In Westafrika wurde ein rätselhaftes Täfelchen entdeckt, dass außerirdischen Ursprungs zu sein scheint. Dr. Sandoz bringt das Artefakt an die American University nach Washington. Kurz darauf verschwindet er spurlos. Mulder und Scully sollen der Sache auf den Grund gehen.
Fox Mulder ist nach Kontakt mit der mysteriösen Schrifttafel aus Westafrika in ein Wachkoma gefallen, das mit intensiver selbstzerstörerischer Aktivität seines Gehirns einhergeht. Scully reist unterdessen an die Elfenbeinküste um die Fundstelle zu untersuchen. Am Strand entdeckt sie ein riesiges UFO, das noch mehr Schriftzeichen trägt. Als ihr eine bruchstückhafte Entschlüsselung gelingt, muss Scully revidieren, was sie zeitlebens geglaubt hat.
Kurz nach Scullys Rückkehr aus Afrika wird Mulder aus dem Krankenhaus entführt. Er findet sich im Auto des geheimnisvollen Rauchers wieder. Der bietet ihm an, ein völlig neues Leben zu beginnen. Scully findet unterdessen weitere unglaubliche Details über die Texte auf dem UFO heraus.
Ein ungewöhnlicher Mord ruft Fox Mulder und Dana Scully auf den Plan. Dem Opfer, einem Angestellten eines Hamburger-Restaurants, wurde das Gehirn ausgesaugt. Mulder hat bald Derwood Spinks, einen Kollegen des Getöteten in Verdacht.
Vier ehemalige FBI-Leute begehen in ganz verschiedenen Gegenden des Landes innerhalb eines halben Jahres Selbstmord. Ihre Leichen verschwinden nach der Beerdigung aus den Gräbern. Mulder stellt bald einen Zusammenhang mit der berühmten Millennium-Gruppe her. Er bittet den ehemaligen FBI-Profiler Black um Hilfe, der einst Mitglied der Gruppe war.
In einer Kleinstadt in Virginia kommen nacheinander ein Deputy und ein Lehrer durch unvorstellbare Gewalteinwirkung ums Leben Eines der Verbrechen geschah in aller Öffentlichkeit, ohne dass ein einziger Zeuge etwas gesehen hat. Mulder kommt einem Schüler auf die Spur, der über erschreckende Fähigkeiten verfügt.
Rasante Fortsetzung des Fantasyhits, ein Spaß für Kids und Erwachsene. - Ex-Nachtwächter Larry (Ben Stiller) besucht noch einmal das New Yorker Naturkundemuseum. Dort erfährt er, dass seine geliebten Ausstellungsstücke ins Smithsonian Museum nach Washington transportiert werden. Doch auch dort erwachen die Figuren nachts zum Leben. Schlimmer noch: Der ägyptische Herrscher Kahmunrah will eine ganze Armee aus der Unterwelt zum Leben erwecken.
Ford (Francks Rainbow) und seine Anhänger versuchen das Basisschiff der Wraith zu entern. So kommt es, dass Sheppard (Joe Flanigan) nach seiner Gefangenname von den Wraith zu einen Mädchen namens Neera (Jenn Bird) in eine Gefängniszelle gesperrt wird. Neera hat den Angriff der Wraith auf ihren Heimatplaneten überlebt. Sie musste das Gemetzel an ihrer Familie mitansehen .
Colonel Sheppard (Joe Flanigan) stößt auf ein Tor, das von den Antikern errichtet wurde und wird plötzlich hineingezogen. Jenseits des Portals erwartet Sheppard eine seltsame Kreatur, deren Angriff er nur mit Hilfe von den dort lebenden Geschwistern Avrid (David McNally), Teer (Chad Morgan) und Hedda (Nicole Munoz) entgehen kann. Unterdessen ist Dr. McKay (David Hewlett) auf der anderen Seite des Tores in großer Sorge. Er hat herausgefunden, dass die Zeit bei Sheppard viel schneller vergeht.
Die Terroristengruppe der Goa'uld, 'The Trust', hat es auf Atlantis abgesehen. Anscheinend wurde eine Bombe in der Stadt platziert, die sofort explodiert, wenn mit dem Stargate die Erde als Ziel ausgewählt wird. Dr. McKay (David Hewlett) weiß nur eine Lösung: Er muss so schnell wie möglich das ZPM außer Betrieb setzen, damit auch das Stargate nicht mehr funktioniert. Doch damit wird Atlantis angreifbar und der Feind lauert schon.
Ein Puddle Jumper wurde gerade repariert und soll nun von Dr. McKay (David Hewlett) und Captain Griffin (William MacDonald) getestet werden. Doch der Flug gerät außer Kontrolle und der Flieger stürzt ins Meer. McKay und Griffin sind unter Wasser eingeschlossen. Während sich Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und Dr. Zelenka (David Nykl) zur Rettung aufmachen, hat McKay Halluzinationen von Samantha Carter (Amanda Tapping).
Colonel Sheppard (Joe Flanigan) und seine Mannschaft finden auf einem fremden Planeten einen Turm, der mit einem Gebäude in Atlantis fast identisch ist. Darin lebt der sogenannte "Lord Protector" und beschützt die Bewohner des Himmelkörpers vor Angriffen der Wraith. Doch dessen Kräfte schwinden und nur eine Person, die das Antiker-Gen in sich trägt, kann dessen Position übernehmen. Der Kammerherr des 'Lord Protectors', Otho (Peter Woodward), versucht jedoch mit allen Mitteln an die Macht zu gelangen und Sheppard, der das Antiker-Gen in sich trägt, gerät zwischen die Fronten.
Als das Stargate-Team eine von zwei Lebenserhaltungskapseln, die im All treiben, mit nach Atlantis nimmt, erwartet die Crew eine Überraschung. Die Frau, die in der Kapsel liegt, ist offenbar so schwach, dass sie nicht mehr lange Zeit zu leben hat. Doch der Geist der Dame nistet sich in Dr. Weirs (Torri Higginson) Körper ein und hat einen ungewöhnlichen Wunsch: Colonel Sheppard (Joe Flanigan) soll seinen Körper ihrem in der zweiten Kapsel liegenden Ehemann Thalan zur Verfügung stellen. Nur so könnte das Paar noch einmal vor dem Tod miteinander sprechen.
Während Teyla (Rachel Luttrell) und Ronon (Jason Momoa) den mysteriösen Tod von Major Lorne (Kavan Smith) untersuchen, meldet sich Ladon Radim (Ryan Robbins) von den Genii in Atlantis. Er schlägt einen ungewöhnlichen Tausch vor: Er will Dr. Weir (Torri Higginson) ein ZPM übergeben, wenn er dafür vom Stargate-Team mit Waffen ausgestattet wird. Der Genii hat vor, gegen seinen Anführer Cowen (Colm Meaney) eine Revolte zu starten.
Als der Geschäftsführer Blake Creighton eines Morgens tot in seiner Wohnung aufgefunden wird, wird der Fall an Detective Jules Dover und ihre Partnerin, die virtuelle Intelligenz Asha übergeben. Die ersten Befunde zeigen eindeutig, dass die Todesursache Strangulation gewesen sein muss. Doch Detective Dover und Asha finden keinerlei Hinweise auf Einwirkung von außen. Es scheint, als wäre Creighton ermordet worden, ohne vom Täter auch nur berührt worden zu sein.
Osyraa bringt die Discovery in ihre Gewalt und startet einen Angriff aufs Sternenflotten-Hauptquartier. Während die Crew versucht, die Kontrolle zurückzuerlangen, erhält Vance ein Friedensangebot.
Osyraa versucht, mit der Discovery aus dem Hauptquartier zu fliehen. Doch die Crew will sich das Schiff zurückholen. Im Nebel wird unterdessen die Zeit für Saru und Culber knapp.
Die Sternenflotte nimmt nach langer Zeit wieder diplomatische Kontakte zu den Alshain auf. Da erreicht sie der Notruf einer Raumstation, die von einer Gravitationswelle getroffen wurde.
Bookers Heimatplanet wurde von der Gravitationswelle zerstört. Saru kehrt auf die Discovery zurück, um der Crew zu helfen, das Rätsel um die verheerende Kraft zu lösen.