ist, beschließt Mitchell, das aufgelöste Team von SG-1 wieder zu vereinen, um gemeinsam nach dem Schatz zu suchen. Auf ihrer Suche widerfährt Daniel und Vala Seltsames: Sie werden anscheinend in die Körper zweier fremder Personen befördert und befinden sich auf einem Planeten in einer fernen Galaxie. Die Bewohner dort verehren einen ausgesprochen sonderbaren Anführer.
Lieutenant Colonel Cameron Mitchell (Ben Browder) und das Team von SG-1 begegnen seltsamen Missionaren. Diese arbeiten für die Ori. Diese Rasse, die sich als Gottheit ausgibt, zeigt keine Gnade gegenüber Menschen, die nicht an sie glauben. Daniel (Michael Shanks) und Vala (Claudia Black) geraten in die Gefangenschaft der Oris und müssen sich einem lebensgefährlichen Test unterziehen.
Vala und Daniel wurden von den so genannten "Jaffa-Handschellen" gefesselt, die unsichtbar sind. Um sich zu befreien, müssen die beiden das zurückbringen, was Vala dem früheren Besitzer der Handschellen gestohlen hat. Doch zuerst müssen sie diesen finden, was sich als äußerst schwierig erweist.
Vala reist gemeinsam mit dem Stargate-Team zu einem Planeten, von dessen Bewohnern sie immer noch als 'Quetesh' verehrt wird. Um den Einwohnern allerdings zu verdeutlichen, dass die Ori in Wahrheit keine Götter sind, klärt sie diese auch über sich selbst auf. Doch daraufhin wird sie vor Gericht gestellt. Vala droht die Todesstrafe...